ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51622

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
OP1 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
N6 A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C8 A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.000, 0.073, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
P A 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C8 B 0, 0.000, 0.115, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O2' B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
N7 B 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C4' A 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C5 B 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C3' A 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C4 B 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
N9 B 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C2 B 0, 0.000, 0.146, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.146 std_dev=0.146
N1 B 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C5' A 0, 0.000, 0.148, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.148
N3 B 0, 0.000, 0.150, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.150 std_dev=0.150
OP2 A 0, 0.000, 0.155, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.155
OP1 B 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C2' B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C1' B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
N6 B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O3' A 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O5' B 0, 0.000, 0.190, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.190 std_dev=0.190
P B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
O3' B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C3' B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
OP2 B 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O4' B 0, 0.000, 0.249, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C4' B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
C5' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01
C8 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02
N6 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.04 0.01 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.04 0.02
O3' 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.03 0.02
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
O5' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.02 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.09 0.02 0.06 0.01 0.05 0.09 0.04 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.09 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.09 0.06 0.05
C2' 0.08 0.07 0.10 0.12 0.06 0.10 0.03 0.08 0.03 0.02 0.05 0.08 0.02 0.00 0.06 0.08 0.11 0.11 0.05 0.03 0.02 0.01
C3' 0.05 0.05 0.07 0.09 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.09 0.08 0.03 0.04 0.04 0.01
C4 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.05 0.03 0.01
C4' 0.03 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02 0.04 0.05 0.01
C5 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.06 0.06 0.03
C5' 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.09 0.07
C8 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.07 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01
N1 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.08 0.07
N3 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.07 0.01 0.06 0.03 0.02
N6 0.05 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.09 0.06 0.09 0.09 0.05 0.04 0.11 0.11 0.06 0.01 0.01 0.05 0.06 0.11 0.11 0.09
N7 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02
N9 0.05 0.05 0.06 0.08 0.04 0.07 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01
O2' 0.11 0.09 0.13 0.15 0.08 0.13 0.04 0.10 0.04 0.03 0.06 0.10 0.01 0.01 0.08 0.12 0.15 0.13 0.07 0.02 0.01 0.03
O3' 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.09 0.06 0.04
O4' 0.03 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.03 0.03 0.04 0.00
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04
OP1 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01
OP2 0.04 0.02 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.06 0.04 0.03 0.05 0.01
P 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02
C8 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01
N7 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.04 0.05
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03
O5' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00