ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51662

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 4, 4, 10, 6, 11, 13, 17, 16, 8, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.027 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.026, 0.060, 0.094, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.060 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.051, 0.098, 0.144, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.098 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.022, 0.108, 0.195, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.108 std_dev=0.087
C2' A 0, 0.057, 0.146, 0.235, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.146 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.071, 0.198, 0.325, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.198 std_dev=0.127
C3' A 0, 0.103, 0.239, 0.376, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.239 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.067, 0.220, 0.372, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.220 std_dev=0.152
O3' A 0, 0.166, 0.381, 0.596, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.381 std_dev=0.215
C5' A 0, 0.081, 0.305, 0.528, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.305 std_dev=0.223
O4' B 0, 0.387, 0.622, 0.858, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.622 std_dev=0.236
N9 B 0, 0.368, 0.610, 0.852, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.610 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.391, 0.638, 0.886, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.638 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.378, 0.641, 0.905, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.641 std_dev=0.263
C8 B 0, 0.404, 0.671, 0.939, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.671 std_dev=0.268
O5' B 0, 0.379, 0.653, 0.928, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.653 std_dev=0.275
C5 B 0, 0.366, 0.641, 0.916, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.641 std_dev=0.275
P B 0, 0.254, 0.537, 0.820, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.537 std_dev=0.283
N7 B 0, 0.390, 0.677, 0.964, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.677 std_dev=0.287
N3 B 0, 0.454, 0.752, 1.050, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.752 std_dev=0.298
C4' B 0, 0.463, 0.783, 1.104, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.783 std_dev=0.320
C6 B 0, 0.393, 0.721, 1.048, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.721 std_dev=0.327
C2' B 0, 0.478, 0.826, 1.174, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.826 std_dev=0.348
OP2 B 0, 0.218, 0.570, 0.922, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.570 std_dev=0.352
C2 B 0, 0.508, 0.863, 1.217, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.863 std_dev=0.355
N1 B 0, 0.483, 0.845, 1.207, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.845 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.392, 0.757, 1.122, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.757 std_dev=0.365
O5' A 0, -0.014, 0.374, 0.762, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.374 std_dev=0.388
N6 B 0, 0.365, 0.754, 1.143, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.754 std_dev=0.389
C3' B 0, 0.527, 0.927, 1.327, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.927 std_dev=0.400
C5' B 0, 0.387, 0.809, 1.232, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.809 std_dev=0.422
