Doublet Group distance statistics: 51596

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 4, 4, 5, 3, 4, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N6	A	0, 0.011, 0.033, 0.056, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N7	A	0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.011, 0.042, 0.072, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.042 std_dev=0.030
O4'	A	0, 0.091, 0.238, 0.385, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.238 std_dev=0.147
C2'	A	0, 0.122, 0.299, 0.475, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.299 std_dev=0.176
C6	B	0, 0.279, 0.468, 0.657, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.468 std_dev=0.189
N1	B	0, 0.293, 0.485, 0.677, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.485 std_dev=0.192
C4'	A	0, 0.187, 0.387, 0.587, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.387 std_dev=0.200
C5	B	0, 0.275, 0.501, 0.726, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.501 std_dev=0.226
C2	B	0, 0.268, 0.499, 0.731, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.499 std_dev=0.231
C3'	A	0, 0.243, 0.489, 0.734, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.489 std_dev=0.245
C4	B	0, 0.348, 0.594, 0.839, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.594 std_dev=0.246
O2'	A	0, 0.238, 0.486, 0.733, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.486 std_dev=0.247
N3	B	0, 0.303, 0.589, 0.875, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.589 std_dev=0.286
N7	B	0, 0.402, 0.701, 1.000, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.701 std_dev=0.299
N6	B	0, 0.327, 0.640, 0.953, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.640 std_dev=0.313
N9	B	0, 0.526, 0.857, 1.189, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.857 std_dev=0.332
C8	B	0, 0.518, 0.873, 1.228, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.873 std_dev=0.355
C5'	A	0, 0.362, 0.731, 1.100, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.731 std_dev=0.369
O3'	A	0, 0.361, 0.745, 1.128, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.745 std_dev=0.384
C2'	B	0, 0.759, 1.166, 1.572, 2.042 max_d=2.042 avg_d=1.166 std_dev=0.407
C1'	B	0, 0.749, 1.173, 1.597, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.173 std_dev=0.424
O5'	A	0, 0.533, 0.983, 1.433, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.983 std_dev=0.450
O2'	B	0, 0.929, 1.379, 1.830, 2.425 max_d=2.425 avg_d=1.379 std_dev=0.450
O4'	B	0, 0.882, 1.435, 1.987, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.435 std_dev=0.552
C3'	B	0, 0.743, 1.317, 1.891, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.317 std_dev=0.574
P	A	0, 0.719, 1.312, 1.906, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.312 std_dev=0.593
O3'	B	0, 0.745, 1.371, 1.997, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.371 std_dev=0.626
