ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51629

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 5, 8, 5, 4, 11, 7, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.002, 0.021, 0.041, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.005, 0.029, 0.054, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.029 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.033, 0.066, 0.099, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.066 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.006, 0.041, 0.076, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.041 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.001, 0.044, 0.086, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.044 std_dev=0.042
O4' A 0, -0.011, 0.140, 0.291, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.140 std_dev=0.151
C2' A 0, -0.028, 0.153, 0.333, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.153 std_dev=0.180
C4' A 0, 0.062, 0.268, 0.473, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.268 std_dev=0.205
C3' A 0, 0.064, 0.273, 0.483, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.273 std_dev=0.209
C6 B 0, 0.465, 0.712, 0.958, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.712 std_dev=0.247
N3 B 0, 0.308, 0.555, 0.802, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.555 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.336, 0.593, 0.851, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.593 std_dev=0.257
C4 B 0, 0.325, 0.582, 0.840, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.582 std_dev=0.257
N1 B 0, 0.332, 0.597, 0.861, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.597 std_dev=0.264
C5 B 0, 0.445, 0.718, 0.992, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.718 std_dev=0.274
C5' A 0, 0.121, 0.405, 0.690, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.405 std_dev=0.284
O6 B 0, 0.581, 0.868, 1.154, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.868 std_dev=0.287
O3' A 0, 0.160, 0.452, 0.744, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.452 std_dev=0.292
N2 B 0, 0.481, 0.776, 1.071, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.776 std_dev=0.295
C2' B 0, 0.294, 0.594, 0.894, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.594 std_dev=0.300
N9 B 0, 0.347, 0.664, 0.982, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.664 std_dev=0.318
C1' B 0, 0.338, 0.658, 0.979, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.658 std_dev=0.320
O5' A 0, 0.148, 0.470, 0.791, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.470 std_dev=0.321
O2' A 0, -0.058, 0.288, 0.634, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.288 std_dev=0.346
N7 B 0, 0.538, 0.919, 1.299, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.919 std_dev=0.380
C3' B 0, 0.210, 0.595, 0.980, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.595 std_dev=0.385
O2' B 0, 0.307, 0.713, 1.118, 2.713 max_d=2.713 avg_d=0.713 std_dev=0.406
C8 B 0, 0.453, 0.862, 1.272, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.862 std_dev=0.409
O4' B 0, 0.303, 0.722, 1.141, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.722 std_dev=0.419
O3' B 0, 0.174, 0.611, 1.049, 2.606 max_d=2.606 avg_d=0.611 std_dev=0.437
P A 0, 0.138, 0.576, 1.014, 2.777 max_d=2.777 avg_d=0.576 std_dev=0.438
C4' B 0, 0.273, 0.718, 1.163, 2.538 max_d=2.538 avg_d=0.718 std_dev=0.445
OP2 A 0, 0.130, 0.657, 1.184, 3.709 max_d=3.709 avg_d=0.657 std_dev=0.527
OP1 A 0, 0.107, 0.671, 1.234, 3.786 max_d=3.786 avg_d=0.671 std_dev=0.563
C5' B 0, 0.294, 0.898, 1.503, 3.948 max_d=3.948 avg_d=0.898 std_dev=0.605
O5' B 0, 0.462, 1.161, 1.859, 4.039 max_d=4.039 avg_d=1.161 std_dev=0.698
P B 0, 0.882, 1.781, 2.680, 5.362 max_d=5.362 avg_d=1.781 std_dev=0.899
OP2 B 0, 1.482, 2.527, 3.571, 5.043 max_d=5.043 avg_d=2.527 std_dev=1.045
