ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51624

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O4' A 0, 0.000, 0.113, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C3' A 0, 0.000, 0.220, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C5' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C2 B 0, 0.000, 0.243, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.243 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.000, 0.259, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.259 std_dev=0.259
N1 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C2' B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
O3' A 0, 0.000, 0.392, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.392 std_dev=0.392
C4 B 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
C1' B 0, 0.000, 0.408, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.408
O2' B 0, 0.000, 0.422, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.422 std_dev=0.422
N9 B 0, 0.000, 0.453, 0.907, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C6 B 0, 0.000, 0.488, 0.975, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.488 std_dev=0.488
C5 B 0, 0.000, 0.516, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.516 std_dev=0.516
O4' B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
C8 B 0, 0.000, 0.602, 1.205, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.602 std_dev=0.602
N6 B 0, 0.000, 0.608, 1.216, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.608 std_dev=0.608
C3' B 0, 0.000, 0.629, 1.258, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.629 std_dev=0.629
N7 B 0, 0.000, 0.651, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.651 std_dev=0.651
C4' B 0, 0.000, 0.750, 1.501, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.750 std_dev=0.750
O3' B 0, 0.000, 0.786, 1.572, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.786 std_dev=0.786
O5' A 0, 0.000, 0.811, 1.621, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.811 std_dev=0.811
OP2 A 0, 0.000, 0.852, 1.704, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.852 std_dev=0.852
P A 0, 0.000, 0.862, 1.724, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.862 std_dev=0.862
O5' B 0, 0.000, 0.875, 1.751, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.875 std_dev=0.875
C5' B 0, 0.000, 0.946, 1.891, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.946 std_dev=0.946
P B 0, 0.000, 1.077, 2.154, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.077 std_dev=1.077
OP1 A 0, 0.000, 1.086, 2.173, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.086 std_dev=1.086
OP2 B 0, 0.000, 1.100, 2.201, 2.201 max_d=2.201 avg_d=1.100 std_dev=1.100
OP1 B 0, 0.000, 1.206, 2.412, 2.412 max_d=2.412 avg_d=1.206 std_dev=1.206

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.09
C2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.24 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.18 0.02 0.10 0.13
C4 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.06 0.10 0.27 0.18
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.10 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.13 0.21 0.36 0.26
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.02 0.10 0.20 0.36 0.24
C8 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.23 0.26 0.36 0.33
N1 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.03 0.12 0.30 0.17
N3 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.21 0.10
N6 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.02 0.14 0.27 0.41 0.28
N7 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.23 0.31 0.43 0.35
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.10 0.11 0.25 0.19
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.06 0.07 0.08 0.07
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.03 0.09 0.04 0.10 0.08 0.08 0.04 0.12 0.10 0.04 0.05 0.00 0.02 0.17 0.02 0.05 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.09 0.07 0.03 0.02
O5' 0.02 0.02 0.11 0.18 0.06 0.00 0.13 0.01 0.10 0.23 0.03 0.02 0.14 0.23 0.10 0.06 0.17 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.04 0.00 0.02 0.10 0.10 0.21 0.09 0.20 0.26 0.12 0.02 0.27 0.31 0.11 0.07 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.24 0.12 0.10 0.27 0.02 0.36 0.11 0.36 0.36 0.30 0.21 0.41 0.43 0.25 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.12 0.13 0.18 0.01 0.26 0.01 0.24 0.33 0.17 0.10 0.28 0.35 0.19 0.07 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.15 0.17 0.24 0.24 0.21 0.30 0.24 0.28 0.31 0.21 0.16 0.31 0.34 0.25 0.00 0.22 0.20 0.24 0.18 0.23 0.24
