Doublet Group distance statistics: 51616

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1'	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N6	A	0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C8	A	0, 0.006, 0.034, 0.062, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.028
N9	A	0, 0.002, 0.030, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.028
N1	B	0, 0.041, 0.159, 0.278, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.159 std_dev=0.118
C2	B	0, 0.024, 0.146, 0.269, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.146 std_dev=0.122
C6	B	0, 0.051, 0.196, 0.342, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.196 std_dev=0.146
O4'	A	0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.168 std_dev=0.168
N3	B	0, 0.010, 0.179, 0.347, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.179 std_dev=0.169
C5	B	0, 0.045, 0.230, 0.414, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.230 std_dev=0.184
N6	B	0, 0.061, 0.250, 0.438, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.250 std_dev=0.188
C4	B	0, 0.024, 0.216, 0.408, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.216 std_dev=0.192
C2'	A	0, -0.014, 0.229, 0.471, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.229 std_dev=0.243
O2'	B	0, 0.094, 0.339, 0.583, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.339 std_dev=0.245
N7	B	0, 0.049, 0.304, 0.559, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.304 std_dev=0.255
P	B	0, 0.009, 0.266, 0.522, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.266 std_dev=0.257
C2'	B	0, 0.035, 0.299, 0.562, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.299 std_dev=0.264
OP2	A	0, 0.019, 0.287, 0.555, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.287 std_dev=0.268
N9	B	0, 0.008, 0.286, 0.564, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.286 std_dev=0.278
C3'	B	0, 0.006, 0.290, 0.574, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.290 std_dev=0.284
C8	B	0, 0.028, 0.327, 0.626, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.327 std_dev=0.299
C4'	B	0, -0.023, 0.284, 0.590, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.284 std_dev=0.306
C1'	B	0, -0.003, 0.305, 0.613, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.305 std_dev=0.308
O3'	B	0, 0.055, 0.376, 0.697, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.376 std_dev=0.321
O5'	B	0, -0.037, 0.304, 0.645, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.304 std_dev=0.341
P	A	0, 0.013, 0.372, 0.731, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.372 std_dev=0.359
O2'	A	0, -0.024, 0.340, 0.703, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.340 std_dev=0.364
O4'	B	0, -0.042, 0.323, 0.688, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.323 std_dev=0.365
C4'	A	0, -0.017, 0.362, 0.742, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.362 std_dev=0.379
O5'	A	0, 0.007, 0.388, 0.769, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.388 std_dev=0.381
