ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51593

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 4, 6, 1, 5, 2, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.001, 0.017, 0.034, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.017 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.001, 0.025, 0.048, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.025 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.010, 0.033, 0.057, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.020, 0.047, 0.073, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.047 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.012, 0.039, 0.067, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.015, 0.047, 0.080, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.047 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.069, 0.198, 0.328, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.198 std_dev=0.129
C2' A 0, 0.087, 0.245, 0.403, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.245 std_dev=0.158
C4' A 0, 0.185, 0.372, 0.559, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.372 std_dev=0.187
O2' A 0, 0.125, 0.388, 0.650, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.388 std_dev=0.262
C3' A 0, 0.181, 0.446, 0.710, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.446 std_dev=0.264
N9 B 0, 0.316, 0.637, 0.959, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.637 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.223, 0.545, 0.868, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.545 std_dev=0.323
C8 B 0, 0.357, 0.680, 1.004, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.680 std_dev=0.323
C4 B 0, 0.221, 0.548, 0.876, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.548 std_dev=0.328
C5' A 0, 0.267, 0.598, 0.930, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.598 std_dev=0.331
N7 B 0, 0.285, 0.626, 0.968, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.626 std_dev=0.341
N1 B 0, 0.226, 0.571, 0.916, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.571 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.179, 0.532, 0.886, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.532 std_dev=0.353
C2 B 0, 0.230, 0.585, 0.940, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.585 std_dev=0.355
N3 B 0, 0.185, 0.557, 0.928, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.557 std_dev=0.371
C1' B 0, 0.366, 0.740, 1.113, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.740 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.333, 0.714, 1.096, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.714 std_dev=0.381
O5' A 0, 0.390, 0.783, 1.175, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.783 std_dev=0.393
N6 B 0, 0.153, 0.567, 0.980, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.567 std_dev=0.413
C3' B 0, 0.395, 0.825, 1.255, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.825 std_dev=0.430
O4' B 0, 0.431, 0.876, 1.322, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.876 std_dev=0.445
O2' B 0, 0.355, 0.813, 1.272, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.813 std_dev=0.458
O3' A 0, 0.220, 0.691, 1.162, 2.798 max_d=2.798 avg_d=0.691 std_dev=0.471
O3' B 0, 0.443, 0.929, 1.416, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.929 std_dev=0.487
P A 0, 0.425, 0.914, 1.403, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.914 std_dev=0.489
C4' B 0, 0.444, 0.970, 1.496, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.970 std_dev=0.526
OP2 A 0, 0.482, 1.017, 1.552, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.017 std_dev=0.535
OP1 A 0, 0.491, 1.056, 1.620, 2.369 max_d=2.369 avg_d=1.056 std_dev=0.565
C5' B 0, 0.459, 1.114, 1.768, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.114 std_dev=0.654
O5' B 0, 0.651, 1.413, 2.175, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.413 std_dev=0.762
