ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51676

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.025, 0.045, 0.065, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.045 std_dev=0.020
N3 B 0, 0.191, 0.378, 0.565, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.378 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.148, 0.367, 0.586, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.367 std_dev=0.219
O4' A 0, -0.031, 0.225, 0.480, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.225 std_dev=0.255
N9 B 0, 0.169, 0.431, 0.693, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.431 std_dev=0.262
C2' A 0, -0.019, 0.261, 0.541, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.261 std_dev=0.280
C2 B 0, 0.182, 0.490, 0.798, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.490 std_dev=0.308
C8 B 0, 0.212, 0.544, 0.876, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.544 std_dev=0.332
C1' B 0, 0.174, 0.557, 0.940, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.557 std_dev=0.383
C5 B 0, 0.086, 0.480, 0.874, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.480 std_dev=0.394
N7 B 0, 0.155, 0.582, 1.009, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.582 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.131, 0.566, 1.002, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.566 std_dev=0.436
C4' A 0, -0.023, 0.432, 0.887, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.432 std_dev=0.455
C5' A 0, 0.092, 0.566, 1.040, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.566 std_dev=0.474
O2' A 0, -0.006, 0.507, 1.020, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.507 std_dev=0.513
N1 B 0, 0.083, 0.604, 1.124, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.604 std_dev=0.521
C3' A 0, -0.042, 0.521, 1.084, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.521 std_dev=0.563
C6 B 0, 0.004, 0.585, 1.166, 2.018 max_d=2.018 avg_d=0.585 std_dev=0.581
C2' B 0, 0.153, 0.779, 1.405, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.779 std_dev=0.626
C4' B 0, 0.061, 0.849, 1.637, 2.726 max_d=2.726 avg_d=0.849 std_dev=0.788
O2' B 0, 0.125, 0.921, 1.716, 2.705 max_d=2.705 avg_d=0.921 std_dev=0.796
N6 B 0, -0.121, 0.736, 1.594, 2.862 max_d=2.862 avg_d=0.736 std_dev=0.857
C5' B 0, 0.052, 0.926, 1.801, 3.021 max_d=3.021 avg_d=0.926 std_dev=0.874
O5' A 0, 0.162, 1.043, 1.924, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.043 std_dev=0.881
C3' B 0, 0.049, 0.955, 1.861, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.955 std_dev=0.906
O3' A 0, -0.144, 0.803, 1.750, 3.189 max_d=3.189 avg_d=0.803 std_dev=0.947
OP2 A 0, 0.492, 1.475, 2.458, 3.185 max_d=3.185 avg_d=1.475 std_dev=0.983
P A 0, 0.417, 1.404, 2.392, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.404 std_dev=0.988
OP1 A 0, 0.606, 1.641, 2.676, 3.406 max_d=3.406 avg_d=1.641 std_dev=1.035
O5' B 0, -0.181, 1.097, 2.376, 4.344 max_d=4.344 avg_d=1.097 std_dev=1.278
P B 0, -0.124, 1.185, 2.494, 4.429 max_d=4.429 avg_d=1.185 std_dev=1.309
O3' B 0, -0.034, 1.281, 2.595, 4.535 max_d=4.535 avg_d=1.281 std_dev=1.314
OP2 B 0, -0.009, 1.334, 2.676, 4.554 max_d=4.554 avg_d=1.334 std_dev=1.343
OP1 B 0, -0.109, 1.587, 3.283, 5.692 max_d=5.692 avg_d=1.587 std_dev=1.696

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.28 0.00 0.46 0.47 0.41 0.46
