ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51672

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 1, 3, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.004, 0.032, 0.059, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.032 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.046, 0.148, 0.251, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.148 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.071, 0.185, 0.299, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.185 std_dev=0.114
O4' A 0, 0.079, 0.207, 0.334, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.207 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.144, 0.329, 0.514, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.329 std_dev=0.185
C3' A 0, 0.145, 0.334, 0.523, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.334 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.189, 0.419, 0.649, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.419 std_dev=0.230
C6 B 0, 0.166, 0.396, 0.626, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.396 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.183, 0.421, 0.659, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.421 std_dev=0.238
N6 B 0, 0.168, 0.419, 0.670, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.419 std_dev=0.251
N7 B 0, 0.194, 0.445, 0.697, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.445 std_dev=0.251
C2 B 0, 0.251, 0.506, 0.760, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.506 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.222, 0.482, 0.742, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.482 std_dev=0.260
O3' A 0, 0.202, 0.468, 0.733, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.468 std_dev=0.265
C8 B 0, 0.201, 0.473, 0.745, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.473 std_dev=0.272
N3 B 0, 0.270, 0.550, 0.830, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.550 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.223, 0.507, 0.791, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.507 std_dev=0.284
O4' B 0, 0.214, 0.500, 0.786, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.500 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.220, 0.531, 0.841, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.531 std_dev=0.310
O5' B 0, 0.261, 0.576, 0.892, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.576 std_dev=0.315
P B 0, 0.266, 0.592, 0.918, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.592 std_dev=0.326
C5' B 0, 0.234, 0.561, 0.887, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.561 std_dev=0.327
C1' B 0, 0.259, 0.591, 0.922, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.591 std_dev=0.332
O5' A 0, 0.220, 0.561, 0.902, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.561 std_dev=0.341
OP2 B 0, 0.291, 0.635, 0.980, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.635 std_dev=0.345
C4' B 0, 0.246, 0.601, 0.955, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.601 std_dev=0.354
P A 0, 0.283, 0.657, 1.031, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.657 std_dev=0.374
OP1 B 0, 0.302, 0.683, 1.065, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.683 std_dev=0.381
C3' B 0, 0.319, 0.753, 1.188, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.753 std_dev=0.435
C2' B 0, 0.327, 0.762, 1.197, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.762 std_dev=0.435
O2' B 0, 0.342, 0.839, 1.336, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.839 std_dev=0.497
O3' B 0, 0.368, 0.887, 1.406, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.887 std_dev=0.519
OP2 A 0, 0.345, 1.011, 1.676, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.011 std_dev=0.666
OP1 A 0, 0.069, 0.851, 1.633, 2.715 max_d=2.715 avg_d=0.851 std_dev=0.782

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.55 0.13 0.13
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.71 0.37 0.18
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.28 0.11 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.10 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.84 0.56 0.19
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.13 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.10 0.88 0.55 0.18
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.82 0.41 0.17
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.71 0.31 0.16
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.78 0.48 0.19
N4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.85 0.63 0.20
