ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51657

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N2 B 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2 B 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N3 B 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O3' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O5' A 0, 0.000, 0.060, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
P A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
OP2 A 0, 0.000, 0.077, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.077 std_dev=0.077
OP1 A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.000, 0.090, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O3' B 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C4 B 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C5' A 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
N1 B 0, 0.000, 0.115, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.115
C3' B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C2' B 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O2' B 0, 0.000, 0.130, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.130 std_dev=0.130
N9 B 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C1' B 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C5 B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C6 B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C4' B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C8 B 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O4' B 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
N7 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C5' B 0, 0.000, 0.202, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.202 std_dev=0.202
O6 B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O5' B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
P B 0, 0.000, 0.264, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.264 std_dev=0.264
OP1 B 0, 0.000, 0.287, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.287 std_dev=0.287
OP2 B 0, 0.000, 0.288, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.288 std_dev=0.288

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00
C4 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00
C5' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01
C8 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02
N3 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03
N6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
N7 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03
O3' 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03
O5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C2 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04
C2' 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05
C3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03
C4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
C5 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01
C5' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03
C6 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01
C8 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02
N1 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02
N3 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04
N6 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04 0.06 0.01 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.09 0.01 0.03 0.03
N7 0.04 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04
N9 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
O2' 0.04 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.05 0.08 0.07
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02
O4' 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02
OP1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03
OP2 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.07 0.07 0.03 0.02 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.05 0.07 0.05
P 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
C5 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03
C8 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02
N2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
N7 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00