ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51613

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.032, 0.052, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.019, 0.055, 0.090, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.055 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.026, 0.065, 0.103, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.065 std_dev=0.038
C3' A 0, 0.022, 0.075, 0.128, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.075 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.045, 0.102, 0.159, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.102 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.038, 0.114, 0.190, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.043, 0.120, 0.196, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.120 std_dev=0.077
C4 B 0, 0.069, 0.151, 0.233, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.151 std_dev=0.082
C5' A 0, 0.081, 0.182, 0.283, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.182 std_dev=0.101
O5' A 0, 0.100, 0.231, 0.363, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.231 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.120, 0.317, 0.514, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.317 std_dev=0.197
P A 0, 0.126, 0.346, 0.566, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.346 std_dev=0.220
C5 B 0, 0.105, 0.332, 0.559, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.332 std_dev=0.227
OP1 A 0, 0.153, 0.431, 0.709, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.431 std_dev=0.278
OP2 A 0, 0.164, 0.452, 0.739, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.452 std_dev=0.287
N9 B 0, 0.120, 0.417, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.417 std_dev=0.297
C2 B 0, 0.157, 0.470, 0.784, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.470 std_dev=0.313
C6 B 0, 0.152, 0.525, 0.898, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.525 std_dev=0.373
C4' B 0, 0.128, 0.511, 0.894, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.511 std_dev=0.383
N1 B 0, 0.173, 0.574, 0.974, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.574 std_dev=0.401
N7 B 0, 0.137, 0.554, 0.972, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.554 std_dev=0.417
C8 B 0, 0.138, 0.566, 0.994, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.566 std_dev=0.428
C1' B 0, 0.169, 0.674, 1.178, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.674 std_dev=0.504
O4' B 0, 0.173, 0.717, 1.261, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.717 std_dev=0.544
C3' B 0, 0.199, 0.780, 1.362, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.780 std_dev=0.582
O3' B 0, 0.201, 0.783, 1.364, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.783 std_dev=0.582
N6 B 0, 0.208, 0.808, 1.408, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.808 std_dev=0.600
C5' B 0, 0.185, 0.822, 1.459, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.822 std_dev=0.637
C2' B 0, 0.232, 0.957, 1.683, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.957 std_dev=0.726
O2' B 0, 0.305, 1.210, 2.115, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.210 std_dev=0.905
O5' B 0, 0.344, 1.556, 2.768, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.556 std_dev=1.212
OP1 B 0, 0.410, 2.160, 3.911, 3.696 max_d=3.696 avg_d=2.160 std_dev=1.751
P B 0, 0.533, 2.636, 4.739, 4.524 max_d=4.524 avg_d=2.636 std_dev=2.103
OP2 B 0, 0.800, 3.817, 6.834, 6.374 max_d=6.374 avg_d=3.817 std_dev=3.017

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.11 0.18 0.27 0.17
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.11 0.06
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.11 0.16 0.24 0.15
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.12 0.19 0.27 0.18
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.13 0.21 0.29 0.20
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.16 0.21 0.15
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.12 0.20 0.29 0.19
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.10 0.16 0.24 0.14
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.13 0.23 0.30 0.21
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.19 0.26 0.18
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.14 0.20 0.13
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.09 0.05
O5' 0.07 0.11 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.12 0.10 0.13 0.13 0.10 0.02 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.18 0.09 0.08 0.16 0.04 0.19 0.03 0.21 0.16 0.20 0.16 0.23 0.19 0.14 0.07 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.27 0.11 0.08 0.24 0.05 0.27 0.02 0.29 0.21 0.29 0.24 0.30 0.26 0.20 0.10 0.04 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.17 0.06 0.04 0.15 0.02 0.18 0.00 0.20 0.15 0.19 0.14 0.21 0.18 0.13 0.05 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.15 0.31 0.22 0.09 0.18 0.09 0.44 0.17 0.05 0.06 0.21 0.31 0.13 0.10 0.31 0.07 0.16 0.13 0.15 0.52 0.37
