ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51577

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.001, 0.020, 0.040, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.016, 0.044, 0.072, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.044 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.009, 0.039, 0.069, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.039 std_dev=0.030
C2' B 0, 0.319, 0.693, 1.067, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.693 std_dev=0.374
O2' B 0, 0.272, 0.651, 1.030, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.651 std_dev=0.379
OP1 B 0, 0.417, 0.935, 1.453, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.935 std_dev=0.518
C3' B 0, 0.415, 0.945, 1.474, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.945 std_dev=0.529
C4' B 0, 0.441, 1.056, 1.671, 1.937 max_d=1.937 avg_d=1.056 std_dev=0.615
P B 0, 0.555, 1.318, 2.081, 2.427 max_d=2.427 avg_d=1.318 std_dev=0.763
C5' B 0, 0.574, 1.375, 2.177, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.375 std_dev=0.802
O4' A 0, -0.159, 0.737, 1.633, 2.657 max_d=2.657 avg_d=0.737 std_dev=0.896
O3' B 0, 0.403, 1.315, 2.227, 3.234 max_d=3.234 avg_d=1.315 std_dev=0.912
C1' B 0, 0.025, 0.938, 1.851, 3.328 max_d=3.328 avg_d=0.938 std_dev=0.913
O5' B 0, 0.639, 1.581, 2.522, 2.564 max_d=2.564 avg_d=1.581 std_dev=0.942
C2' A 0, -0.163, 0.795, 1.752, 2.859 max_d=2.859 avg_d=0.795 std_dev=0.958
O4' B 0, 0.201, 1.221, 2.240, 3.720 max_d=3.720 avg_d=1.221 std_dev=1.020
C4' A 0, -0.201, 1.072, 2.346, 3.883 max_d=3.883 avg_d=1.072 std_dev=1.273
O2' A 0, -0.244, 1.031, 2.305, 3.434 max_d=3.434 avg_d=1.031 std_dev=1.275
OP2 B 0, 0.556, 1.982, 3.408, 4.943 max_d=4.943 avg_d=1.982 std_dev=1.426
C3' A 0, -0.227, 1.213, 2.653, 4.417 max_d=4.417 avg_d=1.213 std_dev=1.440
O2 B 0, -0.530, 1.019, 2.568, 5.332 max_d=5.332 avg_d=1.019 std_dev=1.549
N1 B 0, -0.365, 1.190, 2.745, 5.467 max_d=5.467 avg_d=1.190 std_dev=1.555
C6 B 0, -0.225, 1.678, 3.580, 6.766 max_d=6.766 avg_d=1.678 std_dev=1.902
C2 B 0, -0.886, 1.041, 2.968, 6.451 max_d=6.451 avg_d=1.041 std_dev=1.927
O3' A 0, -0.347, 1.601, 3.549, 6.254 max_d=6.254 avg_d=1.601 std_dev=1.948
C5' A 0, -0.261, 2.019, 4.300, 6.789 max_d=6.789 avg_d=2.019 std_dev=2.281
C5 B 0, -0.667, 1.942, 4.550, 9.081 max_d=9.081 avg_d=1.942 std_dev=2.609
N3 B 0, -1.325, 1.351, 4.027, 8.885 max_d=8.885 avg_d=1.351 std_dev=2.676
O5' A 0, -0.591, 2.327, 5.245, 7.821 max_d=7.821 avg_d=2.327 std_dev=2.918
C4 B 0, -1.325, 1.742, 4.809, 10.329 max_d=10.329 avg_d=1.742 std_dev=3.067
O4 B 0, -1.774, 1.986, 5.745, 12.536 max_d=12.536 avg_d=1.986 std_dev=3.759
P A 0, -1.298, 2.625, 6.548, 10.473 max_d=10.473 avg_d=2.625 std_dev=3.923
OP2 A 0, -1.147, 3.013, 7.173, 10.979 max_d=10.979 avg_d=3.013 std_dev=4.160
OP1 A 0, -1.478, 2.848, 7.174, 12.297 max_d=12.297 avg_d=2.848 std_dev=4.326

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.02 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.27 0.00 0.18 0.01 0.67 0.23 0.27
C2 0.05 0.00 0.35 0.22 0.01 0.63 0.01 1.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.51 0.16 0.59 1.16 0.01 1.44 1.46 1.44
C2' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.17 0.01 0.08 0.22 0.15 0.18 0.26 0.42 0.34 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01 0.29 0.11 0.59 0.49 0.29
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.08 0.00 0.20 0.03 0.15 0.38 0.11 0.34 0.23 0.37 0.16 0.02 0.01 0.01 0.31 0.22 0.38 0.31 0.15
