ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51651

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O2' A 0, 0.028, 0.083, 0.139, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.083 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.049, 0.124, 0.199, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.124 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.064, 0.161, 0.258, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.161 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.113, 0.268, 0.423, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.268 std_dev=0.155
C4 B 0, 0.104, 0.279, 0.455, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.279 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.111, 0.288, 0.465, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.288 std_dev=0.177
O3' A 0, 0.151, 0.364, 0.576, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.364 std_dev=0.213
C4' A 0, 0.159, 0.379, 0.599, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.379 std_dev=0.220
P A 0, 0.114, 0.337, 0.560, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.337 std_dev=0.223
OP1 A 0, 0.174, 0.438, 0.702, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.438 std_dev=0.264
N9 B 0, 0.207, 0.518, 0.830, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.518 std_dev=0.312
N7 B 0, 0.203, 0.532, 0.860, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.532 std_dev=0.328
C6 B 0, 0.178, 0.525, 0.872, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.525 std_dev=0.347
O5' A 0, 0.250, 0.610, 0.969, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.610 std_dev=0.359
N3 B 0, 0.172, 0.533, 0.893, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.533 std_dev=0.361
C8 B 0, 0.238, 0.613, 0.988, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.613 std_dev=0.375
O3' B 0, 0.290, 0.709, 1.127, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.709 std_dev=0.419
N1 B 0, 0.210, 0.655, 1.100, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.655 std_dev=0.445
C2' B 0, 0.310, 0.756, 1.202, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.756 std_dev=0.446
C2 B 0, 0.208, 0.660, 1.113, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.660 std_dev=0.453
C5' A 0, 0.338, 0.801, 1.264, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.801 std_dev=0.463
OP2 A 0, 0.231, 0.698, 1.165, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.698 std_dev=0.467
C3' B 0, 0.331, 0.822, 1.312, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.822 std_dev=0.490
O6 B 0, 0.284, 0.802, 1.319, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.802 std_dev=0.518
C1' B 0, 0.333, 0.862, 1.391, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.862 std_dev=0.529
O2' B 0, 0.377, 0.960, 1.544, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.960 std_dev=0.584
N2 B 0, 0.334, 1.002, 1.670, 1.612 max_d=1.612 avg_d=1.002 std_dev=0.668
C4' B 0, 0.493, 1.286, 2.078, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.286 std_dev=0.793
O4' B 0, 0.482, 1.277, 2.072, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.277 std_dev=0.795
O5' B 0, 0.563, 1.555, 2.546, 2.563 max_d=2.563 avg_d=1.555 std_dev=0.992
C5' B 0, 0.588, 1.596, 2.605, 2.610 max_d=2.610 avg_d=1.596 std_dev=1.009
P B 0, 0.780, 2.244, 3.707, 3.735 max_d=3.735 avg_d=2.244 std_dev=1.464
OP2 B 0, 0.788, 2.341, 3.894, 3.944 max_d=3.944 avg_d=2.341 std_dev=1.553
OP1 B 0, 0.892, 2.514, 4.137, 4.128 max_d=4.128 avg_d=2.514 std_dev=1.622

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.05 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.13 0.12 0.09 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.14 0.04 0.08
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.13 0.17 0.05 0.10
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.12 0.09 0.09
C4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.16 0.13 0.11 0.11
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.12 0.09 0.05 0.14 0.14 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.12 0.17 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.16 0.13 0.11 0.11
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.17 0.13 0.11 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.15 0.13 0.10 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.12 0.08 0.09
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.17 0.14 0.13 0.11
N7 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.17 0.14 0.12 0.11
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.14 0.12 0.08 0.09
