ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51623

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N6 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N7 A 0, 0.000, 0.048, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C8 A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.000, 0.077, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C3' A 0, 0.000, 0.198, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O2' A 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O5' A 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O3' A 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C2 B 0, 0.000, 0.526, 1.053, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.526 std_dev=0.526
N3 B 0, 0.000, 0.534, 1.068, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.534 std_dev=0.534
N1 B 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
C4 B 0, 0.000, 0.578, 1.156, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.578 std_dev=0.578
C6 B 0, 0.000, 0.604, 1.208, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.604 std_dev=0.604
N9 B 0, 0.000, 0.618, 1.237, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.618 std_dev=0.618
C5 B 0, 0.000, 0.619, 1.238, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.619 std_dev=0.619
P A 0, 0.000, 0.631, 1.261, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.631 std_dev=0.631
OP1 A 0, 0.000, 0.635, 1.271, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.635 std_dev=0.635
C1' B 0, 0.000, 0.636, 1.273, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.636 std_dev=0.636
O4' B 0, 0.000, 0.649, 1.298, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.649 std_dev=0.649
N6 B 0, 0.000, 0.654, 1.307, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.654 std_dev=0.654
C8 B 0, 0.000, 0.675, 1.350, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.675 std_dev=0.675
OP1 B 0, 0.000, 0.680, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.680 std_dev=0.680
N7 B 0, 0.000, 0.686, 1.372, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.686 std_dev=0.686
C4' B 0, 0.000, 0.703, 1.406, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.703 std_dev=0.703
C3' B 0, 0.000, 0.728, 1.456, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.728 std_dev=0.728
C2' B 0, 0.000, 0.738, 1.476, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.738 std_dev=0.738
O3' B 0, 0.000, 0.769, 1.537, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.769 std_dev=0.769
C5' B 0, 0.000, 0.773, 1.546, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.773 std_dev=0.773
OP2 A 0, 0.000, 0.791, 1.581, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.791 std_dev=0.791
O2' B 0, 0.000, 0.805, 1.611, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.805 std_dev=0.805
P B 0, 0.000, 0.970, 1.940, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.970 std_dev=0.970
O5' B 0, 0.000, 1.053, 2.107, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.053 std_dev=1.053
OP2 B 0, 0.000, 2.138, 4.276, 4.276 max_d=4.276 avg_d=2.138 std_dev=2.138

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.13 0.17 0.13
C2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.14 0.01 0.20 0.26 0.39 0.29
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.03 0.10 0.07 0.10 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.14 0.11
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.10 0.05 0.10 0.06 0.11 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.05 0.05
C4 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.21 0.25 0.34 0.27
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.02 0.24 0.29 0.39 0.32
C5' 0.04 0.06 0.02 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.05 0.14 0.16 0.09 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.17 0.02 0.24 0.31 0.43 0.34
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.23 0.26 0.28 0.27
N1 0.02 0.00 0.10 0.10 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.17 0.00 0.22 0.29 0.43 0.33
N3 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.02 0.19 0.23 0.35 0.25
N6 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.19 0.03 0.25 0.34 0.45 0.37
N7 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.04 0.25 0.30 0.36 0.32
N9 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.19 0.21 0.26 0.22
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.03 0.08 0.03 0.11 0.02 0.13 0.10 0.11 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.03 0.04 0.09 0.04
O3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.10 0.02 0.14 0.00 0.17 0.06 0.17 0.10 0.19 0.11 0.05 0.05 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.04