C4 0.02 0.01 0.17 0.08 0.00 0.27 0.00 0.57 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.26 0.09 0.30 0.32 0.01 0.61 0.43 0.41
C4' 0.00 0.63 0.01 0.00 0.27 0.00 0.10 0.00 0.22 0.37 0.46 0.81 0.60 0.25 0.05 0.21 0.02 0.00 0.01 0.15 0.57 0.26 0.25
C5 0.01 0.01 0.08 0.20 0.00 0.10 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.10 0.13 0.37 0.01 0.34 0.65 0.23
C5' 0.12 1.26 0.22 0.03 0.57 0.00 0.30 0.00 0.55 0.54 0.97 1.61 1.16 0.36 0.13 0.02 0.16 0.02 0.01 0.42 0.26 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.15 0.01 0.22 0.01 0.55 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.11 0.25 0.32 0.00 0.39 0.55 0.28
C8 0.02 0.01 0.18 0.38 0.01 0.37 0.01 0.54 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.15 0.31 1.15 0.01 0.96 1.46 1.10
N1 0.05 0.00 0.26 0.11 0.02 0.46 0.01 0.97 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.10 0.44 0.76 0.01 0.97 0.94 0.94
N2 0.06 0.00 0.42 0.34 0.01 0.81 0.01 1.61 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.64 0.23 0.71 1.68 0.01 2.04 2.22 2.09
N3 0.05 0.01 0.34 0.23 0.00 0.60 0.01 1.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.47 0.19 0.59 1.02 0.01 1.31 1.23 1.27
N7 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.25 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.17 0.17 0.99 0.01 0.88 1.46 1.00
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.11 0.01 0.42 0.01 0.48 0.53 0.28
O2' 0.02 0.51 0.00 0.02 0.26 0.21 0.22 0.02 0.29 0.30 0.41 0.64 0.47 0.26 0.13 0.00 0.04 0.14 0.12 0.27 0.85 0.51 0.41
O3' 0.27 0.16 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.16 0.11 0.15 0.10 0.23 0.19 0.17 0.11 0.04 0.00 0.22 0.25 0.16 0.48 0.16 0.17
O4' 0.00 0.59 0.01 0.01 0.30 0.00 0.13 0.02 0.25 0.31 0.44 0.71 0.59 0.17 0.01 0.14 0.22 0.00 0.28 0.18 0.71 0.30 0.42
O5' 0.18 1.16 0.29 0.31 0.32 0.01 0.37 0.01 0.32 1.15 0.76 1.68 1.02 0.99 0.42 0.12 0.25 0.28 0.00 0.36 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.15 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.16 0.18 0.36 0.00 0.30 0.74 0.26
OP1 0.67 1.44 0.59 0.38 0.61 0.57 0.34 0.26 0.39 0.96 0.97 2.04 1.31 0.88 0.48 0.85 0.48 0.71 0.02 0.30 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 1.46 0.49 0.31 0.43 0.26 0.65 0.32 0.55 1.46 0.94 2.22 1.23 1.46 0.53 0.51 0.16 0.30 0.01 0.74 0.01 0.00 0.01
P 0.27 1.44 0.29 0.15 0.41 0.25 0.23 0.02 0.28 1.10 0.94 2.09 1.27 1.00 0.28 0.41 0.17 0.42 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.21 0.25 0.31 0.22 0.26 0.19 0.26 0.20 0.20 0.23 0.22 0.31 0.48 0.25 0.24 0.21 0.34 0.18 0.20
C2 0.16 0.39 0.26 0.30 0.44 0.26 0.33 0.25 0.25 0.25 0.48 0.44 0.36 0.45 0.50 0.19 0.19 0.28 0.21 0.18
C2' 0.43 0.37 0.36 0.38 0.36 0.45 0.39 0.46 0.41 0.40 0.35 0.36 0.39 0.42 0.34 0.48 0.40 0.59 0.33 0.40
C3' 0.29 0.27 0.23 0.21 0.30 0.21 0.30 0.23 0.30 0.28 0.30 0.28 0.21 0.28 0.32 0.35 0.26 0.41 0.30 0.24
C4 0.18 0.46 0.25 0.29 0.58 0.26 0.44 0.25 0.32 0.31 0.60 0.47 0.35 0.47 0.67 0.20 0.16 0.28 0.21 0.16
C4' 0.84 0.85 0.83 0.80 0.86 0.77 0.86 0.77 0.86 0.85 0.86 0.85 0.78 0.80 0.86 0.84 0.83 0.81 0.90 0.82
C5 0.21 0.76 0.24 0.26 0.99 0.28 0.76 0.26 0.54 0.50 1.01 0.75 0.39 0.48 1.16 0.19 0.14 0.27 0.29 0.15
C5' 1.72 1.66 1.70 1.68 1.62 1.68 1.66 1.69 1.69 1.69 1.63 1.66 1.66 1.64 1.58 1.73 1.74 1.72 1.80 1.74
C6 0.25 0.97 0.24 0.24 1.24 0.31 0.95 0.27 0.69 0.64 1.27 0.98 0.42 0.47 1.42 0.19 0.13 0.27 0.36 0.16
C8 0.19 0.59 0.24 0.28 0.81 0.27 0.62 0.25 0.44 0.40 0.80 0.57 0.37 0.49 0.97 0.20 0.14 0.27 0.26 0.15
