ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51663

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 8, 2, 6, 4, 6, 7, 6, 11, 10, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.012, 0.039, 0.067, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.039 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.011, 0.040, 0.068, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.040 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.100, 0.256, 0.412, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.256 std_dev=0.156
O4' A 0, 0.090, 0.255, 0.420, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.255 std_dev=0.165
N9 B 0, 0.219, 0.391, 0.562, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.391 std_dev=0.171
C8 B 0, 0.157, 0.331, 0.506, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.331 std_dev=0.174
O2' A 0, 0.124, 0.320, 0.517, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.320 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.320, 0.530, 0.740, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.530 std_dev=0.210
O4' B 0, 0.308, 0.521, 0.735, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.521 std_dev=0.213
C4 B 0, 0.327, 0.557, 0.788, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.557 std_dev=0.231
O5' B 0, 0.289, 0.522, 0.756, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.522 std_dev=0.234
C4' A 0, 0.156, 0.390, 0.625, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.390 std_dev=0.234
N7 B 0, 0.241, 0.482, 0.723, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.482 std_dev=0.241
C3' A 0, 0.166, 0.412, 0.658, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.412 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.311, 0.576, 0.841, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.576 std_dev=0.265
OP2 B 0, 0.221, 0.503, 0.786, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.503 std_dev=0.282
C5' B 0, 0.348, 0.633, 0.919, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.633 std_dev=0.286
C4' B 0, 0.393, 0.682, 0.972, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.682 std_dev=0.289
P B 0, 0.199, 0.490, 0.780, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.490 std_dev=0.290
C2' B 0, 0.481, 0.778, 1.074, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.778 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.459, 0.779, 1.099, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.779 std_dev=0.320
C3' B 0, 0.433, 0.765, 1.096, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.765 std_dev=0.331
O3' A 0, 0.224, 0.564, 0.904, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.564 std_dev=0.340
O2' B 0, 0.621, 0.990, 1.360, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.990 std_dev=0.370
C6 B 0, 0.422, 0.800, 1.179, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.800 std_dev=0.379
OP1 B 0, 0.226, 0.623, 1.020, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.623 std_dev=0.397
C2 B 0, 0.531, 0.939, 1.346, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.939 std_dev=0.408
C5' A 0, 0.278, 0.686, 1.095, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.686 std_dev=0.408
N1 B 0, 0.517, 0.955, 1.393, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.955 std_dev=0.438
N6 B 0, 0.462, 0.934, 1.405, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.934 std_dev=0.471
O3' B 0, 0.608, 1.123, 1.637, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.123 std_dev=0.514
O5' A 0, 0.652, 1.452, 2.252, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.452 std_dev=0.800
P A 0, 0.777, 1.785, 2.792, 3.372 max_d=3.372 avg_d=1.785 std_dev=1.008
OP2 A 0, 0.799, 1.945, 3.090, 4.450 max_d=4.450 avg_d=1.945 std_dev=1.145
OP1 A 0, 0.805, 1.967, 3.128, 4.191 max_d=4.191 avg_d=1.967 std_dev=1.162

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.21 0.24 0.19 0.23
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.47 0.46 0.57 0.54
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.05 0.14 0.00 0.02 0.01 0.29 0.28 0.29 0.27
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.12 0.05 0.09 0.09 0.14 0.02 0.01 0.01 0.39 0.40 0.29 0.33
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.69 0.73 0.97 0.84
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.05 0.07 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.14 0.30 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.72 0.78 0.98 0.87
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.14 0.00 0.16 0.00 0.14 0.08 0.11 0.15 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.24 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.63 0.63 0.71 0.70
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.46 0.44 0.48 0.50
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.59 0.59 0.79 0.70
N4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.11 0.03 0.74 0.82 1.12 0.93
O2 0.03 0.01 0.14 0.14 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.17 0.04 0.37 0.35 0.44 0.42
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.14 0.00 0.05 0.04 0.08 0.19 0.36 0.15
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.03 0.13 0.05 0.10 0.11 0.17 0.05 0.00 0.02 0.31 0.45 0.41 0.28
