ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51597

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 3, 1, 5, 6, 3, 3, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.005, 0.014, 0.032, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.014 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C1' A 0, -0.001, 0.021, 0.042, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.021 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.002, 0.024, 0.047, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.024 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.015, 0.043, 0.070, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.043 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.009, 0.042, 0.075, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.042 std_dev=0.033
O2' A 0, 0.090, 0.209, 0.328, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.209 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.060, 0.183, 0.306, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.183 std_dev=0.123
C4 B 0, 0.323, 0.476, 0.630, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.476 std_dev=0.154
O4' A 0, 0.061, 0.214, 0.368, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.214 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.245, 0.416, 0.587, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.416 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.389, 0.596, 0.803, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.596 std_dev=0.207
C3' A 0, 0.122, 0.355, 0.588, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.355 std_dev=0.233
C4' A 0, 0.130, 0.377, 0.623, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.377 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.335, 0.591, 0.848, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.591 std_dev=0.256
N1 B 0, 0.284, 0.589, 0.895, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.589 std_dev=0.305
C6 B 0, 0.132, 0.444, 0.756, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.444 std_dev=0.312
O3' A 0, 0.216, 0.534, 0.852, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.534 std_dev=0.318
N9 B 0, 0.576, 0.917, 1.259, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.917 std_dev=0.341
O5' A 0, 0.207, 0.571, 0.934, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.571 std_dev=0.363
N7 B 0, 0.693, 1.097, 1.502, 1.860 max_d=1.860 avg_d=1.097 std_dev=0.404
C5' A 0, 0.169, 0.617, 1.064, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.617 std_dev=0.448
C8 B 0, 0.788, 1.248, 1.709, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.248 std_dev=0.460
C1' B 0, 0.593, 1.097, 1.600, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.097 std_dev=0.504
N6 B 0, 0.142, 0.667, 1.193, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.667 std_dev=0.525
P A 0, 0.274, 0.860, 1.445, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.860 std_dev=0.585
C3' B 0, 0.410, 1.039, 1.667, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.039 std_dev=0.628
O4' B 0, 0.658, 1.293, 1.928, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.293 std_dev=0.635
O3' B 0, 0.324, 0.966, 1.608, 2.886 max_d=2.886 avg_d=0.966 std_dev=0.642
C4' B 0, 0.508, 1.182, 1.857, 3.036 max_d=3.036 avg_d=1.182 std_dev=0.674
C2' B 0, 0.353, 1.092, 1.831, 3.632 max_d=3.632 avg_d=1.092 std_dev=0.739
C5' B 0, 0.613, 1.357, 2.101, 3.356 max_d=3.356 avg_d=1.357 std_dev=0.744
O2' B 0, 0.320, 1.206, 2.093, 4.332 max_d=4.332 avg_d=1.206 std_dev=0.886
OP1 A 0, 0.062, 0.951, 1.839, 3.865 max_d=3.865 avg_d=0.951 std_dev=0.889
O5' B 0, 1.416, 2.330, 3.243, 4.138 max_d=4.138 avg_d=2.330 std_dev=0.914
OP2 A 0, 0.128, 1.256, 2.385, 5.001 max_d=5.001 avg_d=1.256 std_dev=1.129
P B 0, 1.824, 3.533, 5.242, 6.804 max_d=6.804 avg_d=3.533 std_dev=1.709
