ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51682

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.012, 0.041, 0.069, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.041 std_dev=0.028
N4 A 0, -0.001, 0.030, 0.062, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.030 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.107, 0.228, 0.349, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.228 std_dev=0.121
C2' A 0, 0.111, 0.268, 0.426, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.268 std_dev=0.157
C4' A 0, 0.168, 0.361, 0.555, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.361 std_dev=0.193
O2' A 0, 0.104, 0.310, 0.516, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.310 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.169, 0.385, 0.600, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.385 std_dev=0.215
N9 B 0, 0.189, 0.410, 0.631, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.410 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.230, 0.466, 0.702, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.466 std_dev=0.236
C3' A 0, 0.183, 0.419, 0.655, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.419 std_dev=0.236
C5 B 0, 0.164, 0.425, 0.686, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.425 std_dev=0.261
C8 B 0, 0.202, 0.464, 0.726, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.464 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.245, 0.519, 0.793, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.519 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.271, 0.548, 0.825, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.548 std_dev=0.277
C2 B 0, 0.287, 0.576, 0.865, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.576 std_dev=0.289
N3 B 0, 0.285, 0.577, 0.870, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.577 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.222, 0.534, 0.847, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.534 std_dev=0.312
N7 B 0, 0.265, 0.587, 0.910, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.587 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.299, 0.629, 0.958, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.629 std_dev=0.329
O5' A 0, 0.296, 0.627, 0.959, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.627 std_dev=0.332
C5' A 0, 0.280, 0.617, 0.954, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.617 std_dev=0.337
O3' A 0, 0.270, 0.607, 0.944, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.607 std_dev=0.337
C5' B 0, 0.283, 0.629, 0.975, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.629 std_dev=0.346
P B 0, 0.287, 0.639, 0.990, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.639 std_dev=0.352
C4' B 0, 0.333, 0.722, 1.111, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.722 std_dev=0.389
O5' B 0, 0.363, 0.763, 1.163, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.763 std_dev=0.400
P A 0, 0.409, 0.866, 1.324, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.866 std_dev=0.458
OP2 B 0, 0.439, 0.903, 1.367, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.903 std_dev=0.464
OP2 A 0, 0.411, 0.885, 1.359, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.885 std_dev=0.474
N6 B 0, 0.295, 0.790, 1.284, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.790 std_dev=0.495
C2' B 0, 0.402, 0.926, 1.450, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.926 std_dev=0.524
C3' B 0, 0.423, 0.950, 1.477, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.950 std_dev=0.527
OP1 A 0, 0.489, 1.046, 1.603, 1.478 max_d=1.478 avg_d=1.046 std_dev=0.557
O3' B 0, 0.538, 1.229, 1.920, 1.905 max_d=1.905 avg_d=1.229 std_dev=0.691
O2' B 0, 0.480, 1.232, 1.985, 2.047 max_d=2.047 avg_d=1.232 std_dev=0.752

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.11 0.10
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.11 0.14 0.19 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
C4 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.16 0.21 0.16
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.16 0.21 0.17
C5' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.10 0.15 0.18 0.16
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.13 0.17 0.15
N3 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.11 0.15 0.20 0.16
N4 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.09 0.17 0.21 0.16
O2 0.04 0.00 0.10 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.08 0.02 0.12 0.14 0.18 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.08 0.09
