ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51664

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 4, 9, 6, 21, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.010, 0.043, 0.075, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.043 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.065, 0.181, 0.298, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.181 std_dev=0.116
C2' A 0, 0.090, 0.224, 0.358, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.224 std_dev=0.134
C6 B 0, 0.340, 0.490, 0.640, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.490 std_dev=0.150
O2' A 0, 0.150, 0.322, 0.494, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.322 std_dev=0.172
N6 B 0, 0.473, 0.649, 0.825, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.649 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.109, 0.293, 0.478, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.293 std_dev=0.184
N3 B 0, 0.533, 0.724, 0.915, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.724 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.136, 0.339, 0.541, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.339 std_dev=0.202
C4 B 0, 0.429, 0.646, 0.863, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.646 std_dev=0.217
C2 B 0, 0.406, 0.628, 0.849, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.628 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.322, 0.544, 0.765, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.544 std_dev=0.221
N1 B 0, 0.253, 0.497, 0.741, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.497 std_dev=0.244
N7 B 0, 0.506, 0.759, 1.012, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.759 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.591, 0.859, 1.126, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.859 std_dev=0.267
C8 B 0, 0.618, 0.899, 1.179, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.899 std_dev=0.280
C2' B 0, 0.468, 0.758, 1.049, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.758 std_dev=0.291
O3' A 0, 0.219, 0.510, 0.801, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.510 std_dev=0.291
C1' B 0, 0.804, 1.112, 1.421, 1.555 max_d=1.555 avg_d=1.112 std_dev=0.309
OP2 B 0, 0.293, 0.604, 0.914, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.604 std_dev=0.310
C5' A 0, 0.187, 0.509, 0.832, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.509 std_dev=0.322
O5' B 0, 1.119, 1.450, 1.782, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.450 std_dev=0.331
P B 0, 0.510, 0.867, 1.224, 2.199 max_d=2.199 avg_d=0.867 std_dev=0.357
O2' B 0, 0.793, 1.154, 1.515, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.154 std_dev=0.361
O4' B 0, 1.154, 1.559, 1.965, 2.503 max_d=2.503 avg_d=1.559 std_dev=0.406
C3' B 0, 0.514, 0.982, 1.451, 2.477 max_d=2.477 avg_d=0.982 std_dev=0.469
C4' B 0, 1.105, 1.577, 2.050, 3.136 max_d=3.136 avg_d=1.577 std_dev=0.473
C5' B 0, 1.607, 2.130, 2.653, 3.826 max_d=3.826 avg_d=2.130 std_dev=0.523
OP1 B 0, 1.319, 1.847, 2.374, 3.595 max_d=3.595 avg_d=1.847 std_dev=0.528
O3' B 0, 0.391, 1.083, 1.776, 3.552 max_d=3.552 avg_d=1.083 std_dev=0.693
O5' A 0, 1.569, 2.435, 3.302, 3.296 max_d=3.296 avg_d=2.435 std_dev=0.867
P A 0, 2.311, 3.404, 4.497, 4.327 max_d=4.327 avg_d=3.404 std_dev=1.093
OP2 A 0, 3.066, 4.497, 5.928, 5.724 max_d=5.724 avg_d=4.497 std_dev=1.431
OP1 A 0, 3.132, 4.599, 6.065, 5.859 max_d=5.859 avg_d=4.599 std_dev=1.467

