ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51610

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.044 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.030, 0.059, 0.088, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.059 std_dev=0.029
C4 B 0, 0.189, 0.418, 0.648, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.418 std_dev=0.230
N9 B 0, 0.270, 0.548, 0.826, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.548 std_dev=0.278
N3 B 0, 0.360, 0.662, 0.964, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.662 std_dev=0.302
C5 B 0, 0.396, 0.784, 1.173, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.784 std_dev=0.389
C1' B 0, 0.460, 0.873, 1.287, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.873 std_dev=0.413
O4' A 0, 0.513, 0.931, 1.348, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.931 std_dev=0.418
C8 B 0, 0.489, 0.933, 1.377, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.933 std_dev=0.444
C2 B 0, 0.547, 1.001, 1.454, 1.330 max_d=1.330 avg_d=1.001 std_dev=0.453
OP2 A 0, 0.362, 0.848, 1.333, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.848 std_dev=0.485
N7 B 0, 0.554, 1.057, 1.561, 1.499 max_d=1.499 avg_d=1.057 std_dev=0.504
C3' A 0, 0.622, 1.126, 1.630, 1.387 max_d=1.387 avg_d=1.126 std_dev=0.504
C2' A 0, 0.622, 1.133, 1.645, 1.429 max_d=1.429 avg_d=1.133 std_dev=0.511
C6 B 0, 0.605, 1.124, 1.644, 1.482 max_d=1.482 avg_d=1.124 std_dev=0.519
O5' A 0, 0.651, 1.182, 1.714, 1.462 max_d=1.462 avg_d=1.182 std_dev=0.531
C4' A 0, 0.658, 1.192, 1.726, 1.475 max_d=1.475 avg_d=1.192 std_dev=0.534
N1 B 0, 0.654, 1.196, 1.737, 1.576 max_d=1.576 avg_d=1.196 std_dev=0.541
O3' A 0, 0.721, 1.312, 1.902, 1.716 max_d=1.716 avg_d=1.312 std_dev=0.591
P A 0, 0.798, 1.468, 2.138, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.468 std_dev=0.670
O4' B 0, 0.787, 1.467, 2.148, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.467 std_dev=0.680
N6 B 0, 0.847, 1.566, 2.284, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.566 std_dev=0.718
C5' A 0, 0.986, 1.793, 2.600, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.793 std_dev=0.807
C2' B 0, 1.013, 1.879, 2.745, 2.563 max_d=2.563 avg_d=1.879 std_dev=0.866
O2' A 0, 1.088, 1.985, 2.883, 2.524 max_d=2.524 avg_d=1.985 std_dev=0.897
C3' B 0, 1.086, 2.011, 2.937, 2.753 max_d=2.753 avg_d=2.011 std_dev=0.925
C4' B 0, 1.175, 2.168, 3.162, 2.977 max_d=2.977 avg_d=2.168 std_dev=0.994
O5' B 0, 1.189, 2.233, 3.277, 3.281 max_d=3.281 avg_d=2.233 std_dev=1.044
O2' B 0, 1.238, 2.290, 3.342, 3.139 max_d=3.139 avg_d=2.290 std_dev=1.052
O3' B 0, 1.381, 2.530, 3.679, 3.400 max_d=3.400 avg_d=2.530 std_dev=1.149
OP2 B 0, 1.413, 2.631, 3.849, 3.834 max_d=3.834 avg_d=2.631 std_dev=1.218
C5' B 0, 1.468, 2.716, 3.964, 3.812 max_d=3.812 avg_d=2.716 std_dev=1.248
OP1 A 0, 1.499, 2.750, 4.001, 3.779 max_d=3.779 avg_d=2.750 std_dev=1.251
P B 0, 1.565, 2.918, 4.272, 4.247 max_d=4.247 avg_d=2.918 std_dev=1.353
OP1 B 0, 1.829, 3.406, 4.983, 4.929 max_d=4.929 avg_d=3.406 std_dev=1.577

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.10 0.15 0.12 0.10
C2 0.02 0.00 0.03 0.15 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.09 0.05 0.15 0.24 0.13 0.18
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.24 0.28 0.27
