ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51683

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.001, 0.037, 0.073, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.037 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.021, 0.113, 0.205, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.113 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.025, 0.127, 0.229, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.127 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.050, 0.191, 0.332, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.191 std_dev=0.141
N1 B 0, 0.018, 0.183, 0.348, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.183 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.008, 0.189, 0.370, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.189 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.026, 0.217, 0.409, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.217 std_dev=0.192
C4' A 0, 0.031, 0.248, 0.465, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.248 std_dev=0.217
C6 B 0, 0.022, 0.278, 0.535, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.278 std_dev=0.256
O3' A 0, 0.053, 0.311, 0.570, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.311 std_dev=0.259
N3 B 0, -0.011, 0.254, 0.518, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.254 std_dev=0.264
O5' A 0, 0.085, 0.390, 0.694, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.390 std_dev=0.304
C5' A 0, 0.070, 0.382, 0.694, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.382 std_dev=0.312
C4 B 0, -0.002, 0.323, 0.647, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.323 std_dev=0.324
N6 B 0, 0.014, 0.349, 0.683, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.349 std_dev=0.335
C5 B 0, 0.010, 0.351, 0.692, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.351 std_dev=0.341
OP1 A 0, 0.098, 0.452, 0.805, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.452 std_dev=0.354
P A 0, 0.094, 0.457, 0.819, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.457 std_dev=0.362
N9 B 0, -0.020, 0.447, 0.913, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.447 std_dev=0.466
N7 B 0, 0.004, 0.494, 0.984, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.494 std_dev=0.490
OP2 A 0, 0.101, 0.607, 1.113, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.607 std_dev=0.506
C8 B 0, -0.011, 0.530, 1.072, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.530 std_dev=0.541
C1' B 0, -0.051, 0.533, 1.117, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.533 std_dev=0.584
O4' B 0, 0.062, 0.695, 1.329, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.695 std_dev=0.633
C4' B 0, 0.070, 0.801, 1.533, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.801 std_dev=0.731
O3' B 0, 0.068, 0.851, 1.633, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.851 std_dev=0.782
C5' B 0, 0.078, 0.865, 1.651, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.865 std_dev=0.786
C3' B 0, 0.085, 0.885, 1.685, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.885 std_dev=0.800
O5' B 0, -0.063, 0.764, 1.591, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.764 std_dev=0.827
C2' B 0, -0.087, 0.763, 1.613, 2.316 max_d=2.316 avg_d=0.763 std_dev=0.850
P B 0, 0.068, 1.034, 2.001, 2.577 max_d=2.577 avg_d=1.034 std_dev=0.967
O2' B 0, -0.160, 0.852, 1.864, 2.775 max_d=2.775 avg_d=0.852 std_dev=1.012
OP2 B 0, 0.117, 1.159, 2.200, 2.699 max_d=2.699 avg_d=1.159 std_dev=1.041
OP1 B 0, 0.154, 1.319, 2.483, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.319 std_dev=1.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.18 0.37 0.16
C2 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.03 0.07 0.15 0.32 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.08 0.11 0.27 0.09
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.04 0.11 0.08 0.11 0.13 0.08 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.17 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.15 0.04 0.16 0.18 0.24 0.16
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.06 0.10 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.10 0.22 0.10
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.15 0.05 0.18 0.17 0.23 0.16
C5' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.14 0.01 0.17 0.00 0.14 0.06 0.10 0.16 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.05 0.13 0.15 0.27 0.13
N1 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.06 0.16 0.33 0.13
N3 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.03 0.11 0.16 0.28 0.13
N4 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.16 0.04 0.18 0.21 0.22 0.19
O2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.10 0.04 0.06 0.15 0.34 0.13
O2' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.00 0.05 0.03 0.07 0.14 0.36 0.14
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.15 0.02 0.15 0.06 0.12 0.09 0.14 0.16 0.10 0.05 0.00 0.02 0.06 0.09 0.12 0.07
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.07 0.21 0.39 0.21
