ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51678

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.014, 0.040, 0.065, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.024, 0.061, 0.098, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.061 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.040, 0.156, 0.272, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.156 std_dev=0.116
O4' A 0, 0.045, 0.168, 0.290, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.168 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.132, 0.294, 0.456, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.294 std_dev=0.162
C3' A 0, 0.089, 0.294, 0.500, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.294 std_dev=0.205
O3' A 0, 0.169, 0.379, 0.588, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.379 std_dev=0.209
C4' A 0, 0.071, 0.291, 0.511, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.291 std_dev=0.220
P B 0, 0.200, 0.466, 0.732, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.466 std_dev=0.266
O5' A 0, 0.168, 0.453, 0.739, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.453 std_dev=0.286
O5' B 0, 0.334, 0.689, 1.044, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.689 std_dev=0.355
C5' B 0, 0.341, 0.702, 1.064, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.702 std_dev=0.361
N7 B 0, 0.312, 0.682, 1.052, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.682 std_dev=0.370
C8 B 0, 0.334, 0.709, 1.083, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.709 std_dev=0.375
O4' B 0, 0.406, 0.788, 1.169, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.788 std_dev=0.382
C5 B 0, 0.407, 0.797, 1.186, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.797 std_dev=0.390
N9 B 0, 0.407, 0.805, 1.204, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.805 std_dev=0.399
C4 B 0, 0.444, 0.870, 1.295, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.870 std_dev=0.426
C6 B 0, 0.466, 0.919, 1.372, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.919 std_dev=0.453
C4' B 0, 0.359, 0.818, 1.278, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.818 std_dev=0.460
N6 B 0, 0.474, 0.948, 1.421, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.948 std_dev=0.473
C1' B 0, 0.470, 0.948, 1.426, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.948 std_dev=0.478
OP2 B 0, 0.117, 0.615, 1.113, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.615 std_dev=0.498
N3 B 0, 0.505, 1.034, 1.562, 1.599 max_d=1.599 avg_d=1.034 std_dev=0.529
O3' B 0, 0.466, 1.015, 1.563, 1.947 max_d=1.947 avg_d=1.015 std_dev=0.548
N1 B 0, 0.521, 1.082, 1.643, 1.806 max_d=1.806 avg_d=1.082 std_dev=0.561
P A 0, 0.197, 0.760, 1.323, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.760 std_dev=0.563
OP1 B 0, 0.182, 0.754, 1.327, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.754 std_dev=0.573
C3' B 0, 0.522, 1.099, 1.675, 1.884 max_d=1.884 avg_d=1.099 std_dev=0.577
C2 B 0, 0.535, 1.126, 1.718, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.126 std_dev=0.591
C5' A 0, 0.117, 0.720, 1.324, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.720 std_dev=0.604
C2' B 0, 0.519, 1.218, 1.917, 2.121 max_d=2.121 avg_d=1.218 std_dev=0.699
O2' B 0, 0.609, 1.627, 2.645, 3.211 max_d=3.211 avg_d=1.627 std_dev=1.018
OP1 A 0, 1.490, 2.598, 3.706, 3.654 max_d=3.654 avg_d=2.598 std_dev=1.108
OP2 A 0, 1.623, 2.897, 4.172, 4.393 max_d=4.393 avg_d=2.897 std_dev=1.275

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.01 0.02 0.04 0.03 0.08 0.03 0.06 0.01 0.08 0.12 0.17 0.06
C2 0.04 0.00 0.08 0.06 0.01 0.06 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.06 0.05 0.17 0.19 0.30 0.15
