ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51670

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.005, 0.008, 0.021, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.008 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.005, 0.039, 0.073, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.039 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.014, 0.063, 0.113, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.063 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.031, 0.093, 0.155, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.093 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.029, 0.108, 0.187, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.108 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.040, 0.127, 0.215, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.127 std_dev=0.087
C4 B 0, 0.126, 0.237, 0.348, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.237 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.055, 0.166, 0.278, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.166 std_dev=0.112
C5 B 0, 0.118, 0.231, 0.344, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.231 std_dev=0.113
C8 B 0, 0.142, 0.256, 0.371, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.256 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.056, 0.173, 0.290, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.173 std_dev=0.117
N7 B 0, 0.135, 0.254, 0.373, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.254 std_dev=0.119
C6 B 0, 0.122, 0.252, 0.381, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.252 std_dev=0.130
N9 B 0, 0.120, 0.250, 0.381, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.250 std_dev=0.131
N3 B 0, 0.139, 0.270, 0.401, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.270 std_dev=0.131
N1 B 0, 0.129, 0.267, 0.406, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.267 std_dev=0.138
C2 B 0, 0.124, 0.272, 0.421, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.272 std_dev=0.148
OP2 B 0, 0.193, 0.362, 0.531, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.362 std_dev=0.169
O3' A 0, 0.084, 0.257, 0.430, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.257 std_dev=0.173
C1' B 0, 0.134, 0.309, 0.483, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.309 std_dev=0.175
P B 0, 0.139, 0.314, 0.490, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.314 std_dev=0.175
O5' B 0, 0.147, 0.324, 0.501, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.324 std_dev=0.177
C5' A 0, 0.072, 0.252, 0.431, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.252 std_dev=0.180
N6 B 0, 0.114, 0.297, 0.480, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.297 std_dev=0.183
O4' B 0, 0.071, 0.287, 0.503, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.287 std_dev=0.216
OP1 B 0, 0.157, 0.379, 0.601, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.379 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.227, 0.477, 0.726, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.477 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.171, 0.435, 0.700, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.435 std_dev=0.265
O5' A 0, 0.073, 0.340, 0.606, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.340 std_dev=0.266
C2' B 0, 0.150, 0.422, 0.693, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.422 std_dev=0.272
P A 0, 0.171, 0.453, 0.736, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.453 std_dev=0.283
C4' B 0, 0.068, 0.357, 0.646, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.357 std_dev=0.289
O3' B 0, 0.166, 0.511, 0.855, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.511 std_dev=0.345
OP1 A 0, 0.176, 0.534, 0.892, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.534 std_dev=0.358
C5' B 0, -0.017, 0.397, 0.811, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.397 std_dev=0.414
O2' B 0, -0.016, 0.585, 1.185, 2.701 max_d=2.701 avg_d=0.585 std_dev=0.601

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.10 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.10 0.11 0.12 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02
C5 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.11 0.11 0.11 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.04 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.09 0.08 0.07 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.09 0.10 0.09
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.12 0.14 0.15 0.15
O2 0.04 0.00 0.09 0.09 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.09 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.10 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.10 0.03 0.00 0.01 0.07 0.09 0.11 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04
O5' 0.04 0.06 0.03 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.08 0.12 0.04 0.04 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.06 0.07 0.11 0.06 0.11 0.05 0.08 0.06 0.09 0.14 0.05 0.07 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.10 0.09 0.12 0.05 0.11 0.03 0.07 0.06 0.10 0.15 0.06 0.10 0.11 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.05 0.12 0.02 0.12 0.01 0.08 0.05 0.09 0.15 0.04 0.05 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.11 0.07 0.06 0.09 0.07 0.15 0.21 0.18 0.12 0.14 0.09 0.23 0.17 0.07 0.27 0.08 0.08 0.09 0.04 0.06 0.02
