ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51635

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 0, 3, 0, 0, 1, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.015 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.002, 0.020, 0.043, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.020 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.003, 0.027, 0.051, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.044, 0.114, 0.185, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.114 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.041, 0.142, 0.242, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.142 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.067, 0.192, 0.317, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.192 std_dev=0.125
C2' B 0, 0.182, 0.322, 0.462, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.322 std_dev=0.140
C3' A 0, 0.076, 0.217, 0.359, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.217 std_dev=0.141
O2' A 0, 0.055, 0.209, 0.362, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.209 std_dev=0.154
C1' B 0, 0.146, 0.325, 0.503, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.325 std_dev=0.179
C3' B 0, 0.167, 0.356, 0.544, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.356 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.249, 0.439, 0.629, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.439 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.105, 0.303, 0.502, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.303 std_dev=0.199
OP2 A 0, 0.135, 0.338, 0.541, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.338 std_dev=0.203
N9 B 0, 0.175, 0.380, 0.584, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.380 std_dev=0.204
P A 0, 0.131, 0.346, 0.560, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.346 std_dev=0.214
O5' A 0, 0.093, 0.310, 0.526, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.310 std_dev=0.217
O3' A 0, 0.114, 0.342, 0.571, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.342 std_dev=0.228
C4 B 0, 0.180, 0.411, 0.643, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.411 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.174, 0.413, 0.653, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.413 std_dev=0.240
O4' B 0, 0.209, 0.452, 0.695, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.452 std_dev=0.243
C4' B 0, 0.250, 0.493, 0.735, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.493 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.192, 0.441, 0.691, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.441 std_dev=0.250
C8 B 0, 0.203, 0.512, 0.821, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.512 std_dev=0.309
OP1 A 0, 0.133, 0.455, 0.777, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.455 std_dev=0.322
C5' B 0, 0.291, 0.634, 0.977, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.634 std_dev=0.343
C5 B 0, 0.188, 0.536, 0.884, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.536 std_dev=0.348
C2 B 0, 0.177, 0.545, 0.913, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.545 std_dev=0.368
N7 B 0, 0.205, 0.588, 0.971, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.588 std_dev=0.383
N2 B 0, 0.199, 0.644, 1.090, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.644 std_dev=0.446
N1 B 0, 0.195, 0.647, 1.100, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.647 std_dev=0.453
C6 B 0, 0.198, 0.651, 1.105, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.651 std_dev=0.454
O6 B 0, 0.222, 0.792, 1.362, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.792 std_dev=0.570