C2 0.02 0.00 0.16 0.16 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.20 0.06 0.62 0.62 0.62 0.65
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.20 0.11 0.03 0.13 0.06 0.26 0.00 0.02 0.02 0.47 0.46 0.48 0.47
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.28 0.00 0.29 0.01 0.26 0.16 0.22 0.30 0.12 0.03 0.01 0.02 0.15 0.31 0.20 0.16
C4 0.01 0.00 0.05 0.28 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.08 0.03 0.76 0.77 0.79 0.81
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.16 0.08 0.07 0.13 0.04 0.21 0.02 0.00 0.02 0.24 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.29 0.00 0.17 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.14 0.08 0.79 0.79 0.79 0.82
C5' 0.07 0.10 0.20 0.01 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.13 0.19 0.08 0.08 0.16 0.02 0.00 0.37 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.26 0.00 0.16 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.11 0.10 0.74 0.71 0.66 0.72
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.12 0.02 0.62 0.61 0.56 0.62
N3 0.02 0.00 0.13 0.22 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.13 0.04 0.69 0.70 0.72 0.74
N4 0.02 0.01 0.06 0.30 0.00 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.11 0.03 0.79 0.82 0.85 0.85
O2 0.03 0.00 0.26 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.35 0.10 0.53 0.54 0.55 0.58
O2' 0.01 0.11 0.00 0.03 0.27 0.21 0.33 0.08 0.30 0.16 0.17 0.29 0.16 0.00 0.07 0.14 0.33 0.33 0.52 0.37
O3' 0.28 0.20 0.02 0.01 0.08 0.02 0.14 0.16 0.11 0.12 0.13 0.11 0.35 0.07 0.00 0.21 0.32 0.55 0.41 0.37
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.04 0.03 0.10 0.14 0.21 0.00 0.36 0.43 0.24 0.35
O5' 0.46 0.62 0.47 0.15 0.76 0.02 0.79 0.00 0.74 0.62 0.69 0.79 0.53 0.33 0.32 0.36 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.47 0.62 0.46 0.31 0.77 0.24 0.79 0.37 0.71 0.61 0.70 0.82 0.54 0.33 0.55 0.43 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.62 0.48 0.20 0.79 0.20 0.79 0.37 0.66 0.56 0.72 0.85 0.55 0.52 0.41 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.46 0.65 0.47 0.16 0.81 0.03 0.82 0.02 0.72 0.62 0.74 0.85 0.58 0.37 0.37 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.14 0.18 0.14 0.16 0.18 0.24 0.13 0.24 0.27 0.18 0.13 0.30 0.32 0.18 0.21 0.16 0.20 0.35 0.31 0.37 0.34
C2 0.22 0.19 0.23 0.19 0.19 0.26 0.30 0.19 0.32 0.28 0.25 0.16 0.39 0.37 0.18 0.31 0.27 0.22 0.31 0.27 0.28 0.25
C2' 0.30 0.21 0.31 0.34 0.24 0.35 0.22 0.36 0.20 0.28 0.19 0.24 0.21 0.26 0.27 0.37 0.35 0.32 0.14 0.10 0.34 0.08
C3' 0.34 0.47 0.37 0.41 0.48 0.30 0.55 0.33 0.56 0.55 0.52 0.44 0.59 0.60 0.45 0.36 0.39 0.28 0.18 0.03 0.10 0.03
C4 0.11 0.22 0.10 0.09 0.22 0.12 0.42 0.10 0.48 0.29 0.36 0.15 0.60 0.48 0.13 0.22 0.10 0.13 0.10 0.11 0.35 0.16
C4' 0.21 0.36 0.23 0.29 0.37 0.19 0.50 0.26 0.53 0.48 0.45 0.31 0.61 0.59 0.34 0.21 0.27 0.18 0.07 0.04 0.11 0.03
C5 0.07 0.20 0.08 0.15 0.20 0.08 0.39 0.15 0.44 0.31 0.32 0.13 0.57 0.50 0.14 0.14 0.12 0.10 0.17 0.21 0.45 0.25
C5' 0.23 0.47 0.30 0.39 0.46 0.23 0.61 0.34 0.66 0.53 0.58 0.40 0.77 0.68 0.39 0.24 0.40 0.15 0.22 0.22 0.37 0.25
C6 0.12 0.16 0.11 0.15 0.18 0.11 0.33 0.15 0.36 0.31 0.26 0.12 0.46 0.44 0.15 0.14 0.13 0.14 0.12 0.14 0.35 0.19
N1 0.17 0.15 0.16 0.11 0.18 0.16 0.29 0.10 0.30 0.30 0.23 0.13 0.38 0.39 0.17 0.21 0.14 0.18 0.18 0.14 0.24 0.15
N3 0.19 0.22 0.20 0.16 0.21 0.23 0.36 0.16 0.41 0.27 0.33 0.17 0.50 0.41 0.15 0.32 0.24 0.20 0.19 0.17 0.25 0.16
