ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51677

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.011, 0.032, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.015, 0.039, 0.062, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.023
O2' A 0, 0.035, 0.076, 0.116, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.076 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.051, 0.096, 0.142, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.096 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.053, 0.120, 0.188, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.120 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.079, 0.175, 0.271, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.175 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.074, 0.176, 0.278, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.176 std_dev=0.102
C6 B 0, 0.077, 0.218, 0.360, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.218 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.120, 0.263, 0.406, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.263 std_dev=0.143
N6 B 0, 0.082, 0.231, 0.380, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.231 std_dev=0.149
C5 B 0, 0.098, 0.250, 0.401, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.250 std_dev=0.151
O3' A 0, 0.118, 0.271, 0.424, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.271 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.125, 0.298, 0.472, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.298 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.083, 0.257, 0.430, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.257 std_dev=0.173
N7 B 0, 0.148, 0.325, 0.503, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.325 std_dev=0.178
N3 B 0, 0.125, 0.306, 0.486, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.306 std_dev=0.181
C4 B 0, 0.098, 0.280, 0.463, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.280 std_dev=0.182
O5' A 0, 0.185, 0.395, 0.605, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.395 std_dev=0.210
N9 B 0, 0.113, 0.352, 0.590, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.352 std_dev=0.238
C8 B 0, 0.140, 0.380, 0.620, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.380 std_dev=0.240
OP2 A 0, 0.123, 0.374, 0.625, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.374 std_dev=0.251
P A 0, 0.199, 0.459, 0.719, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.459 std_dev=0.260
C1' B 0, 0.142, 0.426, 0.711, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.426 std_dev=0.284
O4' B 0, 0.103, 0.398, 0.693, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.398 std_dev=0.295
C5' B 0, 0.299, 0.594, 0.889, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.594 std_dev=0.295
C4' B 0, 0.201, 0.510, 0.818, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.510 std_dev=0.309
OP1 A 0, 0.236, 0.555, 0.875, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.555 std_dev=0.319
C2' B 0, 0.198, 0.570, 0.942, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.570 std_dev=0.372
C3' B 0, 0.219, 0.608, 0.998, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.608 std_dev=0.390
O2' B 0, 0.289, 0.682, 1.075, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.682 std_dev=0.393
OP1 B 0, 0.326, 0.754, 1.182, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.754 std_dev=0.428
O3' B 0, 0.327, 0.784, 1.240, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.784 std_dev=0.457
O5' B 0, 0.303, 0.817, 1.331, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.817 std_dev=0.514
P B 0, 0.087, 0.674, 1.261, 2.070 max_d=2.070 avg_d=0.674 std_dev=0.587
OP2 B 0, -0.261, 0.735, 1.730, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.735 std_dev=0.995

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.12 0.12 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.13 0.15 0.16 0.14
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.14 0.15 0.13
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.11 0.11 0.11 0.10
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.09 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.12 0.15 0.16 0.13
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.14 0.17 0.18 0.15
O2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.08 0.10 0.11 0.08
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.08 0.06 0.09 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03
O5' 0.06 0.10 0.03 0.01 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.09 0.12 0.14 0.08 0.02 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.12 0.05 0.05 0.15 0.04 0.14 0.06 0.11 0.09 0.15 0.17 0.10 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.12 0.06 0.04 0.16 0.05 0.15 0.08 0.11 0.10 0.16 0.18 0.11 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.04 0.03 0.14 0.01 0.13 0.00 0.10 0.08 0.13 0.15 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.27 0.09 0.06 0.12 0.08 0.10 0.06 0.19 0.16 0.27 0.20 0.18 0.12 0.08 0.14 0.06 0.09 0.20 0.34 0.26 0.17
