ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51655

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2' B 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C3' B 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O5' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O3' B 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O5' B 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
N3 B 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C1' B 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C2 B 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
N1 B 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C4' B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C4 B 0, 0.000, 0.076, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.076 std_dev=0.076
P B 0, 0.000, 0.076, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C6 B 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
N2 B 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O6 B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
N9 B 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C5 B 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O3' A 0, 0.000, 0.085, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.085 std_dev=0.085
P A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
N7 B 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C5' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C8 B 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O2' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O4' B 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O2' B 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
OP2 B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C5' B 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
OP1 B 0, 0.000, 0.130, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.130 std_dev=0.130
OP2 A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.08 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.08 0.06
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.03
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03
C5' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.09 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.08 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.07 0.03
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.09 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.04
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.12 0.13 0.10
O3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02
O5' 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.00 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.12 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.08 0.03 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.13 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.10 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02
C2 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04
C2' 0.04 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.10 0.04 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01
C3' 0.05 0.08 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.10 0.03 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00
C4 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03
C4' 0.06 0.09 0.03 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01
C5 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04
C5' 0.09 0.10 0.06 0.02 0.10 0.03 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.04 0.07 0.05 0.11 0.04 0.06 0.04
C6 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04
C8 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04
N3 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04
N6 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05
N7 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03
N9 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03
O2' 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.10 0.06 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01
O3' 0.06 0.09 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.07 0.10 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00
O4' 0.02 0.07 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02
O5' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01
OP1 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03
OP2 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.00 0.07 0.04 0.08 0.07 0.05 0.05 0.03 0.07 0.01 0.01 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07
P 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.06 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.06 0.03
C5' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.06 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.03
N2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.06 0.04
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.04
O2' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
O3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04
O5' 0.06 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01
OP1 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.06 0.01 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00