ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51643

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.005, 0.027, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C6 B 0, 0.089, 0.394, 0.698, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.394 std_dev=0.305
C4 B 0, 0.113, 0.421, 0.730, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.421 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.021, 0.338, 0.656, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.338 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.176, 0.520, 0.864, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.520 std_dev=0.344
N3 B 0, 0.194, 0.559, 0.924, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.559 std_dev=0.365
O6 B 0, 0.074, 0.481, 0.888, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.481 std_dev=0.407
N7 B 0, 0.076, 0.487, 0.898, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.487 std_dev=0.411
C2 B 0, 0.178, 0.590, 1.001, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.590 std_dev=0.411
N9 B 0, 0.043, 0.486, 0.930, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.486 std_dev=0.444
C8 B 0, 0.053, 0.536, 1.019, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.536 std_dev=0.483
C2' B 0, 0.182, 0.768, 1.353, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.768 std_dev=0.585
C1' B 0, 0.042, 0.640, 1.238, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.640 std_dev=0.598
N2 B 0, 0.138, 0.776, 1.413, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.776 std_dev=0.637
O2' B 0, 0.234, 0.883, 1.531, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.883 std_dev=0.648
P B 0, 0.111, 0.850, 1.589, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.850 std_dev=0.739
O5' B 0, 0.426, 1.169, 1.913, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.169 std_dev=0.744
O4' B 0, 0.097, 0.992, 1.888, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.992 std_dev=0.896
C4' B 0, 0.110, 1.076, 2.042, 2.547 max_d=2.547 avg_d=1.076 std_dev=0.966
C3' B 0, 0.128, 1.108, 2.088, 2.646 max_d=2.646 avg_d=1.108 std_dev=0.980
C5' B 0, 0.157, 1.202, 2.247, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.202 std_dev=1.045
OP1 B 0, 0.243, 1.290, 2.337, 2.783 max_d=2.783 avg_d=1.290 std_dev=1.047
O4' A 0, -0.227, 0.840, 1.908, 2.533 max_d=2.533 avg_d=0.840 std_dev=1.067
C2' A 0, -0.231, 0.902, 2.036, 2.705 max_d=2.705 avg_d=0.902 std_dev=1.133
OP2 B 0, 0.090, 1.305, 2.521, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.305 std_dev=1.215
O3' B 0, 0.084, 1.356, 2.628, 3.588 max_d=3.588 avg_d=1.356 std_dev=1.272
C4' A 0, -0.246, 1.033, 2.312, 3.039 max_d=3.039 avg_d=1.033 std_dev=1.279
C3' A 0, -0.273, 1.196, 2.664, 3.456 max_d=3.456 avg_d=1.196 std_dev=1.468
O2' A 0, -0.349, 1.281, 2.911, 4.092 max_d=4.092 avg_d=1.281 std_dev=1.630
O3' A 0, -0.314, 1.456, 3.227, 4.618 max_d=4.618 avg_d=1.456 std_dev=1.770