P B 0, 0.971, 2.311, 3.651, 5.075 max_d=5.075 avg_d=2.311 std_dev=1.340
OP2 B 0, 1.830, 3.240, 4.650, 5.975 max_d=5.975 avg_d=3.240 std_dev=1.410
OP1 B 0, 0.923, 2.427, 3.931, 5.123 max_d=5.123 avg_d=2.427 std_dev=1.504

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.09 0.08 0.23 0.12
C2 0.05 0.00 0.15 0.18 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.23 0.05 0.18 0.20 0.36 0.23
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.06 0.09 0.07 0.13 0.15 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.18 0.23 0.14
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.15 0.00 0.18 0.02 0.20 0.19 0.19 0.16 0.22 0.21 0.12 0.02 0.01 0.01 0.16 0.23 0.17 0.12
C4 0.03 0.01 0.08 0.15 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.13 0.02 0.18 0.19 0.34 0.22
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.11 0.06 0.13 0.02 0.00 0.02 0.11 0.15 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.18 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.02 0.24 0.27 0.40 0.29
C5' 0.03 0.09 0.06 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.16 0.12 0.07 0.18 0.18 0.09 0.08 0.09 0.02 0.01 0.11 0.15 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.20 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.17 0.03 0.25 0.30 0.43 0.31
C8 0.02 0.02 0.07 0.19 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.16 0.05 0.23 0.24 0.33 0.25
N1 0.05 0.01 0.13 0.19 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.21 0.20 0.04 0.22 0.26 0.41 0.28
N3 0.05 0.01 0.15 0.16 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.22 0.05 0.16 0.15 0.32 0.19
N6 0.03 0.01 0.08 0.22 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.20 0.04 0.28 0.36 0.48 0.36
N7 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.18 0.04 0.27 0.31 0.41 0.32
N9 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.16 0.15 0.29 0.19
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.15 0.13 0.15 0.08 0.18 0.09 0.21 0.21 0.18 0.12 0.09 0.00 0.06 0.09 0.08 0.16 0.23 0.09
O3' 0.12 0.23 0.02 0.01 0.13 0.02 0.15 0.09 0.17 0.16 0.20 0.22 0.20 0.18 0.07 0.06 0.00 0.08 0.20 0.39 0.26 0.23
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.09 0.08 0.00 0.08 0.08 0.21 0.12
O5' 0.09 0.18 0.16 0.16 0.18 0.02 0.24 0.01 0.25 0.23 0.22 0.16 0.28 0.27 0.16 0.08 0.20 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.08 0.20 0.18 0.23 0.19 0.11 0.27 0.11 0.30 0.24 0.26 0.15 0.36 0.31 0.15 0.16 0.39 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.36 0.23 0.17 0.34 0.15 0.40 0.15 0.43 0.33 0.41 0.32 0.48 0.41 0.29 0.23 0.26 0.21 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.14 0.12 0.22 0.02 0.29 0.02 0.31 0.25 0.28 0.19 0.36 0.32 0.19 0.09 0.23 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.47 0.20 0.21 0.25 0.22 0.20 0.34 0.26 0.18 0.38 0.41 0.25 0.19 0.18 0.31 0.19 0.18 0.54 0.59 1.08 0.61
C2 0.18 0.33 0.20 0.24 0.16 0.30 0.16 0.53 0.18 0.25 0.32 0.25 0.21 0.26 0.17 0.26 0.22 0.21 0.73 1.02 1.61 1.05
C2' 0.18 0.51 0.18 0.15 0.25 0.16 0.22 0.30 0.31 0.18 0.44 0.41 0.30 0.20 0.16 0.30 0.16 0.14 0.59 0.60 1.17 0.68
C3' 0.15 0.43 0.17 0.08 0.18 0.08 0.18 0.22 0.26 0.20 0.37 0.35 0.27 0.21 0.12 0.32 0.13 0.08 0.57 0.56 1.08 0.58
C4 0.18 0.41 0.21 0.24 0.20 0.29 0.17 0.49 0.25 0.21 0.39 0.32 0.25 0.21 0.16 0.27 0.22 0.20 0.69 0.87 1.46 0.94
C4' 0.18 0.34 0.17 0.09 0.17 0.08 0.15 0.16 0.20 0.18 0.28 0.30 0.20 0.18 0.14 0.32 0.14 0.11 0.46 0.52 0.83 0.39
C5 0.21 0.38 0.24 0.28 0.21 0.35 0.18 0.57 0.29 0.21 0.39 0.31 0.30 0.20 0.18 0.27 0.27 0.24 0.76 1.03 1.61 1.09
C5' 0.23 0.27 0.24 0.11 0.18 0.12 0.18 0.14 0.20 0.24 0.23 0.24 0.21 0.23 0.20 0.36 0.16 0.16 0.44 0.59 0.69 0.31
C6 0.21 0.35 0.24 0.29 0.19 0.37 0.16 0.61 0.27 0.24 0.37 0.27 0.30 0.21 0.18 0.26 0.29 0.26 0.80 1.20 1.76 1.21
C8 0.24 0.42 0.28 0.29 0.29 0.33 0.24 0.48 0.30 0.20 0.39 0.39 0.29 0.21 0.21 0.31 0.27 0.25 0.67 0.76 1.31 0.86
