ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51652

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.036, 0.092, 0.147, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.092 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.039, 0.098, 0.157, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.098 std_dev=0.059
O5' A 0, 0.052, 0.128, 0.203, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.128 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.040, 0.126, 0.211, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.126 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.059, 0.146, 0.232, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.146 std_dev=0.086
C8 B 0, 0.040, 0.129, 0.217, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.129 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.064, 0.155, 0.247, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.155 std_dev=0.091
N9 B 0, 0.049, 0.145, 0.241, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.145 std_dev=0.096
C4 B 0, 0.060, 0.160, 0.261, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.160 std_dev=0.100
C5 B 0, 0.074, 0.176, 0.278, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.176 std_dev=0.102
N7 B 0, 0.067, 0.170, 0.273, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.170 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.078, 0.206, 0.334, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.206 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.095, 0.234, 0.372, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.234 std_dev=0.138
N3 B 0, 0.075, 0.215, 0.355, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.215 std_dev=0.140
C1' B 0, 0.072, 0.218, 0.364, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.218 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.096, 0.242, 0.389, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.242 std_dev=0.147
C2' B 0, 0.093, 0.250, 0.408, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.250 std_dev=0.158
C2 B 0, 0.087, 0.247, 0.406, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.247 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.092, 0.256, 0.420, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.256 std_dev=0.164
O2' B 0, 0.097, 0.270, 0.442, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.270 std_dev=0.173
OP2 B 0, 0.074, 0.249, 0.424, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.249 std_dev=0.175
P A 0, 0.132, 0.320, 0.509, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.320 std_dev=0.188
O5' B 0, 0.091, 0.280, 0.469, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.280 std_dev=0.189
O6 B 0, 0.121, 0.312, 0.504, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.312 std_dev=0.191
O4' B 0, 0.084, 0.277, 0.469, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.277 std_dev=0.192
P B 0, 0.066, 0.266, 0.466, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.266 std_dev=0.200
N2 B 0, 0.100, 0.306, 0.513, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.306 std_dev=0.206
C3' B 0, 0.111, 0.329, 0.547, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.329 std_dev=0.218
C4' B 0, 0.103, 0.337, 0.570, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.337 std_dev=0.234
O3' B 0, 0.117, 0.352, 0.587, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.352 std_dev=0.235
C5' B 0, 0.103, 0.366, 0.629, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.366 std_dev=0.263
OP1 B 0, 0.024, 0.288, 0.552, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.288 std_dev=0.264
OP1 A 0, 0.289, 0.749, 1.210, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.749 std_dev=0.461
OP2 A 0, 0.096, 0.572, 1.047, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.572 std_dev=0.475

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.25 0.08
C2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.01 0.03 0.33 0.33 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.45 0.16
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.47 0.19
C4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.29 0.30 0.08
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.20 0.07
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.35 0.26 0.07
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.10 0.05 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.39 0.27 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.25 0.21 0.06
N1 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.38 0.30 0.07
N3 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.28 0.33 0.08
N6 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.43 0.23 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.34 0.21 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.27 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.13 0.41 0.15