C5' A 0, -0.477, 1.910, 4.297, 5.571 max_d=5.571 avg_d=1.910 std_dev=2.387
O5' A 0, -0.680, 2.331, 5.343, 7.311 max_d=7.311 avg_d=2.331 std_dev=3.011
P A 0, -1.104, 3.034, 7.173, 10.316 max_d=10.316 avg_d=3.034 std_dev=4.138
OP1 A 0, -1.188, 3.213, 7.615, 11.098 max_d=11.098 avg_d=3.213 std_dev=4.402
OP2 A 0, -1.331, 3.369, 8.069, 11.892 max_d=11.892 avg_d=3.369 std_dev=4.700

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.00 0.04 0.49 0.57 0.26
C2 0.02 0.00 0.35 0.42 0.01 0.55 0.01 1.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.49 0.29 0.59 1.30 2.17 1.19 1.63
C2' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.19 0.03 0.10 0.23 0.17 0.20 0.28 0.35 0.13 0.12 0.04 0.00 0.06 0.03 0.27 0.84 0.80 0.62
C3' 0.02 0.42 0.00 0.00 0.21 0.01 0.23 0.03 0.25 0.38 0.33 0.41 0.26 0.35 0.16 0.02 0.02 0.02 0.09 0.43 0.39 0.27
C4 0.01 0.01 0.19 0.21 0.00 0.24 0.00 0.52 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.06 0.31 0.48 1.07 0.62 0.59
C4' 0.03 0.55 0.03 0.01 0.24 0.00 0.11 0.00 0.22 0.32 0.42 0.53 0.15 0.22 0.05 0.25 0.01 0.00 0.01 0.10 0.32 0.07
C5 0.01 0.01 0.10 0.23 0.00 0.11 0.00 0.40 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.10 0.13 0.20 0.78 0.85 0.29
C5' 0.15 1.05 0.23 0.03 0.52 0.00 0.40 0.00 0.55 0.58 0.86 0.96 0.48 0.48 0.28 0.15 0.22 0.01 0.01 0.20 0.37 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.25 0.01 0.22 0.00 0.55 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.08 0.26 0.45 1.20 0.66 0.58
C8 0.02 0.01 0.20 0.38 0.01 0.32 0.00 0.58 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.50 0.31 0.31 0.80 0.63 1.56 0.95
N1 0.01 0.00 0.28 0.33 0.01 0.42 0.01 0.86 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.32 0.18 0.46 0.96 1.86 0.81 1.24
N3 0.02 0.00 0.35 0.41 0.00 0.53 0.01 0.96 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.27 0.59 1.19 1.86 1.07 1.41
N6 0.01 0.00 0.13 0.26 0.01 0.15 0.01 0.48 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.13 0.18 0.29 0.99 0.84 0.37
N7 0.01 0.01 0.12 0.35 0.00 0.22 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.42 0.27 0.16 0.63 0.46 1.53 0.77
N9 0.00 0.01 0.04 0.16 0.00 0.05 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.15 0.00 0.15 0.52 0.81 0.30
O2' 0.01 0.49 0.00 0.02 0.17 0.25 0.17 0.15 0.16 0.50 0.32 0.49 0.19 0.42 0.17 0.00 0.11 0.14 0.17 0.90 0.86 0.60
O3' 0.27 0.29 0.06 0.02 0.06 0.01 0.10 0.22 0.08 0.31 0.18 0.27 0.13 0.27 0.15 0.11 0.00 0.22 0.22 0.39 0.58 0.32
O4' 0.00 0.59 0.03 0.02 0.31 0.00 0.13 0.01 0.26 0.31 0.46 0.59 0.18 0.16 0.00 0.14 0.22 0.00 0.23 0.34 0.22 0.16
O5' 0.04 1.30 0.27 0.09 0.48 0.01 0.20 0.01 0.45 0.80 0.96 1.19 0.29 0.63 0.15 0.17 0.22 0.23 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.49 2.17 0.84 0.43 1.07 0.10 0.78 0.20 1.20 0.63 1.86 1.86 0.99 0.46 0.52 0.90 0.39 0.34 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.57 1.19 0.80 0.39 0.62 0.32 0.85 0.37 0.66 1.56 0.81 1.07 0.84 1.53 0.81 0.86 0.58 0.22 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.26 1.63 0.62 0.27 0.59 0.07 0.29 0.01 0.58 0.95 1.24 1.41 0.37 0.77 0.30 0.60 0.32 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.28 0.42 0.80 0.21 0.68 0.18 0.67 0.25 0.23 0.26 0.33 0.28 0.23 0.24 0.74 0.95 0.53 0.70 0.33 0.87 0.78 0.19