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.13 0.50 0.17 0.23
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.03 0.29 0.71 0.57 0.45
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.12 0.00 0.02 0.01 0.19 0.37 0.17 0.18
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.10 0.05 0.07 0.08 0.11 0.02 0.01 0.02 0.26 0.41 0.16 0.21
C4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.46 0.91 1.03 0.72
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.04 0.08 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.20 0.32 0.09
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.50 0.94 1.08 0.77
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.15 0.08 0.11 0.17 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.26 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.04 0.44 0.83 0.80 0.63
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.30 0.69 0.51 0.44
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.37 0.81 0.81 0.58
N4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.49 0.96 1.19 0.79
O2 0.03 0.00 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.14 0.04 0.21 0.64 0.40 0.34
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.06 0.03 0.06 0.04 0.02 0.08 0.06 0.13 0.00 0.04 0.05 0.07 0.30 0.39 0.17
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.08 0.02 0.11 0.03 0.10 0.04 0.09 0.09 0.14 0.04 0.00 0.02 0.22 0.50 0.38 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.08 0.48 0.18 0.20
O5' 0.13 0.29 0.19 0.26 0.46 0.01 0.50 0.01 0.44 0.30 0.37 0.49 0.21 0.07 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.71 0.37 0.41 0.91 0.20 0.94 0.26 0.83 0.69 0.81 0.96 0.64 0.30 0.50 0.48 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.57 0.17 0.16 1.03 0.32 1.08 0.33 0.80 0.51 0.81 1.19 0.40 0.39 0.38 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.45 0.18 0.21 0.72 0.09 0.77 0.02 0.63 0.44 0.58 0.79 0.34 0.17 0.20 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.23 0.22 0.17 0.16 0.20 0.13 0.22 0.16 0.19 0.18 0.24 0.21 0.21 0.15 0.28 0.19 0.21 0.21 0.06 0.12 0.05
C2 0.23 0.27 0.25 0.21 0.18 0.24 0.16 0.25 0.19 0.22 0.22 0.28 0.23 0.23 0.18 0.32 0.28 0.23 0.21 0.11 0.19 0.10
C2' 0.20 0.19 0.20 0.15 0.14 0.18 0.14 0.22 0.15 0.18 0.16 0.20 0.19 0.20 0.14 0.24 0.17 0.20 0.22 0.10 0.11 0.09
C3' 0.22 0.18 0.22 0.13 0.16 0.16 0.17 0.14 0.17 0.20 0.17 0.19 0.21 0.22 0.17 0.23 0.15 0.23 0.10 0.03 0.09 0.02
C4 0.24 0.27 0.25 0.22 0.20 0.22 0.16 0.22 0.17 0.22 0.22 0.28 0.25 0.23 0.21 0.30 0.27 0.24 0.22 0.12 0.23 0.13
C4' 0.22 0.19 0.21 0.13 0.16 0.16 0.16 0.15 0.18 0.20 0.17 0.20 0.23 0.23 0.17 0.23 0.14 0.22 0.07 0.11 0.14 0.06
C5 0.24 0.26 0.24 0.22 0.21 0.22 0.17 0.22 0.17 0.22 0.21 0.27 0.23 0.23 0.22 0.30 0.23 0.24 0.23 0.15 0.24 0.15
C5' 0.23 0.21 0.23 0.15 0.19 0.16 0.22 0.13 0.23 0.24 0.21 0.21 0.29 0.27 0.20 0.25 0.18 0.24 0.07 0.22 0.23 0.13
C6 0.24 0.24 0.24 0.21 0.19 0.21 0.15 0.22 0.16 0.21 0.20 0.25 0.22 0.21 0.20 0.29 0.21 0.24 0.23 0.13 0.21 0.14
N1 0.23 0.24 0.23 0.19 0.17 0.21 0.14 0.22 0.16 0.20 0.19 0.25 0.22 0.21 0.17 0.29 0.21 0.23 0.21 0.07 0.17 0.07
N3 0.24 0.28 0.25 0.22 0.19 0.24 0.17 0.24 0.19 0.22 0.23 0.28 0.25 0.23 0.19 0.32 0.30 0.24 0.21 0.11 0.21 0.11
N4 0.25 0.29 0.26 0.24 0.22 0.23 0.19 0.22 0.19 0.22 0.23 0.29 0.27 0.23 0.22 0.32 0.30 0.24 0.22 0.14 0.25 0.14