OP2 B 0, 2.179, 4.063, 5.946, 6.303 max_d=6.303 avg_d=4.063 std_dev=1.883
OP1 B 0, 1.877, 3.901, 5.926, 8.552 max_d=8.552 avg_d=3.901 std_dev=2.024

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.08 0.21 0.12
C2 0.05 0.00 0.11 0.15 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.18 0.04 0.27 0.20 0.58 0.35
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.10 0.11 0.07 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.21 0.19 0.14 0.12
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.12 0.08 0.15 0.14 0.12 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.29 0.32 0.16 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.26 0.20 0.56 0.35
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.10 0.35 0.08
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.31 0.30 0.78 0.46
C5' 0.04 0.16 0.03 0.03 0.14 0.01 0.18 0.00 0.20 0.16 0.18 0.13 0.22 0.19 0.12 0.05 0.05 0.01 0.01 0.23 0.32 0.02
C6 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.15 0.02 0.32 0.32 0.84 0.49
C8 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.30 0.29 0.69 0.43
N1 0.03 0.00 0.10 0.15 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.18 0.03 0.30 0.27 0.73 0.43
N3 0.05 0.01 0.11 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.05 0.24 0.16 0.47 0.30
N6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.16 0.04 0.34 0.39 0.97 0.55
N7 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04 0.32 0.36 0.88 0.52
N9 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.24 0.18 0.47 0.30
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.03 0.11 0.11 0.07 0.03 0.03 0.00 0.06 0.04 0.08 0.16 0.34 0.09
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.11 0.02 0.12 0.05 0.15 0.09 0.18 0.15 0.16 0.10 0.05 0.06 0.00 0.02 0.24 0.34 0.39 0.16
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.10 0.22 0.09
O5' 0.13 0.27 0.21 0.29 0.26 0.02 0.31 0.01 0.32 0.30 0.30 0.24 0.34 0.32 0.24 0.08 0.24 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.20 0.19 0.32 0.20 0.10 0.30 0.23 0.32 0.29 0.27 0.16 0.39 0.36 0.18 0.16 0.34 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.58 0.14 0.16 0.56 0.35 0.78 0.32 0.84 0.69 0.73 0.47 0.97 0.88 0.47 0.34 0.39 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02
P 0.12 0.35 0.12 0.17 0.35 0.08 0.46 0.02 0.49 0.43 0.43 0.30 0.55 0.52 0.30 0.09 0.16 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.18 0.43 0.55 0.09 0.40 0.15 0.37 0.23 0.17 0.24 0.14 0.31 0.18 0.16 0.37 0.50 0.24 0.69 0.54 1.10 0.68
C2 0.20 0.37 0.19 0.33 0.17 0.17 0.21 0.25 0.14 0.32 0.27 0.28 0.29 0.37 0.20 0.42 0.32 0.18 0.88 1.14 1.54 1.17
C2' 0.25 0.17 0.43 0.59 0.09 0.44 0.15 0.45 0.22 0.18 0.22 0.14 0.32 0.20 0.16 0.38 0.59 0.25 0.70 0.52 1.17 0.69
C3' 0.25 0.22 0.44 0.63 0.09 0.53 0.12 0.56 0.19 0.18 0.24 0.16 0.26 0.16 0.16 0.39 0.68 0.31 0.69 0.56 1.14 0.65
C4 0.20 0.25 0.22 0.40 0.13 0.24 0.17 0.27 0.11 0.27 0.14 0.21 0.23 0.30 0.19 0.43 0.37 0.17 0.83 0.88 1.42 1.02
C4' 0.27 0.31 0.49 0.60 0.12 0.51 0.13 0.50 0.24 0.15 0.32 0.22 0.27 0.11 0.16 0.40 0.61 0.31 0.59 0.60 0.90 0.51
C5 0.24 0.25 0.22 0.31 0.15 0.22 0.17 0.31 0.09 0.34 0.22 0.18 0.14 0.33 0.24 0.55 0.30 0.24 0.90 1.05 1.58 1.19
C5' 0.27 0.35 0.45 0.59 0.17 0.55 0.14 0.55 0.23 0.15 0.32 0.29 0.24 0.11 0.17 0.42 0.66 0.34 0.56 0.72 0.82 0.48
C6 0.26 0.32 0.25 0.24 0.16 0.21 0.18 0.33 0.16 0.38 0.33 0.22 0.17 0.37 0.26 0.57 0.25 0.27 0.95 1.30 1.71 1.35
C8 0.25 0.13 0.25 0.44 0.15 0.34 0.18 0.37 0.13 0.30 0.12 0.11 0.16 0.28 0.24 0.53 0.41 0.26 0.81 0.68 1.36 0.92
N1 0.23 0.37 0.20 0.26 0.17 0.18 0.19 0.31 0.14 0.37 0.34 0.26 0.15 0.39 0.24 0.50 0.26 0.24 0.94 1.31 1.67 1.32
N3 0.20 0.31 0.24 0.40 0.15 0.22 0.20 0.24 0.18 0.26 0.17 0.27 0.35 0.32 0.18 0.38 0.37 0.16 0.83 0.93 1.41 1.02
