ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51592

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 6, 5, 6, 7, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.038 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.011, 0.035, 0.060, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.013, 0.044, 0.074, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.044 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.017, 0.048, 0.079, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.048 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.056, 0.176, 0.295, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.176 std_dev=0.119
O4' A 0, 0.032, 0.152, 0.273, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.152 std_dev=0.120
C4 B 0, 0.242, 0.439, 0.635, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.439 std_dev=0.197
C4' A 0, 0.095, 0.299, 0.503, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.299 std_dev=0.204
C2' B 0, 0.264, 0.469, 0.673, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.469 std_dev=0.205
C5 B 0, 0.293, 0.507, 0.722, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.507 std_dev=0.215
N9 B 0, 0.279, 0.499, 0.719, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.499 std_dev=0.220
N3 B 0, 0.323, 0.547, 0.772, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.547 std_dev=0.224
N7 B 0, 0.478, 0.720, 0.962, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.720 std_dev=0.242
C8 B 0, 0.457, 0.705, 0.953, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.705 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.344, 0.594, 0.844, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.594 std_dev=0.250
O2' A 0, 0.040, 0.290, 0.540, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.290 std_dev=0.250
C2 B 0, 0.397, 0.648, 0.898, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.648 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.249, 0.519, 0.788, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.519 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.220, 0.497, 0.774, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.497 std_dev=0.277
C3' A 0, 0.049, 0.333, 0.617, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.333 std_dev=0.284
C5' A 0, 0.165, 0.464, 0.764, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.464 std_dev=0.300
N6 B 0, 0.258, 0.599, 0.939, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.599 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.112, 0.574, 1.035, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.574 std_dev=0.461
O2' B 0, 0.211, 0.704, 1.197, 2.471 max_d=2.471 avg_d=0.704 std_dev=0.493
O4' B 0, 0.192, 0.732, 1.271, 2.627 max_d=2.627 avg_d=0.732 std_dev=0.540
O3' B 0, 0.103, 0.655, 1.206, 2.665 max_d=2.665 avg_d=0.655 std_dev=0.551
O3' A 0, 0.001, 0.561, 1.120, 2.939 max_d=2.939 avg_d=0.561 std_dev=0.559
O5' A 0, 0.032, 0.600, 1.167, 2.960 max_d=2.960 avg_d=0.600 std_dev=0.568
C4' B 0, 0.148, 0.791, 1.434, 3.147 max_d=3.147 avg_d=0.791 std_dev=0.643
P A 0, -0.041, 0.705, 1.451, 3.423 max_d=3.423 avg_d=0.705 std_dev=0.746
OP1 A 0, 0.076, 0.989, 1.901, 4.172 max_d=4.172 avg_d=0.989 std_dev=0.912
C5' B 0, 0.120, 1.100, 2.080, 4.721 max_d=4.721 avg_d=1.100 std_dev=0.980
OP2 A 0, -0.282, 0.813, 1.907, 5.482 max_d=5.482 avg_d=0.813 std_dev=1.094
O5' B 0, 0.156, 1.533, 2.910, 6.395 max_d=6.395 avg_d=1.533 std_dev=1.377
P B 0, 0.210, 2.050, 3.890, 7.710 max_d=7.710 avg_d=2.050 std_dev=1.840
OP2 B 0, 0.618, 2.608, 4.598, 8.323 max_d=8.323 avg_d=2.608 std_dev=1.990
OP1 B 0, 0.870, 2.984, 5.098, 10.027 max_d=10.027 avg_d=2.984 std_dev=2.114

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.17 0.19 0.21 0.12
C2 0.04 0.00 0.15 0.17 0.01 0.06 0.02 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.22 0.20 0.05 0.33 0.28 0.51 0.30
