ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51645

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.004, 0.029, 0.053, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.020, 0.056, 0.091, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.056 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.008, 0.076, 0.144, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.076 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.036, 0.121, 0.206, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.121 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.056, 0.147, 0.238, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.147 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.075, 0.182, 0.289, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.182 std_dev=0.107
C3' A 0, 0.043, 0.160, 0.276, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.160 std_dev=0.117
O5' A 0, 0.129, 0.254, 0.380, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.254 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.081, 0.264, 0.448, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.264 std_dev=0.184
C6 B 0, 0.212, 0.411, 0.611, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.411 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.266, 0.467, 0.668, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.467 std_dev=0.201
P A 0, 0.151, 0.355, 0.559, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.355 std_dev=0.204
OP1 A 0, 0.219, 0.439, 0.658, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.439 std_dev=0.219
C5 B 0, 0.165, 0.386, 0.607, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.386 std_dev=0.221
C4 B 0, 0.200, 0.429, 0.658, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.429 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.233, 0.463, 0.693, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.463 std_dev=0.230
O6 B 0, 0.186, 0.418, 0.649, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.418 std_dev=0.232
C2 B 0, 0.266, 0.499, 0.731, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.499 std_dev=0.232
N9 B 0, 0.224, 0.457, 0.690, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.457 std_dev=0.233
N3 B 0, 0.252, 0.486, 0.721, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.486 std_dev=0.235
N7 B 0, 0.154, 0.389, 0.625, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.389 std_dev=0.235
C8 B 0, 0.196, 0.433, 0.671, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.433 std_dev=0.237
C1' B 0, 0.301, 0.549, 0.796, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.549 std_dev=0.248
OP2 A 0, 0.200, 0.448, 0.696, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.448 std_dev=0.248
C3' B 0, 0.100, 0.359, 0.618, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.359 std_dev=0.259
O3' B 0, 0.093, 0.354, 0.614, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.354 std_dev=0.261
C4' B 0, 0.335, 0.608, 0.881, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.608 std_dev=0.273
O4' B 0, 0.345, 0.625, 0.904, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.625 std_dev=0.280
N2 B 0, 0.284, 0.582, 0.879, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.582 std_dev=0.297
O2' B 0, 0.352, 0.657, 0.962, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.657 std_dev=0.305
C5' B 0, 0.475, 0.845, 1.216, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.845 std_dev=0.371
O5' B 0, 0.484, 0.876, 1.268, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.876 std_dev=0.392