C3'	A	0, -0.025, 0.364, 0.753, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.364 std_dev=0.389
OP2	B	0, -0.011, 0.394, 0.799, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.394 std_dev=0.405
OP1	B	0, -0.017, 0.432, 0.881, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.432 std_dev=0.449
OP1	A	0, -0.040, 0.504, 1.048, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.504 std_dev=0.544
O3'	A	0, -0.016, 0.570, 1.157, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.570 std_dev=0.587
C5'	B	0, -0.117, 0.478, 1.073, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.478 std_dev=0.595
C5'	A	0, -0.098, 0.632, 1.363, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.632 std_dev=0.731

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.30	0.27	0.04	0.20
C2	0.01	0.00	0.11	0.03	0.00	0.05	0.00	0.30	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.18	0.08	0.05	0.31	0.15	0.13	0.12
C2'	0.00	0.11	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01	0.02	0.03	0.08	0.08	0.11	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.14	0.17	0.06
C3'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.10	0.01	0.07	0.17	0.02	0.04	0.11	0.16	0.06	0.02	0.01	0.02	0.02	0.08	0.27	0.05
C4	0.00	0.00	0.04	0.03	0.00	0.08	0.00	0.30	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.08	0.01	0.03	0.32	0.16	0.10	0.13
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.08	0.00	0.13	0.00	0.13	0.16	0.08	0.04	0.16	0.17	0.09	0.05	0.00	0.00	0.01	0.18	0.22	0.01
C5	0.00	0.00	0.01	0.10	0.00	0.13	0.00	0.38	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.07	0.02	0.29	0.08	0.13	0.09
C5'	0.09	0.30	0.02	0.01	0.30	0.00	0.38	0.00	0.39	0.35	0.35	0.25	0.43	0.40	0.26	0.04	0.10	0.04	0.00	0.32	0.32	0.01
C6	0.00	0.01	0.03	0.07	0.01	0.13	0.00	0.39	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.04	0.02	0.28	0.06	0.16	0.07
C8	0.01	0.01	0.08	0.17	0.00	0.16	0.01	0.35	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.07	0.16	0.03	0.31	0.13	0.09	0.13
N1	0.01	0.01	0.08	0.02	0.01	0.08	0.00	0.35	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.14	0.03	0.04	0.30	0.09	0.14	0.09
N3	0.01	0.00	0.11	0.04	0.00	0.04	0.00	0.25	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.17	0.08	0.05	0.32	0.19	0.10	0.15
N6	0.00	0.01	0.01	0.11	0.01	0.16	0.00	0.43	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.09	0.02	0.25	0.05	0.18	0.04
N7	0.01	0.00	0.06	0.16	0.00	0.17	0.00	0.40	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.16	0.01	0.27	0.06	0.13	0.07
N9	0.01	0.01	0.00	0.06	0.01	0.09	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.01	0.33	0.20	0.07	0.17
O2'	0.01	0.18	0.00	0.02	0.08	0.05	0.03	0.04	0.08	0.07	0.14	0.17	0.05	0.04	0.01	0.00	0.03	0.04	0.05	0.12	0.18	0.04
O3'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.10	0.04	0.16	0.03	0.08	0.09	0.16	0.05	0.03	0.00	0.02	0.21	0.07	0.33	0.17
O4'	0.00	0.05	0.01	0.02	0.03	0.00	0.02	0.04	0.02	0.03	0.04	0.05	0.02	0.01	0.01	0.04	0.02	0.00	0.34	0.37	0.05	0.28
