ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51615

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.001, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.006, 0.033, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.026
O3' A 0, 0.035, 0.110, 0.184, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.110 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.007, 0.090, 0.173, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.090 std_dev=0.083
C3' A 0, -0.005, 0.093, 0.192, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.093 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.000, 0.099, 0.197, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.014, 0.141, 0.268, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.141 std_dev=0.127
O2' B 0, 0.046, 0.180, 0.314, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.180 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.011, 0.158, 0.305, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.158 std_dev=0.147
N9 B 0, 0.110, 0.274, 0.438, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.274 std_dev=0.164
C8 B 0, 0.101, 0.271, 0.441, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.271 std_dev=0.170
C4 B 0, 0.124, 0.297, 0.469, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.297 std_dev=0.172
C2' B 0, 0.072, 0.245, 0.417, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.245 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.109, 0.288, 0.468, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.288 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.106, 0.286, 0.467, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.286 std_dev=0.180
N7 B 0, 0.105, 0.287, 0.470, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.287 std_dev=0.183
C6 B 0, 0.111, 0.309, 0.508, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.309 std_dev=0.198
N3 B 0, 0.138, 0.342, 0.547, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.342 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.141, 0.346, 0.551, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.346 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.149, 0.364, 0.580, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.364 std_dev=0.215
C3' B 0, 0.110, 0.337, 0.564, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.337 std_dev=0.227
N6 B 0, 0.098, 0.326, 0.555, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.326 std_dev=0.229
C5' A 0, 0.048, 0.283, 0.518, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.283 std_dev=0.235
O4' B 0, 0.136, 0.384, 0.632, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.384 std_dev=0.248
O3' B 0, 0.099, 0.353, 0.608, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.353 std_dev=0.254
P A 0, 0.109, 0.386, 0.662, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.386 std_dev=0.276
C4' B 0, 0.148, 0.434, 0.720, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.434 std_dev=0.286
P B 0, 0.148, 0.450, 0.752, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.450 std_dev=0.302
O5' B 0, 0.147, 0.454, 0.761, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.454 std_dev=0.307
OP1 B 0, 0.107, 0.433, 0.760, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.433 std_dev=0.326
O5' A 0, 0.043, 0.394, 0.744, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.394 std_dev=0.351
OP2 B 0, 0.153, 0.527, 0.901, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.527 std_dev=0.374
C5' B 0, 0.153, 0.529, 0.906, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.529 std_dev=0.376
OP2 A 0, 0.034, 0.644, 1.255, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.644 std_dev=0.610
OP1 A 0, 0.022, 0.786, 1.551, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.786 std_dev=0.764

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.48 0.27 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.06 0.15 0.41 0.19 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.46 0.35 0.08
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.53 0.23 0.14
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.08 0.35 0.29 0.06
C4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.51 0.14 0.17
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.23 0.36 0.04
C5' 0.04 0.10 0.06 0.00 0.08 0.01 0.10 0.00 0.12 0.12 0.11 0.08 0.14 0.12 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01 0.14 0.31 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.08 0.23 0.31 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.21 0.48 0.07
N1 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.05 0.13 0.31 0.24 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.06 0.14 0.45 0.20 0.12
