ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51680

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N4 A 0, -0.001, 0.016, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.019, 0.060, 0.101, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.060 std_dev=0.041
O2' A 0, 0.010, 0.051, 0.093, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.051 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.013, 0.060, 0.107, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.060 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.034, 0.108, 0.182, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.108 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.027, 0.104, 0.182, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.104 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.054, 0.155, 0.255, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.038, 0.166, 0.293, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.166 std_dev=0.128
O4' B 0, 0.156, 0.287, 0.419, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.287 std_dev=0.132
O5' B 0, 0.102, 0.241, 0.380, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.241 std_dev=0.139
C5' B 0, 0.157, 0.309, 0.460, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.309 std_dev=0.151
P B 0, 0.096, 0.252, 0.408, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.252 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.175, 0.334, 0.493, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.334 std_dev=0.159
C4' B 0, 0.178, 0.341, 0.504, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.341 std_dev=0.163
O5' A 0, 0.033, 0.199, 0.364, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.199 std_dev=0.166
N9 B 0, 0.183, 0.366, 0.549, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.366 std_dev=0.183
OP2 B 0, 0.102, 0.293, 0.483, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.293 std_dev=0.190
C3' B 0, 0.209, 0.402, 0.595, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.402 std_dev=0.193
C2' B 0, 0.209, 0.407, 0.606, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.407 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.184, 0.389, 0.595, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.389 std_dev=0.206
P A 0, 0.078, 0.295, 0.512, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.295 std_dev=0.217
OP1 B 0, 0.181, 0.403, 0.626, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.403 std_dev=0.223
O2' B 0, 0.231, 0.458, 0.685, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.458 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.173, 0.411, 0.649, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.411 std_dev=0.238
O3' B 0, 0.265, 0.507, 0.750, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.507 std_dev=0.243
N7 B 0, 0.192, 0.446, 0.700, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.446 std_dev=0.254
OP1 A 0, 0.149, 0.409, 0.669, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.409 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.159, 0.430, 0.700, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.430 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.187, 0.460, 0.733, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.460 std_dev=0.273
OP2 A 0, 0.058, 0.367, 0.675, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.367 std_dev=0.309
C2 B 0, 0.148, 0.493, 0.838, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.493 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.176, 0.525, 0.874, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.525 std_dev=0.349
N1 B 0, 0.146, 0.534, 0.923, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.534 std_dev=0.389
N6 B 0, 0.195, 0.590, 0.985, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.590 std_dev=0.395

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.16 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.23 0.16
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.16 0.24 0.18
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.10 0.13 0.20 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.15 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.20 0.13
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.16 0.25 0.17
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.04 0.14 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.06 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05