N1 0.19 0.33 0.22 0.27 0.16 0.34 0.15 0.58 0.20 0.25 0.34 0.24 0.22 0.25 0.18 0.25 0.25 0.23 0.78 1.17 1.73 1.17
N3 0.17 0.38 0.19 0.22 0.17 0.27 0.17 0.48 0.21 0.23 0.35 0.28 0.24 0.25 0.16 0.26 0.21 0.18 0.68 0.88 1.47 0.93
N6 0.23 0.33 0.26 0.33 0.20 0.42 0.19 0.66 0.30 0.25 0.37 0.26 0.36 0.21 0.20 0.27 0.33 0.30 0.86 1.36 1.88 1.34
N7 0.24 0.39 0.28 0.32 0.26 0.39 0.24 0.57 0.32 0.21 0.38 0.34 0.33 0.21 0.21 0.30 0.31 0.28 0.77 0.98 1.54 1.07
N9 0.20 0.45 0.22 0.24 0.25 0.27 0.20 0.43 0.27 0.19 0.39 0.39 0.25 0.20 0.17 0.29 0.22 0.20 0.63 0.71 1.27 0.79
O2' 0.20 0.53 0.18 0.16 0.28 0.16 0.26 0.29 0.34 0.20 0.47 0.44 0.34 0.23 0.19 0.31 0.15 0.17 0.53 0.61 1.06 0.60
O3' 0.19 0.56 0.19 0.08 0.27 0.08 0.25 0.19 0.35 0.21 0.50 0.45 0.35 0.23 0.17 0.34 0.17 0.11 0.58 0.61 1.07 0.57
O4' 0.17 0.35 0.17 0.18 0.18 0.16 0.15 0.25 0.19 0.17 0.27 0.32 0.19 0.17 0.14 0.30 0.20 0.14 0.47 0.52 0.87 0.45
O5' 0.19 0.27 0.24 0.07 0.18 0.06 0.23 0.16 0.25 0.28 0.27 0.23 0.28 0.28 0.19 0.33 0.03 0.11 0.55 0.60 0.86 0.48
OP1 0.06 0.23 0.12 0.03 0.14 0.12 0.20 0.24 0.23 0.20 0.23 0.19 0.27 0.24 0.10 0.20 0.02 0.08 0.33 0.91 0.55 0.39
OP2 0.12 0.36 0.08 0.09 0.29 0.23 0.36 0.38 0.40 0.31 0.40 0.31 0.45 0.38 0.22 0.10 0.02 0.20 0.53 0.73 0.90 0.64
P 0.05 0.27 0.11 0.02 0.18 0.10 0.23 0.22 0.27 0.23 0.27 0.22 0.30 0.26 0.13 0.17 0.01 0.06 0.43 0.71 0.66 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.21 0.46 0.36 0.14
C2 0.03 0.00 0.15 0.22 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.25 0.03 0.41 0.60 0.95 0.47
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.04 0.08 0.06 0.12 0.15 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.49 0.40 0.12
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.16 0.01 0.16 0.02 0.19 0.15 0.21 0.20 0.20 0.16 0.10 0.03 0.01 0.02 0.38 0.48 0.46 0.22
C4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.02 0.42 0.59 0.90 0.48
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.15 0.12 0.09 0.17 0.17 0.09 0.09 0.02 0.01 0.02 0.57 0.24 0.27
C5 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.14 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.17 0.03 0.53 0.80 1.19 0.73
C5' 0.07 0.24 0.04 0.02 0.25 0.01 0.33 0.00 0.34 0.32 0.30 0.20 0.39 0.37 0.21 0.07 0.07 0.02 0.01 0.28 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.14 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.21 0.03 0.54 0.86 1.29 0.78
C8 0.02 0.02 0.06 0.15 0.01 0.15 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.16 0.05 0.52 0.76 1.03 0.68
N1 0.03 0.00 0.12 0.21 0.01 0.12 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.24 0.03 0.49 0.74 1.16 0.65
N3 0.03 0.00 0.15 0.20 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.04 0.36 0.53 0.79 0.36
N6 0.02 0.01 0.06 0.20 0.01 0.17 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.22 0.04 0.60 1.02 1.47 0.93
N7 0.02 0.01 0.04 0.16 0.01 0.17 0.00 0.37 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.18 0.05 0.59 0.95 1.30 0.86
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.02 0.39 0.53 0.75 0.40
O2' 0.01 0.18 0.00 0.03 0.09 0.09 0.08 0.07 0.11 0.04 0.15 0.16 0.10 0.04 0.03 0.00 0.06 0.07 0.12 0.79 0.21 0.38
O3' 0.03 0.25 0.02 0.01 0.16 0.02 0.17 0.07 0.21 0.16 0.24 0.22 0.22 0.18 0.09 0.06 0.00 0.04 0.33 0.72 0.42 0.26
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.04 0.00 0.15 0.49 0.24 0.24
O5' 0.21 0.41 0.27 0.38 0.42 0.02 0.53 0.01 0.54 0.52 0.49 0.36 0.60 0.59 0.39 0.12 0.33 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 0.60 0.49 0.48 0.59 0.57 0.80 0.28 0.86 0.76 0.74 0.53 1.02 0.95 0.53 0.79 0.72 0.49 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.95 0.40 0.46 0.90 0.24 1.19 0.31 1.29 1.03 1.16 0.79 1.47 1.30 0.75 0.21 0.42 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.47 0.12 0.22 0.48 0.27 0.73 0.02 0.78 0.68 0.65 0.36 0.93 0.86 0.40 0.38 0.26 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00