ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51601

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 3, 1, 2, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.019, 0.037, 0.056, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.014, 0.041, 0.069, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.274, 0.487, 0.700, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.487 std_dev=0.213
N7 B 0, 0.190, 0.410, 0.631, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.410 std_dev=0.221
C2' A 0, 0.327, 0.550, 0.773, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.550 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.391, 0.643, 0.896, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.643 std_dev=0.252
C8 B 0, 0.284, 0.538, 0.791, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.538 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.454, 0.777, 1.099, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.777 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.571, 0.898, 1.224, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.898 std_dev=0.326
C4 B 0, 0.498, 0.833, 1.167, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.833 std_dev=0.334
N6 B 0, 0.622, 0.980, 1.337, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.980 std_dev=0.358
C5' A 0, 0.410, 0.768, 1.127, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.768 std_dev=0.358
C4' A 0, 0.482, 0.879, 1.277, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.879 std_dev=0.397
C2' B 0, 0.514, 0.920, 1.326, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.920 std_dev=0.406
C1' B 0, 0.665, 1.103, 1.541, 1.608 max_d=1.608 avg_d=1.103 std_dev=0.438
N1 B 0, 0.743, 1.190, 1.637, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.190 std_dev=0.447
N3 B 0, 0.712, 1.162, 1.611, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.162 std_dev=0.450
O2' A 0, 0.764, 1.216, 1.669, 1.620 max_d=1.620 avg_d=1.216 std_dev=0.452
O5' A 0, 0.253, 0.734, 1.215, 2.528 max_d=2.528 avg_d=0.734 std_dev=0.481
C2 B 0, 0.789, 1.277, 1.764, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.277 std_dev=0.488
C3' A 0, 0.737, 1.254, 1.770, 1.729 max_d=1.729 avg_d=1.254 std_dev=0.517
C3' B 0, 0.497, 1.016, 1.536, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.016 std_dev=0.520
P A 0, 0.464, 1.032, 1.601, 2.888 max_d=2.888 avg_d=1.032 std_dev=0.568
O2' B 0, 0.702, 1.306, 1.909, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.306 std_dev=0.604
OP2 A 0, 0.822, 1.433, 2.044, 2.770 max_d=2.770 avg_d=1.433 std_dev=0.611
O4' B 0, 0.867, 1.485, 2.103, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.485 std_dev=0.618
O3' B 0, 0.457, 1.079, 1.701, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.079 std_dev=0.622
OP1 A 0, 0.594, 1.314, 2.034, 3.661 max_d=3.661 avg_d=1.314 std_dev=0.720
C4' B 0, 0.759, 1.494, 2.228, 3.495 max_d=3.495 avg_d=1.494 std_dev=0.734
C5' B 0, 0.870, 1.857, 2.844, 5.037 max_d=5.037 avg_d=1.857 std_dev=0.987
O3' A 0, 1.345, 2.342, 3.339, 3.111 max_d=3.111 avg_d=2.342 std_dev=0.997
O5' B 0, 0.849, 2.360, 3.870, 6.253 max_d=6.253 avg_d=2.360 std_dev=1.511
P B 0, 0.843, 2.931, 5.020, 8.529 max_d=8.529 avg_d=2.931 std_dev=2.088
OP1 B 0, 0.914, 3.202, 5.489, 10.138 max_d=10.138 avg_d=3.202 std_dev=2.288
OP2 B 0, 1.336, 4.162, 6.988, 9.811 max_d=9.811 avg_d=4.162 std_dev=2.826

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.17 0.13 0.25 0.14
C2 0.02 0.00 0.14 0.10 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.28 0.15 0.18 0.13 0.23 0.15
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.17 0.08 0.07 0.12 0.13 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.39 0.42 0.45 0.36
