ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51673

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 1, 2, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.014, 0.027, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.043, 0.074, 0.106, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.074 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.048, 0.087, 0.126, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.087 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.085, 0.160, 0.236, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.160 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.081, 0.186, 0.291, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.186 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.164, 0.282, 0.399, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.282 std_dev=0.118
C3' A 0, 0.171, 0.327, 0.483, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.327 std_dev=0.156
O5' A 0, 0.302, 0.498, 0.695, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.498 std_dev=0.197
O2' A 0, 0.072, 0.288, 0.504, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.288 std_dev=0.216
O5' B 0, 0.283, 0.520, 0.757, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.520 std_dev=0.237
C4 B 0, 0.206, 0.445, 0.684, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.445 std_dev=0.239
C5 B 0, 0.186, 0.431, 0.675, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.431 std_dev=0.244
N9 B 0, 0.200, 0.453, 0.706, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.453 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.261, 0.517, 0.773, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.517 std_dev=0.256
P B 0, 0.275, 0.544, 0.814, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.544 std_dev=0.269
N7 B 0, 0.176, 0.449, 0.723, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.449 std_dev=0.274
C1' B 0, 0.227, 0.501, 0.775, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.501 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.233, 0.510, 0.788, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.510 std_dev=0.277
O3' A 0, 0.219, 0.502, 0.785, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.502 std_dev=0.283
C8 B 0, 0.183, 0.466, 0.749, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.466 std_dev=0.283
O4' B 0, 0.175, 0.466, 0.756, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.466 std_dev=0.290
C6 B 0, 0.197, 0.490, 0.782, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.490 std_dev=0.293
C2 B 0, 0.247, 0.551, 0.856, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.551 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.231, 0.550, 0.868, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.550 std_dev=0.319
P A 0, 0.312, 0.652, 0.993, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.652 std_dev=0.341
N6 B 0, 0.218, 0.569, 0.921, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.569 std_dev=0.352
C4' B 0, 0.228, 0.590, 0.952, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.590 std_dev=0.362
C2' B 0, 0.248, 0.630, 1.013, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.630 std_dev=0.383
C3' B 0, 0.264, 0.676, 1.087, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.676 std_dev=0.411
C5' B 0, 0.225, 0.657, 1.090, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.657 std_dev=0.433
OP1 B 0, 0.346, 0.792, 1.239, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.792 std_dev=0.447
OP2 B 0, 0.333, 0.821, 1.309, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.821 std_dev=0.488
