Doublet Group distance statistics: 51631

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 7, 13, 9, 6, 1, 3, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C1'	A	0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N9	A	0, 0.017, 0.033, 0.050, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N6	A	0, 0.027, 0.047, 0.068, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.047 std_dev=0.020
N7	A	0, 0.018, 0.042, 0.067, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.019, 0.048, 0.078, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.048 std_dev=0.030
O4'	A	0, 0.057, 0.142, 0.228, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.142 std_dev=0.085
C2'	A	0, 0.085, 0.198, 0.311, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.198 std_dev=0.113
C4'	A	0, 0.118, 0.262, 0.405, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.262 std_dev=0.143
O2'	A	0, 0.146, 0.293, 0.439, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.293 std_dev=0.147
C3'	A	0, 0.141, 0.309, 0.477, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.309 std_dev=0.168
C5'	A	0, 0.202, 0.428, 0.653, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.428 std_dev=0.225
C4	B	0, 0.361, 0.598, 0.836, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.598 std_dev=0.237
N3	B	0, 0.390, 0.632, 0.873, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.632 std_dev=0.242
C2	B	0, 0.303, 0.548, 0.792, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.548 std_dev=0.244
N1	B	0, 0.203, 0.461, 0.720, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.461 std_dev=0.259
O3'	A	0, 0.222, 0.488, 0.755, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.488 std_dev=0.267
N9	B	0, 0.427, 0.694, 0.962, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.694 std_dev=0.268
C5	B	0, 0.240, 0.524, 0.807, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.524 std_dev=0.284
N2	B	0, 0.319, 0.611, 0.903, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.611 std_dev=0.292
C6	B	0, 0.177, 0.471, 0.764, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.471 std_dev=0.293
C1'	B	0, 0.562, 0.856, 1.151, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.856 std_dev=0.294
C2'	B	0, 0.601, 0.903, 1.205, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.903 std_dev=0.302
C3'	B	0, 0.535, 0.847, 1.158, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.847 std_dev=0.311
O6	B	0, 0.183, 0.522, 0.861, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.522 std_dev=0.339
O4'	B	0, 0.571, 0.910, 1.250, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.910 std_dev=0.339
C8	B	0, 0.324, 0.664, 1.003, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.664 std_dev=0.340
N7	B	0, 0.226, 0.585, 0.944, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.585 std_dev=0.359
O3'	B	0, 0.554, 0.921, 1.289, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.921 std_dev=0.367
C4'	B	0, 0.542, 0.921, 1.300, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.921 std_dev=0.379
