Doublet Group distance statistics: 51633

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 3, 2, 6, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C8	A	0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N6	A	0, 0.033, 0.053, 0.074, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.053 std_dev=0.020
O4'	A	0, 0.050, 0.156, 0.262, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.156 std_dev=0.106
C2'	A	0, 0.077, 0.216, 0.356, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.216 std_dev=0.140
C4'	A	0, 0.094, 0.249, 0.404, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.249 std_dev=0.155
C3'	A	0, 0.201, 0.409, 0.617, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.409 std_dev=0.208
O2'	A	0, 0.107, 0.329, 0.552, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.329 std_dev=0.223
N3	B	0, 0.133, 0.398, 0.663, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.398 std_dev=0.265
C6	B	0, 0.162, 0.440, 0.718, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.440 std_dev=0.278
C2'	B	0, 0.235, 0.515, 0.796, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.515 std_dev=0.280
C5	B	0, 0.125, 0.408, 0.690, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.408 std_dev=0.282
C2	B	0, 0.142, 0.425, 0.707, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.425 std_dev=0.282
C4	B	0, 0.085, 0.368, 0.651, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.368 std_dev=0.283
C5'	A	0, 0.204, 0.490, 0.776, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.490 std_dev=0.286
N1	B	0, 0.152, 0.440, 0.727, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.440 std_dev=0.287
O6	B	0, 0.243, 0.539, 0.835, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.539 std_dev=0.296
N9	B	0, 0.142, 0.445, 0.748, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.445 std_dev=0.303
N7	B	0, 0.203, 0.510, 0.818, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.510 std_dev=0.308
C1'	B	0, 0.216, 0.538, 0.859, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.538 std_dev=0.321
C8	B	0, 0.200, 0.523, 0.847, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.523 std_dev=0.324
N2	B	0, 0.203, 0.537, 0.871, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.537 std_dev=0.334
O3'	A	0, 0.324, 0.662, 1.000, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.662 std_dev=0.338
O2'	B	0, 0.291, 0.640, 0.988, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.640 std_dev=0.349
C3'	B	0, 0.274, 0.636, 0.998, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.636 std_dev=0.362
O4'	B	0, 0.296, 0.673, 1.050, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.673 std_dev=0.377
C4'	B	0, 0.337, 0.739, 1.142, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.739 std_dev=0.402
O3'	B	0, 0.308, 0.759, 1.211, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.759 std_dev=0.452
C5'	B	0, 0.435, 0.930, 1.426, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.930 std_dev=0.496