OP1	A	0, 0.801, 1.460, 2.120, 2.988 max_d=2.988 avg_d=1.460 std_dev=0.659
C4'	B	0, 0.868, 1.570, 2.272, 3.189 max_d=3.189 avg_d=1.570 std_dev=0.702
OP2	A	0, 0.767, 1.485, 2.202, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.485 std_dev=0.717
O5'	B	0, 2.012, 2.790, 3.568, 4.350 max_d=4.350 avg_d=2.790 std_dev=0.778
C5'	B	0, 0.831, 1.751, 2.671, 3.780 max_d=3.780 avg_d=1.751 std_dev=0.920
P	B	0, 2.258, 3.330, 4.402, 5.096 max_d=5.096 avg_d=3.330 std_dev=1.072
OP1	B	0, 2.902, 4.129, 5.357, 6.073 max_d=6.073 avg_d=4.129 std_dev=1.228
OP2	B	0, 1.655, 3.068, 4.480, 5.464 max_d=5.464 avg_d=3.068 std_dev=1.413

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.10	0.11	0.17	0.09
C2	0.03	0.00	0.10	0.11	0.01	0.04	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.16	0.14	0.04	0.23	0.24	0.38	0.26
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.06	0.02	0.05	0.03	0.07	0.07	0.08	0.10	0.07	0.07	0.03	0.00	0.02	0.01	0.15	0.20	0.16	0.14
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.08	0.00	0.10	0.03	0.11	0.13	0.11	0.10	0.12	0.13	0.07	0.02	0.01	0.02	0.21	0.26	0.17	0.19
C4	0.02	0.01	0.06	0.08	0.00	0.05	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.09	0.08	0.03	0.23	0.24	0.34	0.25
C4'	0.01	0.04	0.02	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.08	0.12	0.05	0.04	0.10	0.12	0.05	0.07	0.02	0.00	0.02	0.11	0.12	0.03
C5	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.08	0.00	0.20	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.11	0.03	0.30	0.33	0.44	0.34
C5'	0.04	0.11	0.03	0.03	0.14	0.01	0.20	0.00	0.21	0.23	0.16	0.09	0.25	0.26	0.13	0.07	0.04	0.01	0.01	0.11	0.16	0.02
C6	0.02	0.01	0.07	0.11	0.01	0.08	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.12	0.04	0.31	0.36	0.48	0.37
C8	0.02	0.01	0.07	0.13	0.01	0.12	0.01	0.23	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.05	0.14	0.05	0.29	0.30	0.35	0.30
N1	0.03	0.00	0.08	0.11	0.01	0.05	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.14	0.13	0.04	0.28	0.32	0.45	0.33
N3	0.03	0.00	0.10	0.10	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.13	0.04	0.20	0.20	0.32	0.21
N6	0.02	0.01	0.07	0.12	0.01	0.10	0.01	0.25	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.11	0.14	0.05	0.34	0.43	0.55	0.43
N7	0.01	0.01	0.07	0.13	0.01	0.12	0.00	0.26	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.06	0.15	0.04	0.34	0.38	0.46	0.39
N9	0.01	0.01	0.03	0.07	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.06	0.02	0.21	0.20	0.27	0.20
O2'	0.01	0.16	0.00	0.02	0.09	0.07	0.08	0.07	0.11	0.05	0.14	0.15	0.11	0.06	0.03	0.00	0.05	0.06	0.08	0.17	0.14	0.08
O3'	0.02	0.14	0.02	0.01	0.08	0.02	0.11	0.04	0.12	0.14	0.13	0.13	0.14	0.15	0.06	0.05	0.00	0.02	0.23	0.34	0.24	0.25
O4'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.01	0.04	0.05	0.04	0.04	0.05	0.04	0.02	0.06	0.02	0.00	0.13	0.11	0.21	0.13
