ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51600

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 3, 2, 6, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.010, 0.034, 0.057, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.034 std_dev=0.023
O2' A 0, 0.032, 0.140, 0.248, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.140 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.009, 0.119, 0.228, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.119 std_dev=0.109
O4' A 0, 0.001, 0.117, 0.234, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.117 std_dev=0.116
C4 B 0, 0.186, 0.305, 0.424, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.305 std_dev=0.119
N3 B 0, 0.139, 0.307, 0.475, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.307 std_dev=0.168
C4' A 0, 0.007, 0.186, 0.364, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.186 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.234, 0.413, 0.591, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.413 std_dev=0.179
C3' A 0, 0.008, 0.197, 0.385, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.197 std_dev=0.188
C2 B 0, 0.192, 0.407, 0.621, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.407 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.210, 0.424, 0.639, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.424 std_dev=0.214
N9 B 0, 0.228, 0.446, 0.664, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.446 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.228, 0.456, 0.684, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.456 std_dev=0.228
N1 B 0, 0.199, 0.431, 0.663, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.431 std_dev=0.232
C1' B 0, 0.270, 0.522, 0.774, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.522 std_dev=0.252
O2' B 0, 0.346, 0.613, 0.879, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.613 std_dev=0.267
O3' A 0, 0.022, 0.297, 0.572, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.297 std_dev=0.275
C3' B 0, 0.207, 0.485, 0.762, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.485 std_dev=0.278
OP2 A 0, 0.138, 0.421, 0.705, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.421 std_dev=0.283
P A 0, 0.078, 0.364, 0.650, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.364 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.019, 0.305, 0.592, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.305 std_dev=0.287
O3' B 0, 0.193, 0.488, 0.783, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.488 std_dev=0.295
O5' A 0, 0.043, 0.356, 0.670, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.356 std_dev=0.313
OP1 A 0, 0.081, 0.395, 0.709, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.395 std_dev=0.314
N7 B 0, 0.287, 0.612, 0.938, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.612 std_dev=0.326
N6 B 0, 0.257, 0.583, 0.909, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.583 std_dev=0.326
C4' B 0, 0.356, 0.684, 1.012, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.684 std_dev=0.328
O4' B 0, 0.334, 0.670, 1.005, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.670 std_dev=0.336
C8 B 0, 0.257, 0.611, 0.965, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.611 std_dev=0.354
C5' B 0, 0.476, 0.865, 1.254, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.865 std_dev=0.389
O5' B 0, 0.405, 1.094, 1.783, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.094 std_dev=0.689
OP1 B 0, 0.900, 1.907, 2.914, 4.352 max_d=4.352 avg_d=1.907 std_dev=1.007
P B 0, 0.263, 1.412, 2.562, 4.389 max_d=4.389 avg_d=1.412 std_dev=1.149
OP2 B 0, 0.341, 2.082, 3.822, 5.810 max_d=5.810 avg_d=2.082 std_dev=1.740

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.03 0.09 0.10 0.14 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.09 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.08 0.05
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.10 0.07 0.12 0.12 0.10 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.08 0.09 0.12 0.09
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.10 0.11 0.14 0.11
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.11 0.12 0.15 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.11 0.10 0.11 0.10
N1 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.03 0.10 0.11 0.15 0.12
N3 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.03 0.08 0.08 0.12 0.09
N6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.12 0.14 0.17 0.14
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.11 0.11 0.13 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.12 0.07 0.05
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.10 0.02 0.10 0.03 0.13 0.08 0.16 0.14 0.13 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.10 0.17 0.15 0.11
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07