O5'	A	0, 0.137, 0.573, 1.008, 2.925 max_d=2.925 avg_d=0.573 std_dev=0.436
O2'	B	0, 0.670, 1.113, 1.557, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.113 std_dev=0.443
P	A	0, 0.419, 0.885, 1.352, 3.223 max_d=3.223 avg_d=0.885 std_dev=0.466
C5'	B	0, 0.529, 1.040, 1.550, 2.727 max_d=2.727 avg_d=1.040 std_dev=0.510
OP2	A	0, 0.505, 1.052, 1.599, 3.671 max_d=3.671 avg_d=1.052 std_dev=0.547
OP1	A	0, 0.486, 1.149, 1.812, 4.606 max_d=4.606 avg_d=1.149 std_dev=0.663
O5'	B	0, 0.380, 1.049, 1.719, 4.537 max_d=4.537 avg_d=1.049 std_dev=0.669
P	B	0, 0.617, 1.437, 2.257, 5.830 max_d=5.830 avg_d=1.437 std_dev=0.820
OP2	B	0, 0.530, 1.661, 2.792, 8.096 max_d=8.096 avg_d=1.661 std_dev=1.131
OP1	B	0, 0.744, 1.925, 3.106, 6.650 max_d=6.650 avg_d=1.925 std_dev=1.181

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.11	0.06	0.28	0.14
C2	0.03	0.00	0.10	0.11	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.13	0.14	0.04	0.21	0.19	0.46	0.25
C2'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.06	0.02	0.06	0.02	0.07	0.06	0.09	0.09	0.08	0.06	0.03	0.00	0.02	0.01	0.12	0.14	0.23	0.12
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.09	0.00	0.11	0.02	0.12	0.13	0.12	0.10	0.14	0.13	0.07	0.02	0.01	0.01	0.16	0.22	0.15	0.12
C4	0.02	0.01	0.06	0.09	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.10	0.02	0.23	0.19	0.44	0.25
C4'	0.01	0.04	0.02	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.07	0.05	0.04	0.07	0.07	0.04	0.06	0.02	0.00	0.02	0.12	0.15	0.06
C5	0.02	0.01	0.06	0.11	0.01	0.05	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.14	0.03	0.31	0.29	0.52	0.32
C5'	0.02	0.06	0.02	0.02	0.06	0.01	0.10	0.00	0.10	0.12	0.08	0.05	0.13	0.13	0.06	0.06	0.03	0.01	0.01	0.18	0.14	0.02
C6	0.02	0.01	0.07	0.12	0.01	0.05	0.01	0.10	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.09	0.16	0.03	0.32	0.31	0.55	0.34
C8	0.01	0.02	0.06	0.13	0.01	0.07	0.01	0.12	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.14	0.03	0.33	0.27	0.46	0.30
N1	0.03	0.00	0.09	0.12	0.02	0.05	0.01	0.08	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.11	0.15	0.04	0.27	0.26	0.52	0.30
N3	0.03	0.01	0.09	0.10	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.12	0.03	0.18	0.14	0.41	0.21
N6	0.02	0.01	0.08	0.14	0.01	0.07	0.01	0.13	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.08	0.18	0.04	0.36	0.38	0.59	0.38
N7	0.01	0.01	0.06	0.13	0.01	0.07	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.05	0.16	0.03	0.36	0.34	0.55	0.36
N9	0.01	0.02	0.03	0.07	0.01	0.04	0.01	0.06	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.07	0.01	0.23	0.16	0.39	0.22
O2'	0.02	0.13	0.00	0.02	0.07	0.06	0.06	0.06	0.09	0.04	0.11	0.12	0.08	0.05	0.02	0.00	0.05	0.05	0.07	0.15	0.20	0.09
O3'	0.02	0.14	0.02	0.01	0.10	0.02	0.14	0.03	0.16	0.14	0.15	0.12	0.18	0.16	0.07	0.05	0.00	0.02	0.16	0.31	0.13	0.15
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.03	0.04	0.03	0.04	0.03	0.01	0.05	0.02	0.00	0.10	0.09	0.24	0.14