O5'	0.10	0.23	0.15	0.21	0.23	0.02	0.30	0.01	0.31	0.29	0.28	0.20	0.34	0.34	0.21	0.08	0.23	0.13	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.11	0.24	0.20	0.26	0.24	0.11	0.33	0.11	0.36	0.30	0.32	0.20	0.43	0.38	0.20	0.17	0.34	0.11	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.17	0.38	0.16	0.17	0.34	0.12	0.44	0.16	0.48	0.35	0.45	0.32	0.55	0.46	0.27	0.14	0.24	0.21	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.26	0.14	0.19	0.25	0.03	0.34	0.02	0.37	0.30	0.33	0.21	0.43	0.39	0.20	0.08	0.25	0.13	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.24	0.26	0.22	0.18	0.19	0.18	0.20	0.23	0.21	0.25	0.25	0.21	0.23	0.23	0.22	0.35	0.17	0.21	0.59	0.43	0.91	0.60
C2	0.20	0.24	0.17	0.25	0.20	0.28	0.29	0.51	0.28	0.33	0.18	0.21	0.41	0.39	0.23	0.29	0.22	0.24	0.79	0.80	1.29	1.04
C2'	0.20	0.25	0.19	0.16	0.17	0.15	0.19	0.25	0.21	0.22	0.25	0.21	0.23	0.22	0.19	0.33	0.17	0.16	0.62	0.43	1.01	0.65
C3'	0.16	0.26	0.17	0.20	0.13	0.19	0.13	0.29	0.16	0.19	0.22	0.22	0.17	0.18	0.14	0.27	0.23	0.15	0.60	0.40	0.96	0.59
C4	0.19	0.20	0.17	0.25	0.19	0.27	0.23	0.47	0.20	0.29	0.16	0.18	0.24	0.30	0.22	0.25	0.22	0.23	0.75	0.66	1.18	0.91
C4'	0.18	0.31	0.18	0.15	0.15	0.15	0.13	0.15	0.17	0.19	0.26	0.25	0.17	0.16	0.15	0.29	0.17	0.16	0.48	0.43	0.73	0.41
C5	0.25	0.21	0.21	0.35	0.21	0.40	0.24	0.63	0.14	0.37	0.18	0.17	0.17	0.36	0.28	0.22	0.31	0.35	0.86	0.83	1.29	1.07
C5'	0.20	0.36	0.21	0.19	0.20	0.20	0.16	0.20	0.20	0.17	0.29	0.33	0.19	0.16	0.16	0.29	0.22	0.20	0.43	0.47	0.61	0.33
C6	0.28	0.24	0.22	0.38	0.22	0.45	0.28	0.71	0.15	0.43	0.22	0.18	0.20	0.44	0.31	0.22	0.34	0.40	0.91	1.00	1.40	1.21
C8	0.24	0.19	0.21	0.32	0.18	0.35	0.19	0.51	0.15	0.29	0.16	0.19	0.18	0.27	0.24	0.21	0.30	0.29	0.75	0.58	1.08	0.83
N1	0.23	0.26	0.19	0.32	0.22	0.38	0.30	0.64	0.23	0.40	0.19	0.20	0.33	0.44	0.28	0.24	0.28	0.33	0.86	0.95	1.38	1.17
N3	0.19	0.21	0.17	0.21	0.18	0.22	0.26	0.41	0.27	0.27	0.20	0.19	0.36	0.32	0.20	0.32	0.19	0.19	0.72	0.65	1.18	0.91
N6	0.35	0.25	0.27	0.44	0.23	0.56	0.27	0.85	0.14	0.50	0.28	0.17	0.19	0.48	0.36	0.24	0.41	0.51	0.99	1.18	1.49	1.35
N7	0.31	0.19	0.26	0.41	0.20	0.48	0.19	0.69	0.16	0.36	0.20	0.17	0.22	0.32	0.30	0.23	0.38	0.42	0.88	0.80	1.25	1.05
N9	0.20	0.21	0.17	0.22	0.18	0.22	0.20	0.38	0.17	0.26	0.18	0.18	0.19	0.25	0.21	0.26	0.20	0.20	0.68	0.52	1.04	0.77
O2'	0.28	0.30	0.24	0.15	0.22	0.18	0.23	0.18	0.27	0.25	0.31	0.25	0.30	0.24	0.24	0.40	0.15	0.24	0.57	0.40	0.93	0.57
O3'	0.16	0.26	0.17	0.21	0.13	0.19	0.13	0.29	0.16	0.18	0.23	0.21	0.17	0.17	0.14	0.27	0.25	0.15	0.59	0.39	0.97	0.57
O4'	0.23	0.32	0.23	0.19	0.16	0.20	0.16	0.19	0.19	0.24	0.27	0.25	0.18	0.20	0.19	0.33	0.20	0.21	0.52	0.44	0.74	0.46
O5'	0.19	0.32	0.22	0.10	0.18	0.10	0.14	0.14	0.18	0.18	0.26	0.30	0.17	0.16	0.15	0.29	0.02	0.14	0.51	0.41	0.75	0.43
OP1	0.06	0.26	0.10	0.01	0.11	0.06	0.15	0.12	0.17	0.25	0.21	0.23	0.22	0.26	0.09	0.17	0.02	0.04	0.36	0.72	0.51	0.37
OP2	0.12	0.30	0.13	0.08	0.25	0.15	0.35	0.28	0.37	0.37	0.34	0.24	0.43	0.42	0.23	0.12	0.03	0.12	0.54	0.52	0.85	0.56