O5' 0.05 0.09 0.05 0.07 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.08 0.12 0.11 0.07 0.04 0.10 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.10 0.10 0.12 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.11 0.08 0.14 0.11 0.08 0.12 0.17 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.14 0.08 0.09 0.12 0.03 0.14 0.02 0.15 0.11 0.15 0.12 0.17 0.13 0.10 0.07 0.15 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.05 0.07 0.09 0.02 0.11 0.01 0.13 0.10 0.12 0.09 0.14 0.12 0.08 0.05 0.11 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.21 0.17 0.18 0.17 0.18 0.22 0.27 0.22 0.26 0.20 0.16 0.27 0.27 0.20 0.22 0.15 0.18 0.64 0.37 1.31 0.70
C2 0.18 0.24 0.16 0.18 0.17 0.20 0.26 0.34 0.24 0.33 0.18 0.18 0.36 0.37 0.22 0.19 0.15 0.21 0.73 0.83 1.65 1.08
C2' 0.16 0.21 0.14 0.14 0.15 0.14 0.22 0.25 0.23 0.25 0.20 0.16 0.29 0.28 0.18 0.21 0.12 0.14 0.65 0.32 1.35 0.71
C3' 0.12 0.21 0.12 0.12 0.10 0.12 0.17 0.23 0.17 0.22 0.18 0.16 0.22 0.24 0.13 0.20 0.10 0.10 0.63 0.29 1.29 0.63
C4 0.20 0.24 0.18 0.19 0.18 0.21 0.26 0.33 0.21 0.33 0.17 0.18 0.29 0.36 0.23 0.20 0.15 0.22 0.73 0.69 1.58 1.00
C4' 0.10 0.24 0.11 0.12 0.10 0.11 0.14 0.19 0.17 0.15 0.21 0.19 0.20 0.17 0.10 0.21 0.13 0.09 0.55 0.36 1.08 0.45
C5 0.24 0.27 0.20 0.21 0.19 0.25 0.26 0.37 0.16 0.38 0.21 0.20 0.22 0.40 0.27 0.21 0.16 0.27 0.77 0.87 1.68 1.14
C5' 0.11 0.26 0.11 0.08 0.13 0.09 0.12 0.16 0.16 0.12 0.22 0.23 0.16 0.13 0.09 0.21 0.10 0.08 0.49 0.50 0.95 0.33
C6 0.23 0.28 0.20 0.21 0.19 0.26 0.26 0.39 0.17 0.39 0.24 0.20 0.24 0.41 0.26 0.20 0.17 0.28 0.77 1.02 1.75 1.23
C8 0.27 0.22 0.23 0.22 0.19 0.26 0.22 0.35 0.13 0.36 0.16 0.18 0.16 0.34 0.28 0.23 0.16 0.28 0.76 0.60 1.51 0.96
N1 0.21 0.27 0.18 0.19 0.18 0.24 0.26 0.37 0.20 0.36 0.21 0.20 0.31 0.40 0.24 0.20 0.16 0.24 0.75 0.98 1.72 1.19
N3 0.18 0.22 0.16 0.17 0.17 0.19 0.26 0.31 0.25 0.31 0.18 0.17 0.35 0.35 0.21 0.20 0.15 0.19 0.71 0.69 1.57 0.98
N6 0.26 0.29 0.21 0.23 0.20 0.30 0.25 0.43 0.18 0.41 0.28 0.21 0.19 0.42 0.28 0.21 0.18 0.32 0.78 1.19 1.81 1.33
N7 0.28 0.25 0.23 0.23 0.20 0.28 0.24 0.40 0.13 0.42 0.21 0.20 0.14 0.40 0.30 0.23 0.17 0.31 0.80 0.84 1.67 1.14
N9 0.21 0.21 0.19 0.19 0.17 0.21 0.23 0.31 0.19 0.31 0.16 0.17 0.24 0.32 0.23 0.21 0.15 0.22 0.71 0.53 1.46 0.88
O2' 0.17 0.23 0.16 0.15 0.17 0.15 0.24 0.23 0.27 0.24 0.26 0.18 0.33 0.27 0.18 0.23 0.13 0.15 0.62 0.31 1.28 0.62
O3' 0.11 0.22 0.11 0.11 0.10 0.11 0.16 0.23 0.18 0.21 0.18 0.17 0.23 0.23 0.12 0.21 0.11 0.09 0.61 0.34 1.26 0.57
O4' 0.15 0.23 0.15 0.18 0.12 0.17 0.16 0.24 0.18 0.18 0.21 0.18 0.21 0.19 0.14 0.21 0.17 0.14 0.58 0.32 1.13 0.54
O5' 0.16 0.27 0.19 0.06 0.17 0.05 0.16 0.16 0.18 0.20 0.23 0.24 0.17 0.19 0.16 0.23 0.02 0.09 0.60 0.41 1.10 0.51
OP1 0.04 0.23 0.10 0.02 0.11 0.09 0.09 0.21 0.13 0.11 0.20 0.20 0.12 0.10 0.05 0.14 0.01 0.05 0.44 0.74 0.87 0.29
OP2 0.07 0.29 0.07 0.05 0.17 0.16 0.16 0.31 0.20 0.15 0.27 0.26 0.19 0.15 0.11 0.07 0.01 0.13 0.67 0.45 1.27 0.71
P 0.04 0.24 0.09 0.01 0.12 0.08 0.10 0.20 0.14 0.12 0.20 0.21 0.12 0.11 0.06 0.13 0.00 0.04 0.54 0.52 0.99 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.28 0.47 0.16
C2 0.02 0.00 0.10 0.17 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.20 0.02 0.43 0.40 1.21 0.64
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.11 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.29 0.38 0.55 0.13
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.03 0.10 0.08 0.14 0.16 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.41 0.39 0.63 0.23
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.41 0.46 1.09 0.62
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.47 0.29 0.19
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.49 0.74 1.34 0.88
C5' 0.04 0.20 0.02 0.03 0.17 0.01 0.20 0.00 0.22 0.17 0.22 0.17 0.24 0.21 0.12 0.04 0.05 0.02 0.01 0.27 0.38 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.52 0.78 1.47 0.94
C8 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.42 0.76 1.05 0.78
N1 0.02 0.00 0.08 0.14 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.49 0.60 1.40 0.82
N3 0.02 0.00 0.11 0.16 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.02 0.37 0.31 1.03 0.50
N6 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.09 0.02 0.56 0.98 1.62 1.09
N7 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.50 0.95 1.35 0.99
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.33 0.42 0.86 0.51
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.10 0.10 0.07 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.11 0.67 0.33 0.25
O3' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.10 0.02 0.07 0.05 0.11 0.09 0.16 0.18 0.09 0.07 0.03 0.05 0.00 0.02 0.38 0.66 0.65 0.22
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.13 0.32 0.28 0.20
O5' 0.15 0.43 0.29 0.41 0.41 0.02 0.49 0.01 0.52 0.42 0.49 0.37 0.56 0.50 0.33 0.11 0.38 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.40 0.38 0.39 0.46 0.47 0.74 0.27 0.78 0.76 0.60 0.31 0.98 0.95 0.42 0.67 0.66 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.21 0.55 0.63 1.09 0.29 1.34 0.38 1.47 1.05 1.40 1.03 1.62 1.35 0.86 0.33 0.65 0.28 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.64 0.13 0.23 0.62 0.19 0.88 0.02 0.94 0.78 0.82 0.50 1.09 0.99 0.51 0.25 0.22 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00