ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51618

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C3' A 0, 0.029, 0.109, 0.189, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.109 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.020, 0.103, 0.186, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.103 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.035, 0.120, 0.206, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.120 std_dev=0.085
O4' A 0, 0.030, 0.119, 0.207, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.119 std_dev=0.089
O3' A 0, 0.000, 0.098, 0.197, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.098 std_dev=0.099
P B 0, 0.044, 0.151, 0.257, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.151 std_dev=0.107
O5' B 0, 0.033, 0.158, 0.283, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.158 std_dev=0.125
OP2 B 0, 0.052, 0.182, 0.311, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.182 std_dev=0.130
C5' A 0, 0.058, 0.208, 0.357, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.208 std_dev=0.150
O2' A 0, 0.061, 0.211, 0.360, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.211 std_dev=0.150
O5' A 0, 0.066, 0.226, 0.387, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.226 std_dev=0.161
OP1 B 0, 0.054, 0.218, 0.382, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.218 std_dev=0.164
C5' B 0, 0.025, 0.207, 0.390, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.207 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.069, 0.263, 0.456, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.263 std_dev=0.194
N1 B 0, 0.081, 0.276, 0.472, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.276 std_dev=0.195
N9 B 0, 0.055, 0.256, 0.456, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.256 std_dev=0.201
P A 0, 0.075, 0.281, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.281 std_dev=0.206
OP2 A 0, 0.066, 0.272, 0.478, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.272 std_dev=0.206
C5 B 0, 0.081, 0.294, 0.507, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.294 std_dev=0.213
C6 B 0, 0.088, 0.303, 0.517, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.303 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.068, 0.286, 0.504, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.286 std_dev=0.218
O4' B 0, 0.008, 0.229, 0.450, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.229 std_dev=0.221
C2 B 0, 0.087, 0.312, 0.537, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.312 std_dev=0.225
OP1 A 0, 0.075, 0.302, 0.528, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.302 std_dev=0.226
C1' B 0, 0.051, 0.278, 0.504, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.278 std_dev=0.226
C4' B 0, 0.010, 0.240, 0.470, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.240 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.081, 0.317, 0.552, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.317 std_dev=0.236
C8 B 0, 0.065, 0.308, 0.551, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.308 std_dev=0.243
C3' B 0, 0.066, 0.312, 0.559, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.312 std_dev=0.246
O2' B 0, 0.104, 0.366, 0.628, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.366 std_dev=0.262
N7 B 0, 0.089, 0.365, 0.642, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.365 std_dev=0.276
N6 B 0, 0.114, 0.392, 0.670, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.392 std_dev=0.278
O3' B 0, 0.078, 0.376, 0.675, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.376 std_dev=0.299

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02 0.06 0.05 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.09 0.06 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.10 0.07 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.09 0.05 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.08 0.06 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.13 0.09 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.07 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03
O5' 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.06 0.04 0.03 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.09 0.08 0.04 0.13 0.11 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.09 0.07 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.06 0.03 0.10 0.09 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.18 0.07 0.08 0.01 0.08 0.04 0.09 0.05 0.15 0.14 0.12 0.04 0.14 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.02 0.03
C2 0.11 0.06 0.10 0.08 0.12 0.09 0.16 0.07 0.15 0.17 0.10 0.06 0.18 0.19 0.13 0.11 0.10 0.10 0.07 0.02 0.09 0.03
C2' 0.02 0.18 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.06 0.10 0.14 0.14 0.04 0.10 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00
C3' 0.05 0.23 0.04 0.03 0.12 0.03 0.08 0.02 0.12 0.04 0.19 0.20 0.10 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00
C4 0.12 0.07 0.11 0.10 0.09 0.11 0.15 0.09 0.10 0.19 0.02 0.02 0.13 0.21 0.13 0.11 0.11 0.12 0.08 0.03 0.05 0.01
C4' 0.05 0.25 0.04 0.03 0.15 0.03 0.11 0.06 0.17 0.03 0.23 0.22 0.14 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.12 0.02 0.05
C5 0.13 0.03 0.11 0.10 0.11 0.12 0.18 0.11 0.15 0.21 0.03 0.02 0.19 0.23 0.15 0.11 0.12 0.13 0.09 0.05 0.05 0.02
C5' 0.06 0.24 0.05 0.03 0.16 0.03 0.14 0.05 0.19 0.01 0.24 0.21 0.18 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02 0.14 0.04 0.05
C6 0.14 0.03 0.11 0.10 0.13 0.12 0.19 0.10 0.18 0.21 0.09 0.06 0.23 0.23 0.16 0.12 0.12 0.13 0.09 0.03 0.06 0.01
C8 0.12 0.11 0.10 0.10 0.07 0.12 0.13 0.11 0.07 0.21 0.10 0.05 0.11 0.22 0.13 0.10 0.11 0.12 0.09 0.08 0.01 0.04
N1 0.12 0.06 0.10 0.09 0.13 0.10 0.18 0.08 0.18 0.19 0.12 0.07 0.22 0.21 0.15 0.11 0.11 0.12 0.08 0.02 0.09 0.02
N3 0.11 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.14 0.08 0.11 0.17 0.05 0.04 0.13 0.18 0.12 0.11 0.10 0.10 0.07 0.02 0.08 0.02
N6 0.14 0.05 0.12 0.11 0.14 0.12 0.20 0.11 0.20 0.22 0.11 0.07 0.26 0.24 0.17 0.12 0.13 0.14 0.09 0.04 0.06 0.01
N7 0.13 0.07 0.11 0.11 0.10 0.12 0.16 0.12 0.12 0.22 0.06 0.02 0.17 0.24 0.15 0.11 0.12 0.14 0.09 0.07 0.02 0.03
N9 0.10 0.13 0.10 0.09 0.05 0.11 0.11 0.10 0.04 0.19 0.10 0.06 0.07 0.19 0.12 0.09 0.10 0.11 0.09 0.05 0.02 0.03
O2' 0.03 0.13 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.11 0.09 0.10 0.04 0.12 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02
O3' 0.06 0.23 0.06 0.04 0.13 0.03 0.08 0.01 0.12 0.03 0.19 0.21 0.09 0.04 0.06 0.06 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
O4' 0.05 0.23 0.06 0.07 0.08 0.09 0.04 0.11 0.13 0.13 0.21 0.18 0.10 0.10 0.04 0.05 0.08 0.08 0.08 0.11 0.01 0.05
O5' 0.03 0.20 0.04 0.03 0.10 0.03 0.07 0.03 0.13 0.06 0.19 0.17 0.11 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01
OP1 0.02 0.14 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05 0.09 0.12 0.11 0.04 0.10 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02
OP2 0.06 0.13 0.06 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.13 0.13 0.08 0.09 0.11 0.06 0.05 0.08 0.08 0.03 0.10 0.02 0.04
P 0.02 0.16 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.09 0.08 0.15 0.13 0.08 0.07 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.09 0.13 0.22 0.17
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.09 0.04
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.05 0.14 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.09 0.05
C5' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.05 0.12 0.08
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.12 0.02 0.05
N1 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.07 0.10 0.18 0.14
N3 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.09 0.12 0.22 0.16
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.05 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.11 0.03 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.08 0.04
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.05
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
O5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.04 0.07 0.09 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.13 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.12 0.10 0.12 0.05 0.11 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.22 0.11 0.09 0.14 0.05 0.09 0.02 0.12 0.02 0.18 0.22 0.09 0.03 0.08 0.12 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.17 0.05 0.04 0.09 0.02 0.05 0.00 0.08 0.05 0.14 0.16 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00