ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51638

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 0, 2, 3, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.014, 0.039, 0.063, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.012, 0.038, 0.065, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.038 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.045 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.053, 0.131, 0.210, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.131 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.043, 0.126, 0.208, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.126 std_dev=0.083
C5 B 0, 0.146, 0.286, 0.426, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.286 std_dev=0.140
C4 B 0, 0.153, 0.310, 0.466, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.310 std_dev=0.157
C6 B 0, 0.191, 0.396, 0.601, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.396 std_dev=0.205
C4' A 0, 0.011, 0.248, 0.485, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.248 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.202, 0.443, 0.684, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.443 std_dev=0.241
N7 B 0, 0.187, 0.429, 0.671, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.429 std_dev=0.242
C5' A 0, 0.108, 0.351, 0.594, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.351 std_dev=0.243
N9 B 0, 0.188, 0.431, 0.675, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.431 std_dev=0.244
N1 B 0, 0.278, 0.535, 0.792, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.535 std_dev=0.257
C2 B 0, 0.275, 0.555, 0.836, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.555 std_dev=0.280
C8 B 0, 0.190, 0.496, 0.802, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.496 std_dev=0.306
O6 B 0, 0.213, 0.524, 0.836, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.524 std_dev=0.312
O5' A 0, 0.071, 0.396, 0.720, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.396 std_dev=0.325
O2' A 0, -0.074, 0.289, 0.652, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.289 std_dev=0.363
C1' B 0, 0.186, 0.596, 1.006, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.596 std_dev=0.410
N2 B 0, 0.388, 0.800, 1.212, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.800 std_dev=0.412
C3' A 0, -0.111, 0.312, 0.736, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.312 std_dev=0.424
O4' B 0, 0.147, 0.767, 1.387, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.767 std_dev=0.620
C2' B 0, 0.035, 0.831, 1.626, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.831 std_dev=0.796
P A 0, -0.026, 0.786, 1.597, 3.175 max_d=3.175 avg_d=0.786 std_dev=0.811
O3' A 0, -0.282, 0.531, 1.344, 3.393 max_d=3.393 avg_d=0.531 std_dev=0.813
O2' B 0, 0.114, 0.991, 1.869, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.991 std_dev=0.877
OP2 A 0, -0.164, 0.764, 1.692, 3.948 max_d=3.948 avg_d=0.764 std_dev=0.928
C4' B 0, -0.020, 1.000, 2.019, 2.797 max_d=2.797 avg_d=1.000 std_dev=1.019
OP1 A 0, 0.000, 1.095, 2.190, 3.819 max_d=3.819 avg_d=1.095 std_dev=1.095
C3' B 0, -0.120, 0.977, 2.073, 2.855 max_d=2.855 avg_d=0.977 std_dev=1.096
O5' B 0, 0.195, 1.445, 2.694, 3.485 max_d=3.485 avg_d=1.445 std_dev=1.250
C5' B 0, -0.052, 1.253, 2.558, 3.615 max_d=3.615 avg_d=1.253 std_dev=1.305
OP2 B 0, 0.451, 1.908, 3.366, 4.094 max_d=4.094 avg_d=1.908 std_dev=1.457
O3' B 0, -0.203, 1.266, 2.735, 3.790 max_d=3.790 avg_d=1.266 std_dev=1.469
P B 0, 0.225, 1.839, 3.454, 4.491 max_d=4.491 avg_d=1.839 std_dev=1.614
OP1 B 0, 0.480, 2.457, 4.435, 5.667 max_d=5.667 avg_d=2.457 std_dev=1.978

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.01 0.14 0.24 0.25 0.17
C2 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.24 0.04 0.09 0.31 0.25 0.14
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.14 0.08 0.04 0.10 0.10 0.08 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.28 0.54 0.51 0.41
