ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51671

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 6, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.013, 0.047, 0.082, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.047 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.018, 0.058, 0.098, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.058 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.099, 0.198, 0.297, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.198 std_dev=0.099
C4 B 0, 0.125, 0.246, 0.367, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.246 std_dev=0.121
C2' A 0, 0.101, 0.224, 0.347, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.224 std_dev=0.123
N9 B 0, 0.160, 0.300, 0.439, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.300 std_dev=0.139
N3 B 0, 0.105, 0.256, 0.407, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.256 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.198, 0.351, 0.504, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.351 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.188, 0.355, 0.521, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.355 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.134, 0.302, 0.470, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.302 std_dev=0.168
C5 B 0, 0.249, 0.417, 0.586, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.417 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.199, 0.380, 0.561, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.380 std_dev=0.181
C1' B 0, 0.176, 0.366, 0.555, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.366 std_dev=0.190
C8 B 0, 0.255, 0.445, 0.635, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.445 std_dev=0.190
C6 B 0, 0.337, 0.527, 0.717, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.527 std_dev=0.190
N1 B 0, 0.271, 0.469, 0.668, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.469 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.259, 0.464, 0.669, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.464 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.163, 0.377, 0.591, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.377 std_dev=0.214
O4' B 0, 0.240, 0.461, 0.681, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.461 std_dev=0.220
N7 B 0, 0.299, 0.532, 0.764, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.532 std_dev=0.232
O3' B 0, 0.299, 0.538, 0.777, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.538 std_dev=0.239
C4' B 0, 0.246, 0.498, 0.751, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.498 std_dev=0.253
N6 B 0, 0.484, 0.745, 1.006, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.745 std_dev=0.261
C5' A 0, 0.296, 0.561, 0.825, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.561 std_dev=0.265
O3' A 0, 0.284, 0.550, 0.817, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.550 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.227, 0.502, 0.777, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.502 std_dev=0.275
C5' B 0, 0.344, 0.629, 0.914, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.629 std_dev=0.285
O5' B 0, 0.383, 0.696, 1.008, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.696 std_dev=0.312
P B 0, 0.221, 0.568, 0.916, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.568 std_dev=0.348
OP2 B 0, 0.364, 0.773, 1.183, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.773 std_dev=0.409
OP1 B 0, 0.241, 0.859, 1.476, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.859 std_dev=0.618
O5' A 0, 0.102, 0.758, 1.414, 2.662 max_d=2.662 avg_d=0.758 std_dev=0.656
P A 0, 0.137, 1.003, 1.869, 2.975 max_d=2.975 avg_d=1.003 std_dev=0.866
OP1 A 0, 0.410, 1.811, 3.211, 4.598 max_d=4.598 avg_d=1.811 std_dev=1.401
OP2 A 0, 0.140, 1.618, 3.097, 4.844 max_d=4.844 avg_d=1.618 std_dev=1.478

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.13 0.35 0.24 0.16
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.03 0.33 0.49 0.71 0.40
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.15 0.00 0.03 0.00 0.20 0.26 0.19 0.18
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.02 0.13 0.06 0.08 0.10 0.15 0.02 0.01 0.01 0.27 0.39 0.14 0.23
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.48 0.71 1.14 0.63
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.05 0.08 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.16 0.20 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.03 0.49 0.75 1.14 0.64
C5' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.14 0.00 0.16 0.00 0.14 0.07 0.11 0.16 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.25 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.03 0.41 0.62 0.85 0.49
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.30 0.48 0.61 0.35
N3 0.03 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.02 0.42 0.60 0.95 0.53
N4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.03 0.53 0.78 1.30 0.72
O2 0.06 0.01 0.15 0.15 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.18 0.06 0.27 0.43 0.55 0.32
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.10 0.08 0.18 0.00 0.06 0.04 0.08 0.23 0.07 0.08