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.12 0.21 0.20 0.15
O5' 0.21 0.47 0.29 0.39 0.69 0.01 0.72 0.01 0.63 0.46 0.59 0.74 0.37 0.08 0.31 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.24 0.46 0.28 0.40 0.73 0.14 0.78 0.24 0.63 0.44 0.59 0.82 0.35 0.19 0.45 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.57 0.29 0.29 0.97 0.30 0.98 0.36 0.71 0.48 0.79 1.12 0.44 0.36 0.41 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.54 0.27 0.33 0.84 0.07 0.87 0.01 0.70 0.50 0.70 0.93 0.42 0.15 0.28 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.18 0.17 0.15 0.13 0.23 0.17 0.21 0.20 0.17 0.19 0.16 0.25 0.23 0.11 0.23 0.18 0.24 0.18 0.07 0.07 0.06
C2 0.13 0.20 0.13 0.11 0.12 0.15 0.13 0.14 0.16 0.16 0.18 0.19 0.17 0.17 0.09 0.19 0.13 0.16 0.15 0.08 0.14 0.09
C2' 0.16 0.15 0.17 0.17 0.13 0.23 0.16 0.22 0.17 0.17 0.16 0.14 0.20 0.20 0.12 0.20 0.19 0.21 0.23 0.11 0.09 0.11
C3' 0.10 0.18 0.08 0.09 0.17 0.09 0.22 0.08 0.24 0.20 0.22 0.15 0.27 0.25 0.14 0.11 0.10 0.12 0.06 0.02 0.06 0.02
C4 0.14 0.23 0.13 0.13 0.12 0.13 0.10 0.13 0.15 0.15 0.21 0.20 0.17 0.16 0.11 0.15 0.14 0.15 0.15 0.13 0.23 0.15
C4' 0.09 0.22 0.08 0.09 0.19 0.10 0.28 0.09 0.31 0.24 0.28 0.17 0.38 0.32 0.14 0.11 0.10 0.13 0.05 0.08 0.20 0.09
C5 0.14 0.25 0.13 0.13 0.14 0.16 0.16 0.17 0.22 0.16 0.26 0.20 0.24 0.17 0.12 0.14 0.14 0.18 0.19 0.18 0.26 0.19
C5' 0.17 0.34 0.20 0.23 0.31 0.13 0.40 0.11 0.45 0.34 0.41 0.29 0.52 0.44 0.25 0.17 0.27 0.14 0.15 0.18 0.35 0.19
C6 0.15 0.22 0.13 0.13 0.15 0.19 0.18 0.20 0.24 0.17 0.25 0.18 0.28 0.20 0.12 0.16 0.13 0.21 0.20 0.17 0.22 0.17
N1 0.15 0.19 0.13 0.12 0.13 0.19 0.16 0.17 0.20 0.17 0.20 0.17 0.23 0.21 0.10 0.19 0.13 0.20 0.17 0.08 0.13 0.09
N3 0.13 0.22 0.13 0.13 0.12 0.14 0.12 0.13 0.16 0.15 0.20 0.19 0.17 0.15 0.10 0.17 0.13 0.15 0.14 0.10 0.18 0.11
N4 0.16 0.26 0.17 0.17 0.13 0.14 0.12 0.14 0.15 0.17 0.21 0.22 0.21 0.18 0.13 0.18 0.18 0.15 0.15 0.15 0.26 0.17
O2 0.15 0.22 0.16 0.15 0.14 0.19 0.14 0.18 0.16 0.17 0.19 0.21 0.16 0.18 0.12 0.23 0.20 0.17 0.18 0.15 0.14 0.13
O2' 0.27 0.19 0.30 0.32 0.18 0.37 0.17 0.35 0.17 0.19 0.17 0.20 0.20 0.20 0.19 0.34 0.37 0.31 0.31 0.18 0.11 0.16
O3' 0.11 0.17 0.09 0.09 0.16 0.11 0.20 0.09 0.22 0.19 0.20 0.15 0.25 0.23 0.14 0.12 0.11 0.14 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.11 0.20 0.09 0.07 0.15 0.16 0.24 0.14 0.28 0.21 0.25 0.15 0.36 0.30 0.10 0.15 0.08 0.18 0.09 0.04 0.16 0.04
O5' 0.65 0.75 0.63 0.57 0.72 0.55 0.75 0.48 0.76 0.69 0.76 0.73 0.76 0.74 0.69 0.62 0.52 0.61 0.53 0.32 0.54 0.43
OP1 0.61 0.80 0.64 0.63 0.75 0.54 0.82 0.53 0.87 0.72 0.86 0.74 0.94 0.82 0.69 0.59 0.64 0.54 0.62 0.60 0.81 0.63
OP2 0.73 1.10 0.72 0.61 0.98 0.57 1.08 0.51 1.21 0.85 1.19 1.00 1.31 1.02 0.84 0.70 0.56 0.63 0.52 0.50 0.52 0.44
P 0.66 0.90 0.64 0.55 0.82 0.51 0.89 0.44 0.96 0.74 0.95 0.83 1.01 0.85 0.74 0.62 0.50 0.59 0.49 0.31 0.53 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.07 0.13 0.07
C2 0.04 0.00 0.12 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.05 0.12 0.14 0.22 0.16
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.08 0.06 0.10 0.11 0.08 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.12 0.07
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.12 0.00 0.15 0.02 0.17 0.14 0.16 0.13 0.18 0.16 0.10 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.11 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.14 0.02 0.12 0.14 0.21 0.15
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.04 0.09 0.10 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.20 0.02 0.16 0.19 0.26 0.20
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.10 0.06 0.14 0.15 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.22 0.03 0.17 0.21 0.28 0.22
C8 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.17 0.03 0.17 0.18 0.22 0.18
N1 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.22 0.04 0.15 0.18 0.26 0.19
N3 0.03 0.01 0.11 0.13 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.05 0.10 0.11 0.20 0.13
N6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.25 0.03 0.19 0.25 0.31 0.25
N7 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.21 0.02 0.19 0.23 0.28 0.23
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.11 0.12 0.17 0.12
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.10 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.05 0.09 0.09 0.05
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.14 0.03 0.20 0.03 0.22 0.17 0.22 0.15 0.25 0.21 0.10 0.06 0.00 0.02 0.12 0.15 0.19 0.13
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.06 0.12 0.08
O5' 0.07 0.12 0.06 0.07 0.12 0.01 0.16 0.01 0.17 0.17 0.15 0.10 0.19 0.19 0.11 0.05 0.12 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.14 0.09 0.10 0.14 0.06 0.19 0.06 0.21 0.18 0.18 0.11 0.25 0.23 0.12 0.09 0.15 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.22 0.12 0.11 0.21 0.04 0.26 0.02 0.28 0.22 0.26 0.20 0.31 0.28 0.17 0.09 0.19 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.07 0.07 0.15 0.02 0.20 0.01 0.22 0.18 0.19 0.13 0.25 0.23 0.12 0.05 0.13 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00