ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51650

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.004, 0.022, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.003, 0.032, 0.061, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.032 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.014, 0.044, 0.074, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.044 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.002, 0.032, 0.062, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.032 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.006, 0.040, 0.075, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.035
N3 A 0, -0.001, 0.034, 0.068, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.034 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.005, 0.044, 0.082, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.004, 0.060, 0.115, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.060 std_dev=0.056
C4 B 0, 0.129, 0.307, 0.486, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.307 std_dev=0.178
N9 B 0, 0.092, 0.274, 0.456, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.274 std_dev=0.182
C2' A 0, 0.094, 0.328, 0.561, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.328 std_dev=0.233
O4' A 0, 0.090, 0.347, 0.603, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.347 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.182, 0.463, 0.744, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.463 std_dev=0.281
C8 B 0, 0.159, 0.441, 0.722, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.441 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.130, 0.438, 0.746, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.438 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.158, 0.472, 0.787, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.472 std_dev=0.314
N3 B 0, 0.177, 0.493, 0.809, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.493 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.013, 0.355, 0.697, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.355 std_dev=0.342
C6 B 0, 0.096, 0.514, 0.931, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.514 std_dev=0.417
N7 B 0, 0.173, 0.623, 1.073, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.623 std_dev=0.450
O2' A 0, 0.174, 0.629, 1.083, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.629 std_dev=0.454
N2 B 0, 0.204, 0.699, 1.194, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.699 std_dev=0.495
C5' A 0, 0.247, 0.769, 1.291, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.769 std_dev=0.522
C3' B 0, 0.345, 0.869, 1.394, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.869 std_dev=0.524
C4' A 0, 0.149, 0.701, 1.254, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.701 std_dev=0.553
O6 B 0, 0.145, 0.773, 1.402, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.773 std_dev=0.629
C2' B 0, 0.283, 0.915, 1.547, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.915 std_dev=0.632
O3' B 0, 0.456, 1.108, 1.760, 1.583 max_d=1.583 avg_d=1.108 std_dev=0.652