OP1 B 0, 2.848, 4.048, 5.247, 8.082 max_d=8.082 avg_d=4.048 std_dev=1.199

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.10 0.16 0.17 0.10
C2 0.04 0.00 0.14 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.15 0.06 0.16 0.16 0.32 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.09 0.07 0.07 0.11 0.14 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.28 0.30 0.24
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.02 0.14 0.14 0.14 0.12 0.15 0.15 0.09 0.02 0.01 0.01 0.13 0.20 0.17 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.16 0.15 0.29 0.16
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.11 0.02 0.00 0.01 0.15 0.07 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.10 0.02 0.22 0.21 0.38 0.24
C5' 0.04 0.06 0.09 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.12 0.08 0.05 0.12 0.13 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01 0.11 0.08 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.12 0.02 0.22 0.23 0.41 0.26
C8 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.12 0.05 0.23 0.19 0.31 0.21
N1 0.03 0.01 0.11 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.13 0.04 0.19 0.20 0.38 0.22
N3 0.04 0.01 0.14 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.14 0.06 0.13 0.14 0.27 0.14
N6 0.02 0.02 0.06 0.15 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.14 0.03 0.26 0.29 0.48 0.31
N7 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.14 0.04 0.26 0.25 0.40 0.28
N9 0.00 0.02 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.15 0.13 0.24 0.13
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.09 0.11 0.13 0.05 0.14 0.14 0.13 0.13 0.17 0.16 0.07 0.00 0.05 0.09 0.17 0.33 0.35 0.25
O3' 0.10 0.15 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.08 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.06 0.05 0.00 0.06 0.18 0.25 0.21 0.18
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.09 0.06 0.00 0.10 0.17 0.14 0.11
O5' 0.10 0.16 0.21 0.13 0.16 0.01 0.22 0.01 0.22 0.23 0.19 0.13 0.26 0.26 0.15 0.17 0.18 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.16 0.16 0.28 0.20 0.15 0.15 0.21 0.11 0.23 0.19 0.20 0.14 0.29 0.25 0.13 0.33 0.25 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.32 0.30 0.17 0.29 0.07 0.38 0.08 0.41 0.31 0.38 0.27 0.48 0.40 0.24 0.35 0.21 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.24 0.14 0.16 0.04 0.24 0.01 0.26 0.21 0.22 0.14 0.31 0.28 0.13 0.25 0.18 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.21 0.22 0.18 0.19 0.18 0.24 0.20 0.27 0.24 0.25 0.26 0.18 0.26 0.20 0.30 0.16 0.24 0.38 0.31 0.47 0.51 0.39
C2 0.20 0.22 0.21 0.21 0.17 0.17 0.22 0.26 0.24 0.24 0.17 0.36 0.21 0.28 0.19 0.28 0.14 0.21 0.59 0.34 0.78 0.82 0.66
C2' 0.21 0.19 0.23 0.23 0.18 0.19 0.24 0.23 0.25 0.26 0.23 0.26 0.15 0.29 0.20 0.28 0.21 0.22 0.45 0.30 0.57 0.58 0.47
C3' 0.15 0.20 0.20 0.19 0.16 0.13 0.21 0.20 0.23 0.20 0.22 0.25 0.16 0.23 0.15 0.25 0.14 0.13 0.41 0.27 0.56 0.54 0.44
C4 0.20 0.16 0.21 0.21 0.16 0.16 0.22 0.24 0.23 0.24 0.14 0.27 0.18 0.27 0.19 0.29 0.14 0.20 0.55 0.31 0.70 0.73 0.59
C4' 0.17 0.24 0.20 0.15 0.18 0.13 0.21 0.15 0.24 0.19 0.25 0.29 0.19 0.22 0.16 0.26 0.14 0.16 0.29 0.27 0.38 0.39 0.29
C5 0.20 0.22 0.22 0.26 0.16 0.21 0.20 0.31 0.18 0.25 0.14 0.31 0.21 0.28 0.19 0.30 0.19 0.20 0.64 0.26 0.82 0.84 0.70
C5' 0.17 0.27 0.22 0.18 0.21 0.16 0.21 0.20 0.23 0.19 0.26 0.32 0.25 0.20 0.18 0.24 0.16 0.14 0.28 0.24 0.38 0.33 0.27
C6 0.20 0.27 0.22 0.27 0.18 0.22 0.20 0.35 0.17 0.26 0.19 0.37 0.23 0.29 0.20 0.29 0.20 0.21 0.69 0.25 0.91 0.93 0.77
C8 0.22 0.17 0.23 0.25 0.18 0.20 0.23 0.28 0.22 0.26 0.17 0.23 0.19 0.28 0.21 0.31 0.17 0.20 0.54 0.26 0.67 0.66 0.56
N1 0.20 0.26 0.21 0.24 0.18 0.19 0.21 0.31 0.21 0.25 0.19 0.39 0.23 0.29 0.20 0.28 0.17 0.21 0.66 0.30 0.88 0.91 0.74
N3 0.20 0.17 0.21 0.19 0.16 0.16 0.22 0.23 0.25 0.23 0.18 0.29 0.19 0.27 0.19 0.29 0.13 0.21 0.53 0.34 0.69 0.74 0.58