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.09 0.02 0.03 0.09 0.06 0.13 0.01 0.08 0.01 0.20 0.19 0.20 0.17
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.12 0.01 0.14 0.06 0.13 0.07 0.09 0.13 0.09 0.01 0.01 0.03 0.30 0.26 0.25 0.26
C4 0.03 0.01 0.06 0.12 0.00 0.10 0.01 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.14 0.04 0.27 0.28 0.43 0.25
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.02 0.10 0.05 0.08 0.11 0.09 0.15 0.05 0.00 0.04 0.17 0.20 0.06
C5 0.02 0.01 0.03 0.14 0.01 0.12 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.16 0.04 0.29 0.28 0.42 0.25
C5' 0.09 0.21 0.09 0.06 0.30 0.02 0.31 0.00 0.26 0.20 0.26 0.32 0.18 0.09 0.06 0.03 0.02 0.10 0.35 0.05
C6 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.10 0.01 0.26 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.04 0.24 0.21 0.32 0.19
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.08 0.03 0.17 0.17 0.26 0.13
N3 0.04 0.01 0.09 0.09 0.01 0.08 0.01 0.26 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.16 0.09 0.05 0.22 0.25 0.38 0.21
N4 0.03 0.01 0.06 0.13 0.00 0.11 0.02 0.32 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.12 0.16 0.05 0.30 0.32 0.48 0.29
O2 0.08 0.01 0.13 0.09 0.02 0.09 0.02 0.18 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.24 0.10 0.08 0.12 0.16 0.26 0.11
O2' 0.03 0.16 0.01 0.01 0.11 0.15 0.05 0.09 0.02 0.06 0.16 0.12 0.24 0.00 0.12 0.09 0.20 0.24 0.21 0.19
O3' 0.06 0.06 0.08 0.01 0.14 0.05 0.16 0.06 0.14 0.08 0.09 0.16 0.10 0.12 0.00 0.05 0.27 0.34 0.29 0.27
O4' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.08 0.09 0.05 0.00 0.09 0.14 0.18 0.07
O5' 0.08 0.17 0.20 0.30 0.27 0.04 0.29 0.02 0.24 0.17 0.22 0.30 0.12 0.20 0.27 0.09 0.00 0.03 0.03 0.02
OP1 0.12 0.19 0.19 0.26 0.28 0.17 0.28 0.10 0.21 0.17 0.25 0.32 0.16 0.24 0.34 0.14 0.03 0.00 0.03 0.00
OP2 0.17 0.30 0.20 0.25 0.43 0.20 0.42 0.35 0.32 0.26 0.38 0.48 0.26 0.21 0.29 0.18 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.15 0.17 0.26 0.25 0.06 0.25 0.05 0.19 0.13 0.21 0.29 0.11 0.19 0.27 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.53 0.15 0.12 0.28 0.12 0.21 0.24 0.36 0.22 0.50 0.45 0.33 0.11 0.16 0.21 0.14 0.15 0.30 0.08 0.12 0.06
C2 0.28 0.55 0.22 0.19 0.20 0.19 0.10 0.33 0.27 0.36 0.48 0.45 0.25 0.26 0.21 0.38 0.27 0.18 0.32 0.11 0.29 0.08
C2' 0.22 0.44 0.17 0.12 0.27 0.13 0.22 0.21 0.32 0.18 0.42 0.39 0.31 0.10 0.18 0.20 0.10 0.18 0.32 0.16 0.10 0.13
C3' 0.21 0.35 0.21 0.22 0.23 0.24 0.21 0.31 0.28 0.19 0.34 0.31 0.30 0.13 0.18 0.15 0.21 0.22 0.19 0.05 0.07 0.02
C4 0.26 0.57 0.24 0.27 0.16 0.25 0.08 0.44 0.23 0.40 0.51 0.41 0.24 0.36 0.22 0.27 0.21 0.21 0.28 0.25 0.44 0.19
C4' 0.19 0.36 0.20 0.24 0.19 0.23 0.15 0.30 0.26 0.23 0.35 0.30 0.28 0.15 0.15 0.13 0.22 0.21 0.16 0.16 0.21 0.10
C5 0.19 0.58 0.16 0.25 0.21 0.25 0.10 0.46 0.33 0.33 0.57 0.43 0.30 0.28 0.15 0.15 0.13 0.17 0.26 0.31 0.42 0.22
C5' 0.34 0.42 0.37 0.44 0.38 0.43 0.40 0.52 0.41 0.47 0.43 0.39 0.42 0.45 0.38 0.29 0.45 0.33 0.28 0.32 0.40 0.23
C6 0.16 0.57 0.11 0.20 0.25 0.21 0.17 0.40 0.38 0.27 0.56 0.44 0.35 0.18 0.12 0.12 0.10 0.13 0.26 0.26 0.33 0.16
N1 0.20 0.57 0.12 0.16 0.25 0.16 0.17 0.33 0.35 0.28 0.53 0.46 0.31 0.18 0.14 0.19 0.17 0.12 0.30 0.13 0.25 0.08
N3 0.30 0.54 0.28 0.24 0.15 0.23 0.08 0.39 0.22 0.41 0.46 0.41 0.24 0.35 0.24 0.39 0.27 0.22 0.30 0.15 0.38 0.13
N4 0.29 0.53 0.30 0.29 0.17 0.27 0.16 0.46 0.16 0.41 0.45 0.37 0.27 0.40 0.26 0.31 0.23 0.24 0.27 0.29 0.49 0.23
O2 0.34 0.52 0.28 0.20 0.22 0.19 0.13 0.29 0.26 0.35 0.45 0.44 0.24 0.25 0.24 0.53 0.34 0.22 0.36 0.18 0.23 0.11
