ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51607

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.021, 0.037, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.020, 0.042, 0.063, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.042 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.154, 0.396, 0.638, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.396 std_dev=0.242
C2' A 0, 0.210, 0.463, 0.715, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.463 std_dev=0.253
C4 B 0, 0.250, 0.559, 0.869, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.559 std_dev=0.309
C5 B 0, 0.236, 0.556, 0.876, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.556 std_dev=0.320
N3 B 0, 0.196, 0.550, 0.904, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.550 std_dev=0.354
C6 B 0, 0.075, 0.447, 0.820, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.447 std_dev=0.372
O2' A 0, 0.332, 0.711, 1.090, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.711 std_dev=0.379
C4' A 0, 0.280, 0.659, 1.038, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.659 std_dev=0.379
N9 B 0, 0.289, 0.696, 1.104, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.696 std_dev=0.407
C2 B 0, 0.089, 0.506, 0.923, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.506 std_dev=0.417
C1' B 0, 0.379, 0.809, 1.240, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.809 std_dev=0.430
N7 B 0, 0.297, 0.738, 1.178, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.738 std_dev=0.441
N1 B 0, -0.031, 0.415, 0.861, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.415 std_dev=0.446
C3' A 0, 0.316, 0.768, 1.220, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.768 std_dev=0.452
N6 B 0, 0.055, 0.512, 0.970, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.512 std_dev=0.458
C8 B 0, 0.294, 0.794, 1.293, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.794 std_dev=0.499
C5' A 0, 0.557, 1.138, 1.719, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.138 std_dev=0.581
OP2 A 0, 0.911, 1.580, 2.249, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.580 std_dev=0.669
O3' A 0, 0.457, 1.163, 1.869, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.163 std_dev=0.706
O5' A 0, 0.903, 1.633, 2.363, 2.508 max_d=2.508 avg_d=1.633 std_dev=0.730
P A 0, 0.677, 1.410, 2.143, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.410 std_dev=0.733
C2' B 0, 0.454, 1.196, 1.937, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.196 std_dev=0.742
OP1 A 0, 0.919, 1.680, 2.441, 2.884 max_d=2.884 avg_d=1.680 std_dev=0.761
O4' B 0, 0.369, 1.214, 2.060, 3.340 max_d=3.340 avg_d=1.214 std_dev=0.845
O2' B 0, 0.484, 1.353, 2.223, 3.359 max_d=3.359 avg_d=1.353 std_dev=0.869
O3' B 0, 0.805, 1.712, 2.618, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.712 std_dev=0.907
C3' B 0, 0.554, 1.522, 2.490, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.522 std_dev=0.968
C4' B 0, 0.451, 1.526, 2.601, 4.246 max_d=4.246 avg_d=1.526 std_dev=1.075
C5' B 0, 0.287, 2.099, 3.911, 7.166 max_d=7.166 avg_d=2.099 std_dev=1.812
O5' B 0, 0.261, 2.350, 4.439, 7.925 max_d=7.925 avg_d=2.350 std_dev=2.089
P B 0, -0.140, 2.662, 5.465, 10.581 max_d=10.581 avg_d=2.662 std_dev=2.803
OP2 B 0, -0.342, 2.775, 5.891, 11.735 max_d=11.735 avg_d=2.775 std_dev=3.116
OP1 B 0, -0.265, 3.053, 6.372, 12.527 max_d=12.527 avg_d=3.053 std_dev=3.319

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.23 0.36 0.26 0.20
C2 0.04 0.00 0.12 0.19 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.23 0.06 0.39 0.43 0.53 0.32
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.11 0.06 0.06 0.09 0.12 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.42 0.42 0.37