N6 0.22 0.30 0.23 0.31 0.20 0.28 0.20 0.41 0.18 0.28 0.26 0.39 0.26 0.29 0.22 0.31 0.25 0.24 0.76 0.21 1.02 1.03 0.87
N7 0.22 0.21 0.24 0.29 0.18 0.24 0.21 0.35 0.20 0.27 0.17 0.27 0.21 0.29 0.21 0.32 0.23 0.22 0.65 0.25 0.82 0.81 0.70
N9 0.21 0.15 0.21 0.20 0.17 0.16 0.23 0.22 0.24 0.24 0.18 0.22 0.16 0.27 0.19 0.29 0.13 0.20 0.48 0.29 0.60 0.63 0.50
O2' 0.21 0.25 0.20 0.19 0.20 0.19 0.26 0.22 0.29 0.28 0.27 0.34 0.21 0.31 0.21 0.27 0.20 0.25 0.41 0.34 0.52 0.55 0.43
O3' 0.16 0.19 0.21 0.20 0.16 0.15 0.20 0.22 0.23 0.20 0.21 0.23 0.16 0.23 0.16 0.25 0.17 0.14 0.40 0.27 0.58 0.54 0.45
O4' 0.22 0.25 0.23 0.20 0.19 0.20 0.23 0.21 0.26 0.23 0.27 0.29 0.19 0.24 0.20 0.30 0.21 0.23 0.32 0.29 0.38 0.42 0.31
O5' 0.23 0.23 0.19 0.09 0.20 0.07 0.21 0.11 0.22 0.21 0.23 0.27 0.22 0.22 0.19 0.30 0.02 0.16 0.38 0.23 0.49 0.36 0.36
OP1 0.13 0.18 0.10 0.03 0.10 0.09 0.13 0.23 0.16 0.14 0.16 0.24 0.16 0.18 0.07 0.18 0.02 0.10 0.24 0.19 0.43 0.36 0.29
OP2 0.11 0.27 0.12 0.07 0.23 0.15 0.30 0.29 0.34 0.25 0.32 0.28 0.22 0.32 0.17 0.28 0.03 0.13 0.44 0.39 0.66 0.44 0.48
P 0.11 0.17 0.09 0.02 0.11 0.06 0.16 0.17 0.19 0.15 0.18 0.21 0.14 0.19 0.07 0.19 0.01 0.07 0.32 0.22 0.48 0.32 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.13 0.02 0.16 0.34 0.18
C2 0.04 0.00 0.19 0.16 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.15 0.11 0.32 0.01 0.42 0.51 0.33
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.05 0.09 0.08 0.14 0.23 0.18 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.07 0.24 0.28 0.19
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.13 0.01 0.15 0.03 0.16 0.14 0.16 0.18 0.15 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.26 0.17 0.30 0.19 0.20
C4 0.02 0.01 0.10 0.13 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.06 0.33 0.01 0.40 0.49 0.33
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.11 0.06 0.11 0.07 0.11 0.05 0.12 0.02 0.00 0.02 0.08 0.13 0.26 0.08
C5 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.03 0.42 0.01 0.52 0.58 0.43
C5' 0.03 0.11 0.05 0.03 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.19 0.13 0.13 0.10 0.20 0.10 0.09 0.07 0.02 0.01 0.18 0.19 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.05 0.44 0.00 0.57 0.63 0.46
C8 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.11 0.07 0.41 0.02 0.44 0.51 0.39
N1 0.03 0.00 0.14 0.16 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.13 0.09 0.39 0.01 0.51 0.58 0.41
N2 0.06 0.00 0.23 0.18 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.20 0.14 0.28 0.02 0.39 0.49 0.31
N3 0.04 0.01 0.18 0.15 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.14 0.11 0.27 0.01 0.35 0.46 0.29
N7 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.13 0.05 0.47 0.02 0.56 0.62 0.48
N9 0.00 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.29 0.01 0.32 0.43 0.29
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.07 0.12 0.10 0.09 0.10 0.17 0.12 0.23 0.16 0.16 0.07 0.00 0.06 0.08 0.10 0.12 0.15 0.29 0.13
O3' 0.09 0.15 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.07 0.11 0.11 0.13 0.20 0.14 0.13 0.05 0.06 0.00 0.07 0.23 0.13 0.36 0.20 0.21
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.09 0.14 0.11 0.05 0.01 0.08 0.07 0.00 0.11 0.05 0.15 0.38 0.21
O5' 0.13 0.32 0.22 0.26 0.33 0.02 0.42 0.01 0.44 0.41 0.39 0.28 0.27 0.47 0.29 0.10 0.23 0.11 0.00 0.48 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.13 0.05 0.48 0.00 0.65 0.69 0.52
OP1 0.16 0.42 0.24 0.30 0.40 0.13 0.52 0.19 0.57 0.44 0.51 0.39 0.35 0.56 0.32 0.15 0.36 0.15 0.02 0.65 0.00 0.02 0.00
OP2 0.34 0.51 0.28 0.19 0.49 0.26 0.58 0.29 0.63 0.51 0.58 0.49 0.46 0.62 0.43 0.29 0.20 0.38 0.02 0.69 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.33 0.19 0.20 0.33 0.08 0.43 0.02 0.46 0.39 0.41 0.31 0.29 0.48 0.29 0.13 0.21 0.21 0.01 0.52 0.00 0.01 0.00