C2 0.11 0.41 0.33 0.73 0.18 0.47 0.13 0.47 0.21 0.19 0.35 0.48 0.33 0.17 0.10 0.40 0.68 0.19 0.44 0.17 1.07 0.80 0.54
C2' 0.50 0.41 0.23 0.96 0.46 1.10 0.50 1.26 0.47 0.59 0.44 0.39 0.42 0.57 0.51 0.59 1.01 1.01 1.42 0.49 0.43 1.63 0.99
C3' 1.10 0.71 0.89 1.76 0.81 1.92 0.67 2.11 0.55 0.89 0.60 0.72 0.82 0.68 0.95 0.30 1.90 1.69 2.17 0.45 0.73 1.92 1.58
C4 0.18 0.31 0.28 0.79 0.17 0.56 0.11 0.52 0.19 0.20 0.28 0.37 0.27 0.17 0.15 0.54 0.82 0.34 0.49 0.21 0.99 0.78 0.33
C4' 1.21 0.81 1.13 1.84 0.88 1.82 0.67 1.82 0.55 0.87 0.65 0.85 0.94 0.63 1.01 0.70 2.13 1.61 1.77 0.43 0.48 1.13 1.05
C5 0.16 0.30 0.30 0.77 0.16 0.51 0.12 0.47 0.15 0.26 0.28 0.37 0.24 0.24 0.17 0.45 0.78 0.30 0.43 0.13 0.97 0.80 0.31
C5' 1.81 1.30 1.77 2.58 1.40 2.53 1.16 2.45 0.99 1.40 1.08 1.34 1.47 1.17 1.55 1.33 3.06 2.24 2.23 0.84 0.97 1.35 1.46
C6 0.12 0.33 0.35 0.73 0.14 0.44 0.13 0.41 0.16 0.23 0.30 0.41 0.24 0.24 0.13 0.34 0.69 0.20 0.38 0.13 1.00 0.81 0.40
C8 0.29 0.26 0.34 0.82 0.19 0.63 0.14 0.58 0.19 0.31 0.25 0.32 0.23 0.24 0.25 0.57 0.89 0.48 0.58 0.25 0.86 0.81 0.18
N1 0.14 0.38 0.40 0.71 0.14 0.43 0.09 0.42 0.18 0.17 0.35 0.47 0.28 0.16 0.11 0.32 0.65 0.17 0.40 0.15 1.04 0.82 0.50
N3 0.11 0.37 0.24 0.77 0.20 0.54 0.16 0.52 0.22 0.18 0.32 0.43 0.33 0.21 0.09 0.55 0.78 0.27 0.48 0.22 1.06 0.76 0.46
N6 0.15 0.32 0.39 0.72 0.17 0.41 0.20 0.38 0.22 0.26 0.29 0.43 0.24 0.30 0.16 0.30 0.67 0.19 0.35 0.26 0.98 0.83 0.39
N7 0.23 0.27 0.31 0.79 0.18 0.56 0.17 0.50 0.17 0.32 0.26 0.34 0.22 0.29 0.23 0.48 0.82 0.40 0.49 0.19 0.91 0.80 0.21
N9 0.28 0.28 0.34 0.81 0.19 0.64 0.13 0.60 0.21 0.24 0.26 0.34 0.26 0.19 0.22 0.62 0.90 0.47 0.59 0.27 0.91 0.79 0.21
O2' 0.51 0.30 0.74 0.45 0.41 0.62 0.51 0.81 0.51 0.62 0.39 0.24 0.31 0.65 0.49 1.34 0.46 0.65 1.03 0.61 1.03 1.74 0.95
O3' 1.17 0.81 0.94 1.68 0.91 1.99 0.78 2.29 0.65 0.99 0.69 0.82 0.92 0.81 1.04 0.56 1.80 1.80 2.38 0.53 1.22 2.32 1.93
O4' 1.07 0.69 1.12 1.62 0.75 1.44 0.52 1.28 0.41 0.71 0.51 0.74 0.82 0.49 0.88 0.88 1.87 1.27 1.19 0.38 0.69 0.49 0.44
O5' 2.26 1.37 2.36 3.33 1.54 3.19 1.10 3.07 0.80 1.50 0.99 1.44 1.66 1.06 1.81 1.93 3.82 2.74 2.72 0.50 1.28 1.75 1.91
OP1 2.93 2.18 3.20 3.91 2.19 3.65 1.62 3.26 1.33 1.87 1.67 2.36 2.48 1.42 2.37 3.04 4.73 3.21 2.73 0.87 1.18 1.61 1.81
OP2 2.71 1.49 2.90 3.89 1.75 3.91 1.36 3.81 1.12 1.78 1.15 1.53 1.86 1.41 2.09 2.68 4.67 3.26 3.13 1.14 1.82 1.94 2.29
P 2.82 1.75 3.06 3.98 1.91 3.79 1.35 3.50 1.01 1.76 1.25 1.86 2.11 1.28 2.20 2.83 4.79 3.23 2.91 0.68 1.42 1.73 2.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.23 0.00 0.21 0.01 0.67 0.42 0.28