O5' 0.08 0.11 0.03 0.02 0.10 0.01 0.09 0.01 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.01 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.08 0.14 0.02 0.03 0.16 0.02 0.16 0.03 0.15 0.13 0.15 0.17 0.14 0.04 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.19 0.05 0.02 0.21 0.01 0.21 0.02 0.18 0.17 0.20 0.21 0.18 0.02 0.07 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.16 0.04 0.02 0.16 0.01 0.17 0.01 0.16 0.15 0.16 0.16 0.15 0.01 0.07 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.15 0.16 0.06 0.14 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.13 0.16 0.11 0.11 0.15 0.28 0.07 0.15 0.16 0.02 0.07 0.03
C2 0.19 0.12 0.17 0.12 0.08 0.15 0.06 0.15 0.09 0.04 0.08 0.15 0.16 0.12 0.09 0.29 0.12 0.17 0.17 0.04 0.12 0.03
C2' 0.24 0.19 0.17 0.07 0.19 0.10 0.17 0.08 0.17 0.18 0.18 0.20 0.16 0.16 0.20 0.28 0.07 0.20 0.16 0.07 0.06 0.05
C3' 0.25 0.25 0.16 0.08 0.25 0.14 0.24 0.04 0.24 0.25 0.25 0.24 0.24 0.24 0.24 0.25 0.07 0.24 0.09 0.02 0.06 0.00
C4 0.16 0.19 0.11 0.08 0.11 0.10 0.02 0.11 0.03 0.08 0.12 0.20 0.13 0.14 0.10 0.20 0.08 0.14 0.17 0.06 0.15 0.06
C4' 0.23 0.22 0.16 0.07 0.22 0.12 0.22 0.03 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.26 0.06 0.21 0.07 0.07 0.07 0.02
C5 0.15 0.21 0.08 0.07 0.15 0.08 0.09 0.10 0.11 0.08 0.17 0.20 0.07 0.08 0.12 0.16 0.08 0.13 0.18 0.09 0.15 0.08
C5' 0.25 0.29 0.17 0.09 0.28 0.14 0.29 0.05 0.30 0.27 0.30 0.27 0.31 0.28 0.26 0.25 0.08 0.23 0.04 0.15 0.11 0.06
C6 0.16 0.19 0.09 0.06 0.15 0.07 0.11 0.10 0.12 0.09 0.17 0.19 0.10 0.09 0.13 0.19 0.07 0.13 0.19 0.07 0.12 0.07
N1 0.19 0.15 0.14 0.07 0.13 0.10 0.08 0.11 0.09 0.07 0.12 0.17 0.10 0.08 0.13 0.25 0.08 0.15 0.17 0.01 0.10 0.01
N3 0.18 0.14 0.15 0.11 0.09 0.14 0.07 0.14 0.10 0.09 0.07 0.17 0.21 0.17 0.10 0.26 0.11 0.17 0.16 0.02 0.14 0.02
N4 0.15 0.21 0.10 0.07 0.11 0.10 0.05 0.10 0.03 0.10 0.12 0.20 0.18 0.17 0.10 0.17 0.07 0.14 0.16 0.09 0.17 0.08
O2 0.21 0.09 0.22 0.17 0.07 0.20 0.10 0.20 0.14 0.05 0.10 0.12 0.21 0.14 0.09 0.37 0.18 0.20 0.18 0.10 0.13 0.08
O2' 0.22 0.15 0.19 0.09 0.16 0.10 0.15 0.07 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14 0.16 0.18 0.31 0.08 0.19 0.15 0.12 0.05 0.08
O3' 0.26 0.28 0.18 0.11 0.28 0.17 0.29 0.09 0.29 0.29 0.29 0.26 0.30 0.30 0.27 0.24 0.08 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00
O4' 0.22 0.17 0.16 0.06 0.17 0.11 0.14 0.04 0.14 0.15 0.16 0.18 0.12 0.13 0.18 0.28 0.07 0.18 0.12 0.05 0.08 0.00
O5' 0.26 0.36 0.16 0.06 0.32 0.12 0.34 0.03 0.36 0.28 0.37 0.33 0.37 0.31 0.28 0.24 0.05 0.24 0.05 0.16 0.10 0.07
OP1 0.29 0.47 0.18 0.09 0.41 0.15 0.46 0.11 0.52 0.36 0.51 0.41 0.58 0.45 0.35 0.22 0.04 0.26 0.08 0.29 0.14 0.14
OP2 0.29 0.48 0.17 0.08 0.40 0.13 0.43 0.03 0.50 0.30 0.51 0.43 0.53 0.37 0.33 0.23 0.09 0.26 0.04 0.18 0.09 0.07
P 0.28 0.43 0.17 0.07 0.37 0.13 0.40 0.05 0.45 0.31 0.46 0.39 0.48 0.37 0.32 0.24 0.04 0.25 0.03 0.22 0.12 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.22 0.14
C2 0.04 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.13 0.21 0.40 0.26
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.11 0.06
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.08 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.15 0.06 0.04
C4 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.12 0.19 0.37 0.25
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.14 0.28 0.44 0.30
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.08 0.04 0.12 0.10 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.16 0.32 0.47 0.33
C8 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.11 0.23 0.37 0.26
N1 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.15 0.28 0.45 0.30
N3 0.04 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.04 0.11 0.15 0.35 0.23
N6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.18 0.39 0.51 0.36
N7 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.14 0.31 0.45 0.32
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.14 0.31 0.21
O2' 0.04 0.10 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.02 0.10 0.08 0.08 0.04 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.10 0.11 0.06
O3' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.09 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.23 0.11 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.03 0.20 0.13
O5' 0.05 0.13 0.05 0.04 0.12 0.01 0.14 0.01 0.16 0.11 0.15 0.11 0.18 0.14 0.09 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.21 0.10 0.15 0.19 0.09 0.28 0.09 0.32 0.23 0.28 0.15 0.39 0.31 0.14 0.10 0.23 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.40 0.11 0.06 0.37 0.08 0.44 0.02 0.47 0.37 0.45 0.35 0.51 0.45 0.31 0.11 0.11 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.26 0.06 0.04 0.25 0.04 0.30 0.01 0.33 0.26 0.30 0.23 0.36 0.32 0.21 0.06 0.09 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00