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.14 0.00 0.22 0.02 0.21 0.26 0.17 0.10 0.26 0.28 0.15 0.02 0.01 0.01 0.07 0.42 0.16 0.19
C4 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.11 0.02 0.10 0.20 0.21 0.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.14 0.07 0.05 0.12 0.14 0.06 0.17 0.01 0.00 0.01 0.16 0.06 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.22 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.09 0.02 0.14 0.19 0.26 0.21
C5' 0.06 0.05 0.14 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.11 0.15 0.07 0.05 0.14 0.17 0.07 0.05 0.13 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.21 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.11 0.02 0.14 0.23 0.26 0.20
C8 0.02 0.01 0.04 0.26 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.15 0.03 0.19 0.18 0.28 0.27
N1 0.03 0.00 0.10 0.17 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.17 0.04 0.10 0.27 0.22 0.14
N3 0.03 0.00 0.10 0.10 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.25 0.04 0.10 0.31 0.26 0.16
N6 0.02 0.01 0.08 0.26 0.01 0.12 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.14 0.03 0.19 0.28 0.36 0.29
N7 0.01 0.01 0.04 0.28 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.16 0.03 0.21 0.25 0.37 0.33
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.06 0.01 0.10 0.14 0.19 0.14
O2' 0.01 0.31 0.01 0.02 0.23 0.17 0.24 0.05 0.29 0.12 0.31 0.28 0.28 0.18 0.13 0.00 0.05 0.12 0.22 0.52 0.62 0.41
O3' 0.20 0.24 0.02 0.01 0.11 0.01 0.09 0.13 0.11 0.15 0.17 0.25 0.14 0.16 0.06 0.05 0.00 0.13 0.20 0.53 0.18 0.29
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.12 0.13 0.00 0.09 0.09 0.13 0.11
O5' 0.14 0.09 0.28 0.07 0.10 0.01 0.14 0.01 0.14 0.19 0.10 0.10 0.19 0.21 0.10 0.22 0.20 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.24 0.31 0.54 0.42 0.20 0.16 0.19 0.07 0.23 0.18 0.27 0.31 0.28 0.25 0.14 0.52 0.53 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.25 0.51 0.16 0.21 0.06 0.26 0.01 0.26 0.28 0.22 0.26 0.36 0.37 0.19 0.62 0.18 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.14 0.41 0.19 0.13 0.05 0.21 0.01 0.20 0.27 0.14 0.16 0.29 0.33 0.14 0.41 0.29 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.36 0.23 0.67 0.87 0.13 0.67 0.09 0.70 0.24 0.18 0.29 0.32 0.19 0.10 0.23 0.63 1.08 0.42 0.71 0.32 0.87 0.62 0.69
C2 0.22 0.34 0.35 0.41 0.20 0.28 0.14 0.26 0.14 0.17 0.24 0.45 0.31 0.19 0.18 0.37 0.55 0.19 0.53 0.23 0.65 0.68 0.55
C2' 0.35 0.23 0.66 0.93 0.13 0.75 0.10 0.82 0.24 0.17 0.28 0.33 0.20 0.11 0.21 0.63 1.21 0.45 0.81 0.34 1.01 0.71 0.81
C3' 0.46 0.28 0.78 1.18 0.18 1.01 0.16 1.14 0.21 0.35 0.30 0.44 0.20 0.26 0.33 0.70 1.50 0.65 1.11 0.28 1.37 1.03 1.15
C4 0.23 0.23 0.38 0.52 0.16 0.39 0.10 0.41 0.14 0.14 0.16 0.28 0.24 0.13 0.17 0.36 0.66 0.25 0.57 0.23 0.70 0.61 0.58
C4' 0.49 0.34 0.86 1.22 0.18 1.04 0.14 1.13 0.23 0.32 0.35 0.50 0.23 0.20 0.33 0.80 1.54 0.67 1.06 0.28 1.29 0.94 1.07
C5 0.18 0.23 0.24 0.36 0.17 0.29 0.11 0.34 0.12 0.15 0.19 0.27 0.22 0.14 0.16 0.24 0.45 0.21 0.57 0.13 0.71 0.65 0.60
C5' 0.58 0.34 0.89 1.36 0.27 1.23 0.24 1.38 0.23 0.46 0.32 0.49 0.27 0.35 0.43 0.76 1.73 0.84 1.28 0.24 1.55 1.19 1.32
C6 0.18 0.31 0.21 0.25 0.19 0.20 0.16 0.24 0.19 0.18 0.29 0.35 0.26 0.17 0.17 0.23 0.34 0.18 0.56 0.17 0.69 0.71 0.59
C8 0.21 0.20 0.34 0.60 0.11 0.50 0.07 0.60 0.13 0.16 0.18 0.24 0.17 0.12 0.16 0.26 0.69 0.33 0.71 0.16 0.86 0.69 0.73
N1 0.19 0.36 0.25 0.29 0.21 0.20 0.16 0.22 0.18 0.19 0.32 0.44 0.30 0.20 0.17 0.27 0.40 0.17 0.55 0.16 0.68 0.74 0.59
N3 0.25 0.28 0.43 0.53 0.18 0.37 0.13 0.37 0.17 0.15 0.17 0.37 0.28 0.17 0.18 0.44 0.70 0.23 0.54 0.31 0.66 0.61 0.54
N6 0.19 0.30 0.21 0.21 0.19 0.19 0.19 0.24 0.28 0.20 0.33 0.34 0.24 0.17 0.18 0.24 0.27 0.18 0.58 0.31 0.73 0.77 0.63
N7 0.17 0.18 0.21 0.36 0.14 0.34 0.10 0.44 0.11 0.15 0.15 0.20 0.18 0.13 0.15 0.23 0.43 0.25 0.64 0.13 0.78 0.69 0.68