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.10 0.08 0.07 0.12 0.14 0.07 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.24 0.29 0.20 0.20
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.14 0.01 0.17 0.02 0.18 0.18 0.18 0.15 0.18 0.19 0.12 0.02 0.01 0.02 0.24 0.34 0.16 0.21
C4 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.15 0.03 0.35 0.28 0.50 0.31
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.11 0.06 0.06 0.09 0.11 0.06 0.16 0.02 0.01 0.02 0.16 0.16 0.05
C5 0.01 0.02 0.06 0.17 0.01 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.20 0.04 0.45 0.39 0.68 0.44
C5' 0.07 0.14 0.10 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.21 0.22 0.18 0.12 0.24 0.24 0.15 0.10 0.13 0.02 0.01 0.20 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.22 0.05 0.46 0.42 0.74 0.47
C8 0.03 0.02 0.07 0.18 0.01 0.11 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.23 0.05 0.47 0.38 0.62 0.43
N1 0.03 0.00 0.12 0.18 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.20 0.05 0.40 0.36 0.65 0.40
N3 0.04 0.00 0.14 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.05 0.28 0.24 0.42 0.25
N6 0.02 0.02 0.07 0.18 0.01 0.09 0.02 0.24 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.20 0.25 0.06 0.51 0.50 0.85 0.55
N7 0.02 0.02 0.06 0.19 0.01 0.11 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.15 0.26 0.05 0.52 0.47 0.78 0.53
N9 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.12 0.02 0.33 0.26 0.42 0.27
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.16 0.16 0.17 0.10 0.20 0.12 0.21 0.20 0.20 0.15 0.10 0.00 0.13 0.11 0.17 0.27 0.21 0.17
O3' 0.13 0.20 0.02 0.01 0.15 0.02 0.20 0.13 0.22 0.23 0.20 0.19 0.25 0.26 0.12 0.13 0.00 0.11 0.27 0.43 0.29 0.30
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.11 0.11 0.00 0.17 0.22 0.26 0.20
O5' 0.17 0.33 0.24 0.24 0.35 0.02 0.45 0.01 0.46 0.47 0.40 0.28 0.51 0.52 0.33 0.17 0.27 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.28 0.29 0.34 0.28 0.16 0.39 0.20 0.42 0.38 0.36 0.24 0.50 0.47 0.26 0.27 0.43 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.51 0.20 0.16 0.50 0.16 0.68 0.26 0.74 0.62 0.65 0.42 0.85 0.78 0.42 0.21 0.29 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.30 0.20 0.21 0.31 0.05 0.44 0.02 0.47 0.43 0.40 0.25 0.55 0.53 0.27 0.17 0.30 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.32 0.26 0.29 0.20 0.22 0.20 0.35 0.20 0.26 0.24 0.30 0.24 0.27 0.22 0.33 0.25 0.29 0.57 0.56 0.80 0.55
C2 0.18 0.33 0.24 0.34 0.17 0.23 0.23 0.49 0.20 0.29 0.25 0.25 0.31 0.34 0.19 0.29 0.20 0.21 0.89 1.07 1.35 1.04
C2' 0.27 0.34 0.21 0.26 0.19 0.18 0.20 0.35 0.21 0.28 0.26 0.31 0.25 0.29 0.22 0.33 0.21 0.26 0.64 0.60 0.87 0.64
C3' 0.23 0.31 0.24 0.28 0.15 0.18 0.17 0.35 0.17 0.25 0.23 0.28 0.22 0.26 0.17 0.33 0.22 0.21 0.67 0.63 0.86 0.65
C4 0.19 0.33 0.23 0.35 0.15 0.24 0.19 0.49 0.15 0.28 0.23 0.27 0.23 0.31 0.19 0.32 0.21 0.20 0.85 0.91 1.19 0.93
C4' 0.28 0.31 0.22 0.21 0.20 0.18 0.19 0.26 0.20 0.24 0.25 0.30 0.22 0.23 0.22 0.33 0.22 0.27 0.49 0.52 0.64 0.42
C5 0.17 0.32 0.21 0.41 0.13 0.34 0.15 0.62 0.11 0.31 0.25 0.24 0.17 0.33 0.18 0.36 0.26 0.22 1.03 1.15 1.40 1.16
C5' 0.30 0.34 0.31 0.27 0.26 0.23 0.25 0.33 0.26 0.27 0.30 0.33 0.26 0.26 0.26 0.39 0.22 0.24 0.56 0.66 0.66 0.49
C6 0.18 0.32 0.21 0.42 0.16 0.36 0.19 0.66 0.15 0.33 0.29 0.24 0.18 0.36 0.21 0.35 0.27 0.25 1.10 1.34 1.59 1.31
C8 0.19 0.28 0.21 0.41 0.13 0.33 0.15 0.57 0.14 0.29 0.22 0.25 0.17 0.28 0.18 0.41 0.27 0.19 0.90 0.87 1.08 0.92
N1 0.18 0.32 0.22 0.39 0.17 0.30 0.22 0.58 0.17 0.32 0.28 0.24 0.25 0.36 0.20 0.30 0.23 0.22 1.02 1.26 1.53 1.22
N3 0.20 0.34 0.25 0.32 0.17 0.21 0.22 0.44 0.21 0.28 0.24 0.27 0.30 0.32 0.20 0.29 0.21 0.23 0.79 0.90 1.19 0.89
N6 0.22 0.32 0.22 0.46 0.19 0.45 0.21 0.76 0.22 0.36 0.32 0.24 0.24 0.38 0.24 0.39 0.34 0.33 1.24 1.57 1.80 1.53