O5' B 0, 0.101, 0.989, 1.877, 3.028 max_d=3.028 avg_d=0.989 std_dev=0.888
P B 0, 0.170, 1.163, 2.157, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.163 std_dev=0.993
OP1 B 0, 0.189, 1.228, 2.267, 3.455 max_d=3.455 avg_d=1.228 std_dev=1.039
OP2 B 0, 0.152, 1.222, 2.291, 3.307 max_d=3.307 avg_d=1.222 std_dev=1.070

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.11 0.05
C2 0.05 0.00 0.12 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.13 0.04 0.08 0.10 0.19 0.10
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.04 0.11 0.12 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.07 0.02
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.13 0.10 0.06
C4 0.02 0.01 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.08 0.09 0.17 0.10
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.12 0.14 0.22 0.14
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.05 0.10 0.11 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.03 0.12 0.16 0.23 0.15
C8 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.12 0.03 0.13 0.12 0.18 0.12
N1 0.04 0.01 0.11 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.11 0.03 0.10 0.13 0.21 0.13
N3 0.05 0.01 0.12 0.09 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.12 0.04 0.06 0.07 0.16 0.08
N6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.10 0.03 0.14 0.20 0.26 0.18
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.15 0.17 0.23 0.17
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.14 0.08
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.10 0.03 0.15 0.16 0.10 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.14 0.07 0.04
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.09 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.05 0.05 0.00 0.02 0.08 0.20 0.17 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.12 0.07
O5' 0.04 0.08 0.02 0.05 0.08 0.01 0.12 0.01 0.12 0.13 0.10 0.06 0.14 0.15 0.08 0.05 0.08 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.10 0.10 0.13 0.09 0.10 0.14 0.09 0.16 0.12 0.13 0.07 0.20 0.17 0.07 0.14 0.20 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.19 0.07 0.10 0.17 0.04 0.22 0.02 0.23 0.18 0.21 0.16 0.26 0.23 0.14 0.07 0.17 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.02 0.06 0.10 0.02 0.14 0.02 0.15 0.12 0.13 0.08 0.18 0.17 0.08 0.04 0.11 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.11 0.18 0.14 0.12 0.13 0.17 0.14 0.19 0.17 0.16 0.14 0.10 0.19 0.14 0.25 0.16 0.15 0.64 0.22 0.64 0.53 0.60
C2 0.19 0.28 0.19 0.15 0.15 0.20 0.16 0.25 0.11 0.27 0.24 0.39 0.21 0.28 0.19 0.23 0.12 0.23 0.90 0.14 0.93 0.91 0.91
C2' 0.14 0.12 0.15 0.10 0.12 0.10 0.15 0.14 0.17 0.15 0.15 0.13 0.10 0.17 0.13 0.23 0.11 0.12 0.64 0.20 0.67 0.55 0.61
C3' 0.13 0.15 0.13 0.09 0.14 0.08 0.16 0.14 0.18 0.16 0.17 0.16 0.13 0.17 0.14 0.21 0.08 0.10 0.57 0.19 0.63 0.49 0.55
C4 0.16 0.23 0.18 0.13 0.12 0.16 0.10 0.20 0.11 0.20 0.22 0.30 0.18 0.19 0.15 0.22 0.11 0.19 0.84 0.14 0.84 0.77 0.81
C4' 0.15 0.22 0.14 0.09 0.18 0.08 0.20 0.10 0.22 0.18 0.23 0.24 0.19 0.19 0.16 0.23 0.13 0.11 0.49 0.22 0.53 0.37 0.45
C5 0.16 0.29 0.17 0.14 0.16 0.19 0.15 0.25 0.26 0.18 0.32 0.33 0.21 0.14 0.15 0.19 0.12 0.20 0.91 0.28 0.93 0.86 0.90
C5' 0.18 0.26 0.18 0.08 0.22 0.07 0.22 0.09 0.23 0.22 0.25 0.28 0.24 0.22 0.20 0.22 0.09 0.12 0.40 0.23 0.47 0.30 0.37
C6 0.18 0.32 0.17 0.16 0.17 0.22 0.16 0.30 0.29 0.21 0.37 0.38 0.23 0.16 0.16 0.19 0.13 0.23 0.96 0.34 1.01 0.99 0.99
C8 0.16 0.22 0.17 0.12 0.16 0.14 0.18 0.17 0.22 0.16 0.24 0.23 0.18 0.16 0.15 0.19 0.10 0.16 0.78 0.23 0.76 0.62 0.71
N1 0.19 0.31 0.18 0.16 0.16 0.22 0.14 0.29 0.19 0.25 0.33 0.40 0.22 0.23 0.18 0.21 0.12 0.24 0.95 0.20 1.00 0.99 0.98