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.12 0.05 0.06
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.07 0.08 0.05 0.04 0.09 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.11 0.19 0.05 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.05 0.05
O5' 0.08 0.13 0.10 0.13 0.14 0.01 0.16 0.01 0.16 0.17 0.15 0.12 0.17 0.17 0.14 0.04 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.12 0.14 0.17 0.12 0.08 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.14 0.14 0.12 0.12 0.19 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.05 0.09 0.11 0.11 0.17 0.11 0.11 0.10 0.08 0.13 0.12 0.08 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.08 0.10 0.09 0.02 0.11 0.02 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.06 0.11 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.10 0.14 0.10 0.06 0.12 0.15 0.11 0.20 0.11 0.17 0.12 0.03 0.16 0.06 0.25 0.12 0.11 0.19 0.24 0.27 0.38 0.26
C2 0.15 0.22 0.16 0.09 0.06 0.09 0.11 0.10 0.15 0.11 0.08 0.39 0.20 0.18 0.06 0.25 0.11 0.10 0.22 0.29 0.34 0.47 0.33
C2' 0.14 0.10 0.16 0.13 0.06 0.15 0.14 0.13 0.20 0.11 0.18 0.13 0.02 0.15 0.07 0.27 0.16 0.14 0.20 0.24 0.30 0.42 0.28
C3' 0.14 0.09 0.16 0.14 0.04 0.16 0.10 0.15 0.13 0.10 0.13 0.12 0.02 0.11 0.07 0.26 0.18 0.14 0.21 0.17 0.32 0.43 0.30
C4 0.12 0.17 0.14 0.08 0.03 0.07 0.12 0.12 0.16 0.12 0.09 0.30 0.16 0.19 0.05 0.22 0.10 0.07 0.24 0.25 0.35 0.48 0.34
C4' 0.13 0.11 0.15 0.13 0.08 0.16 0.12 0.14 0.15 0.11 0.14 0.12 0.06 0.12 0.08 0.26 0.15 0.15 0.18 0.17 0.27 0.37 0.25
C5 0.09 0.23 0.12 0.07 0.05 0.07 0.10 0.18 0.09 0.16 0.15 0.34 0.18 0.21 0.06 0.19 0.09 0.07 0.30 0.19 0.42 0.55 0.42
C5' 0.11 0.11 0.14 0.13 0.07 0.16 0.10 0.16 0.13 0.08 0.14 0.13 0.07 0.09 0.06 0.26 0.18 0.13 0.19 0.16 0.30 0.39 0.27
C6 0.10 0.28 0.13 0.07 0.08 0.08 0.09 0.18 0.08 0.16 0.20 0.41 0.21 0.21 0.07 0.19 0.09 0.08 0.30 0.19 0.44 0.56 0.44
C8 0.06 0.11 0.10 0.07 0.04 0.08 0.13 0.19 0.11 0.17 0.08 0.18 0.08 0.20 0.08 0.17 0.08 0.09 0.31 0.16 0.42 0.54 0.42
N1 0.12 0.27 0.14 0.07 0.08 0.06 0.10 0.14 0.11 0.13 0.15 0.43 0.22 0.20 0.06 0.22 0.09 0.07 0.26 0.24 0.39 0.52 0.39
N3 0.16 0.16 0.16 0.10 0.04 0.11 0.12 0.09 0.18 0.10 0.09 0.32 0.17 0.17 0.06 0.26 0.12 0.11 0.20 0.30 0.31 0.44 0.30
N6 0.10 0.31 0.13 0.09 0.11 0.11 0.09 0.24 0.10 0.18 0.27 0.42 0.22 0.21 0.09 0.18 0.09 0.12 0.35 0.12 0.50 0.61 0.50
N7 0.07 0.18 0.10 0.08 0.04 0.12 0.10 0.24 0.07 0.19 0.14 0.26 0.13 0.22 0.09 0.15 0.08 0.12 0.35 0.13 0.48 0.60 0.48
N9 0.10 0.10 0.13 0.08 0.03 0.07 0.14 0.12 0.17 0.13 0.10 0.18 0.09 0.18 0.05 0.21 0.10 0.06 0.23 0.23 0.34 0.46 0.33
O2' 0.16 0.16 0.17 0.15 0.09 0.19 0.17 0.16 0.24 0.12 0.23 0.17 0.06 0.16 0.09 0.28 0.16 0.18 0.18 0.28 0.25 0.37 0.24
O3' 0.14 0.11 0.16 0.17 0.07 0.19 0.10 0.18 0.14 0.11 0.15 0.14 0.05 0.11 0.09 0.25 0.20 0.16 0.21 0.17 0.32 0.42 0.30
O4' 0.13 0.11 0.15 0.12 0.08 0.13 0.14 0.12 0.16 0.12 0.15 0.12 0.05 0.15 0.08 0.24 0.12 0.12 0.18 0.19 0.25 0.35 0.24
O5' 0.03 0.07 0.05 0.04 0.06 0.02 0.10 0.07 0.09 0.12 0.05 0.11 0.08 0.14 0.06 0.16 0.01 0.02 0.14 0.12 0.23 0.27 0.20
OP1 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.12 0.02 0.11 0.07 0.13 0.04 0.07 0.01 0.02 0.03 0.11 0.13 0.13 0.08
OP2 0.05 0.11 0.09 0.01 0.10 0.06 0.16 0.15 0.17 0.17 0.14 0.12 0.09 0.20 0.10 0.11 0.02 0.02 0.17 0.21 0.33 0.29 0.26
P 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.08 0.12 0.04 0.07 0.04 0.14 0.05 0.09 0.00 0.01 0.09 0.12 0.21 0.20 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.06 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.08 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.09 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.04
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.03
C5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04
C8 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.05 0.04
N2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.06 0.04
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.03
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.08 0.02 0.07 0.05 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.07 0.11 0.09 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02
O5' 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04
OP1 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.08 0.07 0.03 0.05 0.07 0.11 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.06 0.08 0.08 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.03 0.05 0.09 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00