ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51656

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C3' A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O3' A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O6 B 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C6 B 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C5 B 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O5' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C5' A 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C4 B 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
N3 B 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
N7 B 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C2' B 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O2' B 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
N1 B 0, 0.000, 0.086, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C2 B 0, 0.000, 0.087, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C3' B 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
N9 B 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
N2 B 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C8 B 0, 0.000, 0.098, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C1' B 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
P A 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O3' B 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
OP2 A 0, 0.000, 0.111, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C4' B 0, 0.000, 0.115, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.115 std_dev=0.115
OP1 A 0, 0.000, 0.117, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O4' B 0, 0.000, 0.119, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.119 std_dev=0.119
OP2 B 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
P B 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O5' B 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C5' B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
OP1 B 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
N6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03
N7 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C8 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01
N3 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
N6 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
N7 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02
N9 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
O5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
N1 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
N2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
N3 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
O5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00