N7 0.18 0.29 0.21 0.45 0.12 0.41 0.13 0.69 0.14 0.32 0.24 0.23 0.17 0.31 0.18 0.43 0.32 0.26 1.09 1.15 1.37 1.20
N9 0.22 0.31 0.24 0.34 0.16 0.23 0.18 0.45 0.17 0.28 0.22 0.27 0.21 0.29 0.20 0.34 0.22 0.21 0.75 0.74 1.00 0.77
O2' 0.29 0.37 0.29 0.28 0.24 0.22 0.25 0.31 0.27 0.28 0.30 0.35 0.32 0.30 0.24 0.35 0.26 0.31 0.51 0.55 0.80 0.52
O3' 0.36 0.42 0.27 0.31 0.31 0.28 0.30 0.39 0.29 0.37 0.34 0.41 0.32 0.38 0.32 0.36 0.28 0.37 0.66 0.71 0.92 0.67
O4' 0.28 0.30 0.23 0.27 0.20 0.23 0.21 0.30 0.22 0.25 0.26 0.28 0.24 0.25 0.22 0.32 0.30 0.30 0.45 0.47 0.64 0.39
O5' 0.30 0.40 0.47 0.49 0.36 0.41 0.39 0.57 0.40 0.39 0.40 0.39 0.43 0.42 0.33 0.41 0.41 0.30 0.74 0.76 0.90 0.74
OP1 0.34 0.33 0.40 0.42 0.29 0.47 0.30 0.62 0.31 0.31 0.32 0.33 0.33 0.33 0.29 0.46 0.41 0.39 0.63 0.97 1.00 0.73
OP2 0.56 0.57 0.63 0.84 0.62 0.90 0.70 1.19 0.69 0.74 0.63 0.55 0.74 0.77 0.63 0.50 0.72 0.74 1.33 1.32 1.48 1.36
P 0.37 0.38 0.49 0.64 0.38 0.65 0.41 0.83 0.41 0.44 0.39 0.38 0.44 0.45 0.39 0.35 0.63 0.50 0.89 0.96 1.05 0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.26 0.51 0.58 0.23
C2 0.05 0.00 0.25 0.21 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.19 0.21 0.53 0.79 0.91 0.52
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.13 0.02 0.06 0.11 0.11 0.15 0.20 0.25 0.09 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.33 0.47 0.46 0.24
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.17 0.01 0.19 0.03 0.21 0.18 0.22 0.18 0.23 0.20 0.12 0.02 0.01 0.02 0.38 0.47 0.34 0.24
C4 0.02 0.01 0.13 0.17 0.00 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.11 0.54 0.77 0.90 0.52
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.18 0.09 0.11 0.13 0.17 0.08 0.18 0.03 0.00 0.02 0.37 0.42 0.19
C5 0.02 0.01 0.06 0.19 0.01 0.10 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.09 0.05 0.68 0.98 1.13 0.74
C5' 0.08 0.25 0.11 0.03 0.23 0.01 0.30 0.00 0.31 0.33 0.28 0.22 0.35 0.36 0.21 0.09 0.14 0.02 0.01 0.28 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.21 0.01 0.10 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.12 0.09 0.69 1.03 1.20 0.79
C8 0.02 0.01 0.15 0.18 0.01 0.18 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.13 0.12 0.70 0.96 1.05 0.72
N1 0.04 0.00 0.20 0.22 0.01 0.09 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.16 0.62 0.92 1.08 0.67
N3 0.04 0.00 0.25 0.18 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.20 0.46 0.70 0.80 0.42
N6 0.02 0.01 0.09 0.23 0.01 0.13 0.01 0.35 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.17 0.13 0.07 0.76 1.17 1.36 0.92
N7 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.17 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.13 0.07 0.77 1.13 1.25 0.88
N9 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.08 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.07 0.01 0.50 0.70 0.80 0.45
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.09 0.18 0.15 0.09 0.13 0.30 0.15 0.21 0.17 0.28 0.12 0.00 0.06 0.12 0.19 0.62 0.54 0.33
O3' 0.17 0.19 0.03 0.01 0.10 0.03 0.09 0.14 0.12 0.13 0.15 0.19 0.13 0.13 0.07 0.06 0.00 0.12 0.30 0.63 0.47 0.28
O4' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.02 0.09 0.12 0.16 0.20 0.07 0.07 0.01 0.12 0.12 0.00 0.17 0.47 0.60 0.29
O5' 0.26 0.53 0.33 0.38 0.54 0.02 0.68 0.01 0.69 0.70 0.62 0.46 0.76 0.77 0.50 0.19 0.30 0.17 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.51 0.79 0.47 0.47 0.77 0.37 0.98 0.28 1.03 0.96 0.92 0.70 1.17 1.13 0.70 0.62 0.63 0.47 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.58 0.91 0.46 0.34 0.90 0.42 1.13 0.40 1.20 1.05 1.08 0.80 1.36 1.25 0.80 0.54 0.47 0.60 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.52 0.24 0.24 0.52 0.19 0.74 0.02 0.79 0.72 0.67 0.42 0.92 0.88 0.45 0.33 0.28 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00