O5'	0.11	0.21	0.12	0.16	0.23	0.02	0.31	0.01	0.32	0.33	0.27	0.18	0.36	0.36	0.23	0.07	0.16	0.10	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.06	0.19	0.14	0.22	0.19	0.12	0.29	0.18	0.31	0.27	0.26	0.14	0.38	0.34	0.16	0.15	0.31	0.09	0.02	0.00	0.02	0.02
OP2	0.28	0.46	0.23	0.15	0.44	0.15	0.52	0.14	0.55	0.46	0.52	0.41	0.59	0.55	0.39	0.20	0.13	0.24	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.14	0.25	0.12	0.12	0.25	0.06	0.32	0.02	0.34	0.30	0.30	0.21	0.38	0.36	0.22	0.09	0.15	0.14	0.00	0.02	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.21	0.21	0.21	0.15	0.19	0.21	0.23	0.25	0.21	0.23	0.29	0.18	0.24	0.16	0.30	0.30	0.19	0.34	0.29	0.44	0.44	0.37
C2	0.22	0.21	0.24	0.27	0.19	0.24	0.23	0.33	0.24	0.25	0.15	0.35	0.23	0.29	0.21	0.30	0.29	0.23	0.52	0.33	0.67	0.75	0.56
C2'	0.17	0.21	0.19	0.17	0.14	0.14	0.22	0.21	0.25	0.23	0.22	0.31	0.18	0.27	0.15	0.30	0.24	0.15	0.35	0.31	0.48	0.47	0.40
C3'	0.16	0.21	0.21	0.14	0.16	0.11	0.26	0.21	0.28	0.28	0.23	0.29	0.17	0.32	0.17	0.30	0.19	0.11	0.34	0.34	0.51	0.50	0.40
C4	0.20	0.17	0.23	0.26	0.13	0.22	0.21	0.31	0.23	0.24	0.16	0.30	0.18	0.28	0.18	0.31	0.28	0.20	0.48	0.31	0.60	0.66	0.52
C4'	0.19	0.23	0.21	0.12	0.17	0.13	0.22	0.17	0.25	0.23	0.24	0.30	0.20	0.26	0.17	0.32	0.23	0.15	0.28	0.28	0.43	0.40	0.32
C5	0.21	0.20	0.23	0.29	0.13	0.27	0.19	0.38	0.20	0.26	0.14	0.31	0.20	0.30	0.19	0.34	0.28	0.22	0.57	0.30	0.72	0.79	0.62
C5'	0.22	0.25	0.27	0.13	0.22	0.14	0.25	0.18	0.26	0.28	0.25	0.30	0.23	0.29	0.22	0.35	0.17	0.16	0.27	0.29	0.48	0.43	0.31
C6	0.23	0.23	0.25	0.31	0.18	0.29	0.20	0.41	0.16	0.28	0.13	0.34	0.23	0.31	0.22	0.34	0.28	0.25	0.63	0.28	0.80	0.91	0.68
C8	0.19	0.20	0.21	0.27	0.14	0.23	0.23	0.34	0.25	0.26	0.21	0.27	0.19	0.30	0.17	0.35	0.28	0.18	0.47	0.31	0.59	0.62	0.52
N1	0.23	0.24	0.25	0.30	0.20	0.27	0.23	0.38	0.21	0.27	0.13	0.36	0.24	0.30	0.23	0.32	0.28	0.24	0.60	0.31	0.77	0.87	0.65
N3	0.21	0.17	0.23	0.25	0.17	0.21	0.22	0.29	0.24	0.24	0.17	0.31	0.19	0.27	0.19	0.29	0.29	0.21	0.46	0.32	0.58	0.64	0.50
N6	0.25	0.26	0.26	0.33	0.20	0.34	0.20	0.47	0.14	0.29	0.19	0.34	0.24	0.31	0.24	0.37	0.29	0.29	0.70	0.24	0.92	1.04	0.77
N7	0.21	0.21	0.23	0.31	0.13	0.29	0.21	0.41	0.23	0.27	0.19	0.28	0.19	0.31	0.18	0.38	0.28	0.23	0.58	0.31	0.72	0.78	0.63
N9	0.18	0.19	0.21	0.24	0.13	0.20	0.22	0.28	0.25	0.23	0.21	0.28	0.17	0.27	0.16	0.30	0.28	0.17	0.42	0.30	0.53	0.56	0.46
O2'	0.19	0.24	0.22	0.18	0.16	0.17	0.21	0.20	0.24	0.20	0.24	0.35	0.21	0.24	0.16	0.31	0.26	0.20	0.32	0.30	0.44	0.43	0.36
O3'	0.18	0.21	0.22	0.14	0.16	0.13	0.26	0.21	0.28	0.29	0.23	0.31	0.18	0.33	0.18	0.32	0.18	0.13	0.34	0.35	0.55	0.53	0.40
O4'	0.18	0.24	0.20	0.19	0.17	0.17	0.21	0.20	0.24	0.20	0.25	0.30	0.20	0.23	0.16	0.30	0.31	0.18	0.30	0.27	0.38	0.37	0.32
O5'	0.30	0.26	0.37	0.17	0.32	0.11	0.39	0.16	0.38	0.45	0.31	0.26	0.26	0.47	0.35	0.38	0.02	0.20	0.33	0.43	0.49	0.50	0.36
OP1	0.15	0.19	0.12	0.10	0.11	0.24	0.16	0.34	0.18	0.20	0.16	0.26	0.18	0.23	0.10	0.21	0.03	0.21	0.42	0.23	0.68	0.64	0.46
OP2	0.13	0.38	0.14	0.09	0.32	0.19	0.41	0.38	0.44	0.39	0.42	0.41	0.33	0.46	0.26	0.20	0.02	0.17	0.37	0.50	0.68	0.58	0.44