N1 0.22 0.81 0.25 0.26 0.95 0.30 0.72 0.26 0.53 0.52 1.00 0.86 0.41 0.45 1.07 0.18 0.15 0.26 0.29 0.16
N2 0.17 0.17 0.26 0.32 0.17 0.26 0.16 0.26 0.17 0.16 0.19 0.21 0.32 0.44 0.19 0.19 0.23 0.29 0.22 0.21
N3 0.16 0.25 0.26 0.31 0.29 0.25 0.22 0.25 0.18 0.18 0.31 0.28 0.33 0.47 0.33 0.19 0.20 0.29 0.20 0.18
N7 0.22 0.80 0.24 0.26 1.10 0.29 0.84 0.26 0.60 0.54 1.09 0.76 0.39 0.49 1.30 0.19 0.13 0.27 0.33 0.16
N9 0.18 0.39 0.24 0.29 0.50 0.25 0.38 0.24 0.29 0.27 0.51 0.39 0.34 0.48 0.60 0.20 0.17 0.29 0.19 0.16
O2' 0.69 0.52 0.65 0.71 0.47 0.81 0.53 0.83 0.59 0.60 0.47 0.53 0.74 0.76 0.44 0.78 0.71 0.90 0.59 0.72
O3' 0.33 0.30 0.14 0.14 0.38 0.33 0.37 0.37 0.37 0.31 0.37 0.30 0.15 0.16 0.43 0.45 0.30 0.49 0.26 0.30
O4' 0.73 0.65 0.74 0.75 0.62 0.71 0.66 0.70 0.70 0.70 0.62 0.65 0.74 0.82 0.58 0.74 0.72 0.68 0.75 0.70
O5' 1.82 1.69 1.91 1.95 1.63 1.90 1.70 1.92 1.75 1.75 1.63 1.68 1.91 1.99 1.58 1.84 1.93 1.92 1.97 1.92
O6 0.31 1.24 0.24 0.20 1.64 0.34 1.27 0.30 0.91 0.83 1.66 1.20 0.43 0.48 1.90 0.19 0.14 0.27 0.47 0.19
OP1 2.26 1.84 2.45 2.59 1.70 2.57 1.87 2.61 2.03 2.03 1.68 1.81 2.56 2.75 1.59 2.37 2.53 2.64 2.47 2.52
OP2 2.36 1.90 2.59 2.71 1.74 2.66 1.94 2.67 2.11 2.12 1.71 1.86 2.71 2.86 1.61 2.45 2.61 2.71 2.57 2.59
P 2.28 1.89 2.44 2.54 1.74 2.52 1.92 2.54 2.07 2.08 1.73 1.86 2.53 2.66 1.62 2.37 2.49 2.55 2.44 2.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.15 0.16 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.12 0.01 0.03 0.19 0.31 0.25 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.07 0.14 0.00 0.02 0.07 0.01 0.03 0.38 0.07 0.10
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.01 0.14 0.08 0.13 0.16 0.02 0.01 0.15 0.02 0.07 0.44 0.08 0.17
C4 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.00 0.05 0.28 0.32 0.35 0.23
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.08 0.06 0.05 0.02 0.12 0.00 0.01 0.15 0.05 0.03
C5 0.03 0.01 0.08 0.16 0.00 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.06 0.30 0.27 0.37 0.25
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.20 0.01 0.22 0.00 0.19 0.10 0.15 0.08 0.05 0.05 0.22 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.14 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.06 0.26 0.21 0.31 0.21
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.18 0.21 0.23 0.15
N3 0.02 0.00 0.07 0.13 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.01 0.03 0.24 0.34 0.31 0.20
O2 0.04 0.00 0.14 0.16 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.16 0.02 0.04 0.16 0.36 0.23 0.15
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.11 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.40 0.06 0.12
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.16 0.02 0.17 0.05 0.15 0.07 0.14 0.16 0.06 0.00 0.17 0.01 0.13 0.64 0.18 0.32
O4 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.17 0.00 0.06 0.30 0.34 0.38 0.25
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.12 0.10 0.19 0.18
O5' 0.08 0.19 0.03 0.07 0.28 0.01 0.30 0.01 0.26 0.18 0.24 0.16 0.04 0.13 0.30 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.15 0.31 0.38 0.44 0.32 0.15 0.27 0.08 0.21 0.21 0.34 0.36 0.40 0.64 0.34 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.25 0.07 0.08 0.35 0.05 0.37 0.02 0.31 0.23 0.31 0.23 0.06 0.18 0.38 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.10 0.17 0.23 0.03 0.25 0.01 0.21 0.15 0.20 0.15 0.12 0.32 0.25 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00