P	A	0, 0.267, 0.805, 1.344, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.805 std_dev=0.538
OP2	A	0, 0.390, 0.950, 1.510, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.950 std_dev=0.560
O5'	B	0, 0.470, 1.032, 1.594, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.032 std_dev=0.562
O5'	A	0, 0.242, 0.871, 1.499, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.871 std_dev=0.629
OP1	A	0, 0.216, 0.875, 1.534, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.875 std_dev=0.659
P	B	0, 0.499, 1.238, 1.976, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.238 std_dev=0.739
OP2	B	0, 0.531, 1.324, 2.118, 3.000 max_d=3.000 avg_d=1.324 std_dev=0.793
OP1	B	0, 0.533, 1.338, 2.144, 2.892 max_d=2.892 avg_d=1.338 std_dev=0.805

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.18	0.16	0.43	0.17
C2	0.03	0.00	0.13	0.15	0.01	0.07	0.01	0.14	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.13	0.18	0.03	0.41	0.33	0.52	0.34
C2'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.07	0.02	0.07	0.02	0.08	0.08	0.11	0.13	0.08	0.07	0.04	0.00	0.02	0.01	0.26	0.28	0.32	0.17
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.08	0.01	0.08	0.03	0.09	0.13	0.13	0.14	0.09	0.11	0.05	0.02	0.01	0.02	0.35	0.38	0.27	0.24
C4	0.02	0.01	0.07	0.08	0.00	0.05	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.07	0.09	0.01	0.42	0.32	0.49	0.33
C4'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.05	0.00	0.05	0.01	0.06	0.07	0.07	0.07	0.06	0.07	0.04	0.06	0.03	0.01	0.02	0.16	0.39	0.06
C5	0.01	0.01	0.07	0.08	0.00	0.05	0.00	0.16	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.10	0.02	0.52	0.42	0.55	0.42
C5'	0.03	0.14	0.02	0.03	0.13	0.01	0.16	0.00	0.16	0.15	0.16	0.12	0.18	0.17	0.10	0.06	0.04	0.01	0.01	0.21	0.43	0.01
C6	0.02	0.02	0.08	0.09	0.01	0.06	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.12	0.02	0.54	0.45	0.58	0.45
C8	0.01	0.01	0.08	0.13	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.14	0.04	0.51	0.37	0.48	0.38
N1	0.03	0.01	0.11	0.13	0.01	0.07	0.00	0.16	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.15	0.02	0.49	0.41	0.56	0.41
N3	0.03	0.00	0.13	0.14	0.00	0.07	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.16	0.03	0.36	0.28	0.48	0.29
N6	0.01	0.02	0.08	0.09	0.01	0.06	0.01	0.18	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.14	0.02	0.59	0.52	0.63	0.52
N7	0.01	0.01	0.07	0.11	0.00	0.07	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.14	0.04	0.57	0.46	0.55	0.47
N9	0.00	0.01	0.04	0.05	0.01	0.04	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.06	0.01	0.38	0.27	0.45	0.28
O2'	0.02	0.13	0.00	0.02	0.07	0.06	0.06	0.06	0.09	0.05	0.12	0.12	0.09	0.05	0.02	0.00	0.04	0.04	0.09	0.22	0.33	0.05
O3'	0.01	0.18	0.02	0.01	0.09	0.03	0.10	0.04	0.12	0.14	0.15	0.16	0.14	0.14	0.06	0.04	0.00	0.02	0.26	0.44	0.27	0.25
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.02	0.03	0.02	0.04	0.01	0.04	0.02	0.00	0.09	0.13	0.49	0.20
O5'	0.18	0.41	0.26	0.35	0.42	0.02	0.52	0.01	0.54	0.51	0.49	0.36	0.59	0.57	0.38	0.09	0.26	0.09	0.00	0.02	0.03	0.01