O2 0.24 0.29 0.27 0.25 0.20 0.28 0.18 0.30 0.21 0.23 0.24 0.29 0.24 0.24 0.19 0.37 0.35 0.25 0.23 0.16 0.20 0.14
O2' 0.22 0.21 0.23 0.22 0.16 0.24 0.15 0.28 0.16 0.20 0.18 0.22 0.19 0.21 0.16 0.29 0.25 0.22 0.28 0.16 0.11 0.13
O3' 0.24 0.19 0.25 0.15 0.18 0.19 0.18 0.15 0.18 0.20 0.18 0.20 0.20 0.21 0.19 0.24 0.18 0.26 0.02 0.02 0.03 0.01
O4' 0.22 0.22 0.22 0.14 0.16 0.18 0.15 0.18 0.17 0.20 0.18 0.23 0.23 0.23 0.16 0.26 0.15 0.21 0.13 0.07 0.14 0.04
O5' 0.49 0.62 0.53 0.48 0.61 0.38 0.70 0.34 0.72 0.64 0.67 0.58 0.78 0.74 0.57 0.51 0.48 0.42 0.43 0.33 0.57 0.39
OP1 0.67 0.94 0.74 0.75 0.86 0.58 0.97 0.60 1.05 0.85 1.03 0.86 1.14 0.98 0.78 0.70 0.80 0.57 0.76 0.85 1.09 0.82
OP2 0.64 1.20 0.70 0.57 1.04 0.38 1.24 0.35 1.42 0.91 1.37 1.04 1.61 1.19 0.85 0.67 0.57 0.43 0.38 0.51 0.49 0.34
P 0.54 0.85 0.57 0.49 0.77 0.36 0.90 0.31 0.99 0.73 0.95 0.76 1.10 0.89 0.67 0.55 0.50 0.42 0.41 0.38 0.60 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.12 0.12 0.30 0.17
C2 0.02 0.00 0.13 0.12 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.07 0.15 0.14 0.27 0.16
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.08 0.10 0.11 0.13 0.08 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.23 0.25 0.34 0.25
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.12 0.00 0.17 0.02 0.17 0.19 0.14 0.10 0.19 0.21 0.11 0.02 0.01 0.01 0.13 0.19 0.12 0.10
C4 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.10 0.04 0.16 0.14 0.27 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.06 0.13 0.03 0.03 0.08 0.12 0.06 0.13 0.02 0.01 0.02 0.10 0.15 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.17 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.12 0.04 0.22 0.18 0.27 0.18
C5' 0.04 0.05 0.10 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.11 0.15 0.08 0.05 0.14 0.17 0.07 0.05 0.10 0.02 0.01 0.11 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.14 0.04 0.23 0.19 0.28 0.19
C8 0.01 0.01 0.10 0.19 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.16 0.07 0.24 0.17 0.27 0.18
N1 0.02 0.00 0.11 0.14 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.15 0.06 0.19 0.17 0.28 0.17
N3 0.02 0.00 0.13 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.07 0.13 0.12 0.28 0.15
N6 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.17 0.04 0.26 0.23 0.29 0.23
N7 0.01 0.01 0.08 0.21 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.18 0.06 0.27 0.21 0.28 0.21
N9 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.07 0.03 0.15 0.13 0.28 0.15
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.14 0.13 0.19 0.05 0.19 0.20 0.17 0.15 0.22 0.22 0.12 0.00 0.05 0.10 0.18 0.23 0.39 0.23
O3' 0.12 0.18 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.10 0.14 0.16 0.15 0.18 0.17 0.18 0.07 0.05 0.00 0.08 0.18 0.34 0.21 0.20
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.06 0.07 0.04 0.06 0.03 0.10 0.08 0.00 0.10 0.12 0.30 0.19
O5' 0.12 0.15 0.23 0.13 0.16 0.02 0.22 0.01 0.23 0.24 0.19 0.13 0.26 0.27 0.15 0.18 0.18 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.14 0.25 0.19 0.14 0.10 0.18 0.11 0.19 0.17 0.17 0.12 0.23 0.21 0.13 0.23 0.34 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.27 0.34 0.12 0.27 0.15 0.27 0.11 0.28 0.27 0.28 0.28 0.29 0.28 0.28 0.39 0.21 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.16 0.25 0.10 0.16 0.06 0.18 0.02 0.19 0.18 0.17 0.15 0.23 0.21 0.15 0.23 0.20 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00