ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51632

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 7, 4, 8, 1, 2, 7, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.017, 0.038, 0.060, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.021, 0.047, 0.074, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.047 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.169, 0.314, 0.459, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.314 std_dev=0.145
C2' A 0, 0.209, 0.358, 0.507, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.358 std_dev=0.149
C5 B 0, 0.186, 0.342, 0.497, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.342 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.179, 0.337, 0.494, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.337 std_dev=0.157
O2' A 0, 0.271, 0.443, 0.616, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.443 std_dev=0.172
C4 B 0, 0.246, 0.424, 0.602, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.424 std_dev=0.178
N1 B 0, 0.226, 0.412, 0.598, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.412 std_dev=0.186
N3 B 0, 0.336, 0.555, 0.773, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.555 std_dev=0.219
C4' A 0, 0.229, 0.452, 0.674, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.452 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.308, 0.533, 0.758, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.533 std_dev=0.225
C3' A 0, 0.301, 0.534, 0.766, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.534 std_dev=0.232
N9 B 0, 0.334, 0.607, 0.881, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.607 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.367, 0.643, 0.920, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.643 std_dev=0.277
N7 B 0, 0.259, 0.547, 0.834, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.547 std_dev=0.288
O6 B 0, 0.207, 0.498, 0.790, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.498 std_dev=0.291
O3' A 0, 0.441, 0.737, 1.032, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.737 std_dev=0.296
C8 B 0, 0.309, 0.645, 0.981, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.645 std_dev=0.336
OP2 A 0, 0.802, 1.154, 1.506, 1.868 max_d=1.868 avg_d=1.154 std_dev=0.352
N2 B 0, 0.411, 0.780, 1.149, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.780 std_dev=0.369
C1' B 0, 0.426, 0.823, 1.221, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.823 std_dev=0.398
C3' B 0, 0.343, 0.762, 1.181, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.762 std_dev=0.419
C5' A 0, 0.503, 0.933, 1.363, 2.237 max_d=2.237 avg_d=0.933 std_dev=0.430
O2' B 0, 0.507, 0.960, 1.412, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.960 std_dev=0.452
P A 0, 0.532, 0.989, 1.446, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.989 std_dev=0.457
O5' A 0, 0.852, 1.310, 1.768, 1.964 max_d=1.964 avg_d=1.310 std_dev=0.458
O3' B 0, 0.392, 0.858, 1.324, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.858 std_dev=0.466
OP1 A 0, 0.405, 0.974, 1.542, 2.311 max_d=2.311 avg_d=0.974 std_dev=0.568
O4' B 0, 0.474, 1.083, 1.692, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.083 std_dev=0.609
C4' B 0, 0.443, 1.099, 1.755, 2.399 max_d=2.399 avg_d=1.099 std_dev=0.656
O5' B 0, 0.458, 1.257, 2.056, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.257 std_dev=0.799
C5' B 0, 0.486, 1.344, 2.201, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.344 std_dev=0.858
OP2 B 0, 0.583, 1.459, 2.335, 3.193 max_d=3.193 avg_d=1.459 std_dev=0.876
P B 0, 0.464, 1.453, 2.443, 3.423 max_d=3.423 avg_d=1.453 std_dev=0.990