O5'	0.30	0.31	0.13	0.02	0.32	0.01	0.29	0.00	0.28	0.31	0.30	0.32	0.25	0.27	0.33	0.05	0.21	0.34	0.00	0.00	0.01	0.01
OP1	0.27	0.15	0.14	0.08	0.16	0.18	0.08	0.32	0.06	0.13	0.09	0.19	0.05	0.06	0.20	0.12	0.07	0.37	0.00	0.00	0.01	0.01
OP2	0.04	0.13	0.17	0.27	0.10	0.22	0.13	0.32	0.16	0.09	0.14	0.10	0.18	0.13	0.07	0.18	0.33	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.20	0.12	0.06	0.05	0.13	0.01	0.09	0.01	0.07	0.13	0.09	0.15	0.04	0.07	0.17	0.04	0.17	0.28	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.04	0.10	0.02	0.12	0.03	0.12	0.06	0.04	0.22	0.04	0.05	0.04	0.18	0.20	0.11	0.06	0.19	0.17	0.36	0.10	0.16
C2	0.05	0.09	0.05	0.12	0.05	0.20	0.07	0.44	0.03	0.13	0.08	0.03	0.03	0.12	0.09	0.06	0.14	0.01	0.29	0.20	0.10	0.06
C2'	0.14	0.04	0.07	0.05	0.14	0.08	0.15	0.07	0.11	0.21	0.05	0.09	0.11	0.20	0.18	0.07	0.15	0.12	0.10	0.33	0.09	0.14
C3'	0.02	0.09	0.10	0.20	0.03	0.20	0.04	0.09	0.03	0.08	0.07	0.06	0.03	0.08	0.04	0.11	0.31	0.02	0.13	0.23	0.03	0.02
C4	0.11	0.10	0.03	0.08	0.07	0.14	0.08	0.30	0.02	0.18	0.08	0.03	0.02	0.16	0.14	0.05	0.13	0.07	0.22	0.25	0.04	0.07
C4'	0.04	0.17	0.13	0.22	0.07	0.21	0.05	0.08	0.09	0.04	0.15	0.13	0.08	0.04	0.03	0.15	0.32	0.03	0.23	0.19	0.06	0.06
C5	0.05	0.12	0.03	0.12	0.02	0.17	0.06	0.30	0.01	0.16	0.09	0.08	0.02	0.15	0.10	0.02	0.17	0.03	0.16	0.21	0.08	0.04
C5'	0.38	0.48	0.47	0.54	0.40	0.50	0.37	0.26	0.40	0.30	0.45	0.46	0.38	0.31	0.35	0.50	0.63	0.36	0.62	0.04	0.32	0.33
C6	0.02	0.12	0.07	0.15	0.03	0.21	0.04	0.37	0.01	0.12	0.08	0.10	0.02	0.12	0.04	0.03	0.19	0.12	0.20	0.18	0.13	0.03
C8	0.11	0.12	0.02	0.08	0.04	0.08	0.06	0.06	0.01	0.18	0.09	0.06	0.01	0.15	0.13	0.03	0.15	0.07	0.04	0.26	0.02	0.04
N1	0.03	0.11	0.08	0.14	0.04	0.22	0.05	0.44	0.03	0.10	0.09	0.08	0.02	0.11	0.05	0.05	0.17	0.09	0.26	0.18	0.13	0.05
N3	0.10	0.07	0.04	0.08	0.08	0.15	0.09	0.38	0.03	0.17	0.07	0.02	0.03	0.14	0.14	0.07	0.11	0.07	0.28	0.23	0.05	0.09
N6	0.09	0.12	0.11	0.18	0.07	0.23	0.01	0.35	0.01	0.08	0.07	0.13	0.04	0.11	0.04	0.04	0.22	0.21	0.16	0.16	0.16	0.03
N7	0.06	0.13	0.02	0.11	0.01	0.13	0.05	0.15	0.01	0.16	0.09	0.10	0.02	0.14	0.09	0.02	0.19	0.03	0.06	0.22	0.07	0.02
N9	0.13	0.10	0.04	0.06	0.07	0.09	0.08	0.16	0.01	0.19	0.08	0.03	0.02	0.15	0.15	0.05	0.12	0.11	0.13	0.28	0.00	0.08
O2'	0.22	0.17	0.16	0.03	0.24	0.02	0.25	0.02	0.21	0.29	0.17	0.21	0.20	0.28	0.27	0.16	0.07	0.20	0.17	0.38	0.20	0.23
O3'	0.02	0.04	0.11	0.22	0.04	0.21	0.06	0.09	0.04	0.09	0.02	0.03	0.06	0.10	0.06	0.12	0.34	0.03	0.17	0.18	0.04	0.03
O4'	0.15	0.14	0.06	0.02	0.06	0.02	0.06	0.02	0.06	0.18	0.14	0.05	0.06	0.13	0.15	0.05	0.08	0.18	0.01	0.28	0.04	0.05
O5'	0.32	0.16	0.20	0.10	0.30	0.20	0.33	0.44	0.28	0.41	0.20	0.21	0.30	0.40	0.36	0.16	0.04	0.33	0.06	0.31	0.17	0.14
OP1	0.06	0.03	0.02	0.05	0.08	0.07	0.10	0.43	0.08	0.14	0.04	0.04	0.09	0.14	0.10	0.06	0.22	0.09	0.16	0.36	0.16	0.14
OP2	0.06	0.25	0.11	0.15	0.13	0.07	0.09	0.22	0.15	0.03	0.22	0.22	0.13	0.03	0.05	0.13	0.26	0.08	0.32	0.14	0.07	0.09