C2 0.17 0.11 0.15 0.09 0.08 0.09 0.15 0.18 0.18 0.09 0.15 0.09 0.23 0.16 0.06 0.33 0.10 0.07 0.09 0.07 0.12 0.07
C2' 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.08 0.15 0.23 0.16 0.13 0.14 0.10 0.20 0.17 0.08 0.22 0.08 0.09 0.12 0.06 0.05 0.05
C3' 0.06 0.13 0.20 0.12 0.12 0.07 0.17 0.18 0.18 0.14 0.15 0.11 0.23 0.19 0.09 0.05 0.06 0.10 0.04 0.02 0.04 0.01
C4 0.19 0.09 0.14 0.16 0.04 0.11 0.10 0.08 0.17 0.07 0.14 0.07 0.24 0.11 0.10 0.17 0.08 0.12 0.07 0.05 0.12 0.05
C4' 0.07 0.11 0.16 0.11 0.10 0.07 0.16 0.20 0.18 0.12 0.14 0.09 0.23 0.18 0.07 0.08 0.07 0.09 0.04 0.02 0.07 0.02
C5 0.17 0.11 0.08 0.15 0.07 0.12 0.14 0.07 0.19 0.08 0.15 0.09 0.27 0.14 0.10 0.10 0.08 0.15 0.06 0.05 0.12 0.05
C5' 0.07 0.11 0.21 0.10 0.10 0.06 0.15 0.14 0.17 0.12 0.14 0.09 0.24 0.17 0.07 0.05 0.06 0.11 0.04 0.08 0.13 0.07
C6 0.17 0.10 0.07 0.11 0.08 0.09 0.15 0.05 0.19 0.10 0.15 0.08 0.26 0.17 0.09 0.14 0.08 0.14 0.07 0.05 0.12 0.05
N1 0.16 0.10 0.08 0.07 0.08 0.06 0.15 0.14 0.18 0.10 0.14 0.08 0.24 0.17 0.06 0.24 0.07 0.09 0.07 0.03 0.10 0.04
N3 0.19 0.10 0.18 0.13 0.05 0.09 0.13 0.12 0.17 0.08 0.14 0.07 0.22 0.13 0.08 0.28 0.10 0.09 0.09 0.06 0.12 0.07
N4 0.19 0.10 0.17 0.20 0.08 0.13 0.06 0.10 0.14 0.11 0.13 0.09 0.22 0.08 0.13 0.14 0.10 0.13 0.07 0.05 0.13 0.06
O2 0.17 0.13 0.18 0.10 0.11 0.16 0.16 0.29 0.18 0.12 0.16 0.11 0.21 0.17 0.08 0.45 0.17 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10
O2' 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.13 0.15 0.31 0.16 0.13 0.14 0.11 0.19 0.16 0.10 0.33 0.11 0.10 0.18 0.13 0.08 0.10
O3' 0.10 0.15 0.30 0.20 0.15 0.10 0.18 0.21 0.19 0.17 0.17 0.13 0.23 0.20 0.13 0.10 0.08 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00
O4' 0.12 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.15 0.20 0.18 0.11 0.14 0.08 0.24 0.18 0.06 0.19 0.07 0.09 0.07 0.02 0.09 0.02
O5' 0.08 0.12 0.25 0.10 0.11 0.06 0.15 0.11 0.17 0.14 0.14 0.10 0.24 0.18 0.09 0.15 0.07 0.13 0.12 0.16 0.23 0.16
OP1 0.11 0.13 0.32 0.12 0.13 0.11 0.15 0.09 0.17 0.14 0.15 0.12 0.23 0.17 0.12 0.27 0.09 0.17 0.13 0.18 0.21 0.15
OP2 0.16 0.14 0.18 0.16 0.13 0.21 0.13 0.20 0.16 0.13 0.15 0.14 0.21 0.13 0.14 0.21 0.18 0.25 0.10 0.12 0.12 0.09
P 0.11 0.12 0.23 0.07 0.11 0.10 0.13 0.06 0.15 0.11 0.13 0.11 0.21 0.14 0.10 0.20 0.08 0.18 0.10 0.14 0.18 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.17 0.01 0.15 0.16 0.13 0.13
C2 0.04 0.00 0.23 0.18 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.09 0.06 0.17 0.17 0.19 0.16
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.09 0.11 0.10 0.18 0.23 0.07 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.37 0.41 0.35 0.36
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.16 0.01 0.18 0.01 0.20 0.15 0.20 0.15 0.20 0.18 0.11 0.01 0.01 0.01 0.20 0.26 0.06 0.17
C4 0.02 0.00 0.12 0.16 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.19 0.18 0.19 0.17
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.06 0.03 0.08 0.12 0.06 0.16 0.02 0.00 0.02 0.07 0.13 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.18 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.03 0.02 0.22 0.22 0.23 0.21
C5' 0.03 0.06 0.09 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.04 0.13 0.17 0.08 0.06 0.12 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.04 0.03 0.22 0.22 0.24 0.21
C8 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.05 0.07 0.23 0.22 0.21 0.21
N1 0.03 0.01 0.18 0.20 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.19 0.19 0.22 0.19
N3 0.03 0.01 0.23 0.15 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.07 0.16 0.16 0.17 0.15
N6 0.01 0.02 0.07 0.20 0.00 0.08 0.01 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.21 0.05 0.02 0.25 0.26 0.29 0.26
N7 0.00 0.00 0.06 0.18 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.26 0.06 0.05 0.24 0.23 0.25 0.23
N9 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.06 0.01 0.19 0.19 0.17 0.17
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.07 0.16 0.18 0.06 0.15 0.23 0.08 0.12 0.21 0.26 0.12 0.00 0.03 0.12 0.18 0.26 0.30 0.22
O3' 0.17 0.09 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.12 0.04 0.05 0.05 0.11 0.05 0.06 0.06 0.03 0.00 0.10 0.03 0.08 0.13 0.04
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.07 0.02 0.05 0.01 0.12 0.10 0.00 0.04 0.05 0.14 0.07
O5' 0.15 0.17 0.37 0.20 0.19 0.02 0.22 0.01 0.22 0.23 0.19 0.16 0.25 0.24 0.19 0.18 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.17 0.41 0.26 0.18 0.07 0.22 0.09 0.22 0.22 0.19 0.16 0.26 0.23 0.19 0.26 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.19 0.35 0.06 0.19 0.13 0.23 0.20 0.24 0.21 0.22 0.17 0.29 0.25 0.17 0.30 0.13 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.16 0.36 0.17 0.17 0.02 0.21 0.01 0.21 0.21 0.19 0.15 0.26 0.23 0.17 0.22 0.04 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00