ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51619

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, -0.002, 0.012, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.001, 0.015, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.003, 0.018, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.021
N3 A 0, -0.003, 0.018, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.021
N1 A 0, -0.005, 0.020, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, -0.004, 0.024, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.027
C2 B 0, 0.027, 0.095, 0.163, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.095 std_dev=0.068
N1 B 0, 0.020, 0.089, 0.158, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.089 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.022, 0.112, 0.202, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.112 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.031, 0.133, 0.235, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.133 std_dev=0.102
C6 B 0, 0.042, 0.147, 0.251, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.147 std_dev=0.104
N3 B 0, 0.033, 0.176, 0.319, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.176 std_dev=0.143
O4' A 0, 0.013, 0.161, 0.310, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.161 std_dev=0.149
N6 B 0, 0.042, 0.199, 0.356, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.199 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.049, 0.238, 0.427, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.238 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.039, 0.247, 0.456, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.247 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.016, 0.290, 0.564, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.290 std_dev=0.274
N7 B 0, 0.051, 0.347, 0.642, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.347 std_dev=0.296
C4' A 0, -0.016, 0.288, 0.592, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.288 std_dev=0.304
N9 B 0, 0.033, 0.372, 0.712, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.372 std_dev=0.339
C8 B 0, 0.044, 0.420, 0.797, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.420 std_dev=0.376
C5' A 0, -0.005, 0.410, 0.826, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.410 std_dev=0.416
O3' A 0, 0.017, 0.440, 0.863, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.440 std_dev=0.423
C1' B 0, 0.022, 0.453, 0.883, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.453 std_dev=0.431
O4' B 0, 0.036, 0.511, 0.986, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.511 std_dev=0.475
C2' B 0, 0.002, 0.492, 0.983, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.492 std_dev=0.490
C5' B 0, 0.000, 0.494, 0.989, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.494 std_dev=0.495
O5' A 0, -0.048, 0.449, 0.945, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.449 std_dev=0.497
C3' B 0, -0.004, 0.500, 1.005, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.500 std_dev=0.504
O5' B 0, 0.015, 0.523, 1.031, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.523 std_dev=0.508
C4' B 0, -0.001, 0.507, 1.016, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.507 std_dev=0.509
O2' B 0, -0.013, 0.538, 1.089, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.538 std_dev=0.551
OP2 A 0, 0.006, 0.558, 1.109, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.558 std_dev=0.551
O3' B 0, -0.028, 0.528, 1.083, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.528 std_dev=0.556
P A 0, -0.034, 0.528, 1.091, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.528 std_dev=0.562
OP2 B 0, 0.056, 0.637, 1.219, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.637 std_dev=0.581
OP1 A 0, -0.060, 0.561, 1.182, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.561 std_dev=0.621
P B 0, 0.021, 0.659, 1.296, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.659 std_dev=0.637
OP1 B 0, -0.001, 0.736, 1.473, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.736 std_dev=0.737

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05
C2 0.03 0.00 0.06 0.13 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.17 0.03 0.04 0.05 0.07 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.05 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03
C3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.01 0.17 0.09 0.16 0.11 0.20 0.14 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C4 0.00 0.02 0.06 0.13 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.00 0.07 0.08 0.09 0.10
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.09 0.07 0.04 0.12 0.11 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.06 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.19 0.00 0.10 0.12 0.14 0.14
C5' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.17 0.14 0.13 0.08 0.20 0.18 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.10 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.22 0.01 0.10 0.12 0.14 0.13
C8 0.00 0.02 0.03 0.09 0.00 0.09 0.00 0.14 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.02 0.12 0.11 0.12 0.15
N1 0.03 0.00 0.06 0.16 0.03 0.07 0.02 0.13 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.21 0.03 0.06 0.08 0.11 0.10
N3 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.04 0.00 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.13 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06
