ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51674

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.016, 0.037, 0.057, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.037 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.019, 0.049, 0.079, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.049 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.028, 0.059, 0.089, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.059 std_dev=0.031
O2' A 0, 0.049, 0.100, 0.151, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.049, 0.110, 0.170, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.110 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.034, 0.099, 0.163, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.099 std_dev=0.064
C8 B 0, 0.120, 0.199, 0.277, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.199 std_dev=0.078
N9 B 0, 0.111, 0.192, 0.274, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.192 std_dev=0.082
N7 B 0, 0.131, 0.218, 0.305, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.218 std_dev=0.087
O3' B 0, 0.070, 0.159, 0.247, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.159 std_dev=0.089
C4 B 0, 0.118, 0.206, 0.295, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.206 std_dev=0.089
O3' A 0, 0.077, 0.167, 0.258, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.167 std_dev=0.090
C1' B 0, 0.098, 0.189, 0.281, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.189 std_dev=0.091
O4' B 0, 0.110, 0.203, 0.295, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.203 std_dev=0.092
C5 B 0, 0.123, 0.216, 0.308, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.216 std_dev=0.093
C3' B 0, 0.080, 0.177, 0.273, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.177 std_dev=0.097
N3 B 0, 0.122, 0.221, 0.320, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.221 std_dev=0.099
P A 0, 0.090, 0.194, 0.298, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.194 std_dev=0.104
C2 B 0, 0.124, 0.236, 0.347, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.236 std_dev=0.112
C6 B 0, 0.124, 0.239, 0.353, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.239 std_dev=0.115
C2' B 0, 0.123, 0.244, 0.364, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.244 std_dev=0.121
N1 B 0, 0.122, 0.247, 0.371, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.247 std_dev=0.125
O5' A 0, 0.102, 0.232, 0.362, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.232 std_dev=0.130
C5' A 0, 0.059, 0.189, 0.319, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.189 std_dev=0.130
C4' B 0, 0.073, 0.204, 0.335, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.204 std_dev=0.131
N6 B 0, 0.132, 0.268, 0.404, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.268 std_dev=0.136
O5' B 0, 0.100, 0.241, 0.382, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.241 std_dev=0.141
OP2 A 0, 0.101, 0.256, 0.410, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.256 std_dev=0.154
P B 0, 0.089, 0.252, 0.415, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.252 std_dev=0.163
OP2 B 0, 0.126, 0.314, 0.502, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.314 std_dev=0.188
C5' B 0, 0.064, 0.260, 0.455, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.260 std_dev=0.196
OP1 A 0, 0.117, 0.326, 0.535, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.326 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.095, 0.309, 0.522, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.309 std_dev=0.213
O2' B 0, 0.088, 0.354, 0.620, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.354 std_dev=0.266

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.08 0.08 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.05 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.08 0.09 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.10 0.11 0.09 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.11 0.09 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.09 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.09 0.08 0.09 0.05
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.10 0.07 0.09 0.04
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.09 0.08 0.06
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.05 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.03
O5' 0.04 0.08 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.08 0.11 0.10 0.08 0.06 0.11 0.02 0.11 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.08 0.05 0.04 0.09 0.04 0.09 0.04 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.07 0.12 0.09 0.07 0.09 0.06 0.06 0.10 0.07 0.17 0.08
C2 0.05 0.08 0.09 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.13 0.05 0.06 0.12 0.11 0.19 0.11
C2' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.13 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.18 0.08
C3' 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.16 0.05
C4 0.05 0.08 0.11 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.04 0.06 0.05 0.14 0.05 0.07 0.12 0.14 0.19 0.12
C4' 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.08 0.07 0.12 0.09 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.09 0.14 0.05
C5 0.06 0.07 0.10 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.06 0.11 0.09 0.18 0.09
C5' 0.07 0.10 0.10 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.12 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.12 0.12 0.04
C6 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.10 0.08 0.17 0.08
N1 0.06 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.10 0.08 0.06 0.10 0.05 0.06 0.11 0.08 0.18 0.09
N3 0.05 0.08 0.11 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.04 0.16 0.05 0.06 0.12 0.15 0.19 0.12
N4 0.07 0.09 0.14 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.05 0.06 0.18 0.05 0.09 0.13 0.19 0.18 0.13
O2 0.05 0.09 0.09 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.05 0.13 0.04 0.06 0.12 0.12 0.19 0.11
O2' 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.10 0.10 0.09 0.14 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.18 0.08
O3' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.16 0.05
O4' 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.12 0.09 0.06 0.09 0.06 0.06 0.09 0.09 0.16 0.07
O5' 0.09 0.11 0.14 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.17 0.12 0.07
OP1 0.13 0.16 0.15 0.14 0.13 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.14 0.15 0.14 0.12 0.12 0.14 0.14 0.13 0.08 0.11 0.19 0.09
OP2 0.11 0.11 0.14 0.13 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.13 0.13 0.11 0.09 0.12 0.17 0.11
P 0.07 0.10 0.12 0.10 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.10 0.11 0.08 0.07 0.10 0.09 0.07 0.05 0.12 0.14 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.15 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05 0.08 0.12 0.12 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.21 0.08 0.10
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.17 0.03 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.08 0.13 0.11 0.05
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.12 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.10 0.13 0.14 0.08
C5' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.10 0.11 0.15 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.03 0.02 0.11 0.16 0.13 0.09
N1 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.09 0.10 0.14 0.06
N3 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.05 0.08 0.13 0.10 0.05
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.12 0.12 0.17 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.03 0.02 0.12 0.16 0.14 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.15 0.11 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.06 0.03 0.14 0.02 0.06 0.06 0.12 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.19 0.06 0.07
O3' 0.05 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.08 0.15 0.04 0.07
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.14 0.08 0.05
O5' 0.04 0.08 0.06 0.05 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.12 0.08 0.04 0.08 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.15 0.12 0.21 0.17 0.13 0.12 0.13 0.06 0.11 0.16 0.10 0.13 0.12 0.16 0.15 0.19 0.15 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.12 0.08 0.03 0.11 0.05 0.14 0.03 0.15 0.13 0.14 0.10 0.17 0.14 0.11 0.06 0.04 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.10 0.07 0.05 0.04 0.08 0.01 0.08 0.09 0.06 0.05 0.10 0.10 0.06 0.07 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00