ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51579

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.077, 0.141, 0.204, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.141 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.060, 0.136, 0.211, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.136 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.107, 0.191, 0.276, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.191 std_dev=0.085
C4' A 0, 0.102, 0.192, 0.283, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.192 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.125, 0.224, 0.324, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.224 std_dev=0.100
O3' A 0, 0.173, 0.306, 0.438, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.306 std_dev=0.133
OP1 B 0, 0.133, 0.291, 0.449, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.291 std_dev=0.158
C5' A 0, 0.185, 0.356, 0.527, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.356 std_dev=0.171
C5' B 0, 0.167, 0.351, 0.534, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.351 std_dev=0.183
O3' B 0, 0.070, 0.264, 0.458, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.264 std_dev=0.194
OP2 A 0, 0.125, 0.322, 0.518, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.322 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.171, 0.376, 0.581, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.376 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.153, 0.361, 0.570, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.361 std_dev=0.209
P B 0, 0.188, 0.403, 0.617, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.403 std_dev=0.214
C3' B 0, 0.109, 0.329, 0.549, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.329 std_dev=0.220
P A 0, 0.179, 0.417, 0.654, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.417 std_dev=0.237
O4' B 0, 0.183, 0.422, 0.661, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.422 std_dev=0.239
O5' A 0, 0.222, 0.476, 0.730, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.476 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.118, 0.393, 0.669, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.393 std_dev=0.275
O2' B 0, 0.140, 0.418, 0.696, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.418 std_dev=0.278
C1' B 0, 0.173, 0.452, 0.732, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.452 std_dev=0.279
OP1 A 0, 0.232, 0.513, 0.794, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.513 std_dev=0.281
OP2 B 0, 0.211, 0.506, 0.801, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.506 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.187, 0.487, 0.787, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.487 std_dev=0.300
N1 B 0, 0.184, 0.492, 0.800, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.492 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.201, 0.538, 0.875, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.538 std_dev=0.337
C2 B 0, 0.207, 0.560, 0.914, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.560 std_dev=0.353
C4 B 0, 0.227, 0.602, 0.976, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.602 std_dev=0.375
O2 B 0, 0.214, 0.589, 0.965, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.589 std_dev=0.375
N3 B 0, 0.230, 0.609, 0.988, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.609 std_dev=0.379
O4 B 0, 0.274, 0.673, 1.072, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.673 std_dev=0.399

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.02 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.00 0.14 0.06 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.09 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.14 0.05 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.15 0.07 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.08 0.00 0.15 0.08 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.15 0.05 0.06
N1 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.15 0.08 0.09
N2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.00 0.13 0.06 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00 0.13 0.05 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.16 0.07 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.13 0.04 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.08 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.10 0.03 0.03
O5' 0.03 0.06 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.01 0.06 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.16 0.10 0.11
OP1 0.11 0.14 0.10 0.09 0.14 0.08 0.15 0.04 0.15 0.15 0.15 0.13 0.13 0.16 0.13 0.10 0.08 0.10 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.03 0.07 0.02 0.09 0.00 0.10 0.06 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.05 0.06 0.08 0.06 0.12 0.10 0.07
C2 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.06
C2' 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.09 0.04 0.05 0.06 0.05 0.15 0.11 0.08
C3' 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.08 0.03 0.05 0.05 0.05 0.15 0.11 0.09
C4 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.11 0.08 0.05
C4' 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.03 0.05 0.06 0.05 0.13 0.10 0.08
C5 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.05
C5' 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.04 0.06 0.06 0.06 0.12 0.10 0.07
C6 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07 0.06
C8 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.06
N1 0.06 0.07 0.05 0.07 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.07 0.04 0.06 0.10 0.08 0.11 0.07 0.08 0.07
N2 0.05 0.05 0.04 0.04 0.07 0.07 0.07 0.11 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07
N3 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08 0.06
N7 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.05
N9 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.12 0.09 0.06
O2' 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.12 0.05 0.07 0.09 0.07 0.15 0.11 0.09
O3' 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.09 0.04 0.05 0.05 0.06 0.16 0.11 0.09
O4' 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.11 0.10 0.07
O5' 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07
O6 0.07 0.08 0.06 0.08 0.11 0.10 0.12 0.13 0.11 0.09 0.09 0.07 0.05 0.08 0.12 0.09 0.13 0.06 0.07 0.07
OP1 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.19 0.18 0.14
OP2 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.06 0.06 0.12 0.10 0.07
P 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.13 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.10 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.06 0.10 0.06
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.10 0.06
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.11 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.06 0.10 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.07
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.06 0.08 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.11 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.09 0.03 0.02 0.10 0.03 0.10 0.01 0.09 0.09 0.10 0.09 0.03 0.05 0.10 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.02 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.04 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00