P	0.10	0.04	0.03	0.05	0.08	0.07	0.11	0.40	0.07	0.18	0.03	0.03	0.09	0.17	0.13	0.03	0.19	0.12	0.20	0.28	0.09	0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.02	0.02	0.01	0.08	0.02	0.02	0.03	0.05	0.02	0.01	0.00	0.00	0.06	0.01	0.32	0.25	0.04	0.16
C2	0.05	0.00	0.09	0.17	0.00	0.28	0.02	0.60	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.06	0.16	0.09	0.27	0.04	0.18	0.02
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.05	0.02	0.03	0.12	0.05	0.03	0.07	0.09	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.20	0.12	0.08	0.08
C3'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.09	0.00	0.06	0.00	0.10	0.03	0.14	0.16	0.09	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.06	0.03
C4	0.02	0.00	0.05	0.09	0.00	0.15	0.01	0.39	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.09	0.05	0.37	0.18	0.08	0.11
C4'	0.02	0.28	0.02	0.00	0.15	0.00	0.13	0.00	0.19	0.01	0.25	0.26	0.17	0.04	0.04	0.01	0.00	0.00	0.01	0.16	0.04	0.01
C5	0.01	0.02	0.03	0.06	0.01	0.13	0.00	0.38	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.05	0.06	0.05	0.38	0.18	0.09	0.10
C5'	0.08	0.60	0.12	0.00	0.39	0.00	0.38	0.00	0.48	0.16	0.57	0.53	0.47	0.26	0.20	0.10	0.06	0.01	0.01	0.31	0.04	0.01
C6	0.02	0.01	0.05	0.10	0.00	0.19	0.01	0.48	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.06	0.08	0.06	0.34	0.11	0.14	0.05
C8	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.16	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.07	0.02	0.01	0.40	0.27	0.03	0.17
N1	0.03	0.01	0.07	0.14	0.00	0.25	0.01	0.57	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.05	0.12	0.08	0.29	0.04	0.18	0.02
N3	0.05	0.00	0.09	0.16	0.00	0.26	0.02	0.53	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.05	0.16	0.07	0.32	0.11	0.12	0.06
N6	0.02	0.01	0.04	0.09	0.01	0.17	0.01	0.47	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.06	0.06	0.34	0.10	0.15	0.04
N7	0.01	0.03	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.26	0.02	0.00	0.03	0.02	0.01	0.00	0.00	0.07	0.02	0.02	0.40	0.23	0.06	0.14
N9	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.20	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.05	0.01	0.39	0.25	0.03	0.17
O2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.05	0.10	0.06	0.07	0.05	0.05	0.06	0.07	0.03	0.00	0.03	0.01	0.14	0.06	0.14	0.06
O3'	0.06	0.16	0.00	0.00	0.09	0.00	0.06	0.06	0.08	0.02	0.12	0.16	0.06	0.02	0.05	0.03	0.00	0.10	0.14	0.01	0.05	0.06
O4'	0.01	0.09	0.02	0.01	0.05	0.00	0.05	0.01	0.06	0.01	0.08	0.07	0.06	0.02	0.01	0.01	0.10	0.00	0.36	0.36	0.10	0.23
O5'	0.32	0.27	0.20	0.01	0.37	0.01	0.38	0.01	0.34	0.40	0.29	0.32	0.34	0.40	0.39	0.14	0.14	0.36	0.00	0.03	0.01	0.00
OP1	0.25	0.04	0.12	0.07	0.18	0.16	0.18	0.31	0.11	0.27	0.04	0.11	0.10	0.23	0.25	0.06	0.01	0.36	0.03	0.00	0.02	0.00
OP2	0.04	0.18	0.08	0.06	0.08	0.04	0.09	0.04	0.14	0.03	0.18	0.12	0.15	0.06	0.03	0.14	0.05	0.10	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.16	0.02	0.08	0.03	0.11	0.01	0.10	0.01	0.05	0.17	0.02	0.06	0.04	0.14	0.17	0.06	0.06	0.23	0.00	0.00	0.01	0.00