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.14 0.00 0.22 0.02 0.21 0.28 0.16 0.08 0.25 0.29 0.16 0.02 0.01 0.02 0.20 0.23 0.16 0.09
C4 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.16 0.08 0.23 0.16 0.23 0.17
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.16 0.06 0.09 0.07 0.14 0.06 0.20 0.02 0.00 0.02 0.10 0.23 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.12 0.05 0.32 0.24 0.29 0.24
C5' 0.07 0.16 0.17 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.15 0.19 0.15 0.15 0.17 0.19 0.11 0.06 0.16 0.01 0.01 0.13 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.13 0.08 0.30 0.23 0.31 0.24
C8 0.02 0.01 0.07 0.28 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.19 0.09 0.41 0.31 0.27 0.30
N1 0.01 0.01 0.12 0.16 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.20 0.12 0.23 0.17 0.27 0.19
N3 0.02 0.00 0.13 0.08 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.30 0.15 0.17 0.11 0.22 0.14
N6 0.01 0.01 0.07 0.25 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.15 0.06 0.35 0.29 0.37 0.29
N7 0.01 0.01 0.04 0.29 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.20 0.05 0.43 0.34 0.34 0.34
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.09 0.01 0.26 0.18 0.21 0.18
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.09 0.20 0.17 0.06 0.15 0.24 0.09 0.08 0.20 0.25 0.13 0.00 0.06 0.15 0.29 0.35 0.52 0.32
O3' 0.22 0.28 0.02 0.01 0.16 0.02 0.12 0.16 0.13 0.19 0.20 0.30 0.15 0.20 0.09 0.06 0.00 0.16 0.22 0.31 0.23 0.19
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.09 0.12 0.15 0.06 0.05 0.01 0.15 0.16 0.00 0.05 0.15 0.29 0.19
O5' 0.17 0.18 0.39 0.20 0.23 0.02 0.32 0.01 0.30 0.41 0.23 0.17 0.35 0.43 0.26 0.29 0.22 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.13 0.42 0.23 0.16 0.10 0.24 0.13 0.23 0.31 0.17 0.11 0.29 0.34 0.18 0.35 0.31 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.23 0.45 0.16 0.23 0.23 0.29 0.21 0.31 0.27 0.27 0.22 0.37 0.34 0.21 0.52 0.23 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.15 0.36 0.09 0.17 0.06 0.24 0.01 0.24 0.30 0.19 0.14 0.29 0.34 0.18 0.32 0.19 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.36 0.32 0.29 0.21 0.22 0.22 0.28 0.29 0.17 0.36 0.29 0.30 0.19 0.15 0.34 0.29 0.17 0.60 0.62 1.01 0.61
C2 0.22 0.24 0.30 0.29 0.14 0.21 0.16 0.24 0.23 0.17 0.24 0.22 0.32 0.20 0.16 0.39 0.28 0.20 0.70 0.80 1.51 0.91
C2' 0.16 0.34 0.28 0.32 0.22 0.25 0.21 0.38 0.26 0.17 0.31 0.30 0.26 0.20 0.15 0.24 0.27 0.18 0.79 0.79 1.21 0.80
C3' 0.15 0.47 0.25 0.24 0.24 0.18 0.22 0.30 0.29 0.24 0.41 0.40 0.28 0.24 0.16 0.22 0.18 0.12 0.68 0.74 1.06 0.67
C4 0.18 0.25 0.28 0.31 0.13 0.21 0.17 0.30 0.24 0.15 0.27 0.19 0.27 0.18 0.11 0.40 0.26 0.15 0.77 0.81 1.44 0.90
C4' 0.20 0.62 0.31 0.21 0.38 0.15 0.34 0.24 0.43 0.20 0.56 0.55 0.40 0.24 0.24 0.23 0.19 0.13 0.53 0.57 0.82 0.48
C5 0.16 0.21 0.22 0.32 0.12 0.24 0.15 0.38 0.21 0.15 0.22 0.18 0.24 0.17 0.11 0.48 0.24 0.15 0.93 1.02 1.75 1.13
C5' 0.33 0.66 0.42 0.26 0.48 0.23 0.42 0.27 0.49 0.29 0.60 0.62 0.45 0.33 0.36 0.39 0.17 0.26 0.58 0.61 0.89 0.53
C6 0.17 0.24 0.22 0.29 0.14 0.22 0.12 0.35 0.20 0.14 0.23 0.21 0.23 0.15 0.13 0.47 0.23 0.15 0.92 1.07 1.91 1.20
C8 0.18 0.26 0.24 0.37 0.18 0.31 0.20 0.45 0.23 0.20 0.26 0.23 0.24 0.21 0.16 0.51 0.30 0.20 0.96 0.98 1.53 1.04
N1 0.20 0.27 0.25 0.28 0.16 0.19 0.12 0.27 0.17 0.16 0.23 0.25 0.24 0.17 0.16 0.42 0.24 0.17 0.80 0.94 1.76 1.08
N3 0.22 0.25 0.32 0.30 0.14 0.22 0.19 0.25 0.28 0.16 0.30 0.19 0.33 0.19 0.15 0.38 0.29 0.19 0.66 0.72 1.33 0.80