P B 0, 0.600, 1.127, 1.653, 1.714 max_d=1.714 avg_d=1.127 std_dev=0.527
OP2 B 0, 0.515, 1.209, 1.903, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.209 std_dev=0.694
OP1 B 0, 1.138, 2.322, 3.506, 3.279 max_d=3.279 avg_d=2.322 std_dev=1.184

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.10 0.07
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.10 0.02 0.16 0.21 0.26 0.19
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.10 0.04 0.10 0.08 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05
C4 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.16 0.18 0.23 0.18
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.19 0.23 0.28 0.22
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.09 0.11 0.08 0.13 0.10 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.20 0.26 0.32 0.25
C8 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.18 0.18 0.21 0.18
N1 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.02 0.19 0.25 0.30 0.23
N3 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.02 0.14 0.17 0.22 0.16
N6 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.22 0.30 0.36 0.28
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.20 0.23 0.28 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.15 0.18 0.14
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.01 0.10 0.09 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.11 0.05 0.11 0.08 0.12 0.07 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.10 0.09 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.06 0.06 0.05
O5' 0.07 0.16 0.04 0.05 0.16 0.01 0.19 0.00 0.20 0.18 0.19 0.14 0.22 0.20 0.14 0.03 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.21 0.07 0.07 0.18 0.04 0.23 0.04 0.26 0.18 0.25 0.17 0.30 0.23 0.15 0.07 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.26 0.07 0.06 0.23 0.02 0.28 0.01 0.32 0.21 0.30 0.22 0.36 0.28 0.18 0.06 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.19 0.05 0.05 0.18 0.01 0.22 0.01 0.25 0.18 0.23 0.16 0.28 0.23 0.14 0.04 0.08 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 0.12 0.27 0.09 0.19 0.19 0.13 0.10 0.13 0.22 0.15 0.13 0.19 0.15 0.26 0.47 0.04 0.30 0.22 0.16 0.68 0.21 0.30
C2 0.30 0.23 0.21 0.07 0.21 0.11 0.12 0.19 0.10 0.16 0.11 0.32 0.29 0.10 0.23 0.39 0.12 0.22 0.40 0.16 1.37 0.36 0.59
C2' 0.33 0.11 0.29 0.10 0.17 0.16 0.10 0.11 0.11 0.20 0.13 0.12 0.18 0.12 0.24 0.48 0.05 0.26 0.29 0.15 0.76 0.19 0.36
C3' 0.29 0.10 0.27 0.11 0.13 0.13 0.09 0.13 0.13 0.17 0.14 0.12 0.12 0.10 0.20 0.46 0.06 0.21 0.31 0.17 0.66 0.17 0.34
C4 0.30 0.15 0.22 0.06 0.19 0.11 0.10 0.15 0.09 0.17 0.08 0.19 0.24 0.10 0.23 0.39 0.11 0.22 0.35 0.15 1.15 0.31 0.50
C4' 0.32 0.13 0.28 0.13 0.14 0.19 0.11 0.10 0.13 0.21 0.16 0.16 0.13 0.14 0.22 0.47 0.06 0.27 0.18 0.15 0.38 0.13 0.19
C5 0.26 0.18 0.20 0.10 0.19 0.11 0.09 0.22 0.07 0.14 0.07 0.21 0.24 0.08 0.20 0.33 0.15 0.17 0.40 0.14 1.33 0.36 0.58
C5' 0.25 0.16 0.23 0.12 0.10 0.16 0.09 0.08 0.14 0.16 0.18 0.20 0.10 0.10 0.16 0.40 0.07 0.21 0.16 0.16 0.23 0.14 0.14
C6 0.24 0.24 0.19 0.13 0.20 0.13 0.11 0.27 0.07 0.14 0.12 0.30 0.27 0.09 0.20 0.31 0.18 0.17 0.46 0.14 1.54 0.41 0.67
C8 0.27 0.11 0.21 0.07 0.15 0.10 0.10 0.15 0.12 0.17 0.14 0.13 0.16 0.11 0.21 0.34 0.12 0.19 0.31 0.15 0.95 0.28 0.42
N1 0.26 0.25 0.20 0.11 0.21 0.11 0.12 0.24 0.09 0.14 0.13 0.34 0.28 0.10 0.21 0.35 0.16 0.18 0.45 0.15 1.53 0.40 0.67
N3 0.32 0.19 0.23 0.05 0.21 0.12 0.12 0.14 0.10 0.17 0.10 0.25 0.27 0.11 0.24 0.41 0.10 0.24 0.35 0.16 1.18 0.32 0.51
N6 0.21 0.26 0.18 0.17 0.20 0.17 0.13 0.33 0.09 0.14 0.18 0.31 0.26 0.11 0.18 0.27 0.21 0.15 0.50 0.11 1.72 0.46 0.75