N4 0.12 0.27 0.10 0.11 0.23 0.13 0.45 0.12 0.57 0.28 0.44 0.19 0.73 0.48 0.14 0.24 0.11 0.14 0.15 0.17 0.42 0.22
O2 0.30 0.20 0.34 0.35 0.20 0.41 0.25 0.34 0.27 0.27 0.23 0.20 0.32 0.31 0.21 0.41 0.45 0.31 0.55 0.49 0.44 0.46
O2' 0.24 0.39 0.23 0.17 0.42 0.13 0.54 0.14 0.54 0.56 0.47 0.35 0.60 0.63 0.40 0.15 0.12 0.18 0.24 0.20 0.77 0.29
O3' 0.16 0.31 0.20 0.27 0.32 0.15 0.42 0.23 0.44 0.40 0.38 0.27 0.50 0.48 0.29 0.18 0.28 0.13 0.01 0.03 0.03 0.01
O4' 0.15 0.19 0.12 0.09 0.22 0.13 0.36 0.09 0.39 0.35 0.30 0.15 0.49 0.46 0.20 0.17 0.09 0.16 0.24 0.23 0.17 0.20
O5' 0.39 0.59 0.33 0.37 0.54 0.25 0.62 0.34 0.67 0.54 0.64 0.53 0.74 0.65 0.48 0.30 0.39 0.33 0.31 0.49 0.57 0.43
OP1 0.38 0.48 0.43 0.62 0.47 0.47 0.55 0.63 0.59 0.52 0.55 0.44 0.67 0.60 0.44 0.37 0.72 0.39 0.65 0.91 1.05 0.82
OP2 0.33 0.55 0.29 0.40 0.46 0.23 0.55 0.36 0.64 0.41 0.61 0.48 0.75 0.56 0.37 0.27 0.44 0.28 0.46 0.66 0.90 0.62
P 0.35 0.55 0.30 0.40 0.48 0.25 0.58 0.38 0.64 0.48 0.61 0.49 0.75 0.61 0.41 0.27 0.45 0.30 0.41 0.62 0.82 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.13 0.15 0.14 0.10
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.14 0.02 0.37 0.37 0.32 0.34
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.21 0.24 0.04 0.15
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.13 0.13 0.13 0.12 0.14 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.28 0.31 0.08 0.22
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.37 0.35 0.27 0.32
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.10 0.07 0.05 0.10 0.11 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.13 0.20 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02 0.48 0.45 0.40 0.43
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.17 0.14 0.09 0.19 0.19 0.10 0.06 0.03 0.01 0.01 0.15 0.27 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.13 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.02 0.50 0.49 0.46 0.47
C8 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.14 0.03 0.46 0.40 0.29 0.38
N1 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.02 0.45 0.45 0.42 0.42
N3 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.13 0.02 0.31 0.31 0.24 0.28
N6 0.01 0.00 0.05 0.14 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.16 0.03 0.55 0.55 0.55 0.54
N7 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.16 0.03 0.52 0.49 0.43 0.48
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.33 0.30 0.19 0.26
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.03 0.14 0.15 0.10 0.04 0.04 0.00 0.06 0.07 0.13 0.22 0.07 0.12
O3' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.09 0.02 0.12 0.03 0.13 0.14 0.13 0.13 0.16 0.16 0.07 0.06 0.00 0.02 0.24 0.35 0.16 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.07 0.09 0.27 0.10
O5' 0.13 0.37 0.21 0.28 0.37 0.01 0.48 0.01 0.50 0.46 0.45 0.31 0.55 0.52 0.33 0.13 0.24 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 0.37 0.24 0.31 0.35 0.13 0.45 0.15 0.49 0.40 0.45 0.31 0.55 0.49 0.30 0.22 0.35 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.32 0.04 0.08 0.27 0.20 0.40 0.27 0.46 0.29 0.42 0.24 0.55 0.43 0.19 0.07 0.16 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.34 0.15 0.22 0.32 0.01 0.43 0.02 0.47 0.38 0.42 0.28 0.54 0.48 0.26 0.12 0.24 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00