N9 0.27 0.20 0.48 0.68 0.13 0.53 0.08 0.57 0.18 0.15 0.21 0.25 0.19 0.10 0.19 0.42 0.83 0.33 0.66 0.25 0.80 0.62 0.65
O2' 0.40 0.24 0.74 0.97 0.13 0.77 0.14 0.80 0.31 0.14 0.33 0.35 0.23 0.12 0.22 0.78 1.28 0.46 0.76 0.45 0.94 0.62 0.73
O3' 0.43 0.52 0.78 1.22 0.20 1.06 0.20 1.21 0.40 0.25 0.55 0.73 0.34 0.15 0.26 0.73 1.62 0.65 1.15 0.48 1.45 1.06 1.20
O4' 0.44 0.32 0.80 1.02 0.15 0.83 0.11 0.87 0.23 0.25 0.34 0.44 0.20 0.14 0.28 0.74 1.25 0.54 0.82 0.29 0.99 0.70 0.80
O5' 0.59 0.25 0.77 1.36 0.31 1.26 0.30 1.47 0.21 0.56 0.22 0.37 0.23 0.45 0.49 0.54 1.65 0.90 1.42 0.21 1.69 1.38 1.49
OP1 1.05 0.24 1.13 1.87 0.52 2.02 0.46 2.35 0.24 0.91 0.20 0.37 0.36 0.70 0.83 1.00 2.35 1.55 2.16 0.21 2.61 2.09 2.29
OP2 0.82 0.24 0.71 1.42 0.55 1.59 0.61 2.02 0.43 0.96 0.28 0.24 0.35 0.84 0.79 0.44 1.50 1.28 2.04 0.44 2.41 2.13 2.22
P 0.98 0.27 1.01 1.76 0.60 1.82 0.59 2.13 0.39 0.96 0.26 0.28 0.41 0.81 0.86 0.74 2.10 1.43 2.03 0.37 2.35 1.99 2.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.02 0.35 0.20 0.14
C2 0.04 0.00 0.28 0.29 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.38 0.09 0.29 0.03 0.45 0.46 0.31
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.15 0.01 0.09 0.02 0.15 0.10 0.23 0.34 0.27 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.18 0.12 0.26 0.15 0.16
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.16 0.00 0.14 0.02 0.18 0.17 0.24 0.35 0.26 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.22 0.17 0.27 0.12 0.19
C4 0.01 0.01 0.15 0.16 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.06 0.31 0.01 0.46 0.46 0.31
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.12 0.06 0.13 0.09 0.11 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.07 0.15 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.17 0.04 0.38 0.01 0.52 0.62 0.39
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.15 0.20 0.11 0.10 0.07 0.21 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.18 0.14 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.18 0.01 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.24 0.06 0.39 0.01 0.52 0.66 0.42
C8 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.18 0.05 0.42 0.02 0.51 0.55 0.36
N1 0.03 0.01 0.23 0.24 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.33 0.08 0.34 0.02 0.49 0.58 0.37
N2 0.06 0.01 0.34 0.35 0.02 0.13 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.34 0.47 0.11 0.26 0.04 0.42 0.41 0.29
N3 0.04 0.01 0.27 0.26 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.25 0.33 0.09 0.26 0.01 0.43 0.38 0.27
N7 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.03 0.45 0.02 0.55 0.70 0.43
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.29 0.01 0.44 0.39 0.26
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.12 0.06 0.09 0.06 0.14 0.07 0.22 0.34 0.25 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.06 0.12 0.18 0.10 0.07
O3' 0.02 0.38 0.02 0.01 0.20 0.02 0.17 0.02 0.24 0.18 0.33 0.47 0.33 0.16 0.08 0.04 0.00 0.02 0.18 0.23 0.30 0.20 0.18
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.08 0.11 0.09 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.06 0.36 0.16 0.12
O5' 0.15 0.29 0.18 0.22 0.31 0.01 0.38 0.01 0.39 0.42 0.34 0.26 0.26 0.45 0.29 0.06 0.18 0.07 0.00 0.42 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.03 0.12 0.17 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.12 0.23 0.06 0.42 0.00 0.55 0.75 0.46
OP1 0.35 0.45 0.26 0.27 0.46 0.15 0.52 0.14 0.52 0.51 0.49 0.42 0.43 0.55 0.44 0.18 0.30 0.36 0.02 0.55 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.46 0.15 0.12 0.46 0.16 0.62 0.28 0.66 0.55 0.58 0.41 0.38 0.70 0.39 0.10 0.20 0.16 0.01 0.75 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.31 0.16 0.19 0.31 0.04 0.39 0.02 0.42 0.36 0.37 0.29 0.27 0.43 0.26 0.07 0.18 0.12 0.00 0.46 0.01 0.01 0.00