C2 0.06 0.12 0.03 0.15 0.15 0.12 0.24 0.21 0.28 0.19 0.21 0.09 0.33 0.25 0.13 0.14 0.14 0.09 0.31 0.33 0.42 0.38
C2' 0.19 0.17 0.17 0.24 0.25 0.21 0.32 0.25 0.32 0.34 0.24 0.17 0.36 0.37 0.26 0.01 0.24 0.20 0.24 0.17 0.24 0.23
C3' 0.17 0.15 0.16 0.24 0.23 0.22 0.31 0.24 0.30 0.34 0.22 0.14 0.36 0.38 0.25 0.01 0.25 0.19 0.21 0.13 0.20 0.19
C4 0.16 0.17 0.12 0.25 0.25 0.23 0.34 0.30 0.33 0.31 0.24 0.16 0.36 0.37 0.25 0.05 0.23 0.20 0.35 0.34 0.40 0.39
C4' 0.13 0.07 0.13 0.17 0.16 0.15 0.22 0.16 0.20 0.26 0.13 0.07 0.24 0.27 0.18 0.01 0.18 0.14 0.11 0.03 0.07 0.08
C5 0.17 0.16 0.12 0.28 0.25 0.28 0.36 0.38 0.34 0.34 0.24 0.16 0.40 0.41 0.25 0.03 0.29 0.22 0.43 0.44 0.49 0.48
C5' 0.14 0.07 0.14 0.18 0.15 0.19 0.20 0.18 0.19 0.25 0.12 0.07 0.22 0.26 0.18 0.07 0.22 0.17 0.08 0.02 0.01 0.02
C6 0.12 0.14 0.07 0.24 0.20 0.24 0.31 0.35 0.33 0.26 0.22 0.12 0.42 0.35 0.19 0.07 0.24 0.18 0.43 0.47 0.54 0.51
C8 0.25 0.18 0.21 0.37 0.28 0.36 0.36 0.43 0.32 0.41 0.23 0.19 0.36 0.44 0.32 0.07 0.38 0.30 0.43 0.39 0.40 0.42
N1 0.07 0.11 0.03 0.18 0.15 0.16 0.25 0.27 0.30 0.19 0.21 0.09 0.38 0.26 0.13 0.12 0.18 0.11 0.37 0.41 0.49 0.45
N3 0.10 0.15 0.07 0.18 0.20 0.15 0.28 0.22 0.29 0.24 0.22 0.13 0.32 0.29 0.18 0.11 0.16 0.13 0.29 0.28 0.36 0.34
N6 0.11 0.12 0.06 0.25 0.17 0.26 0.28 0.39 0.30 0.24 0.19 0.10 0.41 0.33 0.17 0.06 0.26 0.18 0.48 0.55 0.62 0.58
N7 0.22 0.17 0.17 0.35 0.27 0.36 0.37 0.46 0.33 0.40 0.23 0.17 0.38 0.46 0.29 0.04 0.37 0.29 0.49 0.48 0.51 0.51
N9 0.21 0.17 0.18 0.29 0.27 0.27 0.34 0.33 0.31 0.36 0.23 0.18 0.34 0.39 0.29 0.01 0.28 0.24 0.34 0.30 0.34 0.35
O2' 0.19 0.17 0.18 0.22 0.24 0.19 0.31 0.21 0.30 0.32 0.24 0.17 0.35 0.35 0.25 0.01 0.20 0.19 0.21 0.13 0.22 0.20
O3' 0.13 0.11 0.12 0.18 0.20 0.16 0.29 0.19 0.29 0.32 0.20 0.09 0.36 0.37 0.21 0.03 0.20 0.14 0.16 0.08 0.17 0.14
O4' 0.15 0.08 0.15 0.20 0.17 0.17 0.21 0.18 0.19 0.25 0.13 0.09 0.21 0.26 0.20 0.01 0.19 0.17 0.15 0.08 0.11 0.13
O5' 0.16 0.12 0.20 0.08 0.06 0.07 0.06 0.01 0.06 0.11 0.03 0.16 0.14 0.16 0.04 0.31 0.01 0.12 0.05 0.05 0.03 0.04
OP1 0.04 0.04 0.08 0.01 0.05 0.05 0.18 0.12 0.17 0.25 0.06 0.07 0.25 0.29 0.09 0.17 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04
OP2 0.06 0.17 0.03 0.05 0.21 0.11 0.34 0.17 0.34 0.36 0.26 0.12 0.42 0.42 0.20 0.09 0.00 0.10 0.11 0.03 0.09 0.08
P 0.03 0.02 0.08 0.00 0.08 0.03 0.20 0.08 0.19 0.24 0.11 0.02 0.26 0.29 0.10 0.16 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.02 0.03 0.18 0.21 0.27 0.25
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.14 0.02 0.13 0.17 0.09 0.02 0.16 0.18 0.09 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.10 0.08
C4 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.18 0.20 0.21 0.22
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.13 0.03 0.03 0.09 0.13 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.15 0.00 0.27 0.31 0.33 0.32
C5' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.15 0.00 0.14 0.18 0.10 0.03 0.18 0.20 0.09 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.01 0.28 0.35 0.39 0.36
C8 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.19 0.02 0.26 0.27 0.20 0.26
N1 0.02 0.00 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.02 0.24 0.29 0.35 0.32
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.01 0.03 0.14 0.15 0.19 0.18
N6 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.18 0.00 0.33 0.42 0.47 0.42
N7 0.00 0.00 0.05 0.18 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.02 0.32 0.36 0.35 0.36
N9 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.15 0.16 0.11 0.16
O2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.02 0.07 0.03 0.11 0.13 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.08 0.04
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.01 0.15 0.03 0.14 0.19 0.08 0.01 0.18 0.21 0.09 0.03 0.00 0.01 0.09 0.13 0.10 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01
O5' 0.02 0.18 0.04 0.07 0.18 0.02 0.27 0.01 0.28 0.26 0.24 0.14 0.33 0.32 0.15 0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.21 0.06 0.08 0.20 0.01 0.31 0.05 0.35 0.27 0.29 0.15 0.42 0.36 0.16 0.04 0.13 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.27 0.09 0.10 0.21 0.05 0.33 0.03 0.39 0.20 0.35 0.19 0.47 0.35 0.11 0.08 0.10 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.25 0.05 0.08 0.22 0.02 0.32 0.01 0.36 0.26 0.32 0.18 0.42 0.36 0.16 0.04 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00