O3' B 0, 0.520, 1.050, 1.581, 1.835 max_d=1.835 avg_d=1.050 std_dev=0.531
O2' B 0, 0.337, 0.874, 1.411, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.874 std_dev=0.537
OP1 A 0, 0.706, 1.670, 2.635, 2.756 max_d=2.756 avg_d=1.670 std_dev=0.965
OP2 A 0, 1.287, 2.386, 3.485, 3.732 max_d=3.732 avg_d=2.386 std_dev=1.099

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.16 0.38 0.22 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.03 0.24 0.48 0.49 0.22
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.02 0.06 0.06 0.13 0.00 0.01 0.01 0.04 0.15 0.20 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.06 0.06 0.09 0.11 0.02 0.01 0.02 0.10 0.20 0.19 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.05 0.28 0.59 0.72 0.29
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.18 0.15 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.16 0.07 0.28 0.62 0.72 0.30
C5' 0.05 0.13 0.03 0.01 0.20 0.01 0.23 0.00 0.21 0.14 0.16 0.21 0.11 0.05 0.05 0.02 0.01 0.26 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.15 0.07 0.27 0.57 0.55 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.23 0.48 0.43 0.20
N3 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.26 0.54 0.62 0.26
N4 0.03 0.02 0.06 0.09 0.01 0.06 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.13 0.06 0.28 0.62 0.80 0.31
O2 0.04 0.01 0.13 0.11 0.02 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.14 0.06 0.21 0.43 0.41 0.19
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.15 0.00 0.05 0.06 0.07 0.16 0.15 0.08
O3' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.11 0.02 0.16 0.05 0.15 0.05 0.07 0.13 0.14 0.05 0.00 0.03 0.25 0.45 0.30 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.03 0.06 0.06 0.06 0.03 0.00 0.22 0.47 0.12 0.18
O5' 0.16 0.24 0.04 0.10 0.28 0.01 0.28 0.01 0.27 0.23 0.26 0.28 0.21 0.07 0.25 0.22 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.38 0.48 0.15 0.20 0.59 0.18 0.62 0.26 0.57 0.48 0.54 0.62 0.43 0.16 0.45 0.47 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.49 0.20 0.19 0.72 0.15 0.72 0.28 0.55 0.43 0.62 0.80 0.41 0.15 0.30 0.12 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.22 0.05 0.10 0.29 0.03 0.30 0.02 0.25 0.20 0.26 0.31 0.19 0.08 0.22 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.20 0.24 0.32 0.14 0.33 0.21 0.44 0.26 0.28 0.25 0.15 0.33 0.28 0.19 0.26 0.35 0.29 0.34 0.09 0.14 0.09
C2 0.28 0.20 0.27 0.28 0.15 0.28 0.16 0.32 0.20 0.29 0.22 0.16 0.25 0.24 0.24 0.30 0.30 0.28 0.34 0.13 0.30 0.15
C2' 0.17 0.24 0.23 0.31 0.17 0.32 0.23 0.45 0.27 0.27 0.27 0.19 0.33 0.29 0.16 0.21 0.35 0.24 0.36 0.15 0.16 0.14
C3' 0.20 0.26 0.26 0.25 0.21 0.23 0.27 0.31 0.31 0.25 0.29 0.22 0.37 0.31 0.18 0.23 0.28 0.24 0.16 0.05 0.09 0.01
C4 0.26 0.22 0.25 0.30 0.18 0.24 0.16 0.25 0.17 0.29 0.24 0.19 0.24 0.25 0.24 0.27 0.24 0.25 0.39 0.20 0.31 0.20
C4' 0.17 0.24 0.24 0.25 0.18 0.25 0.26 0.35 0.31 0.25 0.29 0.19 0.39 0.31 0.16 0.21 0.30 0.22 0.14 0.12 0.18 0.06
C5 0.23 0.24 0.21 0.31 0.16 0.25 0.17 0.28 0.25 0.26 0.28 0.19 0.34 0.23 0.21 0.23 0.25 0.25 0.42 0.21 0.27 0.22
C5' 0.19 0.28 0.27 0.23 0.23 0.22 0.31 0.27 0.38 0.27 0.35 0.23 0.46 0.35 0.21 0.25 0.27 0.23 0.08 0.32 0.34 0.19
C6 0.22 0.23 0.21 0.30 0.15 0.27 0.19 0.33 0.27 0.26 0.28 0.17 0.36 0.24 0.19 0.22 0.28 0.26 0.41 0.18 0.21 0.20
N1 0.24 0.21 0.23 0.29 0.14 0.29 0.18 0.36 0.24 0.27 0.25 0.16 0.32 0.25 0.20 0.25 0.30 0.28 0.37 0.12 0.21 0.14
N3 0.28 0.20 0.28 0.29 0.18 0.25 0.16 0.26 0.16 0.29 0.21 0.18 0.22 0.25 0.25 0.31 0.27 0.26 0.35 0.16 0.33 0.17
N4 0.26 0.24 0.27 0.32 0.20 0.23 0.19 0.22 0.14 0.29 0.22 0.21 0.17 0.27 0.25 0.29 0.24 0.24 0.39 0.23 0.33 0.22