O2' 0.23 0.46 0.18 0.08 0.28 0.08 0.23 0.17 0.33 0.16 0.42 0.41 0.31 0.12 0.19 0.28 0.14 0.21 0.33 0.30 0.12 0.21
O3' 0.27 0.30 0.30 0.25 0.25 0.23 0.22 0.21 0.25 0.22 0.29 0.29 0.26 0.17 0.24 0.24 0.34 0.31 0.02 0.02 0.03 0.01
O4' 0.19 0.50 0.16 0.17 0.26 0.18 0.20 0.28 0.36 0.21 0.49 0.41 0.35 0.10 0.15 0.13 0.09 0.16 0.22 0.11 0.14 0.04
O5' 0.37 0.51 0.44 0.26 0.42 0.19 0.40 0.17 0.46 0.34 0.51 0.47 0.47 0.33 0.37 0.53 0.25 0.34 0.30 0.39 0.21 0.26
OP1 0.44 0.38 0.49 0.55 0.38 0.47 0.35 0.49 0.36 0.43 0.38 0.38 0.38 0.37 0.41 0.60 0.60 0.49 0.40 0.88 0.40 0.53
OP2 0.48 0.56 0.50 0.52 0.51 0.39 0.52 0.42 0.55 0.52 0.58 0.53 0.58 0.52 0.50 0.62 0.47 0.45 0.32 0.67 0.46 0.44
P 0.40 0.43 0.43 0.42 0.38 0.32 0.37 0.32 0.40 0.41 0.43 0.41 0.41 0.37 0.38 0.55 0.41 0.40 0.27 0.65 0.33 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.13 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.06 0.34 0.00 0.42 0.40 0.33 0.32
C2 0.07 0.00 0.29 0.20 0.02 0.10 0.01 0.31 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.22 0.33 0.22 0.40 0.31 0.38 0.29
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.13 0.05 0.07 0.21 0.11 0.22 0.21 0.29 0.09 0.16 0.04 0.01 0.07 0.03 0.52 0.63 0.37 0.46
C3' 0.03 0.20 0.01 0.00 0.17 0.00 0.21 0.03 0.22 0.20 0.23 0.17 0.23 0.23 0.14 0.05 0.02 0.02 0.17 0.28 0.30 0.19
C4 0.04 0.02 0.13 0.17 0.00 0.11 0.01 0.35 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.24 0.13 0.39 0.30 0.37 0.28
C4' 0.01 0.10 0.05 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.17 0.29 0.12 0.09 0.20 0.29 0.14 0.20 0.09 0.01 0.02 0.20 0.29 0.09
C5 0.04 0.01 0.07 0.21 0.01 0.19 0.00 0.46 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.14 0.11 0.33 0.25 0.35 0.23
C5' 0.13 0.31 0.21 0.03 0.35 0.01 0.46 0.00 0.46 0.53 0.40 0.27 0.51 0.56 0.33 0.06 0.16 0.04 0.01 0.32 0.34 0.04
C6 0.05 0.01 0.11 0.22 0.02 0.17 0.01 0.46 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.16 0.13 0.32 0.27 0.36 0.24
C8 0.03 0.03 0.22 0.20 0.01 0.29 0.01 0.53 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.43 0.12 0.19 0.31 0.23 0.33 0.21
N1 0.06 0.01 0.21 0.23 0.02 0.12 0.02 0.40 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.19 0.24 0.17 0.36 0.28 0.37 0.26
N3 0.06 0.01 0.29 0.17 0.01 0.09 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.22 0.36 0.22 0.42 0.34 0.37 0.31
N6 0.05 0.02 0.09 0.23 0.03 0.20 0.02 0.51 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.37 0.12 0.12 0.29 0.28 0.33 0.22
N7 0.04 0.02 0.16 0.23 0.01 0.29 0.01 0.56 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.44 0.11 0.16 0.26 0.22 0.32 0.18
N9 0.02 0.03 0.04 0.14 0.01 0.14 0.02 0.33 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.18 0.19 0.07 0.40 0.32 0.35 0.29
O2' 0.06 0.22 0.01 0.05 0.14 0.20 0.29 0.06 0.27 0.43 0.19 0.22 0.37 0.44 0.18 0.00 0.05 0.18 0.42 0.61 0.47 0.44
O3' 0.34 0.33 0.07 0.02 0.24 0.09 0.14 0.16 0.16 0.12 0.24 0.36 0.12 0.11 0.19 0.05 0.00 0.27 0.31 0.27 0.40 0.31
O4' 0.00 0.22 0.03 0.02 0.13 0.01 0.11 0.04 0.13 0.19 0.17 0.22 0.12 0.16 0.07 0.18 0.27 0.00 0.29 0.31 0.37 0.27
O5' 0.42 0.40 0.52 0.17 0.39 0.02 0.33 0.01 0.32 0.31 0.36 0.42 0.29 0.26 0.40 0.42 0.31 0.29 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.40 0.31 0.63 0.28 0.30 0.20 0.25 0.32 0.27 0.23 0.28 0.34 0.28 0.22 0.32 0.61 0.27 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.38 0.37 0.30 0.37 0.29 0.35 0.34 0.36 0.33 0.37 0.37 0.33 0.32 0.35 0.47 0.40 0.37 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.29 0.46 0.19 0.28 0.09 0.23 0.04 0.24 0.21 0.26 0.31 0.22 0.18 0.29 0.44 0.31 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00