C2 0.09 0.29 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.47 0.21 0.18 0.33 0.17 0.20 0.13 0.08 0.22 0.23 0.09 0.22 0.16 0.18 0.32
C2' 0.22 0.14 0.35 0.26 0.09 0.22 0.07 0.48 0.15 0.04 0.05 0.20 0.30 0.12 0.11 0.36 0.10 0.19 0.16 0.27 0.71 0.51
C3' 0.29 0.07 0.44 0.33 0.10 0.26 0.07 0.48 0.18 0.07 0.13 0.18 0.30 0.08 0.16 0.48 0.16 0.26 0.22 0.34 0.94 0.62
C4 0.05 0.21 0.13 0.10 0.09 0.13 0.02 0.48 0.06 0.07 0.17 0.17 0.02 0.08 0.03 0.06 0.15 0.05 0.17 0.21 0.48 0.44
C4' 0.32 0.06 0.45 0.33 0.11 0.25 0.10 0.43 0.22 0.09 0.21 0.17 0.34 0.09 0.18 0.52 0.18 0.29 0.16 0.23 0.78 0.48
C5 0.04 0.15 0.09 0.07 0.08 0.13 0.09 0.52 0.14 0.02 0.16 0.11 0.12 0.04 0.03 0.15 0.21 0.04 0.20 0.30 0.63 0.57
C5' 0.35 0.13 0.49 0.36 0.10 0.27 0.10 0.40 0.24 0.12 0.26 0.12 0.33 0.08 0.20 0.59 0.22 0.34 0.20 0.26 0.93 0.54
C6 0.14 0.18 0.13 0.10 0.07 0.10 0.14 0.52 0.24 0.07 0.24 0.09 0.28 0.06 0.07 0.36 0.29 0.11 0.21 0.31 0.50 0.56
C8 0.19 0.03 0.34 0.22 0.09 0.21 0.02 0.49 0.05 0.10 0.05 0.10 0.10 0.04 0.14 0.28 0.08 0.17 0.20 0.30 0.84 0.60
N1 0.15 0.24 0.16 0.11 0.07 0.09 0.11 0.49 0.27 0.16 0.31 0.13 0.32 0.05 0.10 0.35 0.29 0.13 0.21 0.22 0.25 0.41
N3 0.04 0.29 0.08 0.06 0.08 0.10 0.03 0.47 0.10 0.14 0.27 0.20 0.03 0.16 0.04 0.09 0.16 0.03 0.19 0.15 0.27 0.33
N6 0.21 0.13 0.24 0.16 0.06 0.12 0.18 0.54 0.26 0.02 0.23 0.05 0.34 0.17 0.08 0.53 0.36 0.15 0.25 0.40 0.64 0.69
N7 0.09 0.05 0.22 0.14 0.08 0.18 0.08 0.53 0.06 0.11 0.05 0.06 0.06 0.11 0.10 0.08 0.16 0.10 0.25 0.36 0.90 0.69
N9 0.15 0.14 0.27 0.18 0.09 0.17 0.03 0.47 0.07 0.03 0.02 0.18 0.16 0.07 0.09 0.21 0.08 0.13 0.15 0.22 0.60 0.46
O2' 0.21 0.16 0.33 0.25 0.08 0.19 0.10 0.45 0.18 0.06 0.05 0.21 0.36 0.16 0.10 0.35 0.10 0.17 0.13 0.19 0.55 0.40
O3' 0.30 0.08 0.45 0.35 0.11 0.27 0.08 0.48 0.18 0.07 0.13 0.18 0.32 0.09 0.16 0.50 0.18 0.27 0.24 0.38 1.01 0.67
O4' 0.28 0.06 0.39 0.28 0.10 0.22 0.10 0.42 0.23 0.07 0.20 0.19 0.34 0.10 0.16 0.43 0.12 0.24 0.12 0.14 0.57 0.35
O5' 0.27 0.23 0.45 0.32 0.07 0.22 0.15 0.36 0.28 0.08 0.32 0.08 0.34 0.10 0.12 0.56 0.17 0.26 0.24 0.29 1.06 0.61
OP1 0.30 0.22 0.46 0.36 0.06 0.26 0.13 0.33 0.26 0.10 0.31 0.08 0.33 0.07 0.14 0.56 0.25 0.33 0.36 0.40 1.34 0.76
OP2 0.22 0.26 0.41 0.34 0.10 0.26 0.15 0.36 0.26 0.08 0.31 0.15 0.30 0.09 0.09 0.49 0.22 0.27 0.45 0.51 1.51 0.91
P 0.29 0.24 0.46 0.35 0.07 0.25 0.13 0.34 0.25 0.10 0.31 0.10 0.30 0.07 0.14 0.57 0.23 0.31 0.35 0.38 1.30 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.29 0.28 0.18 0.06
C2 0.01 0.00 0.09 0.04 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.21 0.07 0.40 0.29 0.19 0.17
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.07 0.02 0.07 0.14 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.05 0.04 0.00 0.02 0.03 0.24 0.17 0.62 0.33
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.05 0.14 0.00 0.05 0.08 0.13 0.06 0.00 0.01 0.02 0.23 0.12 0.89 0.44
C4 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.03 0.32 0.20 0.16 0.08
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.09 0.27 0.04 0.11 0.14 0.25 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.41 0.10
C5 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.12 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.25 0.07 0.23 0.04
C5' 0.13 0.17 0.14 0.03 0.30 0.01 0.46 0.00 0.43 0.63 0.29 0.13 0.52 0.63 0.37 0.13 0.02 0.01 0.00 0.36 0.24 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.09 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.27 0.08 0.28 0.05
C8 0.01 0.01 0.03 0.14 0.00 0.27 0.00 0.63 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.04 0.06 0.15 0.05 0.15 0.15
N1 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.18 0.05 0.35 0.19 0.25 0.13
N3 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.20 0.07 0.40 0.32 0.14 0.16
N6 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.14 0.01 0.52 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.22 0.05 0.33 0.04
N7 0.00 0.00 0.05 0.13 0.00 0.25 0.00 0.63 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.02 0.04 0.15 0.09 0.24 0.13
N9 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.11 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.26 0.16 0.11 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.14 0.06 0.09 0.04 0.12 0.05 0.00 0.06 0.01 0.24 0.15 0.84 0.44
O3' 0.03 0.21 0.02 0.01 0.12 0.01 0.08 0.02 0.12 0.04 0.18 0.20 0.10 0.02 0.04 0.06 0.00 0.11 0.21 0.08 0.99 0.44
O4' 0.00 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.11 0.00 0.42 0.46 0.21 0.31
O5' 0.29 0.40 0.24 0.23 0.32 0.01 0.25 0.00 0.27 0.15 0.35 0.40 0.22 0.15 0.26 0.24 0.21 0.42 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.29 0.17 0.12 0.20 0.22 0.07 0.36 0.08 0.05 0.19 0.32 0.05 0.09 0.16 0.15 0.08 0.46 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.19 0.62 0.89 0.16 0.41 0.23 0.24 0.28 0.15 0.25 0.14 0.33 0.24 0.11 0.84 0.99 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.17 0.33 0.44 0.08 0.10 0.04 0.01 0.05 0.15 0.13 0.16 0.04 0.13 0.05 0.44 0.44 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00