ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51583

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.000, 0.330, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C1' B 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.000, 0.338, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C4' A 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.000, 0.367, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.367 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N3 B 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C4' B 0, 0.000, 0.451, 0.902, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.451 std_dev=0.451
C2 B 0, 0.000, 0.472, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.472 std_dev=0.472
C5' A 0, 0.000, 0.511, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.511 std_dev=0.511
O5' A 0, 0.000, 0.523, 1.046, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.523 std_dev=0.523
C4 B 0, 0.000, 0.561, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O3' A 0, 0.000, 0.618, 1.236, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.618 std_dev=0.618
O4 B 0, 0.000, 0.624, 1.247, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.624 std_dev=0.624
O2' B 0, 0.000, 0.636, 1.272, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.636 std_dev=0.636
P A 0, 0.000, 0.713, 1.425, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.713 std_dev=0.713
C5' B 0, 0.000, 0.734, 1.467, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.734 std_dev=0.734
OP2 A 0, 0.000, 0.745, 1.490, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.745 std_dev=0.745
OP2 B 0, 0.000, 0.750, 1.499, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.750 std_dev=0.750
P B 0, 0.000, 0.802, 1.604, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.802 std_dev=0.802
C3' B 0, 0.000, 0.803, 1.606, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.803 std_dev=0.803
OP1 B 0, 0.000, 0.842, 1.684, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.842 std_dev=0.842
C6 B 0, 0.000, 0.844, 1.687, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.844 std_dev=0.844
O5' B 0, 0.000, 0.849, 1.697, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.849 std_dev=0.849
O2 B 0, 0.000, 0.883, 1.766, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.883 std_dev=0.883
OP1 A 0, 0.000, 0.909, 1.818, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.909 std_dev=0.909
C5 B 0, 0.000, 0.949, 1.898, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.949 std_dev=0.949
O3' B 0, 0.000, 1.316, 2.631, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.316 std_dev=1.316

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.11 0.00 0.19 0.00 0.26 0.25 0.22
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.00
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.18 0.15 0.15 0.09 0.10 0.18 0.12 0.02 0.00 0.00 0.01 0.20 0.06 0.00 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.19 0.01 0.23 0.20 0.20
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.03 0.04 0.15 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.17 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.19 0.02 0.27 0.01 0.32 0.30 0.29
C5' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.22 0.20 0.17 0.09 0.09 0.24 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.18 0.00 0.12 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.21 0.02 0.29 0.00 0.38 0.37 0.34
C8 0.01 0.00 0.03 0.15 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.03 0.24 0.01 0.24 0.17 0.21
N1 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.01 0.25 0.00 0.34 0.33 0.29
N2 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.01 0.17 0.00 0.24 0.24 0.20
N3 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.01 0.15 0.01 0.20 0.18 0.16
N7 0.00 0.00 0.03 0.18 0.00 0.15 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.03 0.30 0.01 0.34 0.31 0.32
N9 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.15 0.01 0.16 0.10 0.13
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.12 0.10 0.01 0.02 0.00 0.09 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.00
O3' 0.03 0.11 0.02 0.00 0.13 0.02 0.19 0.01 0.21 0.17 0.17 0.07 0.07 0.22 0.10 0.09 0.00 0.02 0.04 0.25 0.13 0.07 0.08
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.09 0.06
O5' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.19 0.01 0.27 0.00 0.29 0.24 0.25 0.17 0.15 0.30 0.15 0.00 0.04 0.04 0.00 0.33 0.00 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.20 0.01 0.15 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.25 0.03 0.33 0.00 0.44 0.44 0.39