OP1	0.16	0.33	0.28	0.38	0.32	0.16	0.42	0.21	0.45	0.37	0.41	0.28	0.52	0.46	0.27	0.22	0.44	0.13	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.43	0.52	0.32	0.27	0.49	0.39	0.55	0.43	0.58	0.48	0.56	0.48	0.63	0.55	0.45	0.33	0.27	0.49	0.03	0.02	0.00	0.00
P	0.17	0.34	0.17	0.24	0.33	0.06	0.42	0.01	0.45	0.38	0.41	0.29	0.52	0.47	0.28	0.05	0.25	0.20	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.23	0.15	0.23	0.23	0.16	0.22	0.17	0.24	0.18	0.19	0.16	0.18	0.17	0.18	0.19	0.27	0.27	0.21	0.39	0.21	0.42	0.46	0.39
C2	0.17	0.24	0.21	0.30	0.13	0.26	0.20	0.37	0.17	0.26	0.14	0.41	0.19	0.31	0.18	0.21	0.33	0.20	0.64	0.29	0.69	0.80	0.70
C2'	0.20	0.23	0.18	0.20	0.17	0.17	0.17	0.22	0.19	0.17	0.19	0.30	0.22	0.18	0.17	0.25	0.25	0.17	0.41	0.22	0.49	0.55	0.44
C3'	0.16	0.14	0.17	0.25	0.13	0.22	0.17	0.28	0.18	0.19	0.16	0.20	0.12	0.20	0.15	0.21	0.32	0.17	0.44	0.21	0.57	0.59	0.50
C4	0.18	0.20	0.23	0.31	0.12	0.28	0.16	0.36	0.12	0.23	0.13	0.31	0.16	0.25	0.18	0.21	0.34	0.21	0.58	0.19	0.61	0.69	0.62
C4'	0.16	0.17	0.14	0.14	0.14	0.13	0.17	0.16	0.19	0.16	0.19	0.19	0.15	0.18	0.14	0.21	0.21	0.12	0.32	0.21	0.43	0.43	0.36
C5	0.23	0.23	0.27	0.38	0.14	0.37	0.14	0.47	0.09	0.29	0.21	0.32	0.17	0.27	0.22	0.23	0.41	0.29	0.70	0.14	0.73	0.81	0.75
C5'	0.30	0.24	0.32	0.25	0.24	0.28	0.23	0.26	0.22	0.24	0.22	0.26	0.26	0.24	0.25	0.41	0.31	0.28	0.35	0.24	0.48	0.48	0.41
C6	0.23	0.27	0.27	0.40	0.16	0.39	0.18	0.52	0.11	0.33	0.25	0.38	0.18	0.33	0.23	0.22	0.42	0.30	0.77	0.13	0.83	0.93	0.85
C8	0.24	0.16	0.29	0.38	0.11	0.35	0.09	0.41	0.13	0.20	0.17	0.21	0.14	0.15	0.19	0.27	0.41	0.27	0.57	0.17	0.58	0.61	0.57
N1	0.19	0.26	0.23	0.35	0.14	0.33	0.19	0.46	0.11	0.30	0.20	0.42	0.18	0.33	0.20	0.20	0.38	0.25	0.72	0.20	0.79	0.90	0.81
N3	0.18	0.21	0.21	0.27	0.14	0.24	0.20	0.32	0.20	0.24	0.13	0.36	0.19	0.27	0.17	0.23	0.31	0.18	0.56	0.29	0.60	0.69	0.60
N6	0.29	0.28	0.31	0.45	0.19	0.47	0.20	0.62	0.18	0.38	0.30	0.38	0.20	0.35	0.28	0.26	0.48	0.38	0.86	0.20	0.95	1.04	0.97
N7	0.28	0.22	0.32	0.44	0.16	0.43	0.13	0.52	0.16	0.29	0.23	0.27	0.17	0.22	0.24	0.29	0.46	0.34	0.72	0.20	0.73	0.78	0.74
N9	0.19	0.15	0.23	0.29	0.11	0.26	0.13	0.31	0.13	0.19	0.13	0.22	0.13	0.19	0.16	0.23	0.32	0.20	0.50	0.17	0.52	0.57	0.51
O2'	0.31	0.31	0.24	0.17	0.26	0.21	0.22	0.18	0.23	0.22	0.25	0.38	0.33	0.21	0.26	0.35	0.19	0.27	0.35	0.24	0.42	0.47	0.37
O3'	0.16	0.18	0.15	0.21	0.13	0.19	0.17	0.26	0.19	0.19	0.18	0.26	0.16	0.20	0.15	0.22	0.29	0.15	0.44	0.22	0.61	0.63	0.52
O4'	0.16	0.20	0.18	0.20	0.14	0.18	0.17	0.20	0.20	0.16	0.21	0.22	0.15	0.17	0.14	0.22	0.26	0.15	0.32	0.21	0.38	0.38	0.33
O5'	0.18	0.22	0.21	0.09	0.21	0.06	0.27	0.13	0.31	0.23	0.28	0.21	0.19	0.28	0.18	0.37	0.02	0.11	0.41	0.35	0.51	0.53	0.45
OP1	0.06	0.17	0.11	0.02	0.10	0.06	0.11	0.17	0.15	0.11	0.16	0.22	0.15	0.14	0.06	0.16	0.02	0.03	0.27	0.17	0.40	0.37	0.31
OP2	0.17	0.31	0.24	0.09	0.26	0.19	0.28	0.39	0.31	0.21	0.32	0.32	0.28	0.26	0.21	0.24	0.02	0.15	0.40	0.33	0.65	0.53	0.52