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.13 0.14 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.11 0.10 0.19 0.13
C4 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.02 0.16 0.26 0.11 0.17
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.06 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.01 0.19 0.34 0.11 0.21
C5' 0.04 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.14 0.03 0.07 0.06 0.13 0.06 0.02 0.10 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.04 0.01 0.19 0.36 0.11 0.22
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.06 0.18 0.34 0.12 0.20
N1 0.02 0.00 0.03 0.13 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.07 0.03 0.17 0.31 0.11 0.20
N3 0.02 0.00 0.03 0.14 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.07 0.06 0.14 0.21 0.14 0.16
N6 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.03 0.01 0.20 0.41 0.12 0.25
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.05 0.20 0.39 0.13 0.23
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.15 0.25 0.11 0.16
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.13 0.08 0.11 0.02 0.15 0.02 0.19 0.21 0.13 0.05 0.05 0.00 0.01 0.05 0.17 0.16 0.29 0.23
O3' 0.09 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.10 0.04 0.09 0.07 0.07 0.03 0.07 0.07 0.01 0.00 0.06 0.03 0.06 0.19 0.07
O4' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.00 0.04 0.11 0.09 0.05
O5' 0.10 0.15 0.24 0.11 0.16 0.01 0.19 0.00 0.19 0.18 0.17 0.14 0.20 0.20 0.15 0.17 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.24 0.24 0.10 0.26 0.04 0.34 0.05 0.36 0.34 0.31 0.21 0.41 0.39 0.25 0.16 0.06 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00
OP2 0.12 0.13 0.28 0.19 0.11 0.10 0.11 0.08 0.11 0.12 0.11 0.14 0.12 0.13 0.11 0.29 0.19 0.09 0.01 0.03 0.00 0.00
P 0.10 0.18 0.27 0.13 0.17 0.02 0.21 0.02 0.22 0.20 0.20 0.16 0.25 0.23 0.16 0.23 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.19 0.06 0.12 0.08 0.06 0.10 0.10 0.12 0.16 0.19 0.13 0.15 0.17 0.09 0.17 0.11 0.08 0.14 0.15 0.18 0.16
C2 0.05 0.17 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.12 0.14 0.09 0.16 0.14 0.12 0.09 0.06 0.30 0.09 0.08 0.14 0.19 0.19 0.18
C2' 0.06 0.31 0.03 0.12 0.17 0.06 0.18 0.06 0.28 0.07 0.35 0.23 0.31 0.10 0.08 0.17 0.12 0.06 0.10 0.15 0.18 0.15
C3' 0.10 0.28 0.07 0.22 0.18 0.13 0.17 0.09 0.23 0.08 0.29 0.23 0.24 0.11 0.12 0.11 0.23 0.11 0.09 0.12 0.11 0.11
C4 0.06 0.17 0.07 0.17 0.05 0.10 0.05 0.10 0.07 0.11 0.14 0.12 0.06 0.12 0.06 0.18 0.15 0.06 0.13 0.18 0.17 0.16
C4' 0.07 0.19 0.05 0.19 0.10 0.10 0.10 0.08 0.14 0.08 0.19 0.15 0.16 0.10 0.07 0.15 0.20 0.07 0.09 0.14 0.13 0.12
C5 0.08 0.14 0.15 0.24 0.06 0.16 0.06 0.16 0.06 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.07 0.14 0.22 0.10 0.17 0.23 0.20 0.20
C5' 0.05 0.14 0.04 0.19 0.08 0.11 0.09 0.10 0.12 0.07 0.14 0.11 0.15 0.09 0.06 0.20 0.21 0.07 0.11 0.17 0.16 0.15
C6 0.09 0.12 0.17 0.27 0.06 0.21 0.04 0.21 0.04 0.09 0.09 0.11 0.05 0.07 0.07 0.17 0.24 0.13 0.22 0.29 0.24 0.25
C8 0.10 0.16 0.14 0.22 0.10 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.20 0.17 0.10 0.12 0.21 0.10 0.14 0.19 0.17 0.17
N1 0.07 0.15 0.09 0.21 0.11 0.17 0.09 0.19 0.09 0.10 0.13 0.14 0.07 0.09 0.09 0.26 0.17 0.13 0.21 0.26 0.24 0.24
