Doublet Group distance statistics: 51612

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.036 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.002, 0.026, 0.054, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.026 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.008, 0.039, 0.070, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.039 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.001, 0.036, 0.071, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.036 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.008, 0.050, 0.092, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.050 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.076 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.030, 0.129, 0.229, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.129 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.018, 0.125, 0.232, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.125 std_dev=0.107
C3' A 0, 0.028, 0.196, 0.364, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.196 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.010, 0.190, 0.369, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.190 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.050, 0.237, 0.425, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.237 std_dev=0.187
O5' A 0, 0.071, 0.274, 0.477, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.274 std_dev=0.203
C4' B 0, 0.101, 0.305, 0.508, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.305 std_dev=0.203
C3' B 0, 0.079, 0.288, 0.497, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.288 std_dev=0.209
O3' B 0, 0.102, 0.322, 0.542, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.322 std_dev=0.220
C2' B 0, 0.088, 0.333, 0.578, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.333 std_dev=0.245
P A 0, 0.128, 0.377, 0.625, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.377 std_dev=0.249
O3' A 0, 0.066, 0.321, 0.577, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.321 std_dev=0.255
O4' B 0, 0.115, 0.379, 0.642, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.379 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.122, 0.401, 0.680, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.401 std_dev=0.279
O2' B 0, 0.137, 0.416, 0.696, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.416 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.115, 0.430, 0.745, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.430 std_dev=0.315
OP2 A 0, 0.145, 0.466, 0.787, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.466 std_dev=0.321
N3 B 0, 0.114, 0.435, 0.756, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.435 std_dev=0.321
C4 B 0, 0.113, 0.438, 0.763, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.438 std_dev=0.325
C2 B 0, 0.127, 0.453, 0.779, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.453 std_dev=0.326
N1 B 0, 0.136, 0.474, 0.812, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.474 std_dev=0.338
OP1 A 0, 0.144, 0.489, 0.835, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.489 std_dev=0.345
C8 B 0, 0.113, 0.470, 0.828, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.470 std_dev=0.358
C5 B 0, 0.119, 0.477, 0.836, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.477 std_dev=0.359
C6 B 0, 0.132, 0.492, 0.853, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.492 std_dev=0.360
C5' B 0, 0.089, 0.459, 0.830, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.459 std_dev=0.370
N7 B 0, 0.113, 0.506, 0.899, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.506 std_dev=0.393
N6 B 0, 0.139, 0.541, 0.942, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.541 std_dev=0.402
O5' B 0, 0.079, 0.620, 1.162, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.620 std_dev=0.541
P B 0, 0.225, 0.834, 1.443, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.834 std_dev=0.609
OP1 B 0, 0.161, 0.888, 1.615, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.888 std_dev=0.727
OP2 B 0, 0.167, 1.005, 1.843, 2.260 max_d=2.260 avg_d=1.005 std_dev=0.838

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.09 0.06
C2 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.03 0.08 0.12 0.16 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.13 0.12 0.06
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.11 0.07 0.04 0.10 0.11 0.05 0.02 0.00 0.00 0.04 0.17 0.15 0.09
C4 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.13 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.08 0.10 0.14 0.09
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.09 0.13 0.16 0.11
C8 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.03 0.08 0.07 0.09 0.07
N1 0.04 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.08 0.13 0.16 0.11
N3 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.07 0.11 0.14 0.09
N6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.14 0.17 0.12
N7 0.00 0.02 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.02 0.09 0.10 0.13 0.09
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.10 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.13 0.09 0.03
O3' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.06 0.02 0.10 0.04 0.11 0.12 0.10 0.07 0.14 0.13 0.05 0.04 0.00 0.01 0.06 0.24 0.21 0.13
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.11 0.10