O2' B 0, 0.423, 0.870, 1.316, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.870 std_dev=0.446
P A 0, 0.009, 0.552, 1.096, 3.885 max_d=3.885 avg_d=0.552 std_dev=0.543
O3' B 0, 0.605, 1.172, 1.739, 3.459 max_d=3.459 avg_d=1.172 std_dev=0.567
OP2 A 0, 0.732, 1.823, 2.914, 4.186 max_d=4.186 avg_d=1.823 std_dev=1.091
OP1 A 0, 0.720, 1.950, 3.179, 4.606 max_d=4.606 avg_d=1.950 std_dev=1.229

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.53 0.25 0.18
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.24 0.74 0.61 0.32
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.13 0.28 0.15 0.13
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.10 0.05 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.01 0.16 0.28 0.12 0.12
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.32 0.93 0.94 0.45
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.17 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.03 0.34 0.96 0.95 0.47
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.17 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.03 0.30 0.86 0.71 0.40
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.23 0.72 0.53 0.30
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.28 0.85 0.80 0.39
N4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.12 0.03 0.34 0.98 1.07 0.49
O2 0.02 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.10 0.03 0.20 0.65 0.50 0.27
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.07 0.06 0.11 0.00 0.04 0.05 0.07 0.24 0.20 0.11
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.03 0.11 0.05 0.08 0.12 0.10 0.04 0.00 0.02 0.14 0.50 0.32 0.15
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.10 0.53 0.16 0.17
O5' 0.13 0.24 0.13 0.16 0.32 0.02 0.34 0.01 0.30 0.23 0.28 0.34 0.20 0.07 0.14 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.53 0.74 0.28 0.28 0.93 0.17 0.96 0.17 0.86 0.72 0.85 0.98 0.65 0.24 0.50 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.61 0.15 0.12 0.94 0.22 0.95 0.38 0.71 0.53 0.80 1.07 0.50 0.20 0.32 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.32 0.13 0.12 0.45 0.06 0.47 0.01 0.40 0.30 0.39 0.49 0.27 0.11 0.15 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.34 0.13 0.19 0.20 0.21 0.23 0.32 0.30 0.20 0.34 0.28 0.32 0.22 0.12 0.19 0.20 0.17 0.18 0.05 0.12 0.05
C2 0.22 0.36 0.21 0.21 0.16 0.25 0.17 0.28 0.26 0.23 0.35 0.28 0.28 0.20 0.16 0.27 0.23 0.24 0.24 0.10 0.22 0.10
C2' 0.14 0.30 0.13 0.19 0.22 0.19 0.24 0.33 0.28 0.20 0.31 0.27 0.29 0.23 0.15 0.16 0.21 0.14 0.19 0.09 0.14 0.08
C3' 0.15 0.28 0.15 0.19 0.22 0.13 0.25 0.23 0.29 0.20 0.30 0.25 0.31 0.25 0.17 0.14 0.20 0.15 0.11 0.02 0.07 0.01
C4 0.23 0.32 0.23 0.25 0.15 0.23 0.12 0.24 0.21 0.27 0.33 0.23 0.25 0.24 0.20 0.25 0.23 0.24 0.29 0.15 0.27 0.16
C4' 0.14 0.31 0.13 0.18 0.22 0.14 0.26 0.25 0.32 0.20 0.33 0.26 0.35 0.26 0.15 0.14 0.20 0.14 0.08 0.07 0.11 0.05
C5 0.19 0.32 0.19 0.24 0.17 0.21 0.17 0.24 0.28 0.24 0.36 0.24 0.33 0.22 0.17 0.19 0.23 0.21 0.30 0.18 0.27 0.18
C5' 0.17 0.34 0.18 0.20 0.26 0.13 0.31 0.19 0.37 0.25 0.37 0.28 0.42 0.32 0.20 0.16 0.22 0.16 0.09 0.16 0.22 0.11
C6 0.16 0.33 0.15 0.22 0.18 0.20 0.21 0.25 0.31 0.21 0.36 0.25 0.35 0.21 0.13 0.16 0.21 0.18 0.27 0.15 0.23 0.16
N1 0.16 0.34 0.15 0.19 0.18 0.21 0.20 0.27 0.29 0.21 0.35 0.27 0.32 0.21 0.12 0.19 0.19 0.19 0.22 0.08 0.18 0.08
N3 0.25 0.34 0.25 0.24 0.13 0.25 0.12 0.26 0.22 0.26 0.34 0.25 0.25 0.22 0.20 0.29 0.25 0.26 0.27 0.12 0.25 0.13
