Doublet Group distance statistics: 51617

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.023
O3' A 0, 0.003, 0.062, 0.122, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.062 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.019, 0.113, 0.207, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.113 std_dev=0.094
C2' A 0, 0.005, 0.106, 0.207, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.106 std_dev=0.101
C3' A 0, 0.000, 0.111, 0.223, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.111 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.024, 0.153, 0.283, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.153 std_dev=0.130
O2' A 0, 0.003, 0.156, 0.309, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.156 std_dev=0.153
C5' A 0, 0.048, 0.279, 0.511, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.279 std_dev=0.232
O5' A 0, 0.088, 0.349, 0.611, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.349 std_dev=0.261
OP2 A 0, 0.109, 0.377, 0.646, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.377 std_dev=0.268
P A 0, 0.114, 0.390, 0.666, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.390 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.076, 0.357, 0.637, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.357 std_dev=0.280
N6 B 0, 0.109, 0.393, 0.677, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.393 std_dev=0.284
N1 B 0, 0.079, 0.368, 0.656, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.368 std_dev=0.289
C5 B 0, 0.036, 0.327, 0.618, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.327 std_dev=0.291
N7 B 0, 0.024, 0.317, 0.611, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.317 std_dev=0.294
C2 B 0, 0.049, 0.349, 0.649, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.349 std_dev=0.300
OP1 A 0, 0.126, 0.434, 0.742, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.434 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.033, 0.346, 0.659, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.346 std_dev=0.313
N3 B 0, 0.041, 0.357, 0.673, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.357 std_dev=0.316
C8 B 0, 0.032, 0.352, 0.672, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.352 std_dev=0.320
N9 B 0, 0.049, 0.382, 0.714, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.382 std_dev=0.333
O2' B 0, 0.125, 0.463, 0.802, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.463 std_dev=0.339
C2' B 0, 0.106, 0.450, 0.794, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.450 std_dev=0.344
C1' B 0, 0.084, 0.447, 0.810, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.447 std_dev=0.363
C3' B 0, 0.140, 0.566, 0.991, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.566 std_dev=0.425
O4' B 0, 0.114, 0.559, 1.004, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.559 std_dev=0.445
O5' B 0, 0.178, 0.636, 1.093, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.636 std_dev=0.458
O3' B 0, 0.167, 0.635, 1.104, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.635 std_dev=0.469
C4' B 0, 0.150, 0.631, 1.112, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.631 std_dev=0.481
P B 0, 0.206, 0.716, 1.225, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.716 std_dev=0.509
OP1 B 0, 0.210, 0.722, 1.235, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.722 std_dev=0.513
OP2 B 0, 0.224, 0.765, 1.306, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.765 std_dev=0.541
C5' B 0, 0.172, 0.732, 1.292, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.732 std_dev=0.560

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.10 0.16 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.08 0.14 0.16 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.15 0.19 0.14
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.13 0.10
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.12 0.17 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.12 0.17 0.12
C5' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.17 0.13
C8 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.04 0.10 0.16 0.11
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.14 0.16 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.07 0.13 0.17 0.13
N6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.13 0.16 0.13