C2 0.19 0.27 0.20 0.18 0.10 0.18 0.06 0.18 0.16 0.28 0.27 0.19 0.14 0.21 0.17 0.21 0.18 0.18 0.25 0.41 0.31 0.24
C2' 0.09 0.24 0.07 0.05 0.13 0.07 0.12 0.05 0.19 0.13 0.24 0.19 0.19 0.10 0.08 0.12 0.05 0.09 0.21 0.33 0.25 0.17
C3' 0.11 0.19 0.08 0.05 0.11 0.09 0.11 0.08 0.16 0.13 0.20 0.15 0.16 0.10 0.09 0.11 0.05 0.11 0.16 0.29 0.17 0.12
C4 0.24 0.22 0.26 0.25 0.14 0.24 0.13 0.24 0.07 0.31 0.23 0.15 0.08 0.26 0.24 0.25 0.25 0.22 0.20 0.36 0.19 0.18
C4' 0.11 0.20 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.07 0.15 0.14 0.21 0.16 0.15 0.12 0.09 0.12 0.05 0.10 0.17 0.29 0.19 0.13
C5 0.19 0.21 0.20 0.17 0.09 0.18 0.07 0.18 0.10 0.24 0.23 0.13 0.12 0.20 0.17 0.20 0.17 0.17 0.15 0.31 0.11 0.11
C5' 0.10 0.19 0.08 0.05 0.11 0.09 0.10 0.08 0.15 0.13 0.20 0.15 0.15 0.11 0.09 0.11 0.05 0.10 0.11 0.24 0.14 0.10
C6 0.15 0.23 0.15 0.11 0.07 0.13 0.04 0.13 0.15 0.21 0.25 0.15 0.17 0.16 0.13 0.17 0.11 0.14 0.16 0.30 0.13 0.11
N1 0.15 0.26 0.14 0.11 0.09 0.13 0.06 0.12 0.17 0.22 0.27 0.18 0.17 0.16 0.12 0.17 0.11 0.14 0.20 0.35 0.23 0.17
N3 0.25 0.26 0.27 0.25 0.13 0.25 0.11 0.25 0.10 0.34 0.25 0.17 0.09 0.27 0.25 0.26 0.26 0.23 0.25 0.41 0.28 0.24
N4 0.29 0.19 0.33 0.32 0.21 0.30 0.20 0.30 0.08 0.34 0.17 0.17 0.08 0.30 0.29 0.31 0.33 0.26 0.22 0.37 0.18 0.19
O2 0.19 0.27 0.19 0.17 0.11 0.19 0.08 0.17 0.16 0.27 0.26 0.20 0.14 0.18 0.16 0.21 0.18 0.19 0.30 0.46 0.41 0.32
O2' 0.09 0.27 0.09 0.10 0.17 0.08 0.16 0.09 0.21 0.11 0.27 0.23 0.20 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.24 0.32 0.33 0.21
O3' 0.11 0.16 0.08 0.06 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.11 0.16 0.13 0.14 0.09 0.09 0.11 0.06 0.12 0.17 0.27 0.19 0.13
O4' 0.12 0.23 0.10 0.06 0.10 0.09 0.08 0.07 0.15 0.17 0.23 0.17 0.15 0.14 0.10 0.14 0.06 0.10 0.19 0.32 0.23 0.15
O5' 0.19 0.11 0.17 0.12 0.12 0.15 0.13 0.14 0.09 0.23 0.11 0.10 0.08 0.21 0.17 0.20 0.11 0.17 0.17 0.27 0.15 0.11
OP1 0.22 0.12 0.21 0.18 0.18 0.21 0.19 0.22 0.16 0.26 0.12 0.14 0.16 0.26 0.22 0.23 0.17 0.21 0.18 0.26 0.15 0.12
OP2 0.24 0.12 0.23 0.21 0.18 0.23 0.20 0.24 0.15 0.27 0.11 0.14 0.14 0.26 0.23 0.24 0.20 0.22 0.16 0.24 0.08 0.07
P 0.22 0.10 0.21 0.18 0.16 0.20 0.17 0.20 0.12 0.26 0.09 0.12 0.12 0.25 0.21 0.23 0.17 0.20 0.18 0.27 0.12 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.19 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.12 0.20 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.24 0.01 0.08 0.24 0.16 0.16
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.09 0.13 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.15 0.20 0.20 0.16
C3' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.11 0.16 0.19 0.07 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.27 0.32 0.24
C4 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.09 0.24 0.16 0.17
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.04 0.10 0.09 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.10 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.24 0.23 0.23
C5' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.14 0.05 0.16 0.13 0.14 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.19 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.12 0.24 0.25 0.23
C8 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.03 0.15 0.24 0.21 0.23
N1 0.02 0.00 0.09 0.16 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.10 0.24 0.21 0.20
N3 0.03 0.00 0.13 0.19 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.22 0.02 0.07 0.23 0.13 0.14
N6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.13 0.24 0.30 0.27
N7 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.15 0.25 0.27 0.27
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.23 0.13 0.15
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.14 0.14 0.05
O3' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.02 0.11 0.12 0.19 0.22 0.08 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.27 0.30 0.40 0.28
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.11 0.17 0.17 0.09
O5' 0.03 0.08 0.15 0.25 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.15 0.10 0.07 0.13 0.15 0.10 0.05 0.27 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.24 0.20 0.27 0.24 0.15 0.24 0.19 0.24 0.24 0.24 0.23 0.24 0.25 0.23 0.14 0.30 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.16 0.20 0.32 0.16 0.10 0.23 0.05 0.25 0.21 0.21 0.13 0.30 0.27 0.13 0.14 0.40 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.16 0.16 0.24 0.17 0.01 0.23 0.01 0.23 0.23 0.20 0.14 0.27 0.27 0.15 0.05 0.28 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00