OP1 B 0, 0.562, 1.788, 3.014, 4.389 max_d=4.389 avg_d=1.788 std_dev=1.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.08 0.36 0.14
C2 0.04 0.00 0.10 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.17 0.04 0.27 0.24 0.47 0.27
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.14 0.25 0.08
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.11 0.08 0.13 0.13 0.11 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.20 0.21 0.17 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.26 0.22 0.44 0.25
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.25 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.32 0.31 0.49 0.32
C5' 0.03 0.11 0.02 0.03 0.11 0.01 0.15 0.00 0.16 0.15 0.14 0.09 0.18 0.17 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.09 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.34 0.34 0.52 0.35
C8 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.30 0.26 0.43 0.28
N1 0.03 0.00 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.16 0.03 0.31 0.31 0.51 0.32
N3 0.04 0.00 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.15 0.04 0.23 0.19 0.43 0.23
N6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.14 0.03 0.36 0.41 0.56 0.40
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.10 0.04 0.35 0.34 0.49 0.35
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.22 0.18 0.40 0.21
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.12 0.27 0.08
O3' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.13 0.09 0.16 0.15 0.14 0.10 0.05 0.03 0.00 0.01 0.19 0.31 0.17 0.18
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.08 0.08 0.37 0.16
O5' 0.10 0.27 0.14 0.20 0.26 0.02 0.32 0.01 0.34 0.30 0.31 0.23 0.36 0.35 0.22 0.06 0.19 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.24 0.14 0.21 0.22 0.08 0.31 0.09 0.34 0.26 0.31 0.19 0.41 0.34 0.18 0.12 0.31 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.47 0.25 0.17 0.44 0.25 0.49 0.19 0.52 0.43 0.51 0.43 0.56 0.49 0.40 0.27 0.17 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.27 0.08 0.12 0.25 0.05 0.32 0.02 0.35 0.28 0.32 0.23 0.40 0.35 0.21 0.08 0.18 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.12 0.18 0.14 0.09 0.14 0.15 0.16 0.21 0.14 0.18 0.19 0.11 0.17 0.12 0.32 0.15 0.15 0.29 0.26 0.46 0.44 0.32
C2 0.16 0.21 0.16 0.20 0.14 0.19 0.21 0.30 0.22 0.24 0.13 0.36 0.19 0.29 0.17 0.25 0.22 0.17 0.48 0.35 0.68 0.73 0.56
C2' 0.16 0.13 0.15 0.10 0.09 0.10 0.15 0.15 0.19 0.15 0.15 0.22 0.13 0.19 0.11 0.32 0.12 0.12 0.32 0.26 0.56 0.50 0.39
C3' 0.15 0.13 0.16 0.15 0.11 0.13 0.17 0.18 0.20 0.19 0.16 0.19 0.10 0.22 0.14 0.30 0.17 0.13 0.34 0.25 0.62 0.50 0.43
C4 0.15 0.14 0.17 0.20 0.11 0.19 0.18 0.29 0.19 0.21 0.08 0.26 0.15 0.25 0.15 0.25 0.22 0.16 0.44 0.29 0.62 0.64 0.50
C4' 0.17 0.21 0.16 0.10 0.15 0.11 0.18 0.11 0.22 0.17 0.23 0.26 0.17 0.19 0.15 0.31 0.12 0.14 0.25 0.25 0.47 0.34 0.29
C5 0.18 0.17 0.20 0.27 0.14 0.28 0.19 0.39 0.15 0.26 0.12 0.27 0.16 0.29 0.19 0.23 0.28 0.23 0.54 0.25 0.72 0.74 0.61
C5' 0.25 0.27 0.25 0.20 0.22 0.21 0.22 0.19 0.23 0.22 0.25 0.31 0.25 0.22 0.23 0.34 0.19 0.23 0.27 0.23 0.49 0.32 0.32
C6 0.20 0.22 0.20 0.29 0.16 0.30 0.21 0.43 0.15 0.30 0.17 0.32 0.17 0.33 0.21 0.22 0.30 0.26 0.59 0.25 0.79 0.83 0.68
C8 0.18 0.13 0.21 0.26 0.12 0.25 0.15 0.33 0.16 0.19 0.12 0.18 0.14 0.21 0.16 0.24 0.27 0.21 0.45 0.21 0.61 0.56 0.48
N1 0.17 0.23 0.18 0.25 0.15 0.25 0.21 0.38 0.18 0.28 0.16 0.37 0.19 0.33 0.19 0.23 0.26 0.22 0.55 0.30 0.76 0.81 0.65
N3 0.16 0.17 0.16 0.18 0.13 0.16 0.20 0.25 0.23 0.20 0.11 0.31 0.18 0.26 0.15 0.27 0.19 0.15 0.42 0.34 0.61 0.65 0.49