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.05 0.11 0.17 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.11 0.17 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.18 0.23 0.17
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.05
O5' 0.03 0.08 0.05 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.10 0.14 0.15 0.12 0.12 0.04 0.12 0.00 0.13 0.10 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.18 0.10 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.16 0.19 0.13 0.17 0.07 0.17 0.01 0.17 0.16 0.16 0.17 0.16 0.17 0.17 0.23 0.12 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.14 0.10 0.12 0.04 0.12 0.00 0.13 0.11 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.17 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.09 0.08 0.13 0.06 0.11 0.09 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.07 0.13 0.08
C2 0.04 0.17 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.09 0.05 0.14 0.14 0.12 0.03 0.13 0.06 0.04 0.04 0.05 0.14 0.14 0.22 0.16
C2' 0.01 0.17 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.15 0.05 0.21 0.11 0.18 0.06 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.07 0.12 0.07
C3' 0.07 0.20 0.07 0.07 0.12 0.06 0.13 0.04 0.21 0.04 0.24 0.15 0.25 0.07 0.07 0.07 0.08 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01
C4 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05 0.07 0.09 0.10 0.06 0.15 0.09 0.03 0.08 0.16 0.09 0.05 0.05 0.08 0.12 0.13 0.19 0.14
C4' 0.08 0.19 0.09 0.10 0.13 0.09 0.15 0.07 0.21 0.08 0.23 0.15 0.25 0.11 0.09 0.08 0.11 0.08 0.05 0.03 0.04 0.02
C5 0.14 0.04 0.12 0.12 0.14 0.14 0.17 0.16 0.12 0.21 0.06 0.07 0.13 0.21 0.17 0.11 0.10 0.14 0.17 0.17 0.22 0.18
C5' 0.12 0.22 0.12 0.14 0.18 0.13 0.21 0.12 0.27 0.13 0.26 0.19 0.31 0.18 0.14 0.10 0.14 0.12 0.09 0.06 0.04 0.06
C6 0.17 0.02 0.16 0.17 0.16 0.17 0.18 0.19 0.12 0.24 0.05 0.08 0.12 0.23 0.20 0.14 0.15 0.17 0.21 0.20 0.26 0.21
C8 0.12 0.06 0.09 0.09 0.12 0.12 0.15 0.14 0.13 0.18 0.09 0.08 0.15 0.19 0.14 0.09 0.07 0.13 0.14 0.14 0.19 0.15
N1 0.12 0.09 0.13 0.14 0.08 0.13 0.12 0.15 0.04 0.21 0.05 0.04 0.05 0.19 0.15 0.09 0.12 0.12 0.19 0.19 0.25 0.20
N3 0.02 0.17 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.08 0.10 0.16 0.11 0.07 0.10 0.03 0.05 0.02 0.03 0.10 0.11 0.18 0.12
N6 0.24 0.12 0.23 0.23 0.23 0.24 0.23 0.25 0.17 0.27 0.12 0.18 0.16 0.26 0.25 0.22 0.21 0.23 0.26 0.24 0.29 0.25
N7 0.16 0.10 0.13 0.14 0.17 0.16 0.19 0.18 0.17 0.22 0.12 0.12 0.17 0.22 0.18 0.13 0.11 0.17 0.18 0.17 0.22 0.18
N9 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.09 0.09 0.08 0.13 0.09 0.03 0.10 0.14 0.09 0.05 0.03 0.08 0.10 0.11 0.16 0.12
O2' 0.03 0.14 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.09 0.07 0.11 0.16 0.08 0.08 0.11 0.05 0.05 0.04 0.06 0.09 0.11 0.16 0.12
O3' 0.05 0.17 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.03 0.16 0.02 0.20 0.13 0.19 0.04 0.05 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02
O4' 0.04 0.14 0.05 0.06 0.08 0.05 0.10 0.03 0.14 0.05 0.17 0.10 0.17 0.08 0.04 0.05 0.08 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03
O5' 0.10 0.20 0.10 0.13 0.16 0.12 0.20 0.11 0.25 0.12 0.24 0.17 0.30 0.17 0.12 0.09 0.13 0.10 0.08 0.05 0.04 0.05
OP1 0.08 0.14 0.10 0.13 0.12 0.12 0.15 0.11 0.18 0.09 0.17 0.12 0.22 0.13 0.09 0.09 0.14 0.09 0.07 0.05 0.05 0.04
OP2 0.09 0.13 0.10 0.13 0.12 0.12 0.15 0.12 0.17 0.10 0.16 0.12 0.21 0.14 0.10 0.08 0.13 0.09 0.10 0.08 0.06 0.07
P 0.09 0.15 0.10 0.13 0.13 0.12 0.16 0.11 0.19 0.10 0.18 0.13 0.24 0.15 0.10 0.08 0.13 0.09 0.07 0.05 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.08 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.06 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.09 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03
N6 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04
N7 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02 0.07 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.12 0.12
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03
O5' 0.03 0.03 0.05 0.08 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.05 0.08 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.13 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.06 0.08 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.12 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00