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.19 0.00 0.26 0.02 0.27 0.27 0.23 0.16 0.30 0.29 0.17 0.01 0.00 0.01 0.33 0.45 0.26 0.24
C4 0.02 0.00 0.07 0.19 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.11 0.03 0.40 0.43 0.51 0.32
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.15 0.10 0.04 0.16 0.17 0.09 0.21 0.01 0.00 0.01 0.32 0.30 0.08
C5 0.02 0.00 0.04 0.26 0.00 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.11 0.02 0.47 0.52 0.69 0.41
C5' 0.05 0.17 0.11 0.02 0.18 0.01 0.27 0.00 0.28 0.25 0.24 0.13 0.33 0.31 0.16 0.09 0.12 0.01 0.01 0.28 0.44 0.01
C6 0.03 0.00 0.06 0.27 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.13 0.02 0.48 0.54 0.75 0.43
C8 0.01 0.00 0.06 0.27 0.00 0.15 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.16 0.05 0.49 0.51 0.61 0.39
N1 0.04 0.00 0.09 0.23 0.01 0.10 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.17 0.04 0.44 0.49 0.66 0.38
N3 0.04 0.00 0.12 0.16 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.24 0.06 0.35 0.41 0.44 0.29
N6 0.02 0.01 0.05 0.30 0.01 0.16 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.17 0.02 0.51 0.60 0.86 0.48
N7 0.01 0.00 0.05 0.29 0.01 0.17 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.19 0.04 0.52 0.59 0.78 0.47
N9 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.04 0.01 0.39 0.41 0.43 0.29
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.22 0.21 0.24 0.09 0.28 0.15 0.29 0.24 0.28 0.20 0.14 0.00 0.02 0.15 0.06 0.44 0.33 0.22
O3' 0.18 0.23 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.12 0.13 0.16 0.17 0.24 0.17 0.19 0.04 0.02 0.00 0.11 0.30 0.61 0.10 0.23
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.15 0.11 0.00 0.16 0.34 0.25 0.13
O5' 0.23 0.39 0.28 0.33 0.40 0.01 0.47 0.01 0.48 0.49 0.44 0.35 0.51 0.52 0.39 0.06 0.30 0.16 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.36 0.43 0.42 0.45 0.43 0.32 0.52 0.28 0.54 0.51 0.49 0.41 0.60 0.59 0.41 0.44 0.61 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.53 0.42 0.26 0.51 0.30 0.69 0.44 0.75 0.61 0.66 0.44 0.86 0.78 0.43 0.33 0.10 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.32 0.37 0.24 0.32 0.08 0.41 0.01 0.43 0.39 0.38 0.29 0.48 0.47 0.29 0.22 0.23 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.23 0.57 0.45 0.22 0.30 0.28 0.38 0.26 0.37 0.27 0.15 0.30 0.36 0.30 0.46 0.32 0.49 0.32 0.18 0.38 0.26
C2 0.13 0.24 0.37 0.42 0.11 0.18 0.17 0.23 0.19 0.20 0.14 0.22 0.37 0.28 0.11 0.23 0.37 0.41 0.58 0.43 0.86 0.61
C2' 0.28 0.27 0.57 0.42 0.23 0.31 0.29 0.36 0.31 0.35 0.31 0.19 0.36 0.35 0.28 0.50 0.34 0.50 0.37 0.21 0.30 0.27
C3' 0.25 0.20 0.53 0.37 0.10 0.38 0.21 0.39 0.24 0.27 0.22 0.15 0.34 0.30 0.17 0.53 0.40 0.53 0.42 0.24 0.17 0.27
C4 0.14 0.15 0.48 0.55 0.13 0.06 0.23 0.23 0.20 0.28 0.11 0.13 0.30 0.33 0.18 0.28 0.47 0.30 0.64 0.48 1.00 0.73
C4' 0.27 0.33 0.50 0.32 0.09 0.36 0.11 0.39 0.14 0.30 0.25 0.26 0.18 0.26 0.20 0.52 0.27 0.51 0.27 0.17 0.17 0.14
C5 0.15 0.19 0.50 0.70 0.14 0.21 0.22 0.46 0.15 0.31 0.14 0.15 0.23 0.36 0.19 0.25 0.61 0.17 0.96 0.86 1.53 1.15
C5' 0.25 0.43 0.72 0.61 0.18 0.20 0.12 0.23 0.18 0.22 0.30 0.41 0.20 0.24 0.11 0.78 0.59 0.25 0.52 0.58 0.50 0.47
C6 0.14 0.26 0.44 0.67 0.13 0.21 0.18 0.45 0.14 0.28 0.22 0.19 0.21 0.33 0.16 0.21 0.60 0.17 0.98 0.88 1.64 1.21
C8 0.22 0.12 0.62 0.82 0.18 0.33 0.27 0.60 0.17 0.41 0.08 0.11 0.21 0.42 0.27 0.34 0.70 0.18 1.02 0.96 1.46 1.16
N1 0.11 0.28 0.39 0.54 0.11 0.05 0.15 0.22 0.12 0.23 0.19 0.22 0.27 0.29 0.12 0.19 0.48 0.27 0.76 0.61 1.29 0.92
N3 0.16 0.19 0.41 0.40 0.13 0.24 0.21 0.30 0.25 0.22 0.17 0.18 0.39 0.29 0.15 0.29 0.34 0.46 0.50 0.37 0.66 0.48
N6 0.18 0.29 0.45 0.77 0.15 0.37 0.19 0.67 0.19 0.31 0.29 0.21 0.21 0.33 0.20 0.22 0.69 0.19 1.21 1.20 2.05 1.54
