ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51578

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.022, 0.064, 0.106, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.064 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.033, 0.094, 0.155, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.094 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.064, 0.139, 0.214, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.139 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.058, 0.153, 0.247, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.153 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.079, 0.177, 0.275, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.177 std_dev=0.098
C5' A 0, 0.116, 0.244, 0.372, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.244 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.137, 0.281, 0.424, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.281 std_dev=0.144
O3' A 0, 0.109, 0.260, 0.411, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.260 std_dev=0.151
P A 0, 0.194, 0.389, 0.585, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.389 std_dev=0.196
OP1 A 0, 0.204, 0.412, 0.620, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.412 std_dev=0.208
O2' B 0, 0.263, 0.472, 0.681, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.472 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.261, 0.514, 0.768, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.514 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.247, 0.501, 0.755, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.501 std_dev=0.254
O3' B 0, 0.232, 0.494, 0.757, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.494 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.253, 0.527, 0.800, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.527 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.303, 0.577, 0.851, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.577 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.231, 0.529, 0.826, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.529 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.296, 0.595, 0.894, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.595 std_dev=0.299
C2 B 0, 0.237, 0.554, 0.871, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.554 std_dev=0.317
O2 B 0, 0.233, 0.561, 0.888, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.561 std_dev=0.328
OP2 A 0, 0.223, 0.574, 0.925, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.574 std_dev=0.351
N3 B 0, 0.265, 0.622, 0.980, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.622 std_dev=0.358
C6 B 0, 0.198, 0.566, 0.933, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.566 std_dev=0.368
C5' B 0, 0.323, 0.696, 1.069, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.696 std_dev=0.373
OP2 B 0, 0.419, 0.813, 1.206, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.813 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.254, 0.654, 1.054, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.654 std_dev=0.400
O5' B 0, 0.330, 0.752, 1.174, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.752 std_dev=0.422
C5 B 0, 0.191, 0.614, 1.037, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.614 std_dev=0.423
P B 0, 0.404, 0.838, 1.271, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.838 std_dev=0.434
O4 B 0, 0.304, 0.744, 1.185, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.744 std_dev=0.440
OP1 B 0, 0.475, 0.954, 1.434, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.954 std_dev=0.480

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.23 0.09
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.12 0.28 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.14 0.30 0.12
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.15 0.28 0.12
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.25 0.13
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.17 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.12 0.22 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.06 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.08 0.00 0.12 0.22 0.14
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.10 0.18 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.08 0.00 0.12 0.26 0.14
N2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.12 0.30 0.15
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.11 0.28 0.13
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.11 0.18 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.23 0.11
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.28 0.10
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.18 0.29 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.16 0.06