P	0.07	0.11	0.13	0.01	0.08	0.06	0.11	0.17	0.14	0.11	0.13	0.13	0.09	0.14	0.06	0.19	0.01	0.03	0.31	0.17	0.46	0.39	0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.17	0.02	0.19	0.17	0.13
C2	0.03	0.00	0.12	0.13	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.14	0.17	0.03	0.38	0.02	0.37	0.42	0.37
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.08	0.01	0.06	0.01	0.08	0.04	0.10	0.14	0.12	0.04	0.03	0.01	0.03	0.01	0.20	0.08	0.26	0.19	0.17
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.08	0.00	0.08	0.02	0.10	0.09	0.11	0.15	0.11	0.09	0.05	0.02	0.01	0.01	0.27	0.11	0.33	0.19	0.23
C4	0.01	0.01	0.08	0.08	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.09	0.02	0.41	0.01	0.37	0.37	0.36
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.06	0.09	0.05	0.07	0.05	0.09	0.04	0.05	0.02	0.01	0.01	0.08	0.16	0.21	0.03
C5	0.01	0.01	0.06	0.08	0.00	0.06	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.09	0.02	0.52	0.01	0.49	0.50	0.50
C5'	0.02	0.09	0.01	0.02	0.10	0.00	0.16	0.00	0.16	0.18	0.13	0.08	0.07	0.20	0.10	0.05	0.03	0.01	0.01	0.19	0.21	0.28	0.01
C6	0.02	0.01	0.08	0.10	0.01	0.06	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.09	0.12	0.02	0.54	0.00	0.53	0.57	0.54
C8	0.01	0.01	0.04	0.09	0.01	0.09	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.10	0.03	0.52	0.01	0.45	0.37	0.44
N1	0.02	0.00	0.10	0.11	0.01	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.15	0.03	0.48	0.01	0.46	0.52	0.47
N2	0.04	0.00	0.14	0.15	0.01	0.07	0.01	0.08	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.17	0.21	0.04	0.34	0.02	0.33	0.40	0.33
N3	0.03	0.01	0.12	0.11	0.00	0.05	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.13	0.15	0.03	0.33	0.01	0.31	0.33	0.30
N7	0.01	0.01	0.04	0.09	0.01	0.09	0.00	0.20	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.10	0.03	0.58	0.01	0.54	0.52	0.56
N9	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.04	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.37	0.01	0.33	0.27	0.30
O2'	0.02	0.14	0.01	0.02	0.07	0.05	0.06	0.05	0.09	0.03	0.12	0.17	0.13	0.03	0.02	0.00	0.05	0.04	0.07	0.08	0.16	0.17	0.07
O3'	0.02	0.17	0.03	0.01	0.09	0.02	0.09	0.03	0.12	0.10	0.15	0.21	0.15	0.10	0.04	0.05	0.00	0.01	0.26	0.13	0.37	0.25	0.26
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.04	0.03	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.13	0.03	0.16	0.24	0.13
O5'	0.17	0.38	0.20	0.27	0.41	0.01	0.52	0.01	0.54	0.52	0.48	0.34	0.33	0.58	0.37	0.07	0.26	0.13	0.00	0.60	0.02	0.03	0.00
O6	0.02	0.02	0.08	0.11	0.01	0.08	0.01	0.19	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.08	0.13	0.03	0.60	0.00	0.60	0.65	0.62
OP1	0.19	0.37	0.26	0.33	0.37	0.16	0.49	0.21	0.53	0.45	0.46	0.33	0.31	0.54	0.33	0.16	0.37	0.16	0.02	0.60	0.00	0.02	0.01
OP2	0.17	0.42	0.19	0.19	0.37	0.21	0.50	0.28	0.57	0.37	0.52	0.40	0.33	0.52	0.27	0.17	0.25	0.24	0.03	0.65	0.02	0.00	0.01
P	0.13	0.37	0.17	0.23	0.36	0.03	0.50	0.01	0.54	0.44	0.47	0.33	0.30	0.56	0.30	0.07	0.26	0.13	0.00	0.62	0.01	0.01	0.00