O2 0.30 0.22 0.30 0.28 0.17 0.31 0.17 0.34 0.20 0.29 0.22 0.18 0.24 0.24 0.25 0.36 0.37 0.30 0.31 0.14 0.34 0.16
O2' 0.20 0.26 0.27 0.40 0.19 0.43 0.24 0.61 0.27 0.29 0.27 0.22 0.32 0.30 0.19 0.28 0.46 0.29 0.40 0.27 0.16 0.20
O3' 0.24 0.27 0.32 0.27 0.23 0.25 0.27 0.32 0.30 0.26 0.28 0.25 0.35 0.31 0.21 0.26 0.32 0.28 0.02 0.02 0.02 0.00
O4' 0.20 0.22 0.23 0.28 0.16 0.29 0.24 0.39 0.30 0.25 0.28 0.16 0.38 0.29 0.17 0.23 0.31 0.24 0.24 0.08 0.17 0.03
O5' 0.25 0.41 0.29 0.26 0.33 0.21 0.41 0.21 0.49 0.31 0.47 0.34 0.57 0.40 0.28 0.30 0.28 0.26 0.26 0.28 0.32 0.23
OP1 0.40 0.52 0.50 0.53 0.45 0.44 0.51 0.50 0.60 0.45 0.59 0.45 0.68 0.50 0.41 0.54 0.63 0.40 0.53 0.83 0.69 0.62
OP2 0.35 0.75 0.43 0.38 0.60 0.28 0.70 0.30 0.86 0.44 0.86 0.63 0.99 0.62 0.45 0.47 0.37 0.26 0.40 0.44 0.47 0.35
P 0.25 0.47 0.31 0.29 0.38 0.21 0.47 0.20 0.57 0.33 0.56 0.39 0.68 0.44 0.30 0.34 0.32 0.25 0.26 0.31 0.38 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.19 0.15 0.48 0.19
C2 0.04 0.00 0.17 0.18 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.20 0.26 0.11 0.31 0.24 0.48 0.26
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.03 0.07 0.14 0.10 0.08 0.15 0.17 0.09 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.37 0.36 0.47 0.32
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.17 0.01 0.22 0.02 0.23 0.22 0.21 0.15 0.26 0.25 0.14 0.03 0.02 0.02 0.30 0.26 0.29 0.14
C4 0.02 0.01 0.10 0.17 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.16 0.07 0.32 0.24 0.49 0.25
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.12 0.04 0.04 0.10 0.11 0.05 0.21 0.04 0.01 0.03 0.13 0.38 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.22 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.18 0.05 0.39 0.31 0.48 0.30
C5' 0.07 0.11 0.14 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.17 0.19 0.14 0.10 0.21 0.20 0.12 0.11 0.14 0.01 0.01 0.16 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.23 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.21 0.08 0.40 0.33 0.48 0.32
C8 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.16 0.18 0.06 0.40 0.29 0.49 0.29
N1 0.03 0.00 0.15 0.21 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.21 0.23 0.10 0.36 0.29 0.48 0.30
N3 0.04 0.00 0.17 0.15 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.25 0.11 0.27 0.21 0.48 0.23
N6 0.03 0.02 0.09 0.26 0.02 0.10 0.02 0.21 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.21 0.24 0.07 0.44 0.39 0.48 0.37
N7 0.01 0.01 0.05 0.25 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.21 0.04 0.43 0.35 0.48 0.34
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.10 0.02 0.30 0.22 0.49 0.23
O2' 0.03 0.20 0.01 0.03 0.16 0.21 0.18 0.11 0.20 0.16 0.21 0.18 0.21 0.18 0.12 0.00 0.09 0.14 0.24 0.30 0.51 0.26
O3' 0.18 0.26 0.04 0.02 0.16 0.04 0.18 0.14 0.21 0.18 0.23 0.25 0.24 0.21 0.10 0.09 0.00 0.16 0.30 0.39 0.32 0.24
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.06 0.10 0.11 0.07 0.04 0.02 0.14 0.16 0.00 0.12 0.14 0.50 0.22
O5' 0.19 0.31 0.37 0.30 0.32 0.03 0.39 0.01 0.40 0.40 0.36 0.27 0.44 0.43 0.30 0.24 0.30 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.15 0.24 0.36 0.26 0.24 0.13 0.31 0.16 0.33 0.29 0.29 0.21 0.39 0.35 0.22 0.30 0.39 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 0.48 0.47 0.29 0.49 0.38 0.48 0.31 0.48 0.49 0.48 0.48 0.48 0.48 0.49 0.51 0.32 0.50 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.26 0.32 0.14 0.25 0.08 0.30 0.02 0.32 0.29 0.30 0.23 0.37 0.34 0.23 0.26 0.24 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00