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.04 0.09 0.09 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.23 0.53 0.23
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.10 0.04
O5' 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.12 0.33 0.11 0.13 0.29 0.10 0.35 0.10 0.39 0.25 0.38 0.28 0.43 0.34 0.22 0.13 0.23 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.33 0.45 0.47 0.30 0.20 0.26 0.05 0.27 0.21 0.30 0.33 0.23 0.21 0.27 0.41 0.53 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.16 0.19 0.08 0.07 0.07 0.00 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.15 0.23 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.10 0.04 0.01 0.10 0.03 0.14 0.03 0.15 0.11 0.14 0.08 0.08 0.14 0.09 0.03 0.02 0.05 0.06 0.17 0.07 0.12 0.07
C2 0.06 0.07 0.05 0.04 0.09 0.06 0.14 0.06 0.15 0.14 0.08 0.11 0.06 0.17 0.09 0.02 0.04 0.08 0.08 0.20 0.09 0.12 0.08
C2' 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.11 0.05 0.12 0.11 0.10 0.07 0.06 0.12 0.09 0.06 0.04 0.06 0.06 0.13 0.07 0.12 0.08
C3' 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.13 0.11 0.09 0.10 0.14 0.12 0.10 0.10 0.11 0.08 0.13 0.08 0.10 0.07
C4 0.05 0.01 0.04 0.03 0.08 0.04 0.13 0.04 0.13 0.12 0.07 0.06 0.02 0.15 0.08 0.01 0.03 0.05 0.07 0.15 0.08 0.12 0.08
C4' 0.13 0.16 0.10 0.08 0.15 0.10 0.16 0.09 0.17 0.15 0.17 0.16 0.15 0.16 0.14 0.10 0.08 0.12 0.08 0.17 0.08 0.10 0.08
C5 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.10 0.05 0.07 0.12 0.00 0.09 0.03 0.14 0.07 0.03 0.03 0.05 0.08 0.09 0.10 0.13 0.10
C5' 0.16 0.18 0.13 0.12 0.18 0.15 0.17 0.13 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.13 0.14 0.16 0.10 0.17 0.10 0.09 0.09
C6 0.04 0.08 0.04 0.04 0.05 0.05 0.09 0.06 0.06 0.12 0.06 0.12 0.06 0.15 0.07 0.03 0.04 0.06 0.09 0.08 0.11 0.13 0.10
C8 0.03 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.09 0.04 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.10 0.06 0.01 0.03 0.03 0.07 0.09 0.09 0.13 0.09
N1 0.06 0.09 0.05 0.04 0.07 0.06 0.12 0.07 0.11 0.13 0.08 0.13 0.07 0.16 0.08 0.03 0.04 0.08 0.09 0.15 0.10 0.13 0.09
N3 0.06 0.04 0.04 0.03 0.09 0.06 0.15 0.05 0.16 0.13 0.10 0.07 0.05 0.16 0.09 0.02 0.04 0.07 0.07 0.19 0.08 0.12 0.08
N6 0.04 0.10 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.11 0.10 0.13 0.08 0.12 0.05 0.04 0.04 0.06 0.10 0.07 0.12 0.14 0.11
N7 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05 0.09 0.03 0.08 0.04 0.10 0.05 0.03 0.04 0.03 0.08 0.06 0.10 0.13 0.10
N9 0.04 0.06 0.03 0.01 0.08 0.03 0.12 0.03 0.13 0.11 0.10 0.05 0.04 0.13 0.08 0.01 0.03 0.04 0.06 0.14 0.08 0.12 0.08
O2' 0.05 0.08 0.05 0.03 0.08 0.03 0.11 0.04 0.12 0.10 0.11 0.09 0.06 0.11 0.07 0.05 0.02 0.04 0.06 0.14 0.08 0.13 0.08
O3' 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.14 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08
O4' 0.10 0.17 0.07 0.03 0.15 0.06 0.17 0.06 0.18 0.14 0.19 0.16 0.15 0.16 0.13 0.06 0.02 0.09 0.06 0.19 0.06 0.10 0.06
O5' 0.11 0.12 0.10 0.08 0.12 0.09 0.13 0.09 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09
OP1 0.19 0.19 0.23 0.18 0.21 0.17 0.24 0.23 0.24 0.25 0.22 0.17 0.18 0.26 0.22 0.23 0.11 0.17 0.32 0.26 0.35 0.44 0.37
OP2 0.35 0.11 0.40 0.56 0.14 0.53 0.09 0.54 0.12 0.15 0.12 0.12 0.15 0.08 0.21 0.35 0.61 0.43 0.48 0.16 0.48 0.37 0.45
P 0.09 0.10 0.10 0.13 0.08 0.12 0.08 0.14 0.09 0.06 0.10 0.11 0.09 0.07 0.07 0.09 0.13 0.10 0.16 0.10 0.16 0.17 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.11 0.08
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.17 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.07
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.17 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.13 0.19 0.13
C5' 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.13 0.19 0.13
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.13 0.18 0.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.11 0.18 0.12
N2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.16 0.09
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.16 0.10
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.15 0.20 0.14
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.15 0.11
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.12 0.09
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04
O5' 0.04 0.04 0.06 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.07 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.15 0.20 0.14
OP1 0.05 0.09 0.06 0.02 0.10 0.02 0.13 0.02 0.13 0.13 0.11 0.07 0.08 0.15 0.09 0.07 0.02 0.02 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.17 0.09 0.04 0.17 0.03 0.19 0.01 0.19 0.18 0.18 0.16 0.16 0.20 0.15 0.12 0.04 0.07 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.07 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.12 0.09 0.10 0.14 0.11 0.09 0.02 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00