O5' 0.08 0.07 0.08 0.05 0.16 0.03 0.18 0.00 0.13 0.06 0.11 0.18 0.06 0.07 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.18 0.15 0.11 0.09 0.18 0.10 0.17 0.02 0.15 0.16 0.16 0.21 0.15 0.14 0.09 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.32 0.27 0.17 0.24 0.22 0.23 0.05 0.27 0.33 0.28 0.22 0.34 0.36 0.12 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.13 0.09 0.07 0.16 0.10 0.16 0.01 0.13 0.13 0.13 0.19 0.13 0.14 0.07 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.15 0.26 0.32 0.16 0.32 0.13 0.32 0.09 0.18 0.09 0.18 0.08 0.15 0.18 0.39 0.24 0.30 0.14 0.24 0.21 0.18
C2 0.17 0.08 0.18 0.27 0.12 0.31 0.16 0.34 0.10 0.22 0.04 0.05 0.11 0.22 0.17 0.16 0.24 0.29 0.20 0.17 0.23 0.12
C2' 0.28 0.11 0.34 0.29 0.18 0.27 0.14 0.26 0.10 0.19 0.07 0.19 0.10 0.16 0.22 0.51 0.17 0.28 0.16 0.21 0.27 0.22
C3' 0.24 0.05 0.32 0.33 0.11 0.29 0.10 0.27 0.09 0.15 0.08 0.09 0.10 0.12 0.16 0.50 0.21 0.29 0.16 0.28 0.21 0.22
C4 0.28 0.13 0.35 0.33 0.15 0.41 0.14 0.44 0.04 0.30 0.13 0.10 0.05 0.25 0.26 0.31 0.34 0.37 0.35 0.27 0.29 0.22
C4' 0.19 0.03 0.26 0.35 0.10 0.30 0.09 0.28 0.06 0.13 0.03 0.08 0.07 0.11 0.13 0.43 0.28 0.27 0.13 0.30 0.18 0.20
C5 0.22 0.16 0.29 0.33 0.07 0.40 0.07 0.42 0.09 0.18 0.15 0.11 0.10 0.13 0.16 0.21 0.33 0.34 0.25 0.19 0.17 0.11
C5' 0.16 0.04 0.23 0.34 0.08 0.27 0.07 0.24 0.05 0.11 0.04 0.06 0.05 0.09 0.11 0.41 0.30 0.22 0.13 0.31 0.20 0.22
C6 0.14 0.14 0.19 0.31 0.08 0.34 0.09 0.35 0.08 0.15 0.12 0.10 0.08 0.13 0.12 0.15 0.28 0.29 0.15 0.19 0.17 0.13
N1 0.16 0.12 0.17 0.29 0.10 0.31 0.10 0.33 0.06 0.16 0.08 0.10 0.06 0.15 0.14 0.20 0.24 0.28 0.14 0.18 0.18 0.12
N3 0.23 0.08 0.27 0.29 0.17 0.35 0.21 0.39 0.09 0.30 0.06 0.05 0.09 0.29 0.25 0.24 0.29 0.33 0.31 0.25 0.31 0.21
N4 0.38 0.13 0.48 0.39 0.21 0.47 0.19 0.51 0.07 0.41 0.15 0.14 0.09 0.33 0.35 0.47 0.40 0.44 0.48 0.40 0.43 0.37
O2 0.17 0.08 0.16 0.25 0.15 0.29 0.20 0.32 0.17 0.23 0.08 0.09 0.19 0.24 0.18 0.18 0.22 0.27 0.19 0.17 0.24 0.12
O2' 0.30 0.19 0.38 0.28 0.22 0.27 0.18 0.26 0.15 0.22 0.14 0.24 0.13 0.19 0.25 0.56 0.16 0.27 0.16 0.22 0.27 0.22
O3' 0.25 0.14 0.36 0.36 0.12 0.31 0.12 0.29 0.14 0.15 0.16 0.10 0.16 0.12 0.16 0.56 0.24 0.30 0.19 0.33 0.20 0.24
O4' 0.22 0.10 0.26 0.38 0.13 0.37 0.11 0.37 0.07 0.17 0.06 0.13 0.07 0.14 0.17 0.38 0.32 0.32 0.17 0.31 0.18 0.21
O5' 0.13 0.08 0.20 0.36 0.08 0.30 0.08 0.25 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.30 0.36 0.20 0.11 0.30 0.19 0.20
OP1 0.07 0.03 0.13 0.22 0.06 0.19 0.07 0.19 0.05 0.11 0.03 0.04 0.06 0.10 0.09 0.19 0.22 0.11 0.11 0.24 0.23 0.23
OP2 0.12 0.15 0.15 0.24 0.14 0.21 0.17 0.19 0.19 0.16 0.18 0.12 0.21 0.18 0.13 0.27 0.19 0.18 0.12 0.29 0.25 0.26
P 0.10 0.03 0.13 0.23 0.07 0.18 0.07 0.19 0.04 0.11 0.01 0.05 0.05 0.10 0.09 0.29 0.21 0.14 0.13 0.28 0.23 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.21 0.11 0.08
C2 0.03 0.00 0.04 0.09 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.10 0.09 0.10 0.29 0.14
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.09 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.21 0.43 0.30 0.31
C3' 0.03 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.04 0.15 0.05 0.09 0.06 0.14 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.27 0.04 0.11
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.04 0.06 0.09 0.13 0.26 0.13
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.08 0.04 0.03 0.01 0.15 0.05 0.00 0.02 0.14 0.04 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.08 0.04 0.12 0.17 0.33 0.19
C5' 0.03 0.10 0.09 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.04 0.04 0.07 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.06 0.13 0.17 0.37 0.21
C8 0.02 0.00 0.07 0.15 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.16 0.05 0.10 0.20 0.26 0.17
N1 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.09 0.12 0.12 0.35 0.18
N3 0.03 0.00 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.10 0.08 0.12 0.24 0.11
N6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.08 0.06 0.14 0.21 0.42 0.25
N7 0.02 0.00 0.06 0.14 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.15 0.04 0.13 0.22 0.34 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.07 0.02 0.08 0.16 0.19 0.11
O2' 0.04 0.06 0.01 0.01 0.10 0.15 0.15 0.07 0.13 0.23 0.08 0.06 0.17 0.22 0.14 0.00 0.14 0.06 0.17 0.43 0.34 0.29
O3' 0.06 0.08 0.06 0.01 0.04 0.05 0.08 0.08 0.06 0.16 0.05 0.09 0.08 0.15 0.07 0.14 0.00 0.04 0.18 0.39 0.22 0.25
O4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.10 0.06 0.04 0.02 0.06 0.04 0.00 0.14 0.12 0.21 0.14
O5' 0.06 0.09 0.21 0.04 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.10 0.12 0.08 0.14 0.13 0.08 0.17 0.18 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.10 0.43 0.27 0.13 0.14 0.17 0.04 0.17 0.20 0.12 0.12 0.21 0.22 0.16 0.43 0.39 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.29 0.30 0.04 0.26 0.04 0.33 0.01 0.37 0.26 0.35 0.24 0.42 0.34 0.19 0.34 0.22 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.31 0.11 0.13 0.04 0.19 0.01 0.21 0.17 0.18 0.11 0.25 0.21 0.11 0.29 0.25 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00