N6 0.18 0.28 0.22 0.29 0.19 0.25 0.19 0.41 0.27 0.16 0.30 0.24 0.30 0.16 0.16 0.52 0.23 0.18 1.01 1.25 2.17 1.38
N7 0.17 0.22 0.21 0.36 0.16 0.32 0.19 0.49 0.22 0.19 0.22 0.19 0.24 0.21 0.14 0.56 0.29 0.21 1.07 1.15 1.83 1.24
N9 0.17 0.29 0.28 0.32 0.17 0.24 0.20 0.33 0.25 0.17 0.30 0.24 0.27 0.19 0.13 0.39 0.27 0.16 0.77 0.78 1.29 0.83
O2' 0.19 0.30 0.34 0.29 0.20 0.22 0.22 0.34 0.26 0.17 0.30 0.26 0.30 0.21 0.15 0.37 0.24 0.16 0.74 0.75 1.20 0.77
O3' 0.19 0.78 0.28 0.23 0.44 0.18 0.39 0.31 0.54 0.20 0.72 0.65 0.51 0.26 0.24 0.23 0.21 0.13 0.68 0.76 1.09 0.68
O4' 0.15 0.58 0.29 0.26 0.34 0.21 0.33 0.26 0.44 0.16 0.55 0.49 0.42 0.22 0.18 0.26 0.35 0.14 0.45 0.51 0.73 0.41
O5' 0.23 0.48 0.30 0.16 0.34 0.07 0.33 0.20 0.37 0.31 0.43 0.45 0.37 0.34 0.26 0.29 0.01 0.13 0.62 0.66 0.92 0.55
OP1 0.14 0.27 0.11 0.11 0.11 0.18 0.09 0.31 0.12 0.19 0.21 0.25 0.14 0.19 0.05 0.18 0.03 0.15 0.43 0.68 1.06 0.60
OP2 0.15 0.21 0.20 0.08 0.13 0.23 0.21 0.46 0.21 0.31 0.19 0.19 0.27 0.33 0.14 0.51 0.02 0.17 0.81 1.01 1.19 0.87
P 0.11 0.26 0.11 0.02 0.12 0.11 0.13 0.27 0.15 0.22 0.20 0.24 0.18 0.23 0.07 0.23 0.01 0.06 0.54 0.65 0.89 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.26 0.36 0.47 0.30
C2 0.02 0.00 0.20 0.13 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.15 0.46 0.70 1.03 0.69
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.06 0.09 0.12 0.15 0.20 0.06 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.29 0.35 0.38 0.27
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.11 0.01 0.15 0.02 0.15 0.20 0.14 0.12 0.17 0.20 0.11 0.02 0.01 0.01 0.37 0.36 0.45 0.29
C4 0.01 0.01 0.10 0.11 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.08 0.48 0.63 1.03 0.65
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.18 0.06 0.11 0.07 0.16 0.06 0.15 0.03 0.00 0.02 0.30 0.29 0.10
C5 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.07 0.03 0.60 0.79 1.36 0.84
C5' 0.02 0.11 0.06 0.02 0.08 0.01 0.16 0.00 0.14 0.28 0.10 0.10 0.19 0.28 0.12 0.08 0.10 0.02 0.01 0.27 0.34 0.02
C6 0.01 0.00 0.09 0.15 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.08 0.06 0.59 0.83 1.43 0.87
C8 0.01 0.01 0.12 0.20 0.00 0.18 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.14 0.11 0.68 0.81 1.32 0.87
N1 0.02 0.00 0.15 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.12 0.53 0.76 1.26 0.79
N3 0.02 0.00 0.20 0.12 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.15 0.41 0.63 0.87 0.60
N6 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.09 0.04 0.65 0.94 1.64 0.99
N7 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.13 0.07 0.71 0.94 1.57 0.99
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.01 0.47 0.55 0.92 0.59
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.09 0.15 0.15 0.08 0.13 0.27 0.12 0.18 0.17 0.26 0.12 0.00 0.05 0.11 0.11 0.37 0.34 0.18
O3' 0.12 0.20 0.02 0.01 0.09 0.03 0.07 0.10 0.08 0.14 0.14 0.20 0.09 0.13 0.05 0.05 0.00 0.06 0.36 0.45 0.62 0.32
O4' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.03 0.02 0.06 0.11 0.12 0.15 0.04 0.07 0.01 0.11 0.06 0.00 0.21 0.35 0.39 0.23
O5' 0.26 0.46 0.29 0.37 0.48 0.02 0.60 0.01 0.59 0.68 0.53 0.41 0.65 0.71 0.47 0.11 0.36 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.36 0.70 0.35 0.36 0.63 0.30 0.79 0.27 0.83 0.81 0.76 0.63 0.94 0.94 0.55 0.37 0.45 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.03 0.38 0.45 1.03 0.29 1.36 0.34 1.43 1.32 1.26 0.87 1.64 1.57 0.92 0.34 0.62 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.69 0.27 0.29 0.65 0.10 0.84 0.02 0.87 0.87 0.79 0.60 0.99 0.99 0.59 0.18 0.32 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00