O5' 0.12 0.20 0.08 0.02 0.21 0.01 0.24 0.00 0.24 0.23 0.22 0.19 0.25 0.25 0.19 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.13 0.26 0.12 0.10 0.25 0.04 0.29 0.02 0.31 0.26 0.29 0.23 0.34 0.30 0.21 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.39 0.14 0.05 0.34 0.01 0.39 0.00 0.43 0.28 0.43 0.35 0.45 0.36 0.26 0.09 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.29 0.11 0.05 0.27 0.01 0.32 0.00 0.34 0.27 0.33 0.25 0.37 0.32 0.22 0.04 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.14 0.30 0.12 0.16 0.17 0.07 0.05 0.01 0.12 0.04 0.22 0.06 0.06 0.20 0.46 0.08 0.23 0.15 0.45 0.16 0.04
C2 0.40 0.32 0.42 0.30 0.34 0.31 0.31 0.23 0.27 0.33 0.28 0.35 0.20 0.29 0.36 0.49 0.25 0.35 0.34 0.38 0.16 0.12
C2' 0.25 0.13 0.28 0.09 0.12 0.11 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.19 0.10 0.01 0.14 0.47 0.06 0.18 0.04 0.42 0.34 0.08
C3' 0.18 0.04 0.24 0.04 0.02 0.05 0.09 0.12 0.13 0.05 0.07 0.10 0.20 0.12 0.05 0.46 0.02 0.10 0.07 0.41 0.50 0.18
C4 0.37 0.24 0.41 0.28 0.28 0.28 0.20 0.18 0.12 0.25 0.14 0.31 0.03 0.19 0.31 0.50 0.23 0.32 0.29 0.39 0.09 0.11
C4' 0.23 0.05 0.24 0.04 0.06 0.09 0.03 0.05 0.07 0.03 0.04 0.11 0.13 0.04 0.10 0.48 0.01 0.17 0.02 0.53 0.39 0.03
C5 0.42 0.23 0.47 0.36 0.32 0.35 0.24 0.26 0.13 0.31 0.13 0.32 0.01 0.24 0.36 0.52 0.31 0.37 0.37 0.37 0.23 0.15
C5' 0.21 0.01 0.22 0.04 0.04 0.09 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.06 0.10 0.03 0.09 0.44 0.01 0.16 0.01 0.60 0.43 0.01
C6 0.44 0.28 0.48 0.40 0.37 0.39 0.33 0.32 0.25 0.38 0.23 0.35 0.14 0.33 0.41 0.53 0.35 0.41 0.43 0.35 0.33 0.18
C8 0.36 0.05 0.44 0.29 0.17 0.29 0.03 0.17 0.10 0.16 0.09 0.19 0.19 0.04 0.25 0.52 0.26 0.31 0.27 0.40 0.08 0.11
N1 0.43 0.32 0.46 0.36 0.37 0.37 0.34 0.29 0.30 0.38 0.29 0.36 0.23 0.34 0.40 0.52 0.31 0.39 0.41 0.35 0.28 0.16
N3 0.36 0.29 0.39 0.25 0.30 0.27 0.24 0.17 0.19 0.27 0.22 0.32 0.12 0.22 0.31 0.48 0.20 0.31 0.28 0.40 0.06 0.09
N6 0.47 0.27 0.51 0.45 0.38 0.44 0.36 0.39 0.26 0.43 0.21 0.34 0.16 0.38 0.43 0.54 0.40 0.45 0.51 0.31 0.47 0.23
N7 0.42 0.11 0.48 0.38 0.26 0.37 0.13 0.27 0.03 0.27 0.04 0.25 0.16 0.15 0.34 0.53 0.34 0.37 0.37 0.37 0.24 0.17
N9 0.33 0.15 0.37 0.22 0.20 0.23 0.09 0.12 0.01 0.17 0.03 0.24 0.08 0.09 0.24 0.49 0.18 0.27 0.22 0.41 0.02 0.08
O2' 0.26 0.19 0.25 0.06 0.15 0.10 0.06 0.05 0.03 0.08 0.09 0.23 0.04 0.03 0.16 0.44 0.00 0.19 0.04 0.45 0.37 0.07
O3' 0.17 0.06 0.21 0.01 0.01 0.00 0.11 0.20 0.13 0.09 0.05 0.11 0.22 0.16 0.03 0.46 0.03 0.07 0.17 0.38 0.68 0.28
O4' 0.26 0.06 0.25 0.06 0.10 0.13 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.15 0.10 0.01 0.15 0.45 0.00 0.20 0.10 0.49 0.22 0.05
O5' 0.16 0.04 0.23 0.04 0.03 0.03 0.02 0.11 0.04 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.06 0.38 0.01 0.08 0.08 0.45 0.50 0.16
OP1 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.16 0.05 0.04 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.20 0.00 0.01 0.23 0.55 0.79 0.25
OP2 0.03 0.01 0.09 0.03 0.05 0.17 0.07 0.32 0.05 0.12 0.01 0.01 0.06 0.12 0.07 0.14 0.00 0.14 0.35 0.15 0.77 0.51
P 0.05 0.01 0.12 0.00 0.03 0.06 0.05 0.17 0.05 0.05 0.03 0.01 0.06 0.07 0.02 0.20 0.00 0.02 0.20 0.44 0.65 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.21 0.05 0.13
C2 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.10 0.08 0.08 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.39 0.13 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.46 0.21 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.12 0.03 0.13 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.41 0.15 0.09
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.13 0.10 0.22 0.01
C5' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.35 0.12 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.00 0.13 0.11 0.21 0.02
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.13 0.27 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.12 0.02 0.15 0.00
N3 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.10 0.13 0.06 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.14 0.20 0.27 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.14 0.20 0.30 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.12 0.04 0.15 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.46 0.24 0.11
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.09 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.64 0.40 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.18 0.07 0.15
O5' 0.10 0.10 0.04 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.12 0.10 0.14 0.14 0.12 0.02 0.04 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.21 0.08 0.39 0.46 0.03 0.41 0.10 0.35 0.11 0.13 0.02 0.13 0.20 0.20 0.04 0.46 0.64 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.13 0.21 0.13 0.15 0.22 0.12 0.21 0.27 0.15 0.06 0.27 0.30 0.15 0.24 0.40 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.03 0.09 0.03 0.04 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.03 0.06 0.11 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00