N4 0.26 0.29 0.27 0.28 0.19 0.25 0.17 0.25 0.14 0.30 0.28 0.23 0.21 0.28 0.25 0.28 0.27 0.26 0.31 0.18 0.30 0.19
O2 0.26 0.37 0.27 0.25 0.20 0.29 0.20 0.33 0.27 0.24 0.35 0.31 0.27 0.21 0.19 0.34 0.31 0.28 0.23 0.15 0.23 0.13
O2' 0.20 0.32 0.20 0.26 0.24 0.28 0.25 0.43 0.28 0.22 0.32 0.29 0.29 0.24 0.19 0.23 0.29 0.20 0.23 0.16 0.14 0.12
O3' 0.17 0.25 0.17 0.21 0.22 0.14 0.24 0.22 0.27 0.21 0.27 0.23 0.29 0.25 0.18 0.15 0.24 0.18 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.14 0.33 0.13 0.18 0.21 0.17 0.25 0.28 0.32 0.20 0.35 0.27 0.36 0.25 0.13 0.16 0.19 0.14 0.13 0.04 0.10 0.02
O5' 0.29 0.49 0.29 0.29 0.42 0.21 0.47 0.21 0.54 0.37 0.54 0.43 0.58 0.45 0.35 0.28 0.30 0.25 0.26 0.22 0.32 0.22
OP1 0.42 0.80 0.43 0.46 0.59 0.41 0.66 0.49 0.82 0.46 0.88 0.67 0.91 0.55 0.46 0.44 0.56 0.38 0.56 0.87 0.78 0.69
OP2 0.48 0.84 0.47 0.39 0.72 0.28 0.83 0.26 0.94 0.61 0.93 0.74 1.04 0.77 0.60 0.47 0.41 0.36 0.33 0.53 0.41 0.36
P 0.31 0.56 0.31 0.29 0.46 0.20 0.53 0.18 0.62 0.38 0.62 0.48 0.69 0.49 0.37 0.30 0.31 0.25 0.26 0.29 0.34 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.12 0.09 0.33 0.13
C2 0.03 0.00 0.17 0.17 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.17 0.23 0.08 0.24 0.16 0.31 0.19
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.02 0.07 0.06 0.10 0.08 0.14 0.17 0.09 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.21 0.20 0.25 0.14
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.02 0.17 0.16 0.18 0.15 0.19 0.17 0.10 0.02 0.01 0.01 0.25 0.25 0.19 0.15
C4 0.02 0.01 0.10 0.13 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.14 0.04 0.25 0.16 0.31 0.17
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.09 0.04 0.03 0.08 0.10 0.05 0.10 0.03 0.00 0.02 0.10 0.29 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.03 0.33 0.22 0.32 0.23
C5' 0.03 0.07 0.06 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.09 0.06 0.14 0.15 0.07 0.06 0.08 0.02 0.01 0.12 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.18 0.04 0.33 0.24 0.33 0.25
C8 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.15 0.05 0.33 0.20 0.30 0.20
N1 0.03 0.01 0.14 0.18 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.07 0.30 0.21 0.32 0.22
N3 0.03 0.01 0.17 0.15 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.08 0.21 0.14 0.31 0.16
N6 0.02 0.02 0.09 0.19 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.20 0.04 0.37 0.28 0.35 0.28
N7 0.01 0.02 0.06 0.17 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.17 0.04 0.37 0.25 0.32 0.25
N9 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.23 0.14 0.31 0.15
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.11 0.10 0.11 0.06 0.13 0.10 0.16 0.16 0.14 0.11 0.07 0.00 0.07 0.08 0.09 0.15 0.28 0.10
O3' 0.10 0.23 0.04 0.01 0.14 0.03 0.15 0.08 0.18 0.15 0.21 0.21 0.20 0.17 0.07 0.07 0.00 0.07 0.25 0.35 0.23 0.23
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.07 0.08 0.04 0.04 0.01 0.08 0.07 0.00 0.09 0.10 0.40 0.18
O5' 0.12 0.24 0.21 0.25 0.25 0.02 0.33 0.01 0.33 0.33 0.30 0.21 0.37 0.37 0.23 0.09 0.25 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.16 0.20 0.25 0.16 0.10 0.22 0.12 0.24 0.20 0.21 0.14 0.28 0.25 0.14 0.15 0.35 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.31 0.25 0.19 0.31 0.29 0.32 0.26 0.33 0.30 0.32 0.31 0.35 0.32 0.31 0.28 0.23 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.19 0.14 0.15 0.17 0.06 0.23 0.02 0.25 0.20 0.22 0.16 0.28 0.25 0.15 0.10 0.23 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00