O5' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.07 0.10 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.07 0.03 0.04 0.14 0.03 0.16 0.03 0.13 0.07 0.10 0.16 0.04 0.06 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.16 0.07 0.06 0.23 0.04 0.24 0.03 0.20 0.15 0.20 0.25 0.14 0.05 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.02 0.02 0.16 0.01 0.18 0.01 0.15 0.10 0.13 0.17 0.07 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.06 0.03 0.10 0.04 0.13 0.05 0.12 0.18 0.10 0.08 0.14 0.18 0.12 0.07 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01
C2 0.06 0.08 0.08 0.10 0.06 0.13 0.08 0.15 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.05 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09 0.04 0.06
C2' 0.12 0.10 0.08 0.04 0.14 0.04 0.18 0.03 0.16 0.22 0.13 0.10 0.18 0.22 0.16 0.08 0.03 0.09 0.04 0.02 0.05 0.03
C3' 0.05 0.09 0.03 0.04 0.11 0.03 0.16 0.06 0.15 0.18 0.12 0.07 0.18 0.20 0.11 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01
C4 0.13 0.15 0.13 0.15 0.13 0.18 0.11 0.17 0.12 0.08 0.13 0.16 0.11 0.10 0.11 0.13 0.16 0.17 0.10 0.08 0.05 0.06
C4' 0.03 0.07 0.03 0.05 0.08 0.04 0.12 0.05 0.12 0.14 0.09 0.06 0.14 0.16 0.08 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02
C5 0.11 0.13 0.11 0.13 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13 0.11 0.10 0.13 0.14 0.08 0.05 0.06 0.04
C5' 0.05 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.07 0.13 0.13 0.06 0.06 0.11 0.07 0.08 0.04 0.07 0.05
C6 0.07 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.11 0.13 0.13 0.11 0.10 0.14 0.16 0.09 0.07 0.10 0.09 0.05 0.03 0.07 0.04
N1 0.06 0.09 0.05 0.06 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.13 0.09 0.08 0.12 0.15 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.04 0.04 0.02
N3 0.10 0.12 0.11 0.14 0.08 0.18 0.07 0.18 0.08 0.05 0.10 0.12 0.09 0.07 0.06 0.13 0.16 0.15 0.10 0.10 0.04 0.07
N4 0.18 0.24 0.17 0.18 0.21 0.21 0.17 0.19 0.18 0.14 0.20 0.24 0.15 0.14 0.18 0.18 0.19 0.20 0.11 0.09 0.05 0.07
O2 0.08 0.07 0.10 0.11 0.06 0.14 0.08 0.16 0.07 0.11 0.07 0.06 0.09 0.11 0.07 0.13 0.15 0.08 0.10 0.11 0.05 0.08
O2' 0.16 0.12 0.13 0.10 0.16 0.10 0.19 0.06 0.17 0.24 0.14 0.12 0.18 0.23 0.19 0.14 0.08 0.15 0.07 0.03 0.03 0.03
O3' 0.07 0.11 0.04 0.03 0.13 0.02 0.17 0.03 0.17 0.19 0.14 0.09 0.20 0.21 0.12 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.05 0.08 0.04 0.04 0.08 0.04 0.11 0.06 0.11 0.14 0.09 0.07 0.13 0.15 0.08 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01
O5' 0.07 0.11 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.11 0.11 0.10 0.14 0.13 0.08 0.07 0.11 0.07 0.08 0.05 0.08 0.05
OP1 0.10 0.16 0.12 0.12 0.14 0.06 0.16 0.04 0.18 0.14 0.18 0.15 0.20 0.16 0.12 0.09 0.11 0.08 0.06 0.12 0.09 0.05
OP2 0.23 0.26 0.25 0.25 0.25 0.22 0.25 0.18 0.25 0.22 0.26 0.26 0.25 0.23 0.24 0.23 0.25 0.23 0.17 0.11 0.14 0.11
P 0.14 0.19 0.16 0.16 0.17 0.13 0.17 0.10 0.19 0.14 0.19 0.18 0.20 0.17 0.15 0.13 0.16 0.13 0.10 0.08 0.10 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.11 0.13 0.20 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.11 0.12 0.19 0.14
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.14 0.18 0.24 0.19
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.10 0.10 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.15 0.19 0.26 0.20
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.14 0.16 0.19 0.17
N1 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.13 0.17 0.24 0.17
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.09 0.10 0.17 0.12
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.16 0.23 0.29 0.22
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.16 0.20 0.25 0.21
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.15 0.12
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.05 0.11 0.03 0.02 0.11 0.00 0.14 0.00 0.15 0.14 0.13 0.09 0.16 0.16 0.10 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.13 0.02 0.02 0.12 0.01 0.18 0.01 0.19 0.16 0.17 0.10 0.23 0.20 0.10 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.20 0.05 0.03 0.19 0.01 0.24 0.00 0.26 0.19 0.24 0.17 0.29 0.25 0.15 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.14 0.03 0.02 0.14 0.00 0.19 0.00 0.20 0.17 0.17 0.12 0.22 0.21 0.12 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00