N6 0.31 0.31 0.36 0.20 0.16 0.27 0.17 0.41 0.24 0.42 0.37 0.19 0.32 0.36 0.29 0.66 0.21 0.34 1.01 1.50 1.85 1.52
N7 0.28 0.16 0.28 0.33 0.16 0.28 0.19 0.36 0.15 0.36 0.17 0.12 0.20 0.32 0.28 0.64 0.31 0.29 0.89 0.93 1.56 1.15
N9 0.22 0.16 0.29 0.48 0.11 0.33 0.15 0.33 0.15 0.23 0.13 0.15 0.23 0.23 0.18 0.40 0.44 0.20 0.77 0.66 1.28 0.85
O2' 0.29 0.19 0.50 0.59 0.11 0.45 0.17 0.42 0.28 0.16 0.28 0.17 0.39 0.19 0.17 0.43 0.57 0.27 0.65 0.52 1.05 0.61
O3' 0.25 0.24 0.45 0.64 0.10 0.55 0.13 0.60 0.22 0.17 0.27 0.17 0.29 0.16 0.15 0.39 0.70 0.31 0.65 0.64 1.10 0.61
O4' 0.28 0.30 0.51 0.60 0.11 0.46 0.14 0.43 0.25 0.16 0.32 0.19 0.28 0.13 0.17 0.38 0.52 0.29 0.63 0.52 0.93 0.55
O5' 0.14 0.38 0.33 0.55 0.14 0.47 0.10 0.61 0.15 0.23 0.29 0.33 0.13 0.20 0.12 0.34 0.54 0.20 0.66 0.85 1.03 0.68
OP1 0.12 0.63 0.26 0.51 0.27 0.51 0.16 0.79 0.27 0.22 0.49 0.56 0.22 0.19 0.10 0.14 0.56 0.15 0.72 1.37 1.07 0.93
OP2 0.54 0.32 0.69 1.10 0.46 1.18 0.64 1.54 0.52 0.94 0.34 0.26 0.62 0.91 0.65 0.18 0.98 0.87 1.47 1.85 1.96 1.67
P 0.26 0.32 0.50 0.83 0.17 0.83 0.28 1.07 0.21 0.53 0.22 0.24 0.27 0.49 0.32 0.14 0.84 0.51 0.98 1.38 1.30 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.30 0.47 0.30 0.26
C2 0.02 0.00 0.23 0.27 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.08 0.55 0.70 0.84 0.58
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.15 0.10 0.12 0.17 0.23 0.08 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.50 0.56 0.47 0.44
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.21 0.01 0.24 0.02 0.27 0.20 0.28 0.24 0.29 0.23 0.15 0.01 0.01 0.02 0.42 0.48 0.45 0.30
C4 0.01 0.01 0.12 0.21 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.10 0.04 0.56 0.73 0.79 0.59
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.13 0.11 0.09 0.13 0.14 0.07 0.18 0.02 0.00 0.02 0.47 0.23 0.26
C5 0.01 0.01 0.06 0.24 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.10 0.02 0.69 0.97 1.06 0.83
C5' 0.07 0.17 0.15 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.21 0.18 0.20 0.15 0.24 0.22 0.12 0.04 0.15 0.02 0.01 0.23 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.27 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.14 0.04 0.71 1.01 1.17 0.89
C8 0.01 0.01 0.12 0.20 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.22 0.14 0.06 0.68 0.96 0.90 0.78
N1 0.02 0.01 0.17 0.28 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.07 0.64 0.87 1.05 0.76
N3 0.02 0.00 0.23 0.24 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.08 0.48 0.62 0.68 0.47
N6 0.02 0.01 0.08 0.29 0.01 0.13 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.24 0.16 0.04 0.78 1.17 1.35 1.04
N7 0.01 0.01 0.08 0.23 0.01 0.14 0.00 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.15 0.04 0.75 1.13 1.16 0.96
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.05 0.01 0.52 0.68 0.64 0.51
O2' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.15 0.18 0.21 0.04 0.21 0.22 0.17 0.12 0.24 0.25 0.14 0.00 0.04 0.13 0.28 0.67 0.29 0.44
O3' 0.18 0.21 0.02 0.01 0.10 0.02 0.10 0.15 0.14 0.14 0.18 0.21 0.16 0.15 0.05 0.04 0.00 0.12 0.32 0.77 0.43 0.36
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.07 0.08 0.04 0.04 0.01 0.13 0.12 0.00 0.12 0.40 0.30 0.23
O5' 0.30 0.55 0.50 0.42 0.56 0.02 0.69 0.01 0.71 0.68 0.64 0.48 0.78 0.75 0.52 0.28 0.32 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.47 0.70 0.56 0.48 0.73 0.47 0.97 0.23 1.01 0.96 0.87 0.62 1.17 1.13 0.68 0.67 0.77 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.84 0.47 0.45 0.79 0.23 1.06 0.37 1.17 0.90 1.05 0.68 1.35 1.16 0.64 0.29 0.43 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.58 0.44 0.30 0.59 0.26 0.83 0.02 0.89 0.78 0.76 0.47 1.04 0.96 0.51 0.44 0.36 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00