P	0.09	0.18	0.13	0.02	0.12	0.10	0.22	0.23	0.23	0.27	0.19	0.24	0.15	0.30	0.13	0.18	0.01	0.07	0.29	0.28	0.56	0.50	0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.05	0.07	0.06	0.02	0.01	0.02	0.12	0.01	0.19	0.04	0.20	0.30	0.17
C2	0.06	0.00	0.18	0.17	0.01	0.09	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.15	0.23	0.11	0.35	0.01	0.44	0.61	0.35
C2'	0.00	0.18	0.00	0.00	0.09	0.02	0.05	0.07	0.08	0.10	0.14	0.22	0.17	0.07	0.02	0.00	0.02	0.01	0.19	0.07	0.23	0.22	0.17
C3'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.12	0.01	0.14	0.03	0.15	0.17	0.16	0.21	0.16	0.17	0.09	0.02	0.01	0.02	0.27	0.16	0.33	0.28	0.23
C4	0.03	0.01	0.09	0.12	0.00	0.04	0.01	0.10	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.12	0.06	0.39	0.02	0.43	0.65	0.38
C4'	0.01	0.09	0.02	0.01	0.04	0.00	0.07	0.01	0.07	0.12	0.06	0.12	0.09	0.12	0.05	0.11	0.03	0.01	0.02	0.09	0.15	0.26	0.04
C5	0.02	0.01	0.05	0.14	0.01	0.07	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.12	0.10	0.04	0.50	0.02	0.56	0.87	0.50
C5'	0.03	0.12	0.07	0.03	0.10	0.01	0.15	0.00	0.16	0.18	0.13	0.13	0.10	0.20	0.09	0.06	0.09	0.02	0.01	0.19	0.24	0.36	0.02
C6	0.03	0.01	0.08	0.15	0.02	0.07	0.01	0.16	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.13	0.13	0.06	0.50	0.01	0.61	0.92	0.52
C8	0.02	0.01	0.10	0.17	0.01	0.12	0.01	0.18	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.16	0.16	0.08	0.54	0.04	0.52	0.83	0.51
N1	0.05	0.00	0.14	0.16	0.01	0.06	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.13	0.18	0.09	0.43	0.01	0.54	0.79	0.44
N2	0.07	0.01	0.22	0.21	0.01	0.12	0.01	0.13	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.03	0.21	0.31	0.14	0.31	0.02	0.42	0.54	0.31
N3	0.06	0.01	0.17	0.16	0.01	0.09	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.14	0.22	0.11	0.31	0.02	0.38	0.52	0.30
N7	0.02	0.01	0.07	0.17	0.01	0.12	0.00	0.20	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.17	0.15	0.06	0.58	0.04	0.63	1.00	0.59
N9	0.01	0.02	0.02	0.09	0.01	0.05	0.02	0.09	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.08	0.07	0.01	0.38	0.04	0.37	0.58	0.35
O2'	0.02	0.15	0.00	0.02	0.09	0.11	0.12	0.06	0.13	0.16	0.13	0.21	0.14	0.17	0.08	0.00	0.04	0.08	0.09	0.14	0.19	0.22	0.09
O3'	0.12	0.23	0.02	0.01	0.12	0.03	0.10	0.09	0.13	0.16	0.18	0.31	0.22	0.15	0.07	0.04	0.00	0.07	0.27	0.14	0.48	0.43	0.28
O4'	0.01	0.11	0.01	0.02	0.06	0.01	0.04	0.02	0.06	0.08	0.09	0.14	0.11	0.06	0.01	0.08	0.07	0.00	0.19	0.07	0.21	0.31	0.19
O5'	0.19	0.35	0.19	0.27	0.39	0.02	0.50	0.01	0.50	0.54	0.43	0.31	0.31	0.58	0.38	0.09	0.27	0.19	0.00	0.55	0.02	0.01	0.01
O6	0.04	0.01	0.07	0.16	0.02	0.09	0.02	0.19	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.04	0.04	0.14	0.14	0.07	0.55	0.00	0.69	1.05	0.59
OP1	0.20	0.44	0.23	0.33	0.43	0.15	0.56	0.24	0.61	0.52	0.54	0.42	0.38	0.63	0.37	0.19	0.48	0.21	0.02	0.69	0.00	0.01	0.01
OP2	0.30	0.61	0.22	0.28	0.65	0.26	0.87	0.36	0.92	0.83	0.79	0.54	0.52	1.00	0.58	0.22	0.43	0.31	0.01	1.05	0.01	0.00	0.01
P	0.17	0.35	0.17	0.23	0.38	0.04	0.50	0.02	0.52	0.51	0.44	0.31	0.30	0.59	0.35	0.09	0.28	0.19	0.01	0.59	0.01	0.01	0.00