N7 0.22 0.16 0.58 0.86 0.18 0.43 0.25 0.74 0.17 0.39 0.14 0.14 0.22 0.42 0.25 0.29 0.76 0.21 1.23 1.20 1.84 1.45
N9 0.18 0.13 0.56 0.60 0.17 0.10 0.26 0.29 0.21 0.34 0.14 0.09 0.27 0.37 0.24 0.35 0.50 0.29 0.62 0.48 0.92 0.69
O2' 0.38 0.34 0.79 0.56 0.33 0.34 0.33 0.46 0.31 0.41 0.33 0.32 0.30 0.37 0.38 0.82 0.48 0.51 0.25 0.22 0.15 0.15
O3' 0.48 0.32 0.30 0.13 0.32 0.72 0.24 0.82 0.16 0.36 0.18 0.40 0.19 0.32 0.37 0.44 0.28 0.88 0.62 0.55 0.49 0.54
O4' 0.22 0.35 0.58 0.47 0.09 0.25 0.13 0.34 0.15 0.32 0.29 0.24 0.16 0.26 0.21 0.47 0.33 0.41 0.28 0.18 0.37 0.24
O5' 0.21 0.38 0.63 0.78 0.26 0.33 0.29 0.54 0.33 0.34 0.38 0.31 0.35 0.33 0.26 0.38 0.74 0.15 0.85 0.93 0.90 0.86
OP1 0.27 0.37 0.64 0.94 0.31 0.75 0.42 1.09 0.43 0.47 0.39 0.34 0.52 0.54 0.30 0.53 1.09 0.36 1.22 1.55 1.31 1.30
OP2 0.56 0.58 1.02 1.40 0.61 1.11 0.65 1.54 0.64 0.67 0.61 0.57 0.66 0.68 0.62 0.63 1.27 0.82 1.92 2.19 2.04 2.02
P 0.33 0.32 0.93 1.30 0.22 0.96 0.15 1.26 0.21 0.15 0.27 0.31 0.22 0.12 0.21 0.65 1.37 0.57 1.51 1.72 1.55 1.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.23 0.30 0.22 0.23
C2 0.02 0.00 0.32 0.22 0.00 0.32 0.01 0.47 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.36 0.25 0.46 0.60 0.82 0.18 0.48
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.18 0.02 0.10 0.04 0.17 0.12 0.26 0.31 0.13 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.27 0.29 0.11 0.24
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.21 0.01 0.28 0.04 0.29 0.30 0.26 0.18 0.33 0.33 0.19 0.01 0.01 0.01 0.27 0.24 0.09 0.19
C4 0.01 0.00 0.18 0.21 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.12 0.22 0.39 0.39 0.44 0.37
C4' 0.03 0.32 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.07 0.37 0.19 0.33 0.12 0.32 0.11 0.19 0.03 0.00 0.01 0.22 0.29 0.02
C5 0.01 0.01 0.10 0.28 0.00 0.11 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.14 0.07 0.53 0.43 0.92 0.66
C5' 0.07 0.47 0.04 0.04 0.20 0.01 0.34 0.00 0.27 0.71 0.30 0.45 0.37 0.66 0.29 0.14 0.12 0.02 0.01 0.34 0.44 0.02
C6 0.01 0.00 0.17 0.29 0.00 0.07 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.21 0.17 0.48 0.40 0.83 0.56
C8 0.01 0.01 0.12 0.30 0.00 0.37 0.00 0.71 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.50 0.11 0.28 0.85 0.82 1.26 1.04
N1 0.01 0.00 0.26 0.26 0.00 0.19 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.25 0.34 0.48 0.60 0.40 0.39
N3 0.02 0.00 0.31 0.18 0.00 0.33 0.00 0.45 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.37 0.21 0.47 0.57 0.74 0.19 0.46
N6 0.01 0.01 0.13 0.33 0.00 0.12 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.23 0.10 0.58 0.44 1.14 0.76
N7 0.00 0.01 0.06 0.33 0.00 0.32 0.00 0.66 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.43 0.13 0.17 0.84 0.79 1.42 1.09
N9 0.00 0.00 0.03 0.19 0.00 0.11 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.03 0.02 0.43 0.40 0.61 0.50
O2' 0.01 0.36 0.01 0.01 0.10 0.19 0.17 0.14 0.11 0.50 0.21 0.37 0.18 0.43 0.17 0.00 0.06 0.15 0.10 0.17 0.13 0.12
O3' 0.18 0.25 0.02 0.01 0.12 0.03 0.14 0.12 0.21 0.11 0.25 0.21 0.23 0.13 0.03 0.06 0.00 0.07 0.26 0.35 0.09 0.14
O4' 0.00 0.46 0.03 0.01 0.22 0.00 0.07 0.02 0.17 0.28 0.34 0.47 0.10 0.17 0.02 0.15 0.07 0.00 0.20 0.32 0.27 0.22
O5' 0.23 0.60 0.27 0.27 0.39 0.01 0.53 0.01 0.48 0.85 0.48 0.57 0.58 0.84 0.43 0.10 0.26 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.30 0.82 0.29 0.24 0.39 0.22 0.43 0.34 0.40 0.82 0.60 0.74 0.44 0.79 0.40 0.17 0.35 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.18 0.11 0.09 0.44 0.29 0.92 0.44 0.83 1.26 0.40 0.19 1.14 1.42 0.61 0.13 0.09 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.48 0.24 0.19 0.37 0.02 0.66 0.02 0.56 1.04 0.39 0.46 0.76 1.09 0.50 0.12 0.14 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00