C2 0.03 0.00 0.37 0.28 0.01 0.15 0.01 0.35 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.19 0.31 0.46 0.01 0.98 0.97 0.59
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.19 0.03 0.11 0.22 0.18 0.18 0.30 0.44 0.35 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.45 0.14 1.07 0.53 0.58
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.25 0.01 0.32 0.02 0.35 0.26 0.33 0.27 0.23 0.32 0.19 0.02 0.01 0.03 0.25 0.38 0.52 0.26 0.18
C4 0.01 0.01 0.19 0.25 0.00 0.10 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.13 0.17 0.40 0.01 0.98 0.86 0.56
C4' 0.01 0.15 0.03 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.12 0.18 0.13 0.18 0.14 0.18 0.08 0.26 0.03 0.01 0.03 0.14 0.28 0.29 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.32 0.00 0.12 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.20 0.19 0.07 0.42 0.01 1.11 0.99 0.64
C5' 0.11 0.35 0.22 0.02 0.29 0.00 0.31 0.00 0.33 0.25 0.35 0.37 0.32 0.30 0.21 0.11 0.17 0.01 0.01 0.35 0.30 0.39 0.03
C6 0.01 0.00 0.18 0.35 0.01 0.12 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.23 0.13 0.46 0.01 1.14 1.09 0.67
C8 0.01 0.02 0.18 0.26 0.01 0.18 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.39 0.18 0.18 0.33 0.01 1.06 0.76 0.54
N1 0.03 0.00 0.30 0.33 0.02 0.13 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.20 0.24 0.47 0.01 1.07 1.06 0.65
N2 0.04 0.01 0.44 0.27 0.02 0.18 0.02 0.37 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.55 0.24 0.37 0.47 0.02 0.93 0.97 0.58
N3 0.03 0.01 0.35 0.23 0.00 0.14 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.39 0.18 0.31 0.42 0.01 0.91 0.86 0.53
N7 0.01 0.01 0.09 0.32 0.01 0.18 0.00 0.30 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.24 0.10 0.39 0.01 1.16 0.97 0.63
N9 0.00 0.02 0.02 0.19 0.01 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.09 0.02 0.32 0.01 0.90 0.67 0.46
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.18 0.26 0.20 0.11 0.21 0.39 0.30 0.55 0.39 0.35 0.16 0.00 0.05 0.16 0.40 0.23 1.05 0.52 0.53
O3' 0.23 0.19 0.02 0.01 0.13 0.03 0.19 0.17 0.23 0.18 0.20 0.24 0.18 0.24 0.09 0.05 0.00 0.20 0.25 0.28 0.39 0.28 0.14
O4' 0.00 0.31 0.01 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.13 0.18 0.24 0.37 0.31 0.10 0.02 0.16 0.20 0.00 0.16 0.10 0.32 0.25 0.15
O5' 0.21 0.46 0.45 0.25 0.40 0.03 0.42 0.01 0.46 0.33 0.47 0.47 0.42 0.39 0.32 0.40 0.25 0.16 0.00 0.47 0.04 0.03 0.01
O6 0.01 0.01 0.14 0.38 0.01 0.14 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.28 0.10 0.47 0.00 1.19 1.17 0.71
OP1 0.67 0.98 1.07 0.52 0.98 0.28 1.11 0.30 1.14 1.06 1.07 0.93 0.91 1.16 0.90 1.05 0.39 0.32 0.04 1.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.97 0.53 0.26 0.86 0.29 0.99 0.39 1.09 0.76 1.06 0.97 0.86 0.97 0.67 0.52 0.28 0.25 0.03 1.17 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.59 0.58 0.18 0.56 0.06 0.64 0.03 0.67 0.54 0.65 0.58 0.53 0.63 0.46 0.53 0.14 0.15 0.01 0.71 0.01 0.00 0.00