N7 0.23 0.14 0.19 0.12 0.16 0.12 0.08 0.23 0.10 0.14 0.12 0.15 0.20 0.08 0.19 0.29 0.17 0.16 0.39 0.15 1.24 0.35 0.55
N9 0.31 0.10 0.24 0.05 0.18 0.13 0.11 0.12 0.11 0.19 0.12 0.11 0.19 0.12 0.23 0.41 0.09 0.24 0.29 0.15 0.92 0.26 0.40
O2' 0.35 0.14 0.28 0.10 0.19 0.18 0.13 0.09 0.12 0.21 0.14 0.16 0.20 0.14 0.25 0.48 0.03 0.29 0.25 0.16 0.65 0.17 0.31
O3' 0.26 0.10 0.25 0.11 0.12 0.11 0.09 0.15 0.14 0.15 0.15 0.12 0.12 0.10 0.18 0.43 0.08 0.18 0.34 0.18 0.64 0.18 0.37
O4' 0.37 0.14 0.29 0.12 0.18 0.23 0.15 0.14 0.15 0.24 0.17 0.17 0.16 0.18 0.27 0.49 0.05 0.33 0.17 0.16 0.42 0.17 0.20
O5' 0.14 0.23 0.17 0.05 0.10 0.05 0.14 0.11 0.21 0.08 0.26 0.26 0.15 0.08 0.07 0.29 0.01 0.09 0.25 0.23 0.43 0.15 0.25
OP1 0.05 0.22 0.09 0.01 0.12 0.04 0.15 0.14 0.21 0.03 0.24 0.25 0.15 0.09 0.04 0.17 0.02 0.02 0.24 0.23 0.19 0.41 0.19
OP2 0.07 0.26 0.10 0.08 0.18 0.16 0.21 0.31 0.27 0.07 0.29 0.27 0.21 0.14 0.10 0.15 0.04 0.12 0.43 0.29 0.67 0.24 0.40
P 0.05 0.23 0.10 0.01 0.13 0.05 0.15 0.15 0.22 0.03 0.25 0.26 0.17 0.09 0.04 0.17 0.01 0.02 0.26 0.23 0.30 0.25 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.02 0.26 0.54 0.19
C2 0.03 0.00 0.12 0.18 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.04 0.29 0.01 0.98 0.61 0.47
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.03 0.07 0.04 0.10 0.14 0.12 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.06 0.18 0.27 0.13
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.12 0.00 0.10 0.04 0.13 0.02 0.17 0.20 0.16 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.13 0.09 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.27 0.02 0.88 0.64 0.44
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.08 0.22 0.38 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.32 0.01 1.16 0.71 0.55
C5' 0.04 0.14 0.03 0.04 0.14 0.01 0.19 0.00 0.21 0.18 0.18 0.12 0.11 0.22 0.12 0.07 0.04 0.02 0.01 0.23 0.42 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.03 0.35 0.00 1.31 0.72 0.59
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.26 0.02 0.87 0.72 0.46
N1 0.02 0.00 0.10 0.17 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.03 0.33 0.01 1.20 0.67 0.55
N2 0.03 0.01 0.14 0.20 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.24 0.05 0.28 0.01 0.93 0.58 0.44
N3 0.03 0.01 0.12 0.16 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.18 0.04 0.25 0.01 0.80 0.59 0.40
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.31 0.02 1.19 0.76 0.57
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.02 0.66 0.62 0.36
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.03 0.07 0.08 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.30 0.07
O3' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.17 0.02 0.21 0.24 0.18 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.09 0.17 0.18 0.17 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.09 0.60 0.11
O5' 0.11 0.29 0.09 0.07 0.27 0.02 0.32 0.01 0.35 0.26 0.33 0.28 0.25 0.31 0.21 0.05 0.09 0.06 0.00 0.37 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.02 0.08 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.17 0.03 0.37 0.00 1.47 0.75 0.64
OP1 0.26 0.98 0.18 0.09 0.88 0.22 1.16 0.42 1.31 0.87 1.20 0.93 0.80 1.19 0.66 0.07 0.18 0.09 0.02 1.47 0.00 0.01 0.00
OP2 0.54 0.61 0.27 0.11 0.64 0.38 0.71 0.35 0.72 0.72 0.67 0.58 0.59 0.76 0.62 0.30 0.17 0.60 0.01 0.75 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.47 0.13 0.07 0.44 0.04 0.55 0.01 0.59 0.46 0.55 0.44 0.40 0.57 0.36 0.07 0.06 0.11 0.00 0.64 0.00 0.01 0.00