N3 0.17 0.22 0.19 0.14 0.14 0.17 0.17 0.21 0.12 0.25 0.16 0.34 0.18 0.27 0.18 0.24 0.12 0.20 0.84 0.20 0.85 0.81 0.82
N6 0.17 0.34 0.17 0.17 0.19 0.25 0.22 0.34 0.37 0.19 0.41 0.39 0.24 0.16 0.16 0.17 0.16 0.25 1.00 0.46 1.09 1.08 1.06
N7 0.16 0.28 0.17 0.14 0.20 0.18 0.24 0.23 0.31 0.17 0.32 0.29 0.21 0.19 0.16 0.17 0.13 0.19 0.89 0.34 0.89 0.78 0.85
N9 0.16 0.17 0.18 0.12 0.10 0.14 0.10 0.16 0.12 0.16 0.16 0.22 0.14 0.15 0.14 0.22 0.12 0.16 0.75 0.15 0.74 0.63 0.70
O2' 0.16 0.17 0.16 0.11 0.17 0.11 0.20 0.13 0.23 0.18 0.22 0.16 0.15 0.21 0.16 0.24 0.13 0.14 0.60 0.26 0.63 0.52 0.57
O3' 0.14 0.17 0.15 0.10 0.15 0.09 0.16 0.15 0.18 0.16 0.18 0.19 0.15 0.17 0.15 0.23 0.07 0.11 0.54 0.20 0.64 0.49 0.54
O4' 0.15 0.20 0.17 0.14 0.17 0.13 0.20 0.13 0.23 0.18 0.23 0.19 0.15 0.20 0.16 0.25 0.18 0.13 0.55 0.24 0.55 0.41 0.49
O5' 0.18 0.22 0.19 0.10 0.21 0.08 0.22 0.10 0.22 0.21 0.22 0.23 0.22 0.23 0.20 0.21 0.01 0.12 0.46 0.23 0.53 0.33 0.43
OP1 0.07 0.19 0.12 0.04 0.12 0.09 0.16 0.21 0.17 0.20 0.17 0.25 0.18 0.23 0.11 0.18 0.03 0.06 0.38 0.21 0.49 0.40 0.40
OP2 0.13 0.17 0.09 0.09 0.21 0.15 0.30 0.24 0.30 0.32 0.24 0.14 0.15 0.36 0.21 0.07 0.02 0.15 0.54 0.35 0.62 0.46 0.52
P 0.04 0.12 0.08 0.01 0.11 0.06 0.17 0.15 0.18 0.20 0.14 0.14 0.10 0.23 0.10 0.12 0.00 0.03 0.40 0.21 0.49 0.33 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.01 0.15 0.22 0.14
C2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.10 0.04 0.39 0.01 0.34 0.31 0.33
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.04 0.23 0.16 0.17
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.09 0.13 0.08 0.10 0.08 0.13 0.06 0.02 0.01 0.01 0.30 0.10 0.32 0.14 0.23
C4 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.40 0.01 0.33 0.29 0.33
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.04 0.05 0.04 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.10 0.27 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.49 0.01 0.41 0.38 0.42
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.15 0.10 0.06 0.05 0.16 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01 0.15 0.14 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.50 0.01 0.44 0.42 0.44
C8 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.03 0.48 0.02 0.38 0.32 0.38
N1 0.03 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.03 0.46 0.01 0.40 0.38 0.40
N2 0.05 0.00 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.13 0.05 0.36 0.01 0.32 0.29 0.31
N3 0.03 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.04 0.34 0.01 0.29 0.26 0.28
N7 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.03 0.54 0.02 0.45 0.41 0.46
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.36 0.01 0.28 0.25 0.28
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.04 0.11 0.15 0.12 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.04 0.07 0.13 0.20 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.11 0.05 0.11 0.15 0.10 0.13 0.09 0.16 0.06 0.05 0.00 0.02 0.24 0.13 0.35 0.20 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.08 0.02 0.08 0.32 0.14
O5' 0.16 0.39 0.21 0.30 0.40 0.01 0.49 0.01 0.50 0.48 0.46 0.36 0.34 0.54 0.36 0.04 0.24 0.08 0.00 0.54 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.02 0.54 0.00 0.48 0.48 0.49
OP1 0.15 0.34 0.23 0.32 0.33 0.10 0.41 0.14 0.44 0.38 0.40 0.32 0.29 0.45 0.28 0.13 0.35 0.08 0.01 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.31 0.16 0.14 0.29 0.27 0.38 0.35 0.42 0.32 0.38 0.29 0.26 0.41 0.25 0.20 0.20 0.32 0.02 0.48 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.33 0.17 0.23 0.33 0.05 0.42 0.02 0.44 0.38 0.40 0.31 0.28 0.46 0.28 0.06 0.22 0.14 0.01 0.49 0.01 0.00 0.00