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.16 0.34 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.14 0.48 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.35 0.35 0.03
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.07 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.51 0.34 0.10
O3' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.06 0.66 0.12 0.20
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.48 0.19 0.12
O5' 0.04 0.15 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.01 0.08 0.05 0.13 0.14 0.08 0.03 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.48 0.41 0.46 0.53 0.35 0.51 0.23 0.14 0.23 0.21 0.31 0.45 0.16 0.14 0.35 0.51 0.66 0.48 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.19 0.35 0.23 0.29 0.14 0.36 0.31 0.31 0.48 0.24 0.20 0.34 0.48 0.35 0.34 0.12 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.08 0.14 0.06 0.17 0.04 0.02 0.08 0.07 0.12 0.12 0.09 0.07 0.03 0.10 0.20 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.10 0.14 0.10 0.17 0.06 0.15 0.06 0.07 0.09 0.13 0.04 0.04 0.10 0.07 0.20 0.17 0.11 0.08 0.13 0.10
C2 0.17 0.08 0.13 0.14 0.14 0.16 0.12 0.15 0.07 0.18 0.06 0.12 0.04 0.15 0.17 0.11 0.16 0.18 0.10 0.11 0.12 0.11
C2' 0.13 0.12 0.09 0.14 0.09 0.16 0.06 0.14 0.07 0.06 0.10 0.13 0.05 0.04 0.09 0.06 0.20 0.16 0.10 0.08 0.13 0.10
C3' 0.14 0.10 0.10 0.16 0.09 0.20 0.06 0.18 0.05 0.08 0.07 0.11 0.04 0.06 0.10 0.05 0.21 0.19 0.13 0.13 0.19 0.15
C4 0.10 0.10 0.06 0.08 0.07 0.10 0.04 0.06 0.04 0.07 0.08 0.10 0.02 0.04 0.08 0.05 0.14 0.10 0.03 0.04 0.05 0.04
C4' 0.13 0.04 0.10 0.17 0.06 0.21 0.04 0.20 0.02 0.09 0.03 0.06 0.02 0.06 0.09 0.04 0.22 0.18 0.17 0.18 0.24 0.20
C5 0.06 0.09 0.03 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.02 0.04 0.06 0.11 0.05 0.05 0.06 0.01 0.03
C5' 0.09 0.01 0.10 0.13 0.05 0.14 0.05 0.14 0.03 0.11 0.01 0.01 0.04 0.09 0.08 0.05 0.13 0.11 0.15 0.23 0.24 0.22
C6 0.08 0.07 0.07 0.08 0.03 0.07 0.02 0.05 0.03 0.10 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.09 0.11 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07
C8 0.10 0.11 0.11 0.12 0.09 0.12 0.06 0.12 0.07 0.04 0.10 0.11 0.05 0.04 0.08 0.11 0.15 0.11 0.12 0.04 0.08 0.07
N1 0.14 0.05 0.12 0.13 0.10 0.14 0.10 0.12 0.03 0.18 0.04 0.07 0.02 0.15 0.15 0.11 0.14 0.14 0.10 0.12 0.10 0.11
N3 0.15 0.09 0.10 0.12 0.11 0.15 0.08 0.12 0.05 0.13 0.06 0.12 0.02 0.10 0.13 0.07 0.16 0.16 0.07 0.08 0.11 0.09
N6 0.05 0.07 0.06 0.07 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.09 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.09 0.10 0.05 0.09 0.13 0.08 0.10
N7 0.07 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.10 0.07 0.02 0.09 0.10 0.06 0.03 0.05 0.08 0.11 0.07 0.12 0.07 0.08 0.08
N9 0.11 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.05 0.10 0.06 0.04 0.09 0.12 0.04 0.02 0.08 0.07 0.16 0.12 0.08 0.02 0.07 0.05
O2' 0.14 0.16 0.09 0.14 0.12 0.17 0.08 0.14 0.09 0.07 0.13 0.17 0.07 0.05 0.11 0.07 0.21 0.17 0.10 0.06 0.12 0.08
O3' 0.19 0.15 0.13 0.18 0.14 0.24 0.11 0.22 0.10 0.12 0.12 0.17 0.08 0.10 0.15 0.07 0.22 0.23 0.17 0.16 0.22 0.18
O4' 0.14 0.06 0.10 0.16 0.08 0.19 0.05 0.17 0.03 0.08 0.04 0.08 0.02 0.06 0.10 0.05 0.21 0.18 0.14 0.12 0.17 0.14
O5' 0.07 0.20 0.03 0.04 0.13 0.04 0.12 0.09 0.15 0.06 0.19 0.18 0.14 0.08 0.09 0.07 0.02 0.04 0.11 0.23 0.29 0.23
OP1 0.17 0.40 0.03 0.10 0.28 0.06 0.25 0.19 0.30 0.12 0.37 0.37 0.29 0.16 0.19 0.05 0.01 0.11 0.20 0.26 0.35 0.27
OP2 0.10 0.11 0.09 0.06 0.09 0.36 0.06 0.39 0.07 0.05 0.09 0.12 0.06 0.05 0.07 0.30 0.01 0.29 0.22 0.14 0.24 0.15
P 0.07 0.10 0.03 0.01 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.05 0.09 0.10 0.07 0.05 0.06 0.09 0.00 0.12 0.03 0.08 0.07 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.09 0.06 0.06
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.09 0.06 0.06
C8 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.09 0.09 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.11 0.08 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.08 0.11 0.09 0.08
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.04 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.04 0.05
O3' 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.08
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
O5' 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.05 0.04 0.07 0.08 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06 0.02 0.09 0.02 0.09 0.09 0.08 0.04 0.11 0.11 0.05 0.07 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.02 0.08 0.08 0.04 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00