O4' B 0, 0.278, 0.961, 1.643, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.961 std_dev=0.683
C3' A 0, 0.170, 0.932, 1.694, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.932 std_dev=0.762
C4' B 0, 0.419, 1.215, 2.011, 2.094 max_d=2.094 avg_d=1.215 std_dev=0.796
C5' B 0, 0.561, 1.871, 3.181, 3.340 max_d=3.340 avg_d=1.871 std_dev=1.310
O3' A 0, 0.264, 1.622, 2.980, 3.049 max_d=3.049 avg_d=1.622 std_dev=1.358
O2' B 0, 0.382, 1.781, 3.181, 3.308 max_d=3.308 avg_d=1.781 std_dev=1.400
O5' B 0, 0.468, 1.884, 3.300, 3.666 max_d=3.666 avg_d=1.884 std_dev=1.416
P B 0, 0.398, 1.823, 3.248, 3.668 max_d=3.668 avg_d=1.823 std_dev=1.425
O5' A 0, 0.502, 1.986, 3.471, 3.574 max_d=3.574 avg_d=1.986 std_dev=1.485
OP1 B 0, 0.520, 2.054, 3.588, 3.826 max_d=3.826 avg_d=2.054 std_dev=1.534
P A 0, 0.200, 1.784, 3.369, 3.812 max_d=3.812 avg_d=1.784 std_dev=1.584
OP2 A 0, 0.131, 2.104, 4.078, 4.916 max_d=4.916 avg_d=2.104 std_dev=1.974
OP2 B 0, 0.904, 3.163, 5.422, 5.729 max_d=5.729 avg_d=3.163 std_dev=2.259
OP1 A 0, 0.094, 2.391, 4.689, 5.383 max_d=5.383 avg_d=2.391 std_dev=2.297

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.26 0.01 0.34 0.33 0.26 0.10
C2 0.04 0.00 0.09 0.02 0.01 0.12 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.13 0.50 0.13 0.43 0.51 0.38 0.05
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.15 0.09 0.05 0.09 0.08 0.10 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.22 0.28 0.28 0.06
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.01 0.31 0.02 0.26 0.48 0.13 0.03 0.35 0.48 0.23 0.02 0.02 0.03 0.25 0.42 0.33 0.19
C4 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.23 0.06 0.60 0.28 0.54 0.20
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.06 0.27 0.05 0.12 0.11 0.24 0.10 0.29 0.01 0.01 0.01 0.29 0.16 0.17
C5 0.02 0.02 0.09 0.31 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.08 0.03 0.82 0.28 0.81 0.43
C5' 0.04 0.10 0.15 0.02 0.08 0.01 0.15 0.00 0.13 0.24 0.09 0.10 0.17 0.26 0.09 0.12 0.22 0.01 0.00 0.42 0.26 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.12 0.06 0.77 0.23 0.79 0.37
C8 0.04 0.01 0.05 0.48 0.01 0.27 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.22 0.34 0.09 0.99 0.56 0.93 0.63
N1 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.32 0.10 0.60 0.36 0.58 0.17
N3 0.05 0.00 0.08 0.03 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.51 0.13 0.38 0.50 0.32 0.08
N6 0.02 0.02 0.10 0.35 0.00 0.11 0.01 0.17 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.25 0.10 0.03 0.88 0.28 0.96 0.52
N7 0.04 0.01 0.08 0.48 0.01 0.24 0.00 0.26 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.25 0.32 0.07 1.04 0.55 1.08 0.70
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.10 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.17 0.07 0.02 0.66 0.30 0.55 0.28
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.17 0.29 0.22 0.12 0.23 0.22 0.18 0.10 0.25 0.25 0.17 0.00 0.03 0.20 0.35 0.44 0.31 0.16
O3' 0.26 0.50 0.02 0.02 0.23 0.01 0.08 0.22 0.12 0.34 0.32 0.51 0.10 0.32 0.07 0.03 0.00 0.16 0.20 0.54 0.38 0.24