N6 0.00 0.02 0.08 0.20 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.26 0.00 0.12 0.15 0.18 0.16
N7 0.01 0.02 0.05 0.14 0.00 0.11 0.00 0.18 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.02 0.13 0.15 0.17 0.17
N9 0.00 0.03 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.07 0.07 0.07 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.03 0.07
O3' 0.00 0.17 0.01 0.02 0.15 0.00 0.19 0.01 0.22 0.12 0.21 0.13 0.26 0.18 0.09 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
O5' 0.03 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.12 0.06 0.04 0.12 0.13 0.07 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03 0.12 0.05 0.12 0.11 0.08 0.04 0.15 0.15 0.07 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.14 0.12 0.11 0.06 0.18 0.17 0.07 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.03 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.13 0.15 0.10 0.06 0.16 0.17 0.10 0.07 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.02 0.16 0.09 0.06 0.11 0.04 0.07 0.01 0.09 0.03 0.04 0.02 0.06 0.10 0.23 0.10 0.14 0.03 0.08 0.04 0.03
C2 0.07 0.08 0.09 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.09 0.05 0.05 0.09 0.08 0.07 0.12 0.07 0.07 0.01 0.05 0.06 0.03
C2' 0.12 0.01 0.13 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.04 0.10 0.02 0.02 0.06 0.08 0.09 0.19 0.07 0.11 0.04 0.10 0.04 0.06
C3' 0.09 0.03 0.10 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.06 0.10 0.04 0.01 0.09 0.09 0.07 0.14 0.04 0.07 0.05 0.13 0.07 0.09
C4 0.15 0.03 0.17 0.12 0.09 0.12 0.09 0.09 0.05 0.14 0.02 0.05 0.06 0.12 0.14 0.21 0.13 0.14 0.06 0.09 0.04 0.05
C4' 0.04 0.10 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.01 0.12 0.04 0.03 0.04 0.12 0.05 0.07
C5 0.17 0.03 0.20 0.15 0.11 0.15 0.12 0.12 0.06 0.18 0.04 0.06 0.05 0.16 0.16 0.22 0.16 0.16 0.08 0.10 0.04 0.06
C5' 0.05 0.07 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.10 0.03 0.04 0.06 0.16 0.10 0.11
C6 0.13 0.06 0.16 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.05 0.15 0.07 0.05 0.07 0.13 0.13 0.18 0.14 0.12 0.06 0.08 0.03 0.04
C8 0.25 0.03 0.28 0.20 0.16 0.20 0.13 0.16 0.04 0.22 0.02 0.11 0.01 0.16 0.22 0.30 0.20 0.23 0.12 0.13 0.04 0.10
N1 0.08 0.09 0.11 0.08 0.05 0.07 0.07 0.05 0.04 0.10 0.08 0.05 0.08 0.10 0.08 0.13 0.10 0.08 0.02 0.06 0.05 0.03
N3 0.10 0.05 0.11 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.10 0.01 0.03 0.09 0.09 0.09 0.15 0.08 0.09 0.02 0.06 0.05 0.03
N6 0.14 0.06 0.18 0.14 0.09 0.13 0.10 0.11 0.06 0.16 0.07 0.05 0.06 0.15 0.14 0.19 0.16 0.13 0.07 0.09 0.03 0.05
N7 0.24 0.02 0.26 0.20 0.16 0.20 0.14 0.16 0.05 0.23 0.02 0.10 0.00 0.19 0.22 0.28 0.20 0.22 0.13 0.14 0.06 0.10
N9 0.20 0.01 0.21 0.14 0.12 0.15 0.10 0.11 0.05 0.16 0.02 0.08 0.04 0.12 0.17 0.26 0.14 0.18 0.07 0.10 0.03 0.06
O2' 0.09 0.09 0.11 0.07 0.04 0.09 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.07 0.01 0.03 0.05 0.19 0.10 0.09 0.03 0.12 0.03 0.06
O3' 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.08 0.03 0.05 0.10 0.09 0.04 0.07 0.01 0.03 0.06 0.16 0.11 0.11
O4' 0.11 0.09 0.14 0.06 0.02 0.08 0.04 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.08 0.02 0.04 0.23 0.08 0.09 0.02 0.06 0.05 0.02
O5' 0.04 0.12 0.03 0.04 0.10 0.04 0.09 0.05 0.09 0.04 0.10 0.12 0.09 0.06 0.07 0.04 0.01 0.04 0.02 0.12 0.04 0.06
OP1 0.02 0.09 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.07 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.23 0.15 0.16
OP2 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.08 0.08 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.15 0.11 0.12
P 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.17 0.10 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04
C2 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.09 0.10 0.16 0.12
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.05 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.09 0.13 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.11 0.14 0.18 0.16
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.03 0.10 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.13 0.16 0.22 0.18
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.12 0.12 0.13
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.11 0.13 0.20 0.16
N3 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.07 0.12 0.10
N6 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.02 0.10 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.06 0.04 0.16 0.21 0.27 0.24
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.12 0.15 0.18 0.17
N9 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.09 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.13 0.08 0.09
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04
O5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.13 0.10 0.11 0.07 0.16 0.12 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.02 0.10 0.06 0.08 0.09 0.01 0.14 0.04 0.16 0.12 0.13 0.07 0.21 0.15 0.07 0.07 0.13 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.16 0.04 0.05 0.13 0.02 0.18 0.01 0.22 0.12 0.20 0.12 0.27 0.18 0.09 0.03 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.12 0.04 0.06 0.12 0.02 0.16 0.01 0.18 0.13 0.16 0.10 0.24 0.17 0.09 0.03 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00