O5' 0.05 0.08 0.03 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.06 0.02 0.06 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.12 0.13 0.17 0.09 0.09 0.10 0.06 0.13 0.07 0.13 0.11 0.14 0.10 0.07 0.13 0.24 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.16 0.12 0.15 0.13 0.04 0.14 0.01 0.16 0.09 0.16 0.14 0.17 0.13 0.10 0.09 0.21 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.06 0.09 0.08 0.02 0.09 0.01 0.11 0.07 0.11 0.09 0.12 0.09 0.06 0.03 0.13 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.16 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.12 0.10 0.05 0.13 0.15 0.10 0.07 0.07 0.17 0.16 0.08 0.20 0.71 0.89 0.53
C2 0.12 0.14 0.09 0.04 0.12 0.02 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.14 0.09 0.08 0.23 0.69 0.88 0.59
C2' 0.10 0.16 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.15 0.10 0.10 0.08 0.17 0.10 0.08 0.18 0.78 0.95 0.57
C3' 0.14 0.15 0.12 0.04 0.12 0.05 0.13 0.05 0.12 0.15 0.12 0.15 0.14 0.16 0.13 0.21 0.04 0.10 0.15 0.80 0.95 0.56
C4 0.11 0.13 0.09 0.04 0.10 0.03 0.09 0.12 0.07 0.10 0.08 0.13 0.08 0.10 0.10 0.15 0.08 0.07 0.22 0.70 0.91 0.58
C4' 0.13 0.17 0.09 0.07 0.12 0.06 0.11 0.09 0.12 0.10 0.14 0.17 0.12 0.12 0.11 0.19 0.12 0.09 0.17 0.72 0.86 0.49
C5 0.14 0.16 0.12 0.03 0.14 0.04 0.13 0.13 0.10 0.13 0.11 0.17 0.10 0.13 0.14 0.16 0.06 0.10 0.23 0.68 0.90 0.60
C5' 0.19 0.18 0.18 0.07 0.17 0.07 0.16 0.06 0.16 0.16 0.16 0.19 0.16 0.17 0.17 0.29 0.07 0.14 0.16 0.72 0.83 0.47
C6 0.16 0.19 0.12 0.03 0.18 0.04 0.18 0.14 0.18 0.17 0.18 0.19 0.19 0.18 0.17 0.16 0.06 0.11 0.23 0.65 0.85 0.59
C8 0.12 0.15 0.12 0.05 0.08 0.05 0.03 0.12 0.04 0.06 0.09 0.15 0.07 0.06 0.08 0.16 0.07 0.08 0.21 0.70 0.93 0.58
N1 0.14 0.18 0.11 0.03 0.16 0.03 0.16 0.13 0.17 0.15 0.17 0.17 0.18 0.16 0.15 0.15 0.07 0.10 0.23 0.66 0.85 0.59
N3 0.10 0.13 0.08 0.05 0.10 0.03 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.14 0.09 0.07 0.22 0.71 0.91 0.58
N6 0.19 0.23 0.14 0.04 0.23 0.05 0.24 0.14 0.26 0.21 0.23 0.22 0.28 0.23 0.21 0.17 0.06 0.14 0.22 0.60 0.79 0.59
N7 0.15 0.16 0.13 0.04 0.14 0.05 0.10 0.14 0.07 0.12 0.10 0.17 0.06 0.11 0.14 0.17 0.05 0.10 0.22 0.68 0.92 0.60
N9 0.10 0.14 0.09 0.06 0.08 0.05 0.07 0.11 0.07 0.08 0.10 0.14 0.08 0.08 0.08 0.15 0.09 0.07 0.21 0.71 0.92 0.56
O2' 0.10 0.18 0.09 0.09 0.10 0.10 0.07 0.11 0.09 0.05 0.14 0.17 0.08 0.06 0.08 0.17 0.14 0.09 0.18 0.75 0.92 0.53
O3' 0.15 0.16 0.13 0.05 0.12 0.06 0.13 0.03 0.12 0.16 0.12 0.15 0.15 0.17 0.13 0.22 0.01 0.11 0.13 0.82 0.95 0.56
O4' 0.11 0.17 0.09 0.13 0.12 0.11 0.10 0.13 0.12 0.06 0.14 0.17 0.11 0.08 0.09 0.16 0.20 0.09 0.20 0.68 0.85 0.49
O5' 0.20 0.16 0.23 0.09 0.14 0.09 0.13 0.04 0.13 0.15 0.14 0.17 0.14 0.15 0.15 0.31 0.03 0.14 0.14 0.77 0.89 0.53
OP1 0.02 0.10 0.08 0.04 0.05 0.09 0.10 0.22 0.11 0.13 0.10 0.07 0.15 0.15 0.05 0.19 0.03 0.06 0.37 0.65 0.72 0.40
OP2 0.11 0.14 0.08 0.08 0.12 0.13 0.16 0.22 0.16 0.22 0.14 0.13 0.19 0.21 0.15 0.12 0.03 0.16 0.38 0.70 0.83 0.49
P 0.03 0.10 0.09 0.01 0.05 0.04 0.10 0.13 0.12 0.12 0.11 0.08 0.15 0.14 0.05 0.17 0.00 0.03 0.27 0.73 0.79 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.29 0.43 0.17
C2 0.04 0.00 0.10 0.11 0.01 0.07 0.02 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.12 0.03 0.22 0.43 0.58 0.32
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.08 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.53 0.61 0.32
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.07 0.59 0.60 0.36
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.21 0.31 0.46 0.22
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.07 0.12 0.12 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.32 0.31 0.14
C5 0.01 0.02 0.03 0.09 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.28 0.27 0.38 0.24
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.12 0.00 0.18 0.00 0.20 0.18 0.16 0.10 0.24 0.22 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.17 0.09 0.01
C6 0.03 0.00 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.11 0.02 0.31 0.33 0.43 0.31
C8 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.10 0.00 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.10 0.04 0.25 0.11 0.30 0.08
N1 0.04 0.00 0.08 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.12 0.02 0.27 0.41 0.53 0.34
N3 0.04 0.00 0.10 0.10 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.18 0.40 0.55 0.27
N6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.13 0.04 0.35 0.32 0.37 0.35
N7 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.12 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.12 0.04 0.31 0.16 0.23 0.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.16 0.24 0.41 0.15
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.09 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.52 0.57 0.28
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12 0.05 0.05 0.00 0.01 0.11 0.72 0.67 0.41
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.14 0.33 0.17
O5' 0.07 0.22 0.06 0.07 0.21 0.02 0.28 0.01 0.31 0.25 0.27 0.18 0.35 0.31 0.16 0.04 0.11 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.29 0.43 0.53 0.59 0.31 0.32 0.27 0.17 0.33 0.11 0.41 0.40 0.32 0.16 0.24 0.52 0.72 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.58 0.61 0.60 0.46 0.31 0.38 0.09 0.43 0.30 0.53 0.55 0.37 0.23 0.41 0.57 0.67 0.33 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.32 0.32 0.36 0.22 0.14 0.24 0.01 0.31 0.08 0.34 0.27 0.35 0.18 0.15 0.28 0.41 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00