O4' 0.01 0.13 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.09 0.10 0.13 0.03 0.07 0.02 0.20 0.16 0.00 0.24 0.33 0.17 0.17
O5' 0.34 0.43 0.22 0.25 0.60 0.01 0.82 0.00 0.77 0.99 0.60 0.38 0.88 1.04 0.66 0.35 0.20 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.51 0.28 0.42 0.28 0.29 0.28 0.42 0.23 0.56 0.36 0.50 0.28 0.55 0.30 0.44 0.54 0.33 0.02 0.00 0.05 0.01
OP2 0.26 0.38 0.28 0.33 0.54 0.16 0.81 0.26 0.79 0.93 0.58 0.32 0.96 1.08 0.55 0.31 0.38 0.17 0.02 0.05 0.00 0.03
P 0.10 0.05 0.06 0.19 0.20 0.17 0.43 0.02 0.37 0.63 0.17 0.08 0.52 0.70 0.28 0.16 0.24 0.17 0.01 0.01 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 0.17 0.24 0.24 0.05 0.33 0.23 0.20 0.31 0.19 0.21 0.28 0.21 0.31 0.05 0.39 0.53 0.46 0.19 0.44 0.50 1.07 0.21
C2 0.31 0.21 0.15 0.13 0.11 0.25 0.29 0.05 0.41 0.19 0.24 0.36 0.30 0.36 0.10 0.34 0.46 0.47 0.35 0.56 0.87 0.71 0.05
C2' 0.38 0.17 0.15 0.22 0.05 0.33 0.27 0.19 0.37 0.20 0.25 0.27 0.21 0.36 0.05 0.53 0.53 0.46 0.25 0.53 0.35 1.26 0.32
C3' 0.23 0.19 0.30 0.23 0.11 0.23 0.38 0.27 0.41 0.42 0.23 0.37 0.22 0.54 0.12 0.22 0.34 0.34 0.56 0.59 0.29 1.59 0.67
C4 0.34 0.13 0.13 0.20 0.06 0.15 0.29 0.15 0.36 0.22 0.20 0.24 0.23 0.39 0.05 0.57 0.37 0.37 0.21 0.51 0.62 1.06 0.20
C4' 0.36 0.26 0.22 0.22 0.09 0.41 0.15 0.28 0.20 0.17 0.16 0.39 0.31 0.26 0.07 0.15 0.52 0.51 0.23 0.32 0.30 1.06 0.27
C5 0.31 0.12 0.06 0.28 0.05 0.11 0.30 0.38 0.36 0.26 0.15 0.23 0.23 0.44 0.06 0.81 0.20 0.21 0.33 0.52 0.53 1.26 0.38
C5' 0.22 0.22 0.21 0.13 0.12 0.22 0.23 0.22 0.26 0.24 0.20 0.31 0.22 0.31 0.09 0.11 0.28 0.28 0.43 0.36 0.21 1.13 0.37
C6 0.29 0.18 0.07 0.26 0.08 0.09 0.30 0.37 0.37 0.25 0.12 0.30 0.27 0.45 0.10 0.73 0.19 0.21 0.29 0.58 0.65 1.11 0.30
C8 0.29 0.08 0.06 0.33 0.03 0.20 0.27 0.46 0.32 0.27 0.15 0.18 0.16 0.40 0.01 0.95 0.18 0.15 0.54 0.46 0.26 1.55 0.57
N1 0.29 0.21 0.07 0.18 0.10 0.09 0.30 0.17 0.41 0.21 0.17 0.36 0.30 0.40 0.11 0.50 0.33 0.34 0.30 0.61 0.82 0.83 0.10
N3 0.35 0.18 0.19 0.15 0.09 0.30 0.28 0.08 0.37 0.18 0.24 0.31 0.27 0.34 0.09 0.33 0.52 0.51 0.28 0.51 0.80 0.79 0.05
N6 0.24 0.21 0.13 0.32 0.09 0.23 0.25 0.55 0.30 0.25 0.08 0.31 0.26 0.47 0.10 0.82 0.07 0.08 0.37 0.55 0.57 1.23 0.45
N7 0.27 0.09 0.08 0.38 0.04 0.28 0.29 0.59 0.32 0.29 0.14 0.19 0.18 0.45 0.03 1.02 0.13 0.07 0.59 0.48 0.27 1.61 0.65
N9 0.34 0.11 0.16 0.24 0.04 0.18 0.28 0.22 0.34 0.24 0.19 0.21 0.18 0.38 0.03 0.65 0.37 0.33 0.28 0.48 0.47 1.22 0.32
O2' 0.30 0.18 0.25 0.22 0.07 0.26 0.17 0.19 0.24 0.13 0.18 0.29 0.21 0.23 0.06 0.32 0.40 0.39 0.24 0.36 0.41 1.22 0.28
O3' 0.49 0.61 0.22 0.21 0.29 0.38 0.04 0.25 0.06 0.20 0.33 0.88 0.64 0.27 0.19 0.26 0.36 0.62 0.47 0.19 0.34 1.57 0.65
O4' 0.39 0.23 0.24 0.26 0.09 0.42 0.11 0.29 0.17 0.12 0.15 0.33 0.28 0.18 0.10 0.24 0.60 0.53 0.15 0.27 0.55 0.85 0.15
O5' 0.26 0.43 0.60 0.31 0.52 0.08 0.73 0.27 0.73 0.78 0.57 0.39 0.37 0.86 0.55 0.40 0.01 0.13 0.78 0.87 0.57 1.46 0.76
OP1 0.51 0.67 0.08 0.25 0.45 0.64 0.28 0.53 0.33 0.14 0.52 0.82 0.69 0.16 0.32 0.17 0.01 0.73 0.30 0.25 0.46 0.76 0.26