O2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.08 0.63 0.31 0.17
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.22 0.04 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.06 0.11 0.02 0.00 0.01 0.05 0.23 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.53 0.05 0.12
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.06 0.08 0.08 0.08 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.55 0.71 0.28 0.06 0.84 0.14 0.88 0.09 0.82 0.71 0.78 0.85 0.63 0.22 0.23 0.53 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.37 0.11 0.04 0.56 0.13 0.55 0.27 0.41 0.31 0.48 0.63 0.31 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.18 0.07 0.04 0.19 0.04 0.18 0.01 0.17 0.16 0.19 0.20 0.17 0.05 0.05 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.21 0.06 0.06 0.14 0.07 0.17 0.06 0.22 0.11 0.23 0.18 0.25 0.16 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.03
C2 0.11 0.21 0.11 0.11 0.11 0.13 0.15 0.11 0.20 0.15 0.22 0.16 0.22 0.16 0.09 0.13 0.11 0.13 0.10 0.08 0.13 0.09
C2' 0.07 0.19 0.06 0.07 0.15 0.07 0.18 0.06 0.21 0.12 0.21 0.16 0.23 0.17 0.10 0.06 0.07 0.07 0.08 0.05 0.05 0.04
C3' 0.06 0.16 0.05 0.05 0.11 0.06 0.16 0.05 0.19 0.10 0.18 0.12 0.22 0.16 0.07 0.06 0.05 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01
C4 0.15 0.19 0.15 0.13 0.09 0.13 0.09 0.09 0.17 0.17 0.21 0.15 0.21 0.15 0.13 0.17 0.13 0.15 0.07 0.07 0.14 0.08
C4' 0.07 0.17 0.06 0.05 0.11 0.06 0.15 0.04 0.19 0.10 0.20 0.13 0.23 0.15 0.07 0.06 0.05 0.07 0.02 0.02 0.07 0.02
C5 0.13 0.20 0.12 0.10 0.11 0.11 0.12 0.07 0.20 0.14 0.23 0.16 0.25 0.14 0.11 0.13 0.10 0.13 0.06 0.08 0.13 0.08
C5' 0.09 0.15 0.08 0.07 0.10 0.07 0.14 0.05 0.18 0.12 0.18 0.11 0.23 0.15 0.08 0.08 0.06 0.10 0.04 0.06 0.12 0.06
C6 0.11 0.22 0.10 0.08 0.13 0.09 0.16 0.06 0.22 0.12 0.24 0.17 0.26 0.15 0.09 0.11 0.08 0.11 0.07 0.08 0.12 0.08
N1 0.08 0.21 0.08 0.07 0.13 0.08 0.16 0.06 0.22 0.11 0.23 0.17 0.25 0.15 0.07 0.09 0.07 0.10 0.05 0.04 0.09 0.05
N3 0.16 0.20 0.15 0.15 0.09 0.15 0.12 0.12 0.18 0.18 0.21 0.15 0.21 0.16 0.13 0.17 0.15 0.16 0.10 0.09 0.15 0.10
N4 0.18 0.17 0.18 0.16 0.12 0.16 0.11 0.11 0.12 0.20 0.18 0.14 0.17 0.18 0.17 0.20 0.16 0.17 0.09 0.09 0.15 0.09
O2 0.13 0.21 0.13 0.15 0.14 0.16 0.17 0.16 0.20 0.18 0.22 0.17 0.22 0.19 0.13 0.13 0.15 0.15 0.15 0.13 0.16 0.14
O2' 0.10 0.20 0.10 0.11 0.17 0.10 0.19 0.11 0.21 0.14 0.22 0.18 0.23 0.18 0.13 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.05 0.06
O3' 0.05 0.13 0.04 0.04 0.11 0.05 0.15 0.04 0.18 0.11 0.16 0.10 0.21 0.16 0.07 0.05 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.07 0.20 0.06 0.06 0.12 0.07 0.16 0.05 0.21 0.11 0.22 0.16 0.24 0.15 0.07 0.07 0.06 0.08 0.04 0.02 0.06 0.01
O5' 0.13 0.13 0.13 0.11 0.10 0.12 0.14 0.09 0.17 0.17 0.17 0.10 0.22 0.17 0.12 0.13 0.11 0.14 0.09 0.11 0.16 0.11
OP1 0.37 0.47 0.24 0.10 0.41 0.14 0.39 0.07 0.41 0.33 0.45 0.45 0.39 0.34 0.37 0.29 0.07 0.33 0.15 0.48 0.44 0.34
OP2 0.32 0.72 0.33 0.25 0.56 0.18 0.64 0.11 0.77 0.38 0.80 0.61 0.86 0.53 0.42 0.31 0.22 0.22 0.14 0.13 0.13 0.08
P 0.18 0.14 0.15 0.11 0.15 0.12 0.17 0.07 0.18 0.21 0.16 0.13 0.22 0.21 0.18 0.16 0.09 0.18 0.07 0.11 0.14 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.04 0.10 0.12 0.15 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.06 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.11 0.12 0.13 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.14 0.16 0.18 0.15
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.04 0.11 0.11 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.14 0.17 0.20 0.17
C8 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.14 0.15 0.13 0.13
N1 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.03 0.12 0.15 0.18 0.15
N3 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.04 0.09 0.10 0.12 0.10
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.16 0.20 0.23 0.20
N7 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.15 0.18 0.19 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.10 0.09
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.07 0.09 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02
O5' 0.05 0.10 0.03 0.03 0.11 0.01 0.14 0.01 0.14 0.14 0.12 0.09 0.16 0.15 0.09 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.12 0.07 0.07 0.12 0.05 0.16 0.04 0.17 0.15 0.15 0.10 0.20 0.18 0.10 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.15 0.05 0.05 0.13 0.02 0.18 0.01 0.20 0.13 0.18 0.12 0.23 0.19 0.10 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.04 0.04 0.11 0.01 0.15 0.01 0.17 0.13 0.15 0.10 0.20 0.17 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00