OP1 0.03 0.26 0.04 0.06 0.23 0.03 0.32 0.02 0.38 0.24 0.34 0.24 0.20 0.34 0.16 0.04 0.13 0.03 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.25 0.03 0.00 0.20 0.03 0.30 0.01 0.37 0.17 0.33 0.24 0.18 0.31 0.10 0.03 0.07 0.09 0.02 0.44 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.22 0.00 0.03 0.20 0.01 0.29 0.00 0.34 0.21 0.29 0.20 0.16 0.32 0.13 0.00 0.08 0.06 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.31 0.05 0.24 0.05 0.10 0.25 0.04 0.21 0.03 0.24 0.61 0.10 0.74 0.10 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01
C2 0.02 0.20 0.03 0.08 0.16 0.03 0.36 0.10 0.32 0.06 0.12 0.46 0.00 0.51 0.19 0.00 0.12 0.08 0.01 0.03
C2' 0.03 0.30 0.03 0.25 0.08 0.09 0.31 0.06 0.27 0.00 0.23 0.62 0.03 0.76 0.13 0.02 0.07 0.06 0.03 0.01
C3' 0.08 0.37 0.08 0.28 0.02 0.14 0.22 0.01 0.19 0.08 0.32 0.67 0.06 0.78 0.03 0.05 0.02 0.00 0.11 0.06
C4 0.02 0.26 0.01 0.14 0.10 0.06 0.31 0.09 0.26 0.01 0.20 0.55 0.08 0.60 0.17 0.01 0.11 0.07 0.01 0.03
C4' 0.04 0.32 0.03 0.24 0.00 0.09 0.23 0.04 0.20 0.04 0.27 0.60 0.04 0.73 0.05 0.01 0.05 0.03 0.08 0.03
C5 0.01 0.22 0.01 0.06 0.14 0.02 0.34 0.13 0.27 0.03 0.17 0.46 0.09 0.50 0.21 0.01 0.16 0.10 0.03 0.07
C5' 0.10 0.38 0.08 0.27 0.09 0.14 0.14 0.01 0.12 0.11 0.36 0.64 0.11 0.75 0.05 0.07 0.01 0.04 0.15 0.09
C6 0.03 0.15 0.05 0.03 0.21 0.02 0.40 0.17 0.31 0.07 0.09 0.35 0.06 0.38 0.28 0.00 0.21 0.14 0.06 0.11
C8 0.04 0.27 0.03 0.14 0.08 0.05 0.28 0.10 0.22 0.01 0.22 0.53 0.13 0.60 0.14 0.02 0.12 0.08 0.00 0.04
N1 0.04 0.14 0.06 0.02 0.23 0.02 0.43 0.16 0.36 0.10 0.07 0.34 0.01 0.38 0.27 0.01 0.19 0.12 0.04 0.09
N2 0.05 0.15 0.06 0.09 0.16 0.04 0.34 0.08 0.33 0.10 0.06 0.38 0.08 0.50 0.18 0.02 0.09 0.06 0.03 0.00
N3 0.02 0.27 0.01 0.16 0.11 0.07 0.31 0.06 0.26 0.01 0.18 0.57 0.04 0.63 0.16 0.01 0.08 0.05 0.03 0.00
N7 0.02 0.23 0.00 0.07 0.11 0.02 0.31 0.13 0.24 0.01 0.18 0.46 0.12 0.51 0.18 0.01 0.16 0.10 0.03 0.08
N9 0.04 0.29 0.03 0.18 0.07 0.07 0.28 0.07 0.23 0.02 0.23 0.58 0.11 0.66 0.13 0.02 0.09 0.06 0.03 0.02
O2' 0.10 0.17 0.09 0.17 0.17 0.02 0.40 0.16 0.37 0.11 0.11 0.49 0.12 0.68 0.21 0.15 0.16 0.17 0.07 0.11
O3' 0.02 0.32 0.00 0.23 0.00 0.09 0.25 0.05 0.23 0.03 0.28 0.60 0.06 0.72 0.04 0.01 0.04 0.03 0.10 0.04
O4' 0.05 0.29 0.04 0.24 0.03 0.09 0.24 0.04 0.20 0.03 0.24 0.58 0.10 0.73 0.09 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01
O5' 0.19 0.47 0.18 0.32 0.17 0.22 0.07 0.07 0.04 0.20 0.44 0.72 0.22 0.80 0.12 0.16 0.07 0.11 0.23 0.16
O6 0.04 0.09 0.07 0.10 0.25 0.06 0.41 0.21 0.30 0.09 0.04 0.25 0.06 0.28 0.34 0.01 0.26 0.17 0.11 0.15
OP1 0.24 0.50 0.22 0.36 0.23 0.28 0.00 0.13 0.02 0.25 0.48 0.74 0.25 0.83 0.18 0.23 0.13 0.19 0.30 0.23
OP2 0.27 0.52 0.26 0.34 0.26 0.28 0.04 0.13 0.07 0.28 0.51 0.74 0.33 0.79 0.22 0.26 0.13 0.21 0.32 0.24
P 0.22 0.48 0.20 0.33 0.21 0.25 0.01 0.11 0.02 0.23 0.47 0.71 0.26 0.79 0.17 0.21 0.10 0.16 0.27 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.06
C2 0.00 0.00 0.12 0.13 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.16 0.00 0.04 0.15 0.19 0.12 0.13
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.12 0.14 0.01 0.07 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.04 0.13 0.13
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.15 0.00 0.11 0.02 0.08 0.08 0.15 0.13 0.00 0.00 0.15 0.01 0.10 0.30 0.25 0.21
C4 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.09 0.00 0.01 0.17 0.10 0.01 0.08
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.06 0.07 0.03 0.11 0.04 0.09 0.01 0.01 0.13 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.11 0.11 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.07 0.00 0.05 0.11 0.03 0.20 0.04
C5' 0.01 0.12 0.12 0.02 0.17 0.00 0.17 0.00 0.14 0.10 0.15 0.09 0.03 0.07 0.18 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.14 0.08 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.24 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.15 0.00 0.01 0.07 0.07 0.05 0.01
N3 0.00 0.00 0.07 0.15 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.12 0.00 0.03 0.19 0.19 0.13 0.15
O2 0.01 0.00 0.25 0.13 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.19 0.00 0.07 0.16 0.27 0.22 0.18
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.24 0.11 0.28 0.03 0.25 0.15 0.16 0.06 0.00 0.07 0.26 0.08 0.17 0.02 0.20 0.14
O3' 0.24 0.16 0.01 0.00 0.09 0.04 0.07 0.07 0.09 0.15 0.12 0.19 0.07 0.00 0.09 0.18 0.14 0.54 0.35 0.32
O4 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.09 0.00 0.01 0.17 0.08 0.01 0.08
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.03 0.07 0.08 0.18 0.01 0.00 0.05 0.00 0.14 0.10
O5' 0.04 0.15 0.18 0.10 0.17 0.01 0.11 0.00 0.04 0.07 0.19 0.16 0.17 0.14 0.17 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.19 0.04 0.30 0.10 0.13 0.03 0.03 0.06 0.07 0.19 0.27 0.02 0.54 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.12 0.13 0.25 0.01 0.03 0.20 0.01 0.24 0.05 0.13 0.22 0.20 0.35 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.13 0.21 0.08 0.03 0.04 0.00 0.10 0.01 0.15 0.18 0.14 0.32 0.08 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00