P	0.06	0.24	0.10	0.02	0.13	0.05	0.18	0.13	0.20	0.24	0.22	0.20	0.24	0.26	0.11	0.14	0.01	0.02	0.43	0.52	0.61	0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.14	0.26	0.34	0.16
C2	0.03	0.00	0.14	0.18	0.01	0.09	0.02	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.20	0.20	0.03	0.38	0.35	0.75	0.48
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.07	0.02	0.05	0.03	0.07	0.09	0.10	0.14	0.06	0.07	0.03	0.00	0.01	0.02	0.25	0.28	0.34	0.12
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.11	0.00	0.12	0.03	0.14	0.17	0.16	0.17	0.15	0.16	0.08	0.02	0.01	0.01	0.34	0.28	0.37	0.18
C4	0.02	0.01	0.07	0.11	0.00	0.07	0.01	0.18	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.11	0.10	0.02	0.35	0.34	0.68	0.44
C4'	0.01	0.09	0.02	0.00	0.07	0.00	0.11	0.01	0.11	0.13	0.09	0.07	0.13	0.14	0.07	0.08	0.03	0.00	0.02	0.33	0.20	0.17
C5	0.01	0.02	0.05	0.12	0.01	0.11	0.00	0.24	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.13	0.04	0.42	0.48	0.85	0.60
C5'	0.04	0.19	0.03	0.03	0.18	0.01	0.24	0.00	0.25	0.23	0.23	0.15	0.29	0.26	0.14	0.08	0.05	0.02	0.01	0.12	0.18	0.02
C6	0.02	0.01	0.07	0.14	0.01	0.11	0.01	0.25	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.14	0.04	0.45	0.52	0.94	0.66
C8	0.02	0.01	0.09	0.17	0.01	0.13	0.01	0.23	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.00	0.06	0.19	0.06	0.37	0.46	0.72	0.51
N1	0.03	0.00	0.10	0.16	0.01	0.09	0.01	0.23	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.17	0.17	0.03	0.43	0.44	0.88	0.59
N3	0.04	0.00	0.14	0.17	0.01	0.07	0.01	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.18	0.03	0.33	0.30	0.63	0.38
N6	0.02	0.01	0.06	0.15	0.01	0.13	0.01	0.29	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.11	0.17	0.05	0.49	0.63	1.05	0.76
N7	0.01	0.02	0.07	0.16	0.01	0.14	0.00	0.26	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.05	0.19	0.06	0.43	0.58	0.90	0.66
N9	0.00	0.01	0.03	0.08	0.00	0.07	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.08	0.02	0.29	0.30	0.56	0.35
O2'	0.01	0.20	0.00	0.02	0.11	0.08	0.08	0.08	0.12	0.06	0.17	0.19	0.11	0.05	0.03	0.00	0.04	0.07	0.11	0.49	0.18	0.21
O3'	0.01	0.20	0.01	0.01	0.10	0.03	0.13	0.05	0.14	0.19	0.17	0.18	0.17	0.19	0.08	0.04	0.00	0.02	0.32	0.49	0.34	0.22
O4'	0.00	0.03	0.02	0.01	0.02	0.00	0.04	0.02	0.04	0.06	0.03	0.03	0.05	0.06	0.02	0.07	0.02	0.00	0.10	0.33	0.33	0.22
O5'	0.14	0.38	0.25	0.34	0.35	0.02	0.42	0.01	0.45	0.37	0.43	0.33	0.49	0.43	0.29	0.11	0.32	0.10	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.26	0.35	0.28	0.28	0.34	0.33	0.48	0.12	0.52	0.46	0.44	0.30	0.63	0.58	0.30	0.49	0.49	0.33	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.34	0.75	0.34	0.37	0.68	0.20	0.85	0.18	0.94	0.72	0.88	0.63	1.05	0.90	0.56	0.18	0.34	0.33	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.16	0.48	0.12	0.18	0.44	0.17	0.60	0.02	0.66	0.51	0.59	0.38	0.76	0.66	0.35	0.21	0.22	0.22	0.00	0.01	0.01	0.00