N3 0.05 0.17 0.07 0.10 0.06 0.05 0.06 0.09 0.12 0.10 0.18 0.12 0.11 0.08 0.03 0.25 0.09 0.05 0.12 0.16 0.17 0.16
N6 0.14 0.10 0.27 0.35 0.06 0.28 0.04 0.29 0.05 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.18 0.32 0.18 0.27 0.36 0.29 0.31
N7 0.11 0.13 0.18 0.26 0.09 0.18 0.11 0.17 0.12 0.12 0.11 0.12 0.17 0.14 0.09 0.12 0.25 0.11 0.17 0.24 0.19 0.20
N9 0.07 0.18 0.08 0.17 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.14 0.16 0.13 0.14 0.16 0.08 0.15 0.16 0.08 0.12 0.16 0.16 0.15
O2' 0.16 0.27 0.22 0.14 0.07 0.21 0.11 0.32 0.26 0.22 0.34 0.14 0.34 0.18 0.13 0.34 0.14 0.19 0.37 0.44 0.48 0.44
O3' 0.05 0.17 0.05 0.12 0.09 0.05 0.10 0.08 0.15 0.08 0.19 0.12 0.18 0.09 0.06 0.19 0.12 0.05 0.09 0.12 0.13 0.12
O4' 0.07 0.14 0.07 0.17 0.08 0.09 0.11 0.08 0.12 0.13 0.13 0.11 0.17 0.16 0.09 0.16 0.18 0.07 0.10 0.15 0.14 0.13
O5' 0.18 0.07 0.18 0.05 0.12 0.11 0.15 0.15 0.13 0.22 0.10 0.06 0.16 0.22 0.17 0.39 0.04 0.15 0.18 0.18 0.18 0.18
OP1 0.28 0.18 0.30 0.15 0.22 0.19 0.21 0.20 0.18 0.27 0.17 0.20 0.18 0.25 0.26 0.54 0.12 0.23 0.22 0.20 0.17 0.19
OP2 0.14 0.13 0.17 0.13 0.13 0.13 0.17 0.15 0.17 0.20 0.15 0.10 0.21 0.21 0.15 0.36 0.17 0.13 0.16 0.16 0.16 0.16
P 0.20 0.05 0.23 0.07 0.13 0.12 0.15 0.16 0.11 0.23 0.07 0.07 0.15 0.22 0.19 0.45 0.05 0.16 0.18 0.17 0.16 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06
C2 0.02 0.00 0.14 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.08 0.11 0.12 0.10
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.07 0.05 0.07 0.10 0.14 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.12 0.14 0.14
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.05 0.12 0.11 0.10 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.08 0.11 0.09
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.08 0.10 0.13 0.11
C5' 0.03 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02 0.08 0.10 0.14 0.11
C8 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.02 0.09 0.11 0.14 0.12
N1 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.11 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.14 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.04 0.07 0.09 0.11 0.09
N6 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.08 0.11 0.15 0.12
N7 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.03 0.01 0.09 0.11 0.15 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.07 0.07 0.10 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.08 0.08 0.01 0.07 0.12 0.04 0.07 0.09 0.12 0.06 0.00 0.05 0.05 0.13 0.12 0.19 0.14
O3' 0.12 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.05 0.00 0.09 0.09 0.22 0.20 0.16
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
O5' 0.06 0.08 0.15 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.13 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.11 0.12 0.05 0.08 0.04 0.10 0.04 0.10 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.07 0.12 0.22 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.14 0.07 0.11 0.03 0.13 0.01 0.14 0.14 0.13 0.11 0.15 0.15 0.10 0.19 0.20 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.14 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.12 0.11 0.09 0.12 0.13 0.09 0.14 0.16 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00