O5' 0.02 0.07 0.03 0.04 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.05 0.02 0.06 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.13 0.20 0.14
OP1 0.09 0.12 0.14 0.15 0.11 0.08 0.12 0.05 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.13 0.18 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.28 0.30 0.28 0.25 0.17 0.22 0.06 0.22 0.18 0.26 0.30 0.28 0.18 0.23 0.28 0.29 0.16 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.14 0.12 0.12 0.13 0.06 0.13 0.00 0.14 0.11 0.14 0.15 0.13 0.13 0.11 0.10 0.12 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.38 0.26 0.20 0.46 0.22 0.44 0.23 0.40 0.36 0.43 0.37 0.27 0.17 0.50 0.29 0.20 0.20 0.26 0.21
C2 0.27 0.38 0.20 0.15 0.39 0.18 0.35 0.17 0.32 0.32 0.40 0.41 0.21 0.14 0.41 0.25 0.15 0.14 0.22 0.14
C2' 0.31 0.39 0.26 0.20 0.44 0.22 0.42 0.21 0.38 0.36 0.43 0.39 0.27 0.18 0.48 0.28 0.16 0.17 0.28 0.20
C3' 0.29 0.37 0.24 0.18 0.45 0.20 0.43 0.19 0.38 0.34 0.43 0.37 0.25 0.16 0.50 0.27 0.15 0.15 0.26 0.17
C4 0.27 0.37 0.21 0.16 0.44 0.19 0.40 0.19 0.36 0.33 0.43 0.37 0.20 0.15 0.47 0.26 0.16 0.15 0.21 0.15
C4' 0.29 0.37 0.26 0.19 0.47 0.21 0.45 0.22 0.40 0.35 0.43 0.35 0.26 0.16 0.52 0.28 0.18 0.18 0.26 0.19
C5 0.24 0.35 0.18 0.16 0.43 0.19 0.39 0.19 0.33 0.30 0.42 0.34 0.16 0.18 0.48 0.24 0.17 0.15 0.17 0.14
C5' 0.27 0.36 0.24 0.17 0.48 0.19 0.46 0.20 0.40 0.34 0.43 0.33 0.24 0.14 0.55 0.26 0.17 0.16 0.24 0.17
C6 0.21 0.34 0.15 0.18 0.40 0.19 0.34 0.19 0.28 0.27 0.41 0.35 0.15 0.22 0.45 0.23 0.19 0.16 0.16 0.15
C8 0.26 0.35 0.20 0.17 0.46 0.19 0.43 0.21 0.37 0.32 0.43 0.32 0.19 0.16 0.52 0.26 0.18 0.15 0.19 0.15
N1 0.22 0.36 0.16 0.16 0.38 0.17 0.32 0.17 0.28 0.28 0.40 0.39 0.16 0.19 0.41 0.23 0.18 0.14 0.18 0.14
N2 0.29 0.38 0.23 0.17 0.36 0.19 0.32 0.17 0.31 0.32 0.38 0.42 0.26 0.16 0.38 0.27 0.14 0.14 0.26 0.15
N3 0.29 0.38 0.23 0.17 0.41 0.20 0.38 0.19 0.35 0.34 0.42 0.40 0.24 0.15 0.44 0.27 0.16 0.15 0.24 0.16
N7 0.24 0.34 0.18 0.17 0.45 0.19 0.40 0.20 0.34 0.30 0.42 0.31 0.16 0.19 0.51 0.25 0.18 0.15 0.17 0.14
N9 0.28 0.37 0.23 0.17 0.46 0.20 0.43 0.21 0.38 0.34 0.43 0.36 0.22 0.15 0.50 0.27 0.17 0.16 0.22 0.16
O2' 0.34 0.40 0.31 0.25 0.44 0.26 0.43 0.24 0.40 0.38 0.43 0.41 0.32 0.24 0.48 0.32 0.21 0.23 0.34 0.26
O3' 0.29 0.37 0.25 0.18 0.44 0.20 0.42 0.18 0.37 0.34 0.43 0.37 0.26 0.17 0.49 0.27 0.13 0.15 0.27 0.17
O4' 0.30 0.37 0.26 0.20 0.47 0.22 0.46 0.24 0.41 0.36 0.43 0.35 0.26 0.17 0.52 0.28 0.21 0.21 0.25 0.21
O5' 0.27 0.38 0.23 0.16 0.52 0.18 0.48 0.20 0.41 0.35 0.47 0.34 0.22 0.13 0.59 0.25 0.15 0.15 0.24 0.16
O6 0.18 0.29 0.16 0.22 0.38 0.21 0.30 0.22 0.24 0.22 0.38 0.29 0.17 0.28 0.43 0.23 0.23 0.19 0.17 0.19
OP1 0.31 0.39 0.28 0.24 0.52 0.25 0.48 0.26 0.42 0.37 0.47 0.36 0.29 0.22 0.58 0.30 0.24 0.22 0.24 0.22
OP2 0.38 0.44 0.36 0.31 0.53 0.32 0.51 0.33 0.46 0.43 0.50 0.41 0.37 0.27 0.58 0.37 0.30 0.30 0.33 0.30
P 0.32 0.41 0.29 0.23 0.53 0.25 0.50 0.26 0.43 0.39 0.49 0.38 0.28 0.19 0.59 0.31 0.22 0.21 0.27 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.10 0.05
C2 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04 0.10 0.05
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.12 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.14 0.09
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.12 0.10 0.04 0.08
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.09 0.05
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.14 0.14 0.08 0.12
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.07 0.08 0.04 0.02 0.02 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.13 0.11 0.08 0.10
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05
N3 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.08 0.05 0.07 0.05
O2 0.01 0.00 0.10 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.08 0.01 0.07 0.02 0.08 0.16 0.08
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.09 0.18 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.15 0.09
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.09 0.20 0.11
O4 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.13 0.12 0.04 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03
O5' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.12 0.00 0.14 0.00 0.13 0.07 0.08 0.02 0.04 0.04 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.10 0.04 0.14 0.02 0.11 0.04 0.05 0.08 0.05 0.09 0.12 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.10 0.12 0.14 0.04 0.09 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.16 0.15 0.20 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.07 0.09 0.08 0.05 0.12 0.00 0.10 0.05 0.05 0.08 0.09 0.11 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00