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.10 0.01 0.14 0.03 0.13 0.05 0.08 0.11 0.18 0.06 0.00 0.01 0.24 0.55 0.22 0.21
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.11 0.37 0.12 0.14
O5' 0.13 0.33 0.20 0.27 0.48 0.01 0.49 0.01 0.41 0.30 0.42 0.53 0.27 0.08 0.24 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.35 0.49 0.26 0.39 0.71 0.16 0.75 0.25 0.62 0.48 0.60 0.78 0.43 0.23 0.55 0.37 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.71 0.19 0.14 1.14 0.20 1.14 0.35 0.85 0.61 0.95 1.30 0.55 0.07 0.22 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.40 0.18 0.23 0.63 0.05 0.64 0.01 0.49 0.35 0.53 0.72 0.32 0.08 0.21 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.18 0.17 0.12 0.11 0.16 0.20 0.13 0.24 0.26 0.22 0.13 0.32 0.29 0.14 0.23 0.13 0.20 0.19 0.08 0.09 0.06
C2 0.20 0.17 0.20 0.13 0.11 0.12 0.18 0.11 0.19 0.29 0.19 0.12 0.22 0.27 0.19 0.23 0.14 0.14 0.20 0.12 0.14 0.10
C2' 0.17 0.17 0.15 0.12 0.12 0.15 0.19 0.13 0.21 0.24 0.19 0.13 0.26 0.25 0.14 0.19 0.12 0.19 0.23 0.13 0.06 0.11
C3' 0.15 0.19 0.11 0.10 0.17 0.12 0.24 0.10 0.26 0.26 0.23 0.15 0.32 0.30 0.16 0.14 0.12 0.17 0.07 0.02 0.09 0.02
C4 0.18 0.21 0.19 0.15 0.11 0.13 0.15 0.12 0.18 0.27 0.23 0.13 0.20 0.25 0.18 0.21 0.16 0.15 0.20 0.15 0.26 0.16
C4' 0.15 0.21 0.11 0.09 0.18 0.12 0.29 0.10 0.33 0.28 0.28 0.15 0.42 0.36 0.17 0.15 0.11 0.17 0.06 0.07 0.20 0.07
C5 0.18 0.22 0.16 0.14 0.09 0.16 0.15 0.15 0.23 0.25 0.27 0.13 0.29 0.23 0.16 0.18 0.14 0.18 0.21 0.18 0.30 0.20
C5' 0.18 0.32 0.18 0.18 0.28 0.14 0.39 0.14 0.45 0.34 0.40 0.25 0.54 0.44 0.24 0.16 0.21 0.17 0.11 0.20 0.34 0.18
C6 0.18 0.21 0.16 0.14 0.09 0.17 0.18 0.16 0.26 0.24 0.27 0.12 0.33 0.24 0.14 0.19 0.14 0.20 0.21 0.16 0.25 0.17
N1 0.19 0.19 0.17 0.12 0.10 0.14 0.19 0.12 0.24 0.27 0.23 0.12 0.30 0.28 0.16 0.21 0.12 0.18 0.19 0.08 0.15 0.09
N3 0.20 0.19 0.21 0.15 0.11 0.12 0.16 0.11 0.16 0.27 0.19 0.12 0.18 0.24 0.20 0.23 0.16 0.13 0.19 0.12 0.19 0.12
N4 0.18 0.21 0.21 0.17 0.13 0.14 0.17 0.12 0.15 0.27 0.21 0.14 0.17 0.27 0.20 0.22 0.18 0.14 0.20 0.17 0.29 0.19
O2 0.21 0.16 0.21 0.15 0.12 0.14 0.18 0.17 0.16 0.30 0.16 0.12 0.20 0.28 0.20 0.25 0.16 0.14 0.24 0.20 0.15 0.16
O2' 0.24 0.20 0.25 0.23 0.16 0.25 0.18 0.23 0.20 0.23 0.20 0.19 0.25 0.24 0.18 0.31 0.24 0.25 0.29 0.23 0.09 0.18
O3' 0.15 0.17 0.12 0.12 0.17 0.15 0.23 0.15 0.25 0.23 0.22 0.15 0.31 0.28 0.16 0.16 0.15 0.18 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.16 0.21 0.12 0.08 0.15 0.12 0.27 0.09 0.32 0.27 0.28 0.14 0.41 0.34 0.15 0.18 0.08 0.18 0.11 0.04 0.18 0.04
O5' 0.54 0.63 0.54 0.52 0.61 0.47 0.65 0.43 0.68 0.61 0.66 0.60 0.70 0.66 0.58 0.53 0.52 0.49 0.45 0.36 0.65 0.44
OP1 0.67 0.81 0.76 0.83 0.75 0.70 0.82 0.73 0.88 0.75 0.87 0.75 0.96 0.81 0.71 0.72 0.90 0.62 0.80 0.95 1.18 0.91
OP2 0.80 1.29 0.80 0.68 1.11 0.54 1.22 0.41 1.37 0.92 1.38 1.16 1.46 1.11 0.94 0.77 0.66 0.63 0.44 0.42 0.56 0.37
P 0.60 0.81 0.63 0.61 0.74 0.51 0.81 0.46 0.88 0.69 0.87 0.75 0.94 0.79 0.67 0.60 0.62 0.53 0.50 0.43 0.72 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.12 0.07
C2 0.03 0.00 0.16 0.14 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.21 0.07 0.16 0.19 0.28 0.19
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.03 0.08 0.08 0.13 0.16 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.13 0.08
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.09 0.11 0.12 0.13 0.08 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.14 0.13 0.09
C4 0.02 0.01 0.09 0.08 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.04 0.16 0.18 0.25 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.08 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.20 0.24 0.31 0.25
C5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.10 0.05 0.16 0.16 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.04 0.21 0.27 0.35 0.27
C8 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.13 0.05 0.20 0.21 0.24 0.22
N1 0.03 0.00 0.13 0.12 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.06 0.19 0.24 0.32 0.24
N3 0.03 0.00 0.16 0.13 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.07 0.14 0.15 0.23 0.15
N6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.02 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.11 0.04 0.24 0.32 0.40 0.32
N7 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.11 0.04 0.22 0.27 0.33 0.28
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.15 0.19 0.15
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.14 0.17 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.13 0.11 0.07
O3' 0.01 0.21 0.02 0.00 0.10 0.02 0.08 0.04 0.12 0.13 0.17 0.18 0.11 0.11 0.04 0.03 0.00 0.02 0.14 0.20 0.20 0.15
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.08 0.12 0.08
O5' 0.08 0.16 0.07 0.09 0.16 0.02 0.20 0.01 0.21 0.20 0.19 0.14 0.24 0.22 0.14 0.07 0.14 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.09 0.19 0.13 0.14 0.18 0.08 0.24 0.08 0.27 0.21 0.24 0.15 0.32 0.27 0.15 0.13 0.20 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.28 0.13 0.13 0.25 0.05 0.31 0.04 0.35 0.24 0.32 0.23 0.40 0.33 0.19 0.11 0.20 0.12 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.19 0.08 0.09 0.18 0.02 0.25 0.02 0.27 0.22 0.24 0.15 0.32 0.28 0.15 0.07 0.15 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00