OP2 0.14 0.18 0.18 0.06 0.29 0.27 0.54 0.45 0.55 0.61 0.35 0.15 0.14 0.72 0.30 0.50 0.02 0.17 0.94 0.71 0.85 1.57 0.89
P 0.20 0.16 0.12 0.03 0.04 0.27 0.24 0.25 0.23 0.38 0.04 0.30 0.22 0.43 0.11 0.14 0.01 0.30 0.65 0.36 0.54 1.18 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.03 0.30 0.01 0.45 0.02 1.01 0.07 0.47
C2 0.04 0.00 0.23 0.08 0.02 0.22 0.03 0.23 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.18 0.38 0.32 0.72 0.03 1.26 0.24 0.53
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03 0.20 0.08 0.17 0.16 0.31 0.21 0.12 0.02 0.01 0.05 0.01 0.45 0.07 1.19 0.18 0.67
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.14 0.01 0.22 0.01 0.22 0.28 0.14 0.07 0.06 0.28 0.17 0.01 0.01 0.02 0.17 0.28 0.33 0.43 0.11
C4 0.03 0.02 0.10 0.14 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.22 0.18 0.62 0.03 1.25 0.18 0.48
C4' 0.01 0.22 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.26 0.15 0.27 0.22 0.19 0.09 0.21 0.03 0.00 0.02 0.10 0.20 0.13 0.08
C5 0.03 0.03 0.03 0.22 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.19 0.08 0.11 0.58 0.03 1.28 0.24 0.41
C5' 0.06 0.23 0.20 0.01 0.13 0.01 0.18 0.00 0.17 0.35 0.18 0.29 0.22 0.31 0.14 0.06 0.15 0.02 0.02 0.21 0.19 0.15 0.01
C6 0.03 0.03 0.08 0.22 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.13 0.12 0.16 0.62 0.01 1.28 0.28 0.42
C8 0.02 0.04 0.17 0.28 0.02 0.26 0.02 0.35 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.40 0.11 0.14 0.42 0.05 1.23 0.21 0.33
N1 0.03 0.01 0.16 0.14 0.01 0.15 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.27 0.27 0.70 0.01 1.30 0.27 0.50
N2 0.06 0.02 0.31 0.07 0.05 0.27 0.04 0.29 0.03 0.07 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.34 0.46 0.35 0.73 0.03 1.24 0.26 0.55
N3 0.04 0.02 0.21 0.06 0.01 0.22 0.02 0.22 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.17 0.41 0.32 0.69 0.04 1.23 0.20 0.54
N7 0.04 0.03 0.12 0.28 0.01 0.19 0.01 0.31 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.39 0.10 0.06 0.47 0.06 1.26 0.28 0.32
N9 0.01 0.02 0.02 0.17 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.16 0.11 0.01 0.51 0.02 1.18 0.13 0.44
O2' 0.03 0.18 0.01 0.01 0.05 0.21 0.19 0.06 0.13 0.40 0.04 0.34 0.17 0.39 0.16 0.00 0.08 0.22 0.30 0.18 1.21 0.21 0.65
O3' 0.30 0.38 0.05 0.01 0.22 0.03 0.08 0.15 0.12 0.11 0.27 0.46 0.41 0.10 0.11 0.08 0.00 0.24 0.52 0.05 0.18 0.84 0.35
O4' 0.01 0.32 0.01 0.02 0.18 0.00 0.11 0.02 0.16 0.14 0.27 0.35 0.32 0.06 0.01 0.22 0.24 0.00 0.38 0.11 0.60 0.13 0.32
O5' 0.45 0.72 0.45 0.17 0.62 0.02 0.58 0.02 0.62 0.42 0.70 0.73 0.69 0.47 0.51 0.30 0.52 0.38 0.00 0.55 0.01 0.06 0.00
O6 0.02 0.03 0.07 0.28 0.03 0.10 0.03 0.21 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.18 0.05 0.11 0.55 0.00 1.22 0.32 0.34
OP1 1.01 1.26 1.19 0.33 1.25 0.20 1.28 0.19 1.28 1.23 1.30 1.24 1.23 1.26 1.18 1.21 0.18 0.60 0.01 1.22 0.00 0.07 0.01
OP2 0.07 0.24 0.18 0.43 0.18 0.13 0.24 0.15 0.28 0.21 0.27 0.26 0.20 0.28 0.13 0.21 0.84 0.13 0.06 0.32 0.07 0.00 0.06
P 0.47 0.53 0.67 0.11 0.48 0.08 0.41 0.01 0.42 0.33 0.50 0.55 0.54 0.32 0.44 0.65 0.35 0.32 0.00 0.34 0.01 0.06 0.00