N6 0.24 0.23 0.23 0.33 0.18 0.37 0.21 0.51 0.16 0.35 0.22 0.32 0.18 0.36 0.25 0.23 0.35 0.33 0.67 0.22 0.88 0.93 0.78
N7 0.22 0.15 0.23 0.32 0.15 0.33 0.17 0.43 0.15 0.27 0.13 0.21 0.15 0.27 0.21 0.24 0.32 0.28 0.56 0.22 0.72 0.71 0.62
N9 0.14 0.10 0.17 0.18 0.09 0.17 0.16 0.24 0.19 0.17 0.12 0.19 0.12 0.21 0.12 0.26 0.20 0.14 0.38 0.25 0.55 0.54 0.42
O2' 0.23 0.16 0.20 0.11 0.13 0.16 0.15 0.14 0.21 0.14 0.19 0.23 0.17 0.17 0.15 0.39 0.12 0.20 0.28 0.29 0.50 0.44 0.33
O3' 0.16 0.13 0.17 0.17 0.11 0.15 0.17 0.20 0.19 0.19 0.16 0.20 0.11 0.22 0.14 0.30 0.20 0.14 0.36 0.25 0.68 0.52 0.47
O4' 0.16 0.22 0.15 0.11 0.13 0.12 0.18 0.12 0.23 0.15 0.24 0.27 0.15 0.18 0.13 0.31 0.15 0.13 0.24 0.26 0.40 0.34 0.25
O5' 0.14 0.25 0.17 0.08 0.20 0.05 0.26 0.10 0.29 0.24 0.28 0.27 0.21 0.28 0.18 0.28 0.02 0.09 0.30 0.32 0.54 0.39 0.37
OP1 0.05 0.18 0.09 0.03 0.10 0.07 0.15 0.15 0.16 0.17 0.17 0.23 0.15 0.19 0.08 0.15 0.02 0.05 0.35 0.20 0.59 0.38 0.44
OP2 0.16 0.34 0.21 0.07 0.28 0.12 0.31 0.26 0.34 0.26 0.35 0.35 0.30 0.31 0.22 0.21 0.02 0.10 0.36 0.36 0.68 0.44 0.48
P 0.06 0.17 0.10 0.02 0.11 0.05 0.16 0.13 0.18 0.17 0.17 0.21 0.14 0.19 0.09 0.15 0.01 0.03 0.30 0.20 0.55 0.33 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.02 0.11 0.27 0.16
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.16 0.03 0.24 0.01 0.27 0.40 0.24
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.08 0.13 0.11 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.04 0.22 0.20 0.11
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.11 0.11 0.12 0.16 0.12 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.19 0.11 0.30 0.18 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.26 0.01 0.23 0.38 0.24
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.13 0.21 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.32 0.01 0.29 0.46 0.31
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.17 0.17 0.15 0.10 0.09 0.20 0.10 0.05 0.03 0.01 0.01 0.20 0.14 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.03 0.32 0.01 0.34 0.50 0.33
C8 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.04 0.34 0.03 0.23 0.39 0.31
N1 0.03 0.01 0.08 0.12 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.03 0.29 0.01 0.32 0.46 0.29
N2 0.04 0.00 0.13 0.16 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.20 0.04 0.22 0.02 0.27 0.39 0.21
N3 0.03 0.01 0.11 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.03 0.22 0.01 0.22 0.36 0.21
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.09 0.00 0.20 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.04 0.36 0.03 0.30 0.48 0.35
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.26 0.02 0.18 0.33 0.23
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.11 0.17 0.12 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.07 0.20 0.22 0.10
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.13 0.12 0.15 0.20 0.14 0.13 0.06 0.05 0.00 0.01 0.24 0.14 0.41 0.24 0.27
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.17 0.04 0.14 0.30 0.20
O5' 0.16 0.24 0.13 0.19 0.26 0.01 0.32 0.01 0.32 0.34 0.29 0.22 0.22 0.36 0.26 0.06 0.24 0.17 0.00 0.35 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.14 0.04 0.35 0.00 0.38 0.56 0.38
OP1 0.11 0.27 0.22 0.30 0.23 0.13 0.29 0.14 0.34 0.23 0.32 0.27 0.22 0.30 0.18 0.20 0.41 0.14 0.02 0.38 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.40 0.20 0.18 0.38 0.21 0.46 0.24 0.50 0.39 0.46 0.39 0.36 0.48 0.33 0.22 0.24 0.30 0.02 0.56 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.24 0.11 0.18 0.24 0.05 0.31 0.02 0.33 0